1759年（乾隆二十四年）正月，富德率援军赶到叶尔羌河，并大败霍集占阻击之军。兆惠听到数十里外枪炮之声，知援军已到，遂精选千余清兵，趁夜冲出营垒，杀死叛军上千人，与富德会合一处。清军一战即胜，并追击霍集占兄弟至巴克达山。回部叛军在清军劝说下纷纷投降。乾隆命富德屯兵巴克达山边界，敕谕巴克达山汗素勒沙坦：“天朝大兵已至，叛军数万尚且望风而逃，望尔等勿信他人的蛊惑，将霍集占之尸（时霍已被杀）和布拉尼敦送到军前，朕自当加恩。”在清外交和军事压力下，素勒沙坦汗交出霍集占首级，但声言布拉尼敦尸首被人窃走。至此，清军平定回部叛乱宣告取得彻底胜利。
新疆宣告平定之后，因战乱而使人口锐减的西北边疆成为清国防前哨，而且新疆与素怀侵略扩张野心的俄国为邻，沙俄一直对新疆虎视眈眈，巩固西北边防势在必行，在乾隆看来，舍屯田别无出路。
乾隆兴屯田的方针是尽量让地方自己动手解决，不靠国家财政，屯田开始规模可小，靠自身积累逐步扩大。他指示新疆办事大臣阿桂亲率人马赴伊犁试种，在乾隆的直接参与下，北疆沉睡多年的土地开始人欢马叫，呈现出一派生机，到处掀起了开垦土地的热潮。乾隆在新疆大兴屯田收到了很好的效果，使军粮问题得到了圆满解决，促进了新疆农业的开发，增进了民族之间的团结。
乾隆十全武功中还有平定金川之乱。金川是在四川西北部，大渡河上游地区，因此地盛产金矿而得名。当时此地有两条河，故有大、小金川之分，这里的居民主要是藏民，其首领为莎罗奔（大金川）和泽旺（小金川）。
乾隆初年，大金川莎罗奔便因争夺土地而与邻近土司经常战争。1746年（乾隆十一年），大金川诱夺小金川印信，兼并了小金川，并勾结其党羽进攻清军驻地霍耳、章谷。攻取后，大金川自称为王，公开对抗朝廷。乾隆急调平苗有功的张广泗为川陕总督，负责进剿。
张广泗调集二万余人马出兵，在清军压境的情况下，受大金川威胁而参与反叛的小金川率众投诚。使张广泗得以全力对付大金川。大金川所居地区勒乌围和刮耳崖两寨地势险要，四周有雪山为屏障，前进的道路狭窄，又值九月中旬后连降大雪张广泗虽想尽办法但毫无进展，只有等待春暖花开。但大金川乘清军休整时抢劫清军粮，袭清军驻地，夺回部分土地。
乾隆见张广泗师久无功，改派讷亲接替张广泗，又起用倡尔丹为内大臣，起用在少数民族地区颇有声望的岳钟琪为四川提督，以期迅速解决大金川战事。但讷亲不谙军事，而且年轻气盛，限十路诸军三日内攻下刮耳崖。但清军兵力分散，虽伤亡惨重而毫无进展，乾隆命讷亲主持大事，军事上征求张广泗意见，可是张广泗不肯为代其职的讷亲全力谋划，凡事推诿附和，而且张广泗所信任的良吉尔（泽旺之弟，随小金川泽旺降）乃大金川奸细，讷亲在岳钟琪告发后竞反袒良吉尔，乾隆不得不采取断然措施，将张广泗逮捕入京，讷亲革职发往北路军营效力赎罪，后将二人分别处死。
乾隆任命傅恒为经略大学士、川陕总督，又调兵二万，加上原来所剩清军共计五万余人务必荡平大金川。傅恒采纳岳钟琪正确的战略，先攻勒乌围，再取刮耳崖。由于指挥得当，战略正确，清军节节胜利。但此时，由于用兵二年，清政府财政出现了财政危机，乾隆在接到大金川莎罗奔请降的要求后，当即批准。傅恒派向来被大金川土司所威服的岳钟琪率十三骑前往勒乌围，面谕清政府准降不杀之意。清政府虽以体面的方式平息了战争，但大金川莎罗奔并未受任何惩罚，照旧管辖大金川，依然我行我素，并不听从清政府约束。清政府只得暂时采取以番制番政策，利用大金川周围的其他土司力量牵制莎罗奔。后来，大金川莎罗奔死，其子郎卡在被金川九土司围攻时降清，金川得以暂时安宁。
