全世界约有1 000多个芒品种，但尚无一个具有早熟、矮化、高产、稳产、优质和抗病虫能力强等多种优良性状的品种。现有的多数品种，只具有部分优良性状。长期以来，各国都在重视芒果的育种工作，都希望选育出一个具有多项优良性状的品种。20世纪初，印度和美国后开展了杂交育种工作，随后世界各芒果种植国也相继开展此项研究，但因为芒果是高度的杂合体，在进行品种间杂交时，选择亲本的盲目性大，而且杂交技术繁琐，耗工耗时，收效不大。尽管芒果育种工作存在着许多的困难，人工杂交、自然杂交、诱变育种、辐射育种和芽变选种仍是芒果选育种的主要途径。
一、芒果的遗传现象芒果栽培历史很长
但对芒果的遗传特性的研究还不多。据印度农业研究所通过对1 000多个品种的观察分析表明，芒果具有如下的遗传现象。
（1）矮化性、稳产性与早熟性，由隐性基因控制。
（2）稳产性和果实品质与亲本的稳产性和果实品质性状有密切关系。如印度农业研究所培育的2个优良杂种是由尼伦（即秋芒）和达谢里（椰香芒）正反交而得，发现2个杂种的果肉均显出了亲本的橙黄色，而颜色更深，这说明了重复基因的作用。两个杂种的β胡萝卜素和可溶性固形物都超过了亲本较高的一方，表明这是加性基因的作用或超亲分离现象。
（3）关于果实大小。在研究的800多个品种中，大多数果实均比亲本中果实较小的一方还小，但也有少数比亲本一方大的还大，说明加强基因起作用。假如杂种群体很大，就有希望获得大果型的杂种。
（4）关于果皮颜色。绿色和红色果皮品种杂交，其后代大多数具有不同程度的红色。看来，红色可能是由重复基因控制的显性状。但有少数呈绿色，可能其红色的亲本是杂合体。
（5）关于细菌性溃疡病。秋芒是个极易感染细菌性溃疡病的品种，用其作母本，几乎所有杂交后代都继承了这一不良性状。说明该性状具有细胞质遗传的特性。
（6）关于花器官畸形。此病威胁印度北方的芒果生产，而用它作亲本杂交将其抗性基因传给后代确没有成功。说明这不良性状是由隐性基因控制的。
二、选育种目标
种目标包括丰产稳产性、矮生性、抗性、耐贮性、商品性和早熟性或迟熟性。
（1）丰产稳产性：一般来说，花器官发育正常，两性花比例高的都是高产性状的表现，而稳产则与开花习性有关。国内外许多商业栽培的品种都较丰产，而稳产性则有较大的差异。要使芒丰产稳产，在选择主栽品种时要根据当地的气候条件，特别是开花期的天气状况而定。秋芒是印度选出的丰产稳产性都较好的品种，国内外育种工作者都很注重它这一性状，在进行杂交育种时以秋芒作亲本。丰产稳产性与劣质性状常呈显性反应，品种丰产稳产性较好，但品质差，其后代在获得高产性状时，也出现劣质的性状；而秋芒则丰产稳产，品质又好，其子代也获得这些好的性状。
（2）矮生性：选育矮化的芒果品种，可大幅度增加种植密度，提高劳动效率和土地利用率，而且利于修剪、病虫害防治和收获等管理措施。印度品种都具有矮生性状。
矮化性可以遗传，由隐性基因控制，矮生、稳产与早结果性状密切相关，有研究显示，枝条节间短，植株矮化品种，单位面积的产量高，另外，叶片气孔密度低的品种其植株比较矮。
（3）商品性：芒果的商品性包括食用品质优良和外观漂亮，不同用途的品种要求的商品性状不同。用作加工型的品种注重果肉坚实，水分较少，香味浓郁等，而用作鲜食的品种除要求肉质细嫩、纤维少至无、气味芳香、可食率、可溶性固形物等指标高外，还要求有良好的果形，吸引人的外观，光滑的果皮等。欧美市场更注重果实外观和形状，喜欢红色果皮和浓郁的香味。
在商品性的早期预测和遗传中，亲本的性状多传递给子代。如亲本果肉颜色和胡萝卜素的性状可以传递给子代；红色呈显性反应，绿色和红色果皮品种杂交，其后代大多数具有不同程度的红色；芒果花穗、小花与果实三者之间的颜色具有相关性存在，即穗轴与小花黄绿色，其成熟果皮呈黄绿色；穗轴与小花均呈粉红色的，成熟果皮呈红色。另外，叶片的气味与果实的气味有很大的相关性，等品种叶片有特殊的气味，其果实也有类似的气味。所以可以根据这些相关的性状预选优良后代，剔除不符合要求的杂种苗。
（4）抗性：也称抗逆性，即具有抵抗主要病虫害以及耐低温、耐干旱、耐风和耐涝等不良环境的能力。
1）抗病性和抗虫性：危害芒果最大的病害为炭疽病，它影响枝梢生长与开花结果，限制芒果的生产范围，也影响芒果的贮运和保鲜效果。世界各国的育种专家都注重抗病、抗虫性品种的培育。特别现在面临着无公害栽培，对抗病、抗虫性品种的选育显得尤为重要。爱文芒、台农1号、桂热82号、安宁红芒等对主要病虫害都有较强的自然抗性，在选育种工作中要特别注意这一性状的表现。
2）抗风性：芒果属于较抗风的树种，但挂果期及收果期遇到台风会导致产量和品质的下降及影响到第2年的结果情况，树体高大，枝繁叶茂的品种抗风性远不及矮生品种抗风。
