从治理理论的视角看，乡村生态环境污染的治理需要遵循多中心治理及合作原则，即乡村生态环境污染的治理不仅仅依靠政府这一核心主体，还应充分发挥企业、环境NGO和乡村居民等主体的作用，使它们以主人翁的姿态参与乡村生态环境污染治理。政府要采用协商、建立伙伴关系、确立共同的目标等方式，与这些主体一起实施对乡村生态环境的管理。为此，在当前和今后一段时期内，应着重做好如下几方面的工作：
（一）实施环保“三下乡”，构筑城乡一体、上下联动的环境管理格局
我国乡村数量虽然庞大，但由于长期存在“城乡分治、城乡分策”体制，城乡一体化发展理念缺失，城乡统筹规划缺位，乡村生态环境的管理一直处于边缘化境地。近几年来，地方各级政府在推进新农村建设中采取了不少环境治理措施，但工作进度赶不上环境污染的速度。目前，在一些地方出现了城市污染行业向乡村地区转移的现象。因此，环保“三下乡”应尽快实施，以便构筑城乡一体、上下联动的环境管理格局。
1.环保宣传教育下乡
近年来许多环保意识调查报告显示，我国广大乡村居民的环保意识不强。思想是行动的先导。由于环保理念的缺失，乡村居民缺乏参与环保的积极性和主动性，放任乡村生态环境污染的滋生和蔓延。这与环保宣传教育重城市、轻农村不无关系，加强对乡村居民的环保宣传教育也是今后工作的重点之一。在宣传方面，应充分利用现代传媒，用群众喜闻乐见的方式，用大众化的语言，向广大群众宣传普及环境科学知识、环保法、可持续发展理论与实践知识等，使乡村居民树立环境道德观、人与自然和谐的科学发展观，逐步革除生活陋习，自觉地把环境保护、生态建设视为自身应尽的责任和义务；充分利用现有的各种绿色纪念日开展环保宣传，唤起人们的环保意识和责任意识。在教育方面，对学生进行环境教育，不仅要在课堂上传授有关环保知识，还应鼓励并带领学生走出课堂，到自然环境和社会环境中去体会环保的重要性。通过加强环保观和环保行为的教育，把学生培养成言行一致、对环境负责的人。对成人的教育，除了开展环境价值和环境警示教育外，还要重视讲解环境污染的危害性，让民众了解他们所拥有的环境权益及如何维护自身环境权益，使他们积极主动地接受科学指导，合理施用化肥、农药，或摒弃化肥、农药，发展有机生态农业，树立绿色生产理念，从根源上解决农业面源污染问题。
2.环保基础设施下乡
长期以来，我国的环保基础设施主要服务于城市。随着乡村生态环境污染的日益严重，乡村环保基础设施的规划和建设必须纳入城市的整体规划和建设中，使环保基础设施亦服务于乡村。2007年10月颁布的《中华人民共和国城乡规划法》第二十九条规定：城市的建设应当优先安排基础设施以及公共服务设施的建设，统筹兼顾周边农村经济社会发展、村民生产与生活的需要；镇的建设应当优先安排供水、排水等基础设施和公共服务设施的建设，为周边农村提供服务。第四条规定：制定和实施城乡规划，应当遵循城乡统筹、合理布局、节约土地、集约发展和先规划后建设的原则，改善生态环境，防止污染或其他公害。根据上述规定，乡村的环保基础设施，如污水处理设施和垃圾处理设施等，应因地制宜、合理布局，构建区域间环境基础设施共建共享的机制，打破现行行政区划的界限与制约，从社会环境系统和生态经济角度出发协调管理，实现对城市和乡村生态环境的区域性管理。
3.环保执法下乡
