太子出奔到太原以后，想采用唐肃宗的办法自立为帝，扩廓帖木儿与孛兰奚等人不从，及奉诏还京师时，皇后奇氏传旨，令扩廓帖木儿以重兵护卫太子入城，想以此威胁皇帝禅位。扩廓帖木儿知道了皇后的想法，行至距京师15千米时便将军队解散，由是太子又怨恨起扩廓帖木儿。9月，扩廓至京师后，被任以中书左丞相，知枢密院事。闰10月，封扩廓帖木儿为河南王，遣他返还地方视师。当时，中原红巾军已被镇压下去，而江淮、川蜀一带都成为割据的势力。皇太子曾屡次请求出兵亲征，顺帝怕他掌管重兵后难以控制，便以扩廓代他出征。扩廓遂奉命总制关陕、晋冀、山东诸道以及迤南（云南普洱）等地军马，许以便宜从事。扩廓帖木儿开始掌握重兵，拥有实权。其官属之盛，等于朝廷。骤然之间，扩廓拥有如此巨大的权势，又引起了李思齐等人的不满。1367年，李思齐、张良弼、脱列伯等人私下会于含元殿，推举李思齐为盟主，共同抗拒扩廓帖木儿。张良弼首先拒命，孔兴、脱列伯等也都以功自恃，各自请求别为一军，不相统属。扩廓帖木儿见其联盟内部矛盾突起，力量分散，便派关保、虎林赤等人领兵西攻率先起兵拒命的张良弼，双方战于鹿台（河南淇县），在交战当中，李思齐前来与张良弼合兵，对扩廓更加具有威胁性，因此，扩廓不得不退居彰德，并打算向陕西用兵。这时，朝廷也开始怀疑扩廓帖木儿心有异志，遂于8月下诏皇太子总制天下军马，同时派人调解扩廓与李思齐、张良弼之间的矛盾，让扩廓帖木儿率军自潼关以东，肃清江淮一带的割据势力；命李思齐自凤翔以西，与侯伯颜达世一起进取川蜀；命少保秃鲁以及张良弼、孔兴、脱列伯等共取襄樊地区。诏书下后，扩廓拒不受命，既不分兵，也不交出兵权，皇太子无法行使权力，不能总制军马出征。于是貊高、关保等诸将又反叛扩廓。关保是察罕帖木儿的宿将，勇冠诸军，功劳最高。貊高则善于论兵，出谋划策，因此也特别受到察罕帖木儿的重视和信任。二人见扩廓帖木儿轻视朝廷，不遵朝命，有不臣之心，便列出他许多罪状，上奏于朝廷，并举兵攻讨。皇太子不能从扩廓那里得到皇权，就采用沙蓝达儿、帖林沙、伯颜帖木儿、李国凤等人的计策，设立抚军院，以此总制天下军马，而且首先是要专门防备扩廓帖木儿的进攻。10月，以貊高等人能倡行大义，赐其号为忠义功臣。下诏罢除扩廓帖木儿的兵权，任命他为太傅，中书左丞相，仍为河南王，以汝州作为他的食邑封地。并且还让他与其弟脱因帖木儿同居于河南府。以前从行扩廓的官属全部还朝。他所领帐前诸军交由白锁住、虎林赤统领。河南的兵力由李克彝统领；山东兵力由也速统领；山西兵力由沙蓝答儿统领；河北兵力由貊高统领。这样便剥夺了扩廓帖木儿所有统军的权力。扩廓闻讯后，仍是不肯交出兵权，退军还于泽州。顺帝又下令让秃鲁、李思齐、张良弼、孔兴、脱列伯等人率兵东向，讨伐扩廓。次年，朝廷命左丞孙景逸在太原建立分省，命关保领兵守御太原。扩廓帖木儿得知后，立即派兵据守太原，并将朝廷所置于太原的官吏全部杀掉，扩廓与朝廷已完全处于对抗的状态。这时，皇太子已命魏赛因不花与关保领兵会合李思齐、张良弼诸军夹攻泽州。接着朝廷又下诏令，削夺扩廓帖木儿的爵邑，命令诸军共同诛讨。局势于扩廓非常不利，他便率军退守平阳（山西临汾西南），关保领兵进据泽、潞二州，并与貊高兵会合。关保、貊高屡次请战，扩廓帖木儿也总是按兵不动，有时虽然出兵，也即刻返回。一日，扩廓侦察得知貊高分兵去攻掠祁县（属山西），便趁夜出兵袭击其军营，大败其部众。貊高、关保被擒。顺帝得知后，立即罢掉抚军院，而附于太子建议设置抚军院的帖木沙、伯颜帖木儿、李国风等人以误国之罪被诛杀。不久，扩廓帖木儿上书朝廷为自己辩护，朝廷无奈又下诏复其官爵。这时朱元璋的大明军队已经攻占了山东，河洛地区，中原也已不为元军所有。顺帝又急忙下诏命扩廓统兵南下。后来，前往山东守御的也速兵溃，扩廓也自平阳退回太原，不敢南下用兵了。朱元璋军队攻人太原之后，扩廓弃城而逃，率余部奔往甘肃，后来遂不知其所终。
