彼时，默克尔刚刚走马上任，担任基民盟总书记。尽管经历了联邦选举的惨败，但基民盟在各个地方的选举突然抬头。黑森州、萨尔州、萨克森州、图林根州都实现了基民盟独立执政或联合自民党执政，就连1994年只有18.7%支持率的勃兰登堡州都仿佛嗑药般一下子上升到26.5%。好成绩意味着总书记的工作得到了认可，她本人在公众中的形象也越来越优秀。
就在这么一片大好的形势下，政治献金案爆发了，基民盟在群众中的形象、声望一落千丈。默克尔作为基民盟的一员，实际与基民盟属于一损俱损一荣俱荣的关系。因此，如何将基民盟从这个黑色泥沼中拉出来才是她考虑的重点。不过，说她没有考虑自己的利益得失也是不恰当的。这篇文章的写作时间、发表方式，以及这篇文章可能带来的后果，默克尔都提前做出了预料，唯一的意外要算不曾想到科尔和朔伊布勒的关系会断得如此彻底。
这篇文章的写作时间很好估计，就在政治献金案爆出后不久。1999年12月默克尔联系了《法兰克福汇报》的主编，表示自己可以发表一篇关于献金案的署名文章，电话结束后她就将这篇文章发了过去。由此可见，默克尔在献金案刚爆发之时就已经在为自己打算了。
但是朔伊布勒对此完全不知道。并且彼时，朔伊布勒接受施莱伯10万马克献金的事件也还没有被暴露出来。伴随着政治献金案这个雪球越滚越大，这篇文章产生的影响也越来越大。
对朔伊布勒的表态，科尔则完全不信。在科尔看来，党总书记发表如此重要的文件，党主席却不知道简直就是天方夜谭。随着政治献金案的进一步扩大，两个人的关系越来越差，不断相互抨击，一开始还带着理智，可是到最后整个德国政坛都感觉到两个人之间的斗争毫无道理，完全是在情感冲动下的争斗行为。
科尔认为自己必须维护作为“德国统一总理”的历史地位，尽管他犯了错误，但是这并不能抹杀他巨大的历史功绩。他要为自己的荣誉而战。朔伊布勒之所以憎恨科尔则主要是因为施莱伯，施莱伯不止一次表明要将朔伊布勒拖下水。他声明要说出所有政治献金案的细节，针对朔伊布勒发起攻击，要让朔伊布勒再也抬不起头来。朔伊布勒认为，在这件案子里他始终都位于科尔之下，忽略第一人物而去针对他，这完全就是那两个人的阴谋。
科尔和朔伊布勒的斗争从政治领域开始，不断延伸。当科尔听闻朔伊布勒将出书细说当时献金案的种种细节时，他也不甘落后迅速出版了《赫尔穆特·科尔——我的日记：1998—2000年》。但据熟悉科尔的记者表示，科尔本人根本没有记日记的习惯。
随着斗争的不断升级，人们很难回想起当初科尔和朔伊布勒亲密无间的样子。媒体曾经将他们形容为“最亲密的朋友”，可而今的两人势同水火，所谓的友谊彻底破裂。朔伊布勒于1998年抨击科尔的事还不曾带来如此大的影响，默克尔靠着一篇文章就达到了这样的效果。
默克尔此时的位置，用鹬蚌相争渔翁得利来形容可谓最好不过了。随着朔伊布勒接受政治献金的事件曝光，他再也无法担任基民盟主席的职位。2000年2月，他引咎辞职，临走之际说：“此时的基民盟正处在最危险的时期。”事实也的确如此，来自党内党外的种种矛盾，加上舆论的渲染，政党间的斗争，民众的不信任，党内可能面临的分裂，都让每一个基民盟党成员陷入了严重的危机感之中。
默克尔始终保持着她的立场。在这么重要的时期，她既没有站到科尔那边，也没有站到朔伊布勒那边，而是始终坚持着自己的看法，不被任何人左右，颇有些独善其身的意味，正是这种坚定的不从属、不被左右的立场让她一下子赢得了大量的支持。在召开的地区联席会议对基民盟党主席的重新选举上，大量党员一致推举默克尔，再也没有人可以阻止她的步伐。但是对议会党团主席，即基民盟、基社盟的联盟党在国家议会中的主席一职，许多人并不看好默克尔，最终选举结果由迈尔茨担任。
客观来说，默克尔能够当上基民盟党主席就已经是非常大的跨越了，她巧妙利用混乱中带来的机会，迈开了自己的步伐。后来，默克尔在接受采访时也表示，当时的确是最好的时机，因为人们正处于情绪波动最厉害的时候，一旦时间久了，人们的情绪慢慢平静下来，就不会做出这样的选择了。