据调查，目前乡镇政府对于乡村环境的管理负有直接责任，但没有相应的环境行政执法权。一旦遇到污染和破坏环境的事件，乡镇政府只能劝说当事人停止污染或破坏，并向上级汇报，而无权采取处罚、强制等措施。这种责权不对称的工作格局亟待改变。应按照合法合理、权责一致、高效便民的原则，加强乡镇环境行政执法监管，着力解决乡镇环境行政执法权责不明、执法缺位等问题。可考虑在不增机构、不增编制、不增人员、不增加财政负担的前提下，积极探索委托执法、联合执法的路子。委托执法就是在区（县）行政执法机关限定的委托执法范围内，乡镇政府行使相应的行政执法权。委托方和受托方应就达成一致协议的具体委托事项、权限签订书面委托协议并向社会公告。委托方对受托方的行政执法行为负有监督责任，并对该行为的后果承担法律责任。受托的乡镇政府超越委托权限和范围行使行政执法权而产生的法律后果，由乡镇政府承担。联合执法就是通过健全执法信息共享、执法联席会议、案件首部移送管辖、案件首问首接负责等制度，建立起分工明确、责任到位、优势互补的执法联动保障体系，形成城乡一体、上下结合的乡村执法格局，逐步解决区县行政执法机关与乡镇政府之间存在的权责不一、协调不够、效率低下、监管缺位等问题，共同保护乡村居民合法环境权益，维护乡村和谐稳定。
（二）建立健全公众参与环境管理的机制
公众参与环境管理是指公民个人以及公共或私人组织通过一定的途径和程序参与环境决策、环境执法、环境监督等方面的活动。鼓励公众参与环境管理，追求更加具有可持续性和参与性的发展是当今国际社会政策导向的一个主题。在很多国家，公众参与环境管理的范围、程序、形式和法律保障已日臻完善。在我国，公众参与环境管理尚存在不少问题，主要表现为：从参与保障看，法律法规原则性规定多，程序性规定少。从参与组织看，政府组织多，非政府组织少。从参与内容看，参与宣传教育多，参与决策少。从参与过程看，事后监督多，事前参与少。从参与效果看，流于形式的多，有实质性效果的少。因此，有必要借鉴发达国家的经验，采取措施建立健全我国有公众参与环境管理的机制。
1.建立健全环境决策参与机制
环境决策是环境管理的首要环节，环境决策的成败影响环境管理的全局。为减少环境决策的失败，保证环境决策过程的公平性，提高环境决策的执行效率，应鼓励更多的主体参与到环境决策中，特别是那些最容易受环境恶化影响的边缘化群体，包括紧紧依赖自然生态环境而生存的乡村社区。在英国，1985年的《地方政府法》和1990年的《城镇和乡村规划法》规定公众有咨询和参与环境事务决策的法定权利，如果需要，以当地公众咨询的形式展开。1997年工党上台以后，把公民陪审团、兴趣群体、民意测验等作为咨询机制，以及通过常设的公民专题讨论小组和论坛等形式促使公众参与决策过程。我国地方各级政府在制定当地环境政策、环保规划以及地方环境立法时，除涉及国家机密外，必须公开征求公众的意见，并予以回应。征求意见的形式可以吸纳国外的有益做法。《中华人民共和国立法法》第三十四条和第五十八条规定，列入常务委员会会议议程的法律和行政法规在起草过程中，应当广泛听取有关机关、组织和公民的意见。听取意见可以采取座谈会、论证会、听证会等形式。在《中华人民共和国立法法》中规定的这些形式应有其他的规定将其进一步细化，防止听取意见“走过场”。2004年重庆市政府制定了《重庆市行政决策听证暂行办法》，对听证事项、听证机关、听证人员、听证程序等进行了规定，这种做法值得效仿。
2.建立健全环境执法参与机制
在我国，环境执法的行政主体主要是环保部门。目前，公众参与环境执法的范围还相当狭窄。1996年制定的《中华人民共和国环境噪声污染防治法》中有“在环境影响报告书中，应当有该建设项目所在地单位和居民的意见”的规定。2002年10月通过并于2003年9月起正式实行的《中华人民共和国环境影响评价法》第二十一条对公众参与进行了更为具体的规定，使得公众参与建设项目环评形成了一种制度。为推进和规范环境影响评价活动中的公众参与，2006年2月国家环保总局制定了《环境影响评价公众参与暂行办法》，对公众参与的一般要求和参与的组织形式进行了较为详细的规定。至此，公众参与环评的机制得到了加强。从现有的法律规定来看，公众参与环境执法的范围有待进一步拓宽，今后，应对污染治理项目竣工验收办法进行改革，积极引进“政府组织、专家评议、公众参与”制度，保障公众的环境执法参与权。另外，公众参与的方式和程序有待进一步具体化，谨防论证会、听证会等变成“吹风会”。
