汪伪政府垮台前，周佛海已在上海；8月16日匆匆赶回南京。伪政府宣布解散后，他又跑到了上海。
周佛海为何如此迷恋上海呢？原来，日本投降，他已被重庆国民党政府委任为上海行动总队总司令。有了这个头衔，他大张旗鼓地成立了总司令部，并向上海各界颁布命令，如：辖区内的部队不得擅自移动；各种集会未经司令部核准不得举行；人民仍需纳税，不得拒交等等。
当时的上海周围，已经有新四军游击队在活动，为了阻止中国共产党领导的人民武装力量对上海的接收，周佛海调集了上海地区的全部伪军，分守各个要点。他还利用投降的日军驻上海的部队为其防卫。
日军驻上海的部队是第十三师团，指挥官叫川本。周佛海跑到川本那里，告诉他重庆方面已下了命令，由周本人负责上海治安，请日本方面合作。川本当即表示，他完全执行天皇的无条件投降命令，保证在上海的日军不扰乱社会治安，全力支持上海行动总队。
有了日本人的支援，周佛海更放心了，居然命令伪军阮清部偷袭上海郊区七宝镇的新四军，打死打伤新四军官兵多名。
周佛海在伪政府垮台后，仍是不遗余力地维持“伪”统治，给重庆国民党政府抢夺地盘，其目的还是要向重庆方面邀功领赏，企图减轻自己的卖国罪恶。
也就在这个时候，戴笠来到上海。
戴笠一到上海，便通过杜月笙约周佛海见面。戴笠对周佛海说，蒋介石派他来上海的任务之一就是要保护周佛海，并对周佛海全家性命安全负责，决不会做无信义之事的！当时就把周佛海说得热泪盈眶。
此后，戴笠几乎每天都要同周佛海见面谈话。谈话地点多在周佛海家中，两人唧唧咕咕常常谈论很久。
到了9月，汪伪政权中的一些要人相继被抓入狱，身为汪伪政权二号人物的周佛海却无人来查询，这使得周佛海本人心中也七上八下忐忑不安起来，一方面，他觉得自己为蒋介石尽了不少力，老蒋不该再为难他；另一方面又担心最终难逃缉捕之列，脾气也变得异常古怪。
一天，汪伪要员之一的罗君强去周佛海处，周见到罗君强后突然嚷道：
“大家都去自首了，你为什么不去？”
罗君强被这突然一问弄得懵了，他看了看周佛海的脸色，转而说道：“人家那是盛大的招待宴会，我既然没有接到请贴，就不好意思自己送上门了。”
周佛海随后冷冷地说：“军统已经奉命对我们采取行动，许多人被拘捕了，地点是在南京火车站的看守所！”
罗君强沉默了一会儿，问道：“戴笠那边怎么个说法！”
周佛海懒洋洋地道：“等着政府的最后处置吧！”
就在这种提心吊胆坐卧不安中度过了数日，到了9月27日，戴笠过来告诉周佛海：
“蒋委员长要见你！”
被通知接见的还有罗君强、丁默村、杨惺华、马骥良等五人。
接见的地点是在千里之外的重庆。
周佛海得此通知后心情是复杂的。一方面他为能受到蒋介石的“接见”而高兴；另一方面也担心此去重庆凶多吉少。他心里没有底，便去了当时的“军事委员会委员长驻沪代表公署”主任蒋伯诚那里探询意见。这个蒋伯诚与周佛海私交很深，分析时局常常切中要害。
周佛海去了蒋伯诚家，提及即将飞渝之事，蒋伯诚听完之后，用手掌轻轻地拍着床沿，自言自语地连说了几个“妙”字！
周佛海被弄得一头雾水，问道：“蒋兄认为妙在何处？”
蒋伯诚却反问道：“你去重庆是否已下定决心？”
周佛海回答：“不曾！”
蒋伯诚轻轻地叹了口气，道：“兄还是自己拿定主意吧！我劝兄去渝不好，我劝兄留沪也不好，兄的前途总是要有凶险的！”
周佛海不再问什么了，起身告辞。
两天之后，1945年9月30日，周佛海一行由上海飞往重庆。