由于元朝后期政治腐败，统治混乱，顺帝不理政事，太子又急于做皇帝，权臣擅权秉政，恣意妄为，将帅骄横不法，不遵朝命。朝廷威权下降，政局动荡不已。自1359年起，诸帅之间以及诸帅与朝廷之间的纷争与混乱一直持续不断。结果在你争我夺之中，不仅使军队长期处于分散，相互防御，相互攻杀的状态，内部力量遭到了严重的损伤，而且更为严重的是失去了宝贵的对外作战与防御的机会，南方政权有了一个充分发展的时机。元朝灭亡已经不可避免。
在元朝末年，继中原红巾军给元政府以直接的，沉重地打击之后，最后推翻元王朝统治的是朱元璋的军队。
朱元璋是濠州钟离（今安徽凤阳东）人。先世原是沛（今江苏沛县）人，后来辗转迁徙到濠州。朱元璋幼年时家境贫苦，17岁时，父母及哥哥相继病殁，竟无钱办丧事。朱元璋曾出家到皇觉寺为僧，经常行乞于合肥历光、固、汝、颖诸州。1352年2月，濠州定远土豪郭子兴响应刘福通起义之后，朱元璋也参加了郭子兴的起义队伍，任九夫长。由于朱元璋才略出众，在军队中不断立功，受到郭子兴的器重。1355年，红巾军大宋政权建立后，郭子兴立即率领所部归附于大宋政权。郭子兴病死后，小明王任命子兴之子郭天叙为都元帅，张天佑、朱元璋为副元帅，继续领导这支军队。由于起义军所控制的和州（安徽和县）严重缺粮，朱元璋遂率诸将渡江，攻克采石大镇，沿江诸垒望风迎附，进而攻占了太平（安徽当涂）。入城前，朱元璋先令李善长拟定告诫将士的榜文，张贴于城中大街小巷，入城之后，有些想剽掠的士卒看到榜文后，愕然不敢动，有一士卒违反了禁令，被杀示众，因而军纪严明，城中百姓安居乐业。朱元璋又召见了城中老儒李习、陶安等人谈论时事，陶安建议说：“如今四海鼎沸，豪杰并起，攻城屠邑，称雄立长，然而多数人的志向是为了子女玉帛，没有拨乱救民，安定天下之心。您率众渡江，神武不杀，以此顺天应人，吊民伐罪，这完全可以平定天下。”虽说陶安此言有奉承之意，但却说到了朱元璋的心坎里，为他指出了方向。朱元璋紧忙接着说：“我想攻取金陵（江苏南京），你看怎样？”陶安回答说：“金陵是帝王之都，以长江天险为限，如果占据这一有利之地，出兵四方，就能所向披靡，无所不克，这是天助您呀！”这时的朱元璋已开始抱有远大的理想。9月，朱元璋率军进攻集庆路（今江苏南京）。这时，被朱元璋俘获又释放了的方山寨民兵元帅陈野先又暗中与元南台御史大夫福寿相通，诱杀了都元帅郭天叙、右元帅张天佑，朱元璋遂为都元帅。其后，陈野先被乡民所杀。1356年3月，朱元璋的军队攻取了集庆路。遂改集庆路为应天府，置天兴、建康两翼统军大元帅，以廖永安为统军元帅，命赵忠为兴国翼元帅，守御太平。又得夏煜、孙炎、杨宪等十余人。其后，朱元璋就以应天府为根据地，分兵攻略镇江、金坛等地，势力逐渐壮大，成为起义军中一支劲旅。7月，朱元璋称吴国公，以御史台为府，设立江南行中书省，总领省事，下置官属。仍奉韩林儿的大宋政权为正统，以龙凤纪年，接受刘福通部红巾军的领导。9月，朱元璋至江淮府，先拜谒孔庙，然后遣儒士到各地告谕乡邑，劝耕农桑，筑城开堑，命总管徐忠置金山水寨，防遇南北之敌，又改江淮府为镇江府。