3.建立健全环境监督参与机制
我国目前实施环境监督的行政主体也是环保部门，其他行政部门予以协助。1989年制定的《中华人民共和国环境保护法》第六条规定：一切单位和个人都有保护环境的义务，并有权对污染和破坏环境的单位和个人进行检举和控告。公众参与环境监督的内容主要涉及向环保部门检举和控告污染、破坏环境的单位与个人，对政府和环保部门落实环境政策法规的情况、开展民主科学决策的情况、依法行使权力的情况等进行监督。因此，公众参与环境监督有助于环境监督部门更好地履行其法定职责，促进其民主行政、科学行政和高效行政。公众参与环境监督的主体及方式有：社会团体和群众组织，其监督方式主要是提出要求和建议、反映情况、举报。公民个人，其监督方式主要是询问、批评、建议、检举、申诉、控告。媒体单位，其监督方式有新闻发布、新闻调查、市民热线、新闻评论、政策分析、群众来信、民意测验等。
4.建立健全环境信息公开机制
环境信息公开是公众参与环境决策、环境执法和环境监督的前提与基础。可以说，没有信息，公众的参与就是无效的。英国1992年颁布的《环境信息条例》明确规定，除了某些例外，任何想获取环境信息的个人都有权利从知情的政府部门获得环境信息。1999年英国又颁布《信息自由法案》。该法案使公众获取环境信息的渠道更加广泛，环境社团和当地社区可以利用这些信息来对不同层级的政府环境决策提出自己的看法和建议。环境信息公开主要由两部分构成：
（1）政府环境信息公开。指环保部门在履行环保职责过程中制作或者获取的，以一定形式记录、保存的信息的公开。2007年1月国务院发布的《政府信息公开条例》对政府信息公开的范围、公开的方式和程序等进行了规定。其中第十条和第十五条规定，县级以上各级政府及其部门应当重点公开“环境保护、公共卫生的监督检查情况”等政府信息，“行政机关应当将主动公开的政府信息，通过政府公报、政府网站、新闻发布会以及报刊、广播、电视等便于公众知晓的方式公开”。为推进和规范政府环保部门公开环境信息，2007年2月经国家环保总局通过的《环境信息公开办法（试行）》（2008年5月施行）对政府环境信息公开的内容和范围进行了较为具体的规定，主要涉及环保规划、环境质量状况、环境统计信息、环境调查信息、公众对环境问题的投诉案件及处理结果等。
（2）企业环境信息公开，指企业以一定形式记录、保存的，与企业经营活动产生的环境影响和企业环境行为有关的信息公开。企业环境信息公开的内容和范围主要包括：企业环境保护方针及年度环境保护目标和成效；企业年度资源消耗总量；企业环保投资和环境技术开发情况；企业排放污染物种类、数量、浓度和去向；企业环保设施的建设和运行情况；企业在生产过程中产生的废物的处理、处置情况，废弃产品的回收、综合利用情况；企业履行社会责任的情况，等等。企业环境信息的公开可以通过媒体、互联网等方式，或者通过公布企业年度环境报告的形式向社会公开。
（三）增进政府与企业的沟通，加强合作
在发达国家，政府与企业往往是一种伙伴关系，主要表现为：政府在制定与企业相关的环境政策和可持续发展政策时，不是简单地发布行政命令，而是与企业认真协商后再出台政策，或与企业签订协议，为使企业达到环境政策的目标要求，政府提供相配套的技术支持和帮助，这种做法值得借鉴。
