新的国民政府成立之后，蒋介石委任何应钦为筹备主任，筹备召开全国编遣会议，但谁都不积极，只有冯玉祥对编遣会感兴趣。10月3日，他先于别人到达南京，想要利用编遣会议实现他的裁军计划。阎锡山却抱定老主意，极力保持既得实力，任凭蒋、冯去争吵。他可以利用各方面的矛盾，坐观成败，从中取利。由于阎锡山打了这个算盘，所以在冯玉祥南下的时候，他强调负有卫戍平津的重任，必须稍作逗留。当冯离平的时候，坚决邀他作伴南下，他也不肯与冯同行，表示至多耽搁一天即行动身。第二天阎锡山果然离开北平了，但冯玉祥还不放心，沿途不断用电话联络，听说阎锡山的专车确向南开来了，他才继续前进。不料，阎锡山却很狡猾，在他专车开过石家庄进入河南境内的时候，突又折回石家庄，随后，就回到山西老家，借口侍奉父病待起来了。
蒋介石深知编遣军队的困难，因此，冯玉祥到京后，在各派之间极力进行挑拨与拉拢。他对冯玉祥说：“希望大哥首先入京供职，以后中央的事务，我当一切听大哥的，只有大哥到南京，接受中央的职务，阎、李他们便不敢不来，大一统的新中国等于是大哥的。”
冯玉祥被蒋介石的花言巧语所迷惑，到南京后，一面接受行政院副院长和军政部长职务，同时参加了编遣会议。
冯玉祥来到南京就范以后，蒋介石便派何应钦专程赶到山西，对阎锡山花言巧语说，蒋对他如何信任，还准备要他担任编遣委员会经理处主任。阎锡山听何应钦这么一说，很高兴，于是，便带了护兵和随员也到南京参加编遣会议来。但是，阎锡山和冯玉祥不同，他比冯玉祥要鬼的多，对蒋介石封官许愿等一套政治手腕十分警惕，连对他去南京一路行程的安全问题都很注意。他知道一出山西便不是阎锡山的天下了。于是，他把行营处长梁航标找来面授机宜，亲自安排行程。他觉得坐火车要经过各方防区，安全没有保障，当时也没有直通南京的航线，怎么办？经过一番计议，遂决定先坐火车到天津，再乘船绕上海径赴南京，这样，梁航标先到天津，包下一艘载重2000吨的新华轮，阎锡山最后乘船到达南京。
北平谈话会之前，冯玉祥就“病”了一回，南京编遣会议当中，冯玉祥又“病”了。
李宗仁来到冯的住所探视，看见卧房里炭火熊熊，冯卧在床上，身盖两层棉被，满头大汗，呻吟不止，确似真的病了。
孔祥熙前来探视，恰逢冯正与部属谈话，忽报孔到，冯立即卧床蒙被，不住呻吟，示人以病状。
许多人都明白冯是假意托病，实际上是得了“心病”。精明的蒋介石更是了解个中情形，明知他的这位大哥是托病拒会，他却以假当真，先后两次偕宋美龄探视慰问，以示关切。
冯玉祥在编遣会上有“病”，他的“病”就是因编遣会议而起。
1928年12月19日，国民党中央政治会议通过了《全国编遣会议条例》，规定编遣会议将决定全国军额编制，划分卫戍区域，议定全国军费、裁留标准及接管现有军队的程序，厘定军官任免方法，校阅全国陆海空军，筹议安置编遣事项等，赋予编遣会议以整编全国所有军队的职权。
蒋介石想削弱和铲除其他派系的军事力量，又深怕各派联合起来对付自己，会议召开之前，他便在各派之间进行挑拨和拉拢，以防止他们合作。