1771年（乾隆三十六年），大小金川索诺木与僧格桑反叛，乾隆调兵遣将，决心彻底解决两金川土司。
九月，乾隆命理藩院尚书温福为定边右将军，统清军先攻小金川。温福兵分三路进击，于第二年初陆续攻占了小金川要地巴朗拉和达木巴宗。年底，清军攻克明郭宗、底木达，俘获小金川土司泽旺。泽旺子僧格桑逃往大金川，清军索要，被大金川土司索诺木拒绝，清军遂进兵大金川。
1773年（乾隆三十八年），温福仍三路进军大金川，自平定小金川以来，温福逐渐居功自傲，刚愎自用，沿袭讷亲故伎，广修石碉，命清军把守，自己住木果木，被大金川诈降探去军情。六月，金川军从背后袭击底木达后，随散逃的军民拥至木果木，截断清大营水道，温福率兵冲击中弹而亡，清军阵亡三千余人，溃军惊慌而逃。
木果木惨败，南路阿桂会合西路海兰察等稳住了阵脚。十一月底，清军三路出击被夺回去的小金川，七日内全部收复。定西将军阿桂吸取教训，将小金川降众全部迁往内地，放火焚烧美诺等重要寨落，解除后顾之忧，孤立大金川。
1774年（乾隆三十九军）正月，清分兵两路进攻大金川，因大金川守敌准备充分，战斗打得异常激烈，清军付出惨重的代价才有所进展。面对清军的强大攻势，小金川先后献出已死的僧格桑尸体及其妻妾等，故伎重演，企图与清议和，遭清军拒绝。阿桂命福康安，海兰察渡河，尽歼河西之敌，与明亮合攻勒乌围。第二年八月十五日，清军发动总攻，一时炮声大作，清军遂克勒乌围。但索诺木已逃到噶拉依。十二月，清军在清扫外围叛军后将噶拉依包围。于1776年（乾隆四十一年）发动总攻，明亮此时攻克马尔邦，扫清西路残敌。索诺木之母见大势已去，遂投降清军，阿桂命其写信给索诺木，同时发动总攻。索诺木于二月率众投降乞免诛戮，大金川叛乱始平。
乾隆两次用兵金川，劳师糜饷，终于将金川彻底平定。平定后，乾隆在两金川境内各地设兵布防，开荒垦田，并在噶拉依，美诺两处设喇嘛寺庙，令两金川番众剃发易服。到了乾隆五十三年，金川社会逐渐安定，经济也有了相当起色。
在平定金川叛乱的同时，乾隆还抽出手来解决西藏问题，他一方面承继了先朝过去治藏的传统，另一方面也对西藏做了适当的改革，使西藏经历了一个重要发展时期。
乾隆初年，乾隆帝对藏王颇罗鼐继续信任，但他晓谕达赖喇嘛和颇罗鼐要各自约束，互相谅解，最终达到地方安定的目的。1747年（乾隆十二年），颇罗鼐病逝，其子珠尔墨特那木札勒袭封郡王，与达赖关系恶化。同时，他大耍两面手法，显露出反清迹象。清原驻藏大臣傅清以假诏骗珠尔墨特那木札勒到通司，将其砍杀，但自己也被珠尔墨部属杀死，清军入藏平叛。乾隆也乘此机会决定废除藏王，拒绝了达赖喇嘛请立班弟达为藏王的请求，从而结束了自顾实汗以来，和硕特蒙古贵族长期对西藏事务的干涉。乾隆指示以后西藏日常政务由达赖任命的噶隆官员管理，如有重要事情，则令钦差驻藏大臣与噶隆二人办理，盖印用钦差大臣的关防，永为定制。与此同时，乾隆批准制定了《酌定西藏善后章程》。明确了西藏在清王朝统治下的地位，正式确定废除藏王，达赖成为政教合一的代表，强调了始设于雍正朝的驻藏大臣权力等。
1792年（乾隆五十七年），清两次反击廓尔喀入侵西藏后，为进一步治理西藏，建立了金奔巴瓶制度（即金瓶掣签制，前文已详述），杜绝了世俗王公贵族插手寺院窃取财富和权力，确立了达赖喇嘛、班禅额尔德尼及蒙古各地大活佛的身份需经清政府认可才是合法的制度。
同时，为进一步提高驻藏大臣职权和地位，体现清王朝统治地方的权威，清大将军福康安与驻藏大臣和琳根据乾隆的一系列旨意，会同达赖和班禅两方面的官员，拟定了《钦定西藏章程》。
