明朝末年，清朝政府忙于战争，无暇顾及黑龙江以北的领土。正在扩张领土的沙皇俄国，便乘机抢占了黑龙江以北的雅克萨，在那里筑了城堡，作为进一步入侵中国内地的跳板。他们四出掳掠，残害百姓，还向当地居民征收高额赋税，俨然成了这块土地真正的统治者。
黑龙江地区是当初女真人的发祥地，明成祖朱棣曾在黑龙江下游建立过地方政权。从黑龙江的上游，直到贝加尔湖，满蒙两族世世代代在这广大地区繁衍生息。现在，从遥远的乌拉尔山以西，来了沙皇侵略者，满蒙百姓遭受他们的压迫欺负，当然义愤填膺，盼望着有朝一日朝廷收回他们祖祖辈辈生活的土地。
到了康熙二十一年(公元1682年)，中国广大地区已经完全安定下来，康熙皇帝开始把注意力放到北方边界的安宁上来。他趁回东北祭祖的机会，派遣正白旗的都统郎谈和朋春，化装成猎人到雅克萨地区侦察，得知俄军在雅布萨筑了座木城，守兵并不多。清军如果从水陆两路出发，5天内就可以到达雅克萨城下，消灭这支入侵的军队。
康熙于是下令修造战船，准备军械，等一切都准备好之后，派人给雅克萨的俄军送去最后通牒，指出雅克萨历来是中国领土，不许外人染指，要俄军迅速从城中撤走。可是，俄军司令阿历克塞根本不把康熙的信当成一回事，连回信都不写。
康熙二十二年(公元1683年)，康熙终于下令攻占雅克萨。黑龙江将军萨布素率领15000名士兵，直逼雅克萨城下。萨布素在城南挖下两条深深的壕沟，用挖出来的泥土堆成土山，让士兵们站在土山上，向雅克萨城内放箭。俄军见清兵在城南进攻，就把军队集中到城南固守。
这时候，萨布素的炮队却悄悄地来到雅克萨的城北埋伏起来。他们看到俄军的城北空虚，立即开炮猛轰，打了俄军个措手不及。正当俄军首尾难顾，城中乱成一团的时候，萨布素又下令在木城下边堆起了柴草，眼见就要烧城。
俄军司令阿历克塞见大势已去，只得在城头竖起了白旗。雅克萨被攻克，萨布素按事前宣布的办法，把俄军驱逐出城。阿历克塞带着残兵败将，灰溜溜出城往西，投尼布楚而去。萨布素一声令下，一把火把雅克萨城堡烧为灰烬，然后撤兵回到黑龙江南岸。
到了康熙二十五年(公元1686年)，康熙接到黑龙江将军萨布素的报告，说俄军贼心不死，又派兵回到了雅克萨，筑起了新的城堡，再一次侵占中国的领土。对于俄军这种狂妄的行为，康熙大为震怒，立即下令萨布素整顿军马，打造船舰，第二次攻打雅克萨。
清军二攻雅克萨，已经是轻车熟路。萨布素痛恨俄军背信弃义，这次把雅克萨围得像铁桶一般。守城的俄军几次出击，都被打退，连俄军头目也被击毙。剩下的俄军，在清军火炮日夜轰击之下，只得躲进城中的地窖。没过多久，俄军伤的伤，病的病，只剩下150人。
眼见雅克萨就要被攻下，康熙却传下一道圣谕，下令萨布素撤围。原来，就在开始第二次进兵的时候，康熙皇帝考虑到应该与俄国沙皇谈判，平息边界争端，寻求北方边界的彻底解决方案。经过荷兰国的斡旋，沙皇答应在尼布楚与清朝谈判，要求在谈判之前，撤掉对雅克萨的包围。为了寻求长久的安宁，康熙满足了沙皇提出的要求。
康熙二十八年(公元1689年)，中俄两国的谈判代表各率相等的卫队，在尼布楚城开始了有史以来第一次正式谈判。康熙皇帝的使臣是内大臣索额图，俄罗斯的代表是费沃多罗，谈判地是尼布楚城外的一座帐篷里。
谈判一开始，俄国使者就蛮不讲理地指责中方侵略雅克萨，似乎雅布萨就是俄国沙皇的领地。中国的代表当然据理驳斥，拿出雅克萨历年来赋税的账册，证明早在俄军来到雅克萨之前很久，中国官员就在这里行使职权；俄军自己抢占中国领土，还要倒打一耙，实属无理之极。中国代表当场揭穿俄国的侵略目的，是要侵占尼布楚至雅克萨大片的中国领土。
谈判立即陷入了僵局。俄国使者一会儿胡搅蛮缠，一会儿用武力威胁，坚持要以黑龙江为界划分两国国土；清王朝的代表坚持以谈判地点尼布楚划分两国国界。几天谈判下来，没有一点儿结果。
其实，双方在谈判之前，都已经打好了算盘。俄国的代表有两种方案，尼布楚为界也是其中之一。但是，为了更多蚕食中国领土，于是胡搅蛮缠，提出更高要求。尽管费沃多罗表面上气壮如牛，心里却十分害怕谈判破裂。当时，俄国在跟土耳其的战争中一再失利，已经背不起东方战线这个沉重的包袱；尼布楚和雅克萨附近的百姓，也已经纷纷起兵，要求收复尼布楚，把俄军赶到贝加尔湖以西去。他只想多捞一点好处，回去好向沙皇请功。
中国的索额图也带着康熙皇帝的几套方案，其中最大的让步条件，是以额尔古纳河为界。康熙皇帝也有麻烦，中国西北部的噶尔丹部，正在俄国的调唆下发动叛乱，如果能把黑龙江流域的战争平息下来，康熙就可以腾出手来，解决更重要的西北边境的麻烦。正因为如此，康熙才下决心以土地换取边界安宁。
中国的这一方针，被当时担任翻译的法国传教士革比勒、葡萄牙人佩雷拉统统泄漏给了俄国代表费沃多罗。费沃多罗打听到额尔古纳河以西是块肥沃的地区，还有银矿和盐湖，觉得有利可图，便一直等待中国代表提出这一建议。
谈判断断续续进行了好几天。在进行了一系列讨价还价之后，索额图终于让步，把国界线划定在额尔古纳河、格尔必齐河以及外兴安岭一线。费沃多罗当即同意了这个方案，保证从国界线以南撤出全部俄军，拆毁雅克萨城，把土地还给中国。
这年的九月七日，《尼布楚条约》正式签字。这是中俄两国签订的第一个条约。虽然为了边界的和平，康熙皇帝把贝加尔湖以东的一大块土地让给了俄国，但却保全了黑龙江流域的主权。黑龙江和乌苏里江成为中国的内河，外兴安岭以南直至海边，都是中国的领土。谈判签订的条约基本上还是平等的，给清朝政府带来了150年的和平，直到100多年之后，清朝政府腐败不堪，才丢失了黑龙江以北的广大领土。