蒋介石单独邀请冯玉祥到南京市郊汤山温泉洗浴，以示与冯的关系非他人可比，闲谈中对冯说道：“常说的话：平、粤、沪、汉，这四个地方拿到手里，全中国就都在他们手中了。”这时，阎锡山占有北平，李济深据有广东，李宗仁占有武汉，而上海市市长也属于桂系。蒋介石深知冯玉祥有强烈的地盘要求，尤其对阎占据北平一直耿耿于怀，蒋在无意闲谈中有意触动冯的心事，以挑拨冯与阎、李等人的关系，使冯与他们作对。蒋介石对冯玉祥表示亲近和尊重，一次再次地敦请冯首先提出一个军队的裁留标准与方案，作为会议讨论的基础。其实，蒋介石此举还另有用意，即事先探知冯的底数，以便采取对策。
冯玉祥果真最先提出一个编遣准则：强壮者编，老弱者遣；有枪者编，无枪者遣；有训练者编，无训练者遣；有革命功绩者编，无革命功绩者遣。根据这一准则，提出了编遣方案：第一、第二集团军各编12个师，第三、第四集团军各编8个师，其他不属于各集团军的部队共编8个师。冯玉祥提出这一方案，也是经过反复斟酌，费了一番心计。本来，他认为自己的部队兵员最多，素质最好，训练最精，战功最大，按照自己提出的编遣准则，应编的人数理当最多。但他又考虑到，这样势必使自己部队应编人数超过第一集团军，而很难得到蒋的支持。于是，他在方案中把第一、第二集团军拉平，将第三、第四集团军和其他杂色部队压低，以为这样可以获得蒋的支持，从而形成蒋冯团结、控制其他的局面。
冯玉祥的想法只是一厢情愿，蒋介石的心里却是另有打算。蒋介石意在彻底剪除异己，绝不让他人部队多编，更不愿冯的力量与己相等，表面上对冯的方案未置可否，暗地里却鼓动别人提出抑制冯玉祥的方案。
蒋介石多次派人密访阎锡山，由何应钦出面将阎请到自己宅邸共餐与密商，向阎示意，在四个集团军之外，应再增加一个中央区，希望阎能考虑一个方案提交会议，与冯的方案一起讨论。蒋介石授意阎锡山另提方案，既可挑动冯阎的关系，又可将冯的力量压下去，可谓一箭双雕。
阎锡山老谋深算，一眼就看透了蒋介石抑冯的意图。他虽然与蒋有矛盾，不满于蒋的消灭异己政策，但是抑冯却符合他的心愿。冯军离他的老巢山西较近，冯军扩大对他是个直接威胁；他与冯之间既有争夺平津地盘的新仇，又有南口大战截击国民军的旧恨，冯的势力发展，尤其是冯蒋合作，将会与他不利。阎锡山早就想离间冯蒋的关系，现在蒋有意抑冯，正是求之不得，于是，便按蒋的意图提出了一个编遣方案：第一、第二集团军各编10个师，第三、第四集团军各编8个师，其他部队编6至8个师，另有6至8个师由中央处理。当时，冯军人数最多，有四十多万，蒋军接近四十万，李宗仁的桂军约二十万，阎军不足二十万。按照阎的方案，冯军裁减最多，阎军裁减最少，蒋军虽也裁减一部分，但由中央处理的部队归蒋掌握，同时又增加了6至8个师，实际上有增无减。因此，阎的方案是一个抑制冯玉祥，拥护蒋介石和有利于自己的方案。
桂系的李宗仁、白崇禧与蒋的矛盾由来已久，只因惧怕蒋冯团结而不敢公开反蒋，他们认为阎的方案可以离间蒋冯关系，于己有利，因而表示赞同。
本来，在军队编遣问题上，各派首领都有反蒋的意向。可是，经过蒋介石的拉拢和挑动，他们都转移了目标，为了各自的利害而互相争斗起来。蒋介石的目的达到了，编遣会议便正式开场了。
1929年1月7日，全国编遣会议开幕，国民党中央执监委员、各集团军总司令和总指挥，共六十余人参加了会议。
会议开始，全体与会者面对孙中山像宣誓：
“敬以至诚，宣誓于总理灵前：委员等遵奉总理遗教，实行裁兵救国。对于本党之一切决议，竭诚奉行，不敢存丝毫偏私、假借、欺饰、中辍之弊。如有违犯，愿受本党最严厉之处罚。谨誓。”