《钦定西藏章程》现有藏文原本，藏于大昭寺和札什伦布寺，已经译为汉文，共二十九条。包括了西藏内政、外交、宗教、军事、法律、贸易、职官等方面内容，主要是确立金奔巴瓶制度，驻藏大臣与达赖、班禅额尔德尼平等，共同处理政事，所有噶伦（达赖任命的管辖西藏政务的官员）以下首脑及办事人员皆服从驻藏大臣，外交、巡阅、奏呈、委任官员、司法等诸方面事宜均以驻藏大臣为主或与达赖和班禅协商等等。
总之，《钦定西藏章程》是清对西藏统治达到鼎盛时期的标志，亦是西藏历史上划时代的文件。
饱读经史的乾隆帝深知清朝的兴盛，在中国历史上比任何一朝都不逊色，所以他特别重视东巡拜谒祖陵。乾隆常说，盛京（沈阳，这里暗指东北）是我朝龙兴之地，故地重游，可知创业之苦，守成之难，可以激发朕与臣工更加兢兢业业，永保江山。所以乾隆一生多次东巡拜谒祖陵，游历于宁远、锦州、广宁等城，览旧地思兴、拜旧里而感怀。他还告诫子孙，不可把祭陵视为游览古迹而毫不动情，规定以后每隔三年派皇子二三人恭谒祖陵，把谒陵作为对爱新觉罗子孙进行传统教育的重要内容。在东巡过程中，乾隆大加赏赐东北各部，告诫八旗兵不可忘记弓马骑射，并同时考查地方吏治，大力提倡地方官吏、军民不要忘记满语，不要丢掉满洲旧习，为保证龙兴之地的安宁，亁隆在北拒沙俄的同时，对世世通好的朝鲜以礼相待，巩固名义上的宗属关系，加强睦邻友好，使中朝关系得到进一步加强。可以看出，乾隆东巡谒祖陵极少游山玩水的动机，而是从永固江山的角度而东巡。
在改革西藏黄教的同时，乾隆对中原地区的佛教和在广大民众心里占据主要地位的儒家也尊礼有加。乾隆承继其祖父康熙的传统，一生六次西巡五台山礼佛。
五台山在山西省雁北地区，因其地势高峻终年积雪，故又称清凉山。相传五台山为文殊菩萨宣讲佛法之地。乾隆沿袭相制，以扶植黄教的方针来绥服蒙古。据说在黄教中达赖喇嘛位居第一，其次为班禅额尔德尼、哲布尊丹巴呼图克图，章嘉喇嘛、雍和宫大喇嘛，五台山菩萨顶大喇嘛位居第六。乾隆一般由圆明园出发至河北易县清西陵举行谒陵，然后西出长城至五台山，乾隆六次巡幸五台山，这里不无游乐之兴，以他《北台眺望》一诗中即可见乾隆纵情于山水之间。诗曰：“此地诚初地，花官切昊宫，攀梯九天半，驻早五云中，夙道夏犹冷，今来冰却融，禅关最高处，放眼豁心蓬。昨从云中望，今从云外跻，瞰余三晋小，凭处万峰低。”将他游历五台山的切身之感跃然纸上。
乾隆数次礼佛五台山，给寺院大量赏赐，但他本人却不信佛。传说五台山宝塔院藏有佛舍利和文殊菩萨的头发，乾隆以诗表示此系无稽之谈。对于清凉石的传说（文殊菩萨变成老僧，从东海龙王手中募得镇海之宝，龙王的儿子追要。文殊在与其战斗时失手落到五台山上，化成清凉石。若诚心敬佛，就能转动此石），乾隆也赋诗一首，“清凉山里清凉石，恰似东坡凿井泉。自足僧人冀檀施，鞠躬扛动表诚虔。”在他看来，这不过是山中和尚向善男信女们要布施的一种手段而已。
乾隆礼佛五台山多少藏有游玩之意，东巡孔庙拜谒也含游乐之情，只是不像游幸五台山那么明显。
像他的先祖一样，乾隆对被康熙帝推崇为“万古帝王师”的孔子也极推崇，很重视被尊为传统文化象征的孔子，曾先后八次谒临孔庙，创造了古今帝王顶礼膜拜的空前绝后纪录，乾隆东巡目的一是尊崇孔子，二是效法古今帝王登号称“五岳之尊”的泰山祭祀天地，当然这里也包含游玩，三是观风问俗，恩加地方，稳定京师的门户，最后一次东巡在1790年（乾隆五十五年），乾隆以80岁的高龄再次上路，历时两个月，至曲阜祭孔子，登泰山，经天津回京。