在我国，要使政府与企业建立起这种伙伴关系，首先，政府与企业双方必须转变观念。就政府而言，政府要认识到企业既是污染的制造者，又是社会财富的创造者，同时是污染的受害者；企业既是政府的管理对象，也是政府的服务对象。就企业而言，企业要认识到政府既是服务者，也是管制者；企业既是经济组织，也是社会组织，要承担一定的社会责任。这就是说，政府与企业的关系并不是对立的关系。其次，发挥行业协会的作用。行业协会是从事相同性质经济活动的经济组织，为维护共同的合法经济利益而自愿组织的非营利性社会团体。其在增进政府与会员企业相互了解的过程中起着纽带作用。最后，政府要转变职能，从管制转向服务，学会在服务中实施管理，在管理中体现服务。政府在制定涉及企业利益的地方性法规、政府规章、公共政策、行政措施、行业发展规划时，应当听取相关行业协会和企业的意见。新的环境政策法规出台后，政府要及时向企业提供与之配套的技术指导和相关信息，建立政府投入与市场化相结合的服务机制，为企业达到新规定的要求提供咨询和技术服务。政府的各项政策在保证环境要求的前提下，要尽可能使企业治理污染的投入能够获得更大的经济效益，政府可以对通过技术更新改造达到治理污染目标的企业提供各种优惠措施，如补贴、减免税收等，以激励企业开展环境技术创新。
（四）强化区域间政府合作，协同解决跨界污染问题
跨界污染是由于行政区域划分与环境治理不匹配引起的。为有效治理污染，解决跨界污染引起的纠纷，应选择制度成本最低、收益最大的路径，而强化区域间政府合作正是最佳的路径选择。行政区之间的政府环境合作是可行的，理由是：环保是我国的基本政策，为公众提供清洁、健康的环境是政府的一项重要职能，目前跨界污染纠纷频发，这是促使区域合作的外部压力；有效治理跨界污染需要多方参与，只有多方合作，才能实现共赢，这是开展环境合作的利益驱动力；环境合作有利于平衡各地的经济竞争与化解环境保护的矛盾。
为使区域间政府能有效开展环境合作，解决跨界污染问题，各方应在自愿基础上达成区域环境合作框架协议。以跨行政区河流交界断面水质保护为例，其合作框架协议的具体内容应包括：地方各级政府对本辖区的环境质量负责，采取措施确保交界断面水质达标，落实政府主要领导任期环境目标责任制，保证区域环境污染防治和生态保护目标的实现；跨界相关市县以及环保、水利等相关部门共享环境监测信息，实行边界水质监测结果公示制度，每月在主要媒体上予以公布；重大建设项目实行联合审批制度，凡设立日排放废水量1000吨以上的建设项目，须由流域各地环保局进行联合审批；明确上游政府有保证其行政区交界断面的水质达标的责任；限制发展污染型企业、劳动密集型企业，从政策上扶持发展污染少的产业，并实行合理的经济补偿政策；因上游来水不达标而导致下游政府治理责任加重的，下游政府可以向与之交界的上游政府要求环境资源经济补偿，造成污染危害的，可以要求停止侵害、消除危害和赔偿损失等。当然，要使各方遵守协议，还要有法律做后盾。
（五）促进环保非政府组织的健康发展
《2008中国环保民间组织发展状况报告》指出，2005年后，环保民间组织在影响政府环境政策、监督政府更好地履行环保职责、从事环境宣传教育、推动公众参与等方面都起到了积极的作用，成为政府环境保护工作的有益补充。调查显示，58.6%的环保民间组织参与了节能减排工作，包括研发和推广节能减排的环保产品、向公众开展宣传教育等；11%的环保民间组织参加了环境维权工作，监督企业履行社会责任。目前，在一些地方活跃着一批乡村环保非政府组织，如江苏省姜堰市一些乡镇自2007年以来相继成立了环保非政府组织，这些活跃在乡间的环保非政府组织已经积极行动起来，在监督企业守法排污、调处农民举报投诉、组织面对面对话等方面发挥了积极作用，成为环保部门延伸到乡村监管的得力助手。但作为草根组织，我国环境NGO数量和规模都非常有限，其发展还普遍处在政策瓶颈和自身能力缺陷的夹缝中。因此，政府必须支持和促进环境NGO的健康发展。
1.规范管理环境NGO
政府应改革当前对环境NGO实行的业务主管部门加登记主管部门双重管理的体制，消除政社不分及双重管理的弊端，实现环境NGO的独立以及政府对环境NGO的有效管理。