“政治养父”科尔
不管是对德国还是对默克尔来说，科尔都是一个不得不提的人物。他从默克尔担任联邦部长开始就对她非常关照，从“科尔的小姑娘”这个社会媒体对默克尔的称呼中就足以看出科尔对默克尔政治生涯的重要影响。但是，从科尔政治献金事件爆发开始，两人的友谊就不再如前。
随着科尔离开政坛的时间越来越久，他的老一代支持者们就越发想念他，政治献金带来的影响也已经慢慢减弱。面对这样的党内情绪，默克尔很难想出应对之策。自从默克尔在《法兰克福汇报》上发表文章之后，两人的关系就骤然降温，再没有任何交流。
2000年11月，《赫尔穆特·科尔——我的日记：1998—2000年》出版，他希望通过这本书对那些自己遭遇的不公平诋毁进行辩驳，其中的关键是回应朔伊布勒在《人生》中的辩解。在《我的日记》里，科尔完全没有提到默克尔，他通过这种忽视来表达自己对默克尔的不满。在2000年4月的埃森党代会上，在无法回避的情况下，他用“没有其他任何一个人的竞争，默克尔得到了95%以上的选票，顺利成为第一位女主席”这样的一句话将之带过。
可是，一旦涉及与朔伊布勒的分歧和矛盾时，科尔的情绪就会变得特别激动。“作为党主席和议会党团主席，朔伊布勒之所以失败完全不是因为我和他的政治权力斗争，这样的结论是完全错误分析的结果。”科尔甚至公开表示：“我完全没有参与任何政治阴谋。”由此可见，科尔之所以出版这本书，是为了讨好默克尔。他想要重新恢复名誉，这个过程少不了默克尔的帮助。事实上，尽管科尔已经回到党内，名誉的缺失让他在出席各种活动时显得尴尬不已，他迫切想要恢复自己的名誉。而最好的方法就是重新成为基民盟的名誉主席，但若没有默克尔的首肯，这就完全不可能实现，而若默克尔对此横加阻拦，他们两人之间的关系就更不可能恢复了。
在科尔的亲信，基民盟不莱梅州主席诺依曼60周岁的生日活动上，长期的坚冰可以说迎来了第一次解冻的机会。科尔和默克尔在一间小屋里进行了秘密会谈，其后他俩通过几次电话。但是默克尔显然没有认识到这件事的重要性，也根本没有萌生任何恢复科尔荣誉的想法，与此相反，她越来越觉得这样的联系成了负担。科尔也感受到了这一点。此后，科尔不再对借助默克尔的帮助重新获得名誉抱有希望，尤其是他不再指望能再次当上基民盟的名誉主席了。
德国的历史继续前行，科尔继续被忽略。经过党内和议会的不断协商，科尔终于有了两次发表公共演讲的机会。其中一次是正式纪念德国统一10周年的大会，该大会在萨克森州举行，但是州长没有邀请科尔。为了应付党内对科尔的呼声，默克尔不得不重新安排科尔在2001年10月1日参加柏林的一场活动。但当时科尔已经参加阿登纳基金会9月27、28日在柏林举行的大型庆祝活动，也已经作了德国统一与欧洲联合关系的报告。因此，当时默克尔做出这样的决定，可以说是完全被迫的。
由于这件事在党内的影响并不好，因此当时基民盟总书记波伦茨不得不重新申明，默克尔在基民盟的地位和重要性并不会因为科尔参加活动而受到影响，但若是认为科尔和基民盟已经重修旧好，那也是不正确的。
2002年6月17日，两年之后，科尔才再次站在基民盟党代会上。当天正好是东德爆发反抗苏联的工人运动的纪念日。他的演讲题目即为《从1953年6月17日到2000年6月17日——从人民起义到欧洲联合》。
面对自己一手提拔起来的默克尔，科尔怀揣着强烈的不满，但是他不会在公开场合将这种情绪表现出来，只在自己的亲信面前才对其表示蔑视。尽管这份怨恨可能永远留存在科尔心中，但是实际上，真正能够让一个人垮掉的，只有他自己。
尽管人们普遍认为，默克尔能够走到如今的位置，科尔在其中起了非常大的作用，但是默克尔本人不这么看。“在很多层面上，我的确从科尔那儿学到了很多，也确实对他抱有感激之情。但是‘感谢’这个词，我认为用在这里不太恰当。因为从另一个方面来说，没有任何成绩的取得不是靠自身的付出，没人会平白给你任何东西。”这是默克尔在被问到是否应该感谢科尔时做出的回答。