周佛海到达重庆后，就住在重庆磁器口杨家山戴笠家。
周佛海走后仅两天，戴笠又来到周佛海家，对周的妻子杨淑慧说周佛海一到重庆就旧病复发，已经住进医院。需要有家人前去照顾。
戴笠指名要周佛海的老婆及次子周之友及女佣前往重庆。
周佛海的老婆答应了，其次子周之友却不想去，说：“我不会照顾，我不去！”
戴笠和颜悦色地说道：“你不是很想去大后方看看吗？现在一块去不是很好吗？”
没料到周之友还是不领这份“情”，说：“我还是等局势稍稍稳定了再去吧！”
戴笠沉下了脸，说道：
“你知道，当我要什么人干什么事的时候，是没人敢说半个不字的！”
这番话足以能将在场的人吓瘫，却不料周之友依然不买帐，振振有辞地答道：“我不是你的部下，用不着执行你的命令！”
这个几乎是可以暗中控制一切的特务头子戴笠，岂容一个毛头小青年争辩，登时脸露凶相，说：“你不去？你今晚必须跟我走！”
一个不依，一个不饶，局面尖锐对峙着，直把在场的杨淑慧吓得哭起来。再三劝说倔犟的周之友。
周之友见此情景，知道最终斗不过戴笠，就说：
“去可以，不过第一我不和他们住在一起，第二我有行动自由。”
戴笠见周之友软了，便缓了口气，说：“好，我答应你这两个条件，但是你也得答应我两个条件。第一，不许你用现在这个名字，你得换名；第二，不许你去看你父亲在重庆的老朋友！”
这样，周之友当场就改了名，叫周祖逵。
次日的早晨，杨淑慧、周之友等人便坐上飞机去了重庆。
周佛海病是真的，住进医院也是真的，但他从未开口叫妻子儿子来重庆，当他与家人相见时，第一句就是：
“不是我叫你们来的！”
周佛海出院后，一家人便由杨家山搬到了白公馆软禁起来。
白公馆位于山腰，左有瀑布，右有高峰，前可远眺嘉陵江，风景秀丽。白公馆内有几十名宪兵和军官看守。无论是招待人员或是警卫，对周佛海一家都很谦恭，招待也非常周到，每餐都是六菜一汤以上。除了不许离开白公馆外，其它一切行动都很自由。
周佛海和另几个大汉奸在白公馆内的情绪各不相同。周佛海一到白公馆就沉默寡言，每天在二楼踱方步，并托管理人员买了英文书籍和字典，独自一人对照着读。
丁默村是老牌特务，他到白公馆不久就买通了一个警卫，通过这人与外面取得联系，要他的亲信联络他过去的部下，为其在蒋介石等人面前说情。
罗君强则整天捧着圣经默诵，后来他又托管理人员买来一些历史书籍阅读。
周佛海憋久了难受，就想找一些昔日的熟友聊一聊，他向戴笠提出，希望能同陈布雷见面，陈布雷是蒋介石的“文胆”。与其见见面并无不益，但戴笠不同意，说：“布雷因侍从室取消，近日心绪极不好；另外，陈果夫和陈立夫在高唱严办汉奸，如你和布雷接触亲密，对布雷兄也不利！”
周佛海心里明白，除了这些借口和因素外，戴笠也不愿别人插手他的事情。
1946年3月的一天，就在戴笠死前的日子里，也许是上天暗示，戴笠竟来白公馆与周佛海长谈了5个小时，戴笠反复安慰周佛海，请他安心，说：
“蒋先生对你的问题解决必有办法，估计到9月份可以落实，请相信蒋先生！”
戴笠还向周佛海保证，有他戴笠在，周佛海就不会遇到大麻烦。
这也许是他死前的彻底交心。不久他就离开了重庆，也永远地离开了周佛海。
戴笠之死，对周佛海等人来说毕竟是坏消息，周佛海当时是非常忧虑的，他的忧虑不是对戴笠的伤感，而是惊恐自身性命难保。
戴笠死后，军统局暂时由毛人凤负责。1946年7月1日，军统局撤销，改组成立了“国防部保密局”，由国防部第二厅厅长郑介民任局长，毛人凤任副局长。