（1）实施政府部门改组。将民政部门的民间组织管理局改制为“非政府组织管理委员会”，专门负责非政府组织的注册登记管理以及制定相关非政府组织的政策法规，同时依法对非政府组织实施监管。
（2）规范行业协会的职能，依法保护行业协会的自主权。在各类非政府组织基础上成立的行业协会，如环境行业协会，可以参与制定有关行业标准，建立规范行业和会员行为的机制，开展行业调查、评估论证、培训、交流、咨询等服务，调解会员之间、会员与非会员之间涉及经营活动的争议，开展协会宗旨允许的业务和政府及其工作部门授权或委托的其他事项，加强会员和行业自律，促进会员诚信经营等，这样就能让业务主管单位从微观管理领域抽身出来，更好地实施宏观指导。改革后的管理体制实行的是“国家立法，行业立规”，由政府部门从宏观上来管理环境NGO的合法性问题，由独立的环境行业协会来管理和评估环境NGO，真正实现职责明确、权限清晰、监管到位。
2.放宽环境NGO的准入制度
目前，地方各级政府对环境NGO准入要求过严，较高的准入标准阻碍了环境NGO正常地进行合法登记，这有损于自下而上的公民结社的积极性，不利于环境NGO的培育和发展。因此，地方各级政府应该放宽环境NGO的准入制度，降低环境NGO成立的“门槛”，简化环境NGO登记注册的手续，从重视“入口”管理逐步转向重视“过程”监督。这样做，有利于政府将更多的资源投放到环境NGO的监督和指导上。2000年底，上海市委办公厅、市政府办公厅转发的《市民政局、市社团局关于确认本市社团和民办非企业单位的业务主管单位的若干意见》，赋予了市区下辖的个别街道“可以作为社区社团的业务主管单位”的权力，为社区的草根NGO合法准入提供了便利。2002年，青岛在社区内尝试推行了NGO备案制，为NGO提供了合法的生存空间。上海和青岛的做法具有借鉴意义。
3.加大对环境NGO的政策扶持
乡村环境的治理需要政府和环境NGO的互动，但目前环境NGO的发展普遍受制于资金短缺，因此，各级政府应该加大对环境NGO的政策扶持，主要是向其提供财政补贴和税收优惠政策。
（1）加大财政补贴力度。环保民间组织的费用来源主要靠收取会费，其次来源于组织成员和企业捐赠，以及政府与主管单位拨款，再次是咨询服务的微薄收入。据统计，2004年，22.5%的环保民间组织基本上没有筹到经费，81.5%的环保民间组织筹集到的经费仅在5万元以下。由于经费不足，有43.9%的全职人员没有薪酬，有薪酬的也是当地的中等以下水平；有56.3%的环保民间组织没有能力为其职员提供失业、养老、医疗等福利保障。总之，缺乏资金是当前环境NGO发展面临的一大难题。据调查，53.6%的环保民间组织希望政府能够给予资金支持，36.5%的环保民间组织希望政府提高向环保民间组织购买公共服务的能力。随着“政企分开”、“政事分开”的持续推进，政府财政供养的企事业单位减少，政府可以利用这部分资金，通过招标和合同的形式向环境NGO采购环境治理服务，进而加大对环境NGO的资金扶持。
（2）提供优惠的税收政策。在我国现行的法规政策中，有一些关于非政府组织的税收优惠的规定。例如，国家税务总局1999年4月颁发的《事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法》规定，对事业单位、社会团体、民办非企业单位的一些收入项目免征所得税。当前，为了促进环境NGO的发展，一方面政府应该对环境NGO实施更优惠的税收政策，如免征营业税、所得税与增值税等；另一方面应提高捐赠者所能享受的免税额度。相对于一些发达国家和地区，我国税收减免方面的规定还不完善，捐赠者所能享受的免税额度有限，有时会挫伤捐赠者的积极性。因此，政府不应限制捐赠的额度，而应提高捐赠者所能享受的免税额度，用于捐赠的所得应全部免税，以缓解环境NGO发展过程中的资金压力。