2000年，由于政治献金的影响，科尔不得不辞去基民盟名誉主席的职务。
在处理科尔政治献金事件时，当时具有一定影响力的联邦议员博霍莱克在2000年提到，自己被要求“完全依据事实去处理事件”，这里不仅仅是指黑账和黑钱，还包括科尔领导之下的政治体系问题和科尔事件给基民盟带来的政治后果。《法兰克福汇报》的冈特·诺恩马赫也说道：“政治家除了遵守法律的要求，还必须遵守自己的操守德行，必须有自己的道德标准。”这样的批评直到2005年默克尔上台时仍在持续，党内时不时有人提出要求算总账。
2000年8月，基民盟内部党人要求科尔回到基民盟的声音越来越大，默克尔如此回应道：“科尔，就好像阿登纳一样，永远都是基民盟的人。但是现在的我们——默克尔和迈尔茨——比起他，是全新的一代人，我们向作为前辈的他请教问题是一定的，但是未来党的发展不能够再掌握在老一代人手里。曾经的时代已经过去，我们新一代要创造属于我们自己的未来。”
在权力争夺战中，过人的记忆力是科尔的天赋。接受采访时，默克尔当初说的话显然已在他的脑海里扎根。
随着对政治献金丑闻的进一步挖掘和深入，科尔再次成为事件的焦点。而此时在公众看来，不管是作为政治家还是作为一个人，他都已经彻底失败了。他已经和比他年轻25岁的新一代领导人以及她的班子方枘圆凿了。
2005年4月，阿登纳基金会安排举办了科尔75岁生日的大型庆祝会。在这个基金会中，主席是先后曾担任莱法州和图林根州州长的福格尔，理事会中则有好几个科尔以前的亲信，比如原来总理府部长普法伊福尔，原德国工商大会干事长、财务主管弗朗茨·朔泽等。但在庆祝会里，人们都笑称科尔是这个与基民盟关系相近的基金会的“秘密主席”。在实际交往之中，由于福格尔是科尔执政时期的莱法州州长，因此福格尔至今仍保留着当时对待科尔的习惯和态度，每次对待他，都像是下级对待上级。鉴于如此深厚的关系根植于阿登纳基金会中，默克尔若试图影响这个基金会，恐怕会遇到许多麻烦。但是她非常清楚，科尔不可能再在德国政坛上发挥作用了。
混乱中的温馨生活
1999年1月2日，《法兰克福汇报》在一个平常很少有人会注意到的只占据了20平方厘米的小广告里，刊登出这样一则消息：我们结婚了。安格拉·默克尔，约阿希姆·绍尔，柏林，1998年12月。
就在基民盟科尔政治献金案吸引了全德国的目光之时，默克尔迎来了自己悄无声息的第二次婚姻。但是在结婚之前，她就已经与自己的丈夫未婚同居了10年，结婚对默克尔来说不过是个形式上的东西。但是在这一时期做出这样的决定，可见当时的混乱丝毫没有影响默克尔。
约阿希姆·绍尔，1949年出生于萨克森州，进入洪堡大学就读，取得化学硕士学位之后于该大学从事科研工作，先后获得博士学位、教授资格。绍尔与默克尔一样，曾经结过一次婚，前妻是他的同学，婚后两人育有两个孩子，1985年绍尔与其离异。
1981年绍尔与默克尔相识。1986年默克尔在完成自己的博士论文时，得到了绍尔的许多帮助。1989年，当东柏林举行集会时，绍尔曾与默克尔共进晚餐；1990年，绍尔前往美国加利福尼亚的一家化工公司担任职务，默克尔也曾去探望过他。
绍尔具备非常出众的科研、分析、演说才能。他是理论化学研究领域的专家，负责过许多专业科研项目，对物理、化学的专业领域比如量子力学、量子化学等的研究都非常出众。据德国理论化学家莱因哈特·阿尔瑞希斯说，世界上最顶尖的前30位理论化学家排行榜中，绝对有绍尔的一席之地。不仅如此，绍尔还曾凭借自己出色的演说能力成功为洪堡大学拿到450万马克的科研经费。1994年，德国科学研究会计算机委员会将他收入囊中。
绍尔是一个完完全全的科学工作者，但若说他对政治不了解那也是不合适的。作为出色的科学家，深刻的洞察力、分析力都是必备之物，他对默克尔的政治起到的作用远远比外界想象的大。默克尔自己也承认了这一点。