郑介民和毛人凤论能力和本事都不如戴笠，与周佛海等汉奸的私交也不是很深。周佛海一伙对戴笠的继任者的评价也不高。
丁默村以特务眼光看特务，说：“他俩上任，对我们不利，毛是一个庸才，胆小怕事，指望他保护我们，我看是不可能的，要他在老头子面前为我们说几句好话，我看也是绝对不可能的！”
马骥良问：“那怎么办？”
罗君强苦笑一声道：“只有听天由命了！”
果然，这一伙汉奸的安逸生活很快结束了，到了8月，周佛海及几个同伙被送往南京。
戴笠保护周佛海，可以说他确实是在保护，虽不可能久安无事，但可以久拖不办，最后大事化小。而戴笠的继任者郑介民、毛人凤不再“保护”周佛海等人了，并非说明他们有什么正义感，只不过是当官从政的另一种方式：推！这也许是中国官场自古以来的为官之道。
郑介民和毛人凤对汉奸头目们采取的政策是：不论情节、不辨轻重，一起交给法院。
从1945年9月起，在全国人民的强烈要求下，国民党政府开始逮捕汉奸，陈公博、陈璧君等人相继入狱。但周佛海却被戴笠保护一直逍遥法外，因而引起了民众的愤慨。1946年1月3日，上海的《文汇报》登载了《周佛海怎么样了，我要为沦陷区同胞大哭》的文章。其文中明确指出：“试问罪大恶极的周佛海者，为什么至今仍没有发落？而且像他那样的人，难道还要调查犯罪证据？只要单看我们手头的一张一张的‘储备票’就可以指定他一百个死罪！政府不让他在上海法院受审，难道政府还如此痛惜这个败类的生命？解到重庆之后，今日不提，明日不讯，延宕再延宕，我们老百姓要问问政府究竟具有什么心肠？如果周佛海不立即明正典刑，那么中国根本无汉奸，中国根本无叛逆。我为我的沦陷区同胞大哭。”
在全国民众的要求和舆论的压力下，蒋介石不得不研究对策。8月29日，国民党政府司法部长在上海对记者发表讲话，声称周佛海等五人已被解往南京受审。
其实这时周佛海仍在重庆，直到9月15日，保密局才通知周佛海等人准备去南京。与当初戴笠诱骗他们来重庆一样，这一次也是诱骗他们，说去南京的原因是位于重庆市郊的军统局撤销，因此不能继续在此滞留，已在南京的乡下安置了住处。周佛海自己曾经要求把他们安置在江南乡间，现在这个要求可以满足了。
9月16日清晨，周佛海、丁默村、罗君强等人，离开重庆幽禁之地，乘汽车去了机场，随后登上中央航空公司的飞机，飞向了南京。
下午，飞机抵达南京明故宫机场，当周佛海走出机舱门口，见到的却是停机坪上，几十名军警分列两排站立，机场四周布满了岗哨，一派森严的气氛。见到此番景象，周佛海已经知晓自己回到南京的命运了，神情顿时颓丧起来。
他在机舱口呆若木鸡地站了一会儿，然后低头走下飞机，当他走向事先预备的警车旁时，被军警一把推进车内，随即汽车疾驰而去。
起初，周佛海尚不知驶向何处，当车经山西路广场，入新住宅区驶入宁海路时，周佛海心里顿时明白自己该住哪儿了！早已从报纸上看到军统局看守所设在宁海路19号，陈公博、梅思平等汉奸亦曾被关押在这里。
车抵宁海路19号后，周佛海等人被逐一询问登记，并搜查了身体，将所携带的物品全部搜去，然后把周佛海带往楼上的一间囚室，进去后门立即就锁闭了。周佛海扫视一眼这间小小的屋子，知道自己将以一名囚犯的身份面对他人了。
过了一周，周佛海等人被解往南京高等法院所属的南京老虎桥看守所。他与丁默村、罗君强一同关入忠字监4号囚室。至此，这位汪伪政权二号人物，历经“周转”，最终进入囚笼。