三、实生选种
芒果是异花授粉果树，实生后代中易出现变异，特别是种子单胚类型的品种，其实生后代易形成品种间自然杂交，所以实生选种是选育芒果优良新品种的有效途径之一。目前国内外大多数品种由实生选种获得。美国的系列红芒基本都是实生选出。我国的主要商业栽培品种粤西1号，由吕宋芒实生选出，紫花芒由泰国芒实生培育，另外如文昌白玉芒、桂热10号、桂热82号、海豹芒、青皮芒，龙井大芒等品种也是从实生树中选出。有介绍将多胚品种与单胚品种按9∶1混种会获得良好的选种效果。
四、杂交育种
通过基因型不同的类型间配子的结合获得杂种，对杂种进行培育选择以获得新品种类型叫做杂交育种，是目前果树育种中最主要的途径方法。芒果的杂交主要在品种间进行，在杂交时，首先要按亲本的优良性状与遗传性状选定父母本，制订出杂交组合和有效方法，才能获得大量的杂种群体，从中选育出优良的杂交后代，但因为芒果的花粉极小，花粉散发和柱头接受时间短，而且容易受环境条件影响，所以杂交授粉工作比较困难，成效甚低。美国佛罗里达曾人工杂交12万朵花，只收到杂交果实仅47个。印度从事杂交育种工作70多年来，授粉约20万朵花，仅育成3个较有前途的杂交种。在杂交育种中，根据育种目标选择好亲本，而且注意亲本性状的遗传性及连锁关系是提高杂交育种成效的关键，现将国内外的杂交育种经验简介如下：
（1）用单胚品种作母本，多胚品种因合子胚不发育而不能获得杂交合子，所以多胚品种不宜作母本。
（2）因高产、稳产性和果实品质与亲本的稳产性和果实品质性状有密切关系，所以选择亲本时既要注意高产性，又要注意果实品质。
（3）雄蕊的成熟时期在上午9时以后，所以9～11时是杂交授粉的最佳时期。
（4）芒果的成果率很低，每个花序授粉花朵数不宜多，而应选择较多的花序来授粉。
（5）单胚品种花不孕的，所以这些品种作杂交亲本时更易于授粉操作。
杂交授粉方法包括套袋人工授粉法和网罩昆虫授粉法。
套袋人工授粉法是在选定亲本后，于母本树上每天选光照充足两性花多而健壮的花序，在授粉前1天选择花序中间发育饱满、第2天开放的两性花用镊子轻轻扒开花瓣，去掉雄蕊，一般1个花序上选择8～12朵两性花授粉，然后将花序上不用作授粉的已开和未开的花朵全部摘除，去雄后用纱布袋或尼龙网袋套住整个花序，次日上午9～11时，从父本树上采集健壮的，刚开裂的花药于干净的培养皿内，解开套袋，用干净毛笔将花药刷于母本柱头上或直接将有花粉的花药在母本花柱上轻擦几下，确定母本花柱上已粘父本花粉后，重新套袋。3～4天后将袋去除，随后检查授粉情况。
网罩昆虫授粉法则是选择白花不孕的品种作母本，将父本和母本树种在一起，开花时，用纱网将亲本树全部围住，隔绝外来昆虫，然后将新饲养的授粉昆虫（如苍蝇）放入网内，让其传粉，最后收集母本的种子育苗进行选择。这样可获得较多的杂种果实，简化了授粉工序。
五、引种
从国内外引进优良品种，经过试种观察、品比试验、生产试种，能适应本地区的生态条件，生育表现正常，品质产量符合要求，则可成为当地的优良新品种，然后再进行大面积的生产使用。我国目前推广的一些品种如秋芒、鸡蛋芒、红芒6号、爱文芒等品种都是引种试种的成功后推广的，引种也是一种有效的、能快速增加芒果种植品种结构的有效途径。
六、诱变育种
利用物理或化学方法，促进染色体倍数发生变化，染色体结构重新排列，或使基因发生突变，创造人为的芽变或多倍体，从而达到选育新品种的目的称为诱变育种。包括化学诱变和辐射诱变。从1966年国外发表第1篇芒果诱变育种研究初步结果到现在，还没有一个诱变育种获得优良品种，但获得大量有益的资料，如辐射诱变中射线的选择及辐射剂量的选择，化学诱变方面的有效剂量等。国外报道，用化学诱变可获得一些矮化、果肉硬、可溶性固形物含量较高以及甜酸适度等性状有希望的类型，但大多数突变都具有不良的性状。
七、芽变选种果树在复杂的自然环境条件下和长期栽培管理条件作用下，芽的分生组织细胞，常常产生与母细胞不相似的变异细胞，由变异芽产生的枝条或单株就是芽变，可从这个变异芽中选择合适的营养系，经繁殖培育出新品种。芒果育种中，利用枝条芽变育成新品种的例子不少，如广西农业大学从象牙22单株芽变选育出的串芒；从象牙26的实生树芽变选出的红象牙等品种，国外也有从芽变枝条中选育出优良品种的例子，所以，平时注意果园内各品种植株的变化，发现变异芽及时观察、记录、试验，有可能从中选出新的品种。
八、倍性育种芒果为二倍体
到目前为止，还未发现其他倍体的芒果。但可通过花药、胚乳或分生组织培养出单倍体，这将使人们更好地了解芒果的起源和遗传性状，并促进具有极大研究价值和应用价值的三倍体等多倍体的开发。研究的目的是要能培育出品质风味优异、抗病虫能力强的芒果多倍体品种。