吴稚晖代表国民党中央执委会致词，接着，蒋介石代表各总司令致答词：
“……统一后军人惟有编遣始能自救救国。否则拥兵自相残杀，徒取耻辱而已……”
口头上冠冕堂皇，心底里别有打算，仪式上宣誓忠诚，会议里利己偏私，是这次会议的真实写照。
宗教仪式般的开幕典礼过后，蒋介石首先发言：
“北伐大业现已完成，我们国家建设方在开头，处处需要巨款……我们的军队既不用以对外，就应尽量缩编……至于按照什么标准，本人没有成见，大家可以从长计议。现在冯、阎两位总司令都准备了一个提案，可以供大家参考研究。”
何应钦将冯、阎两个方案读了一遍，蒋介石接着说：
“大家仔细研究，这两个提案赞成哪一个，或是另有提案，都可以尽量提出，发表个人的意见。”
与会者相继发言，多数人赞成阎的方案，反对冯的方案，蒋介石见火候已到，便趁势表态：“既是大家赞成阎总司令的提案，那么原则上就采用这个提案。我的意思，在中央编遣区之外，再加上来北编遣区。”
冯玉祥见自己的方案被否定，就提议暂缓编遣。蒋介石也不好操之过急，提议先成立编遣委员会，委员会内先设一个经理组，管理财务，由阎锡山任组长，并说明“实施编遣，没有足够的经费是办不到的，这个组非常重要，组长的责任重大”，阎锡山沉默片刻，便表示“一定勉为其难。”
会议结束时，冯玉祥怒容满面，气冲冲地走出会场，回去以后就称病请假，只派代表出席会议。
第二天继续开会，当与会的人陆续到会场而蒋还未到时，白崇禧就对阎锡山说：“经理组是个花钱的事，你当心左右为难”。未等阎锡山答复，冯玉祥的一个代表就接着说：“百川先生有办法？”颇有讽刺之意。
不一会蒋介石走进会场，大家肃静下来，立即开会。蒋介石首先发言说：“我想每一个集团军作为一个编遣区，每区设一个编遣主任委员，专管本区的编遣事宜，隶属于本会，集团军总司令不自兼这个主任，可以由各集团军总司令选次一级的人担任。第一集团军我选何应钦担任。你们也可以想一想，今天先把各编遣区主任委员决定下来。”冯的代表立刻说，第二集团军选鹿钟麟，接着阎说，第三集团军选周批。停了好一阵，李宗仁才说：“第四集团军选白崇禧。”这样，就把编遣主任委员定了下来，因而编遣会议便没有什么问题好研究了。
这时，阎锡山乘机提出：“如果没有其他讨论事项，可不可以暂时停会，因为现在已经离阴历年不远了。”蒋介石便顺水推舟地说：“那么咱们就休会，我给你们预备专车。”明争暗斗的马拉松式的编遣会议，终于在1929年1月26日草草收场。
编遣会议激化了蒋介石与各地方实力派之间的矛盾。地方实力派的首领们认识到蒋介石不把他们搞垮，是不能善罢干休的。因此，不等会议开完，即纷纷返回原地，准备与蒋介石重新较量一番。
冯玉祥本想同蒋介石合作，在蒋的支持下保持自己的实力，在南京政府中占有重要地位。蒋介石在编遣会议期间的表演，使他看清了不可能再同蒋合作下去，因此，他会后继续有“病”，不再去军政部办公了。
1929年2月5日，冯玉祥以“养病”为借口，向蒋介石、谭延闿请假离开南京，蒋亲往送行。6日晨，冯玉祥抵达开封，后转至豫北辉县百泉村。
蒋冯此次分别，告别了他们彼此间的合作，尽管脸皮还没有公开撕破，但是裂痕已经无法弥合，而且越裂越深越大，以至兵戎相见。
