我们在第三章分析和研究了我国专业技术企业孵化器运行的现状、特点和存在的问题。这种分析和研究的思路是我国对专业技术企业孵化器普遍采用的。按照这种分析思路，可以说我国专业技术企业孵化器采用的是封闭式运行模式。尽管目前还没有见到这种提法，但是，我们认为，我国专业技术企业孵化器实际上采用的就是封闭式运行模式。因为无论从理论研究还是实践应用看，我国专业技术企业孵化器都是按照这种思路或模式进行的，或者隐含在理论研究和实践活动背后的就是封闭式专业技术企业孵化器运行模式。这种模式的基本思路就是加强专业技术企业孵化器的各种能力建设，使专业技术企业孵化器能够“直接”提供在孵企业孵化和培育所需要的各种服务；目前专业技术企业孵化器的服务水平较低，原因就在于专业技术企业孵化器缺乏高水平的专业人才，缺乏管理团队；在孵企业需要场地、资金、培训、咨询等，专业技术企业孵化器就要“直接”提供；专业技术企业孵化器就是一个“直接”为在孵企业服务的服务机构。正是基于这种思路，才会感到我国专业技术企业孵化器存在技术、管理、人才等问题，并进而存在服务水平低下等问题。这种思路完全是站在专业技术企业孵化器这个自我封闭的系统里面去考虑的，是“什么事情都自己做”、“万事不求人”、一切都强调“独立自主、自力更生”、“大而全”、“小而全”等思想的真实反映。从我国专业技术企业孵化器十多年的实践看，我国一直在沿着封闭式运行与管理的方向发展。
我国选择封闭式专业技术企业孵化器运行模式有其深刻的内在原因，也与我们民族、国家的历史和传统有关。
第一，缺乏合作精神，特别是缺乏“硅谷”的竞争合作精神，而竞争合作是“硅谷”成功的关键因素之一。
第二，缺乏社团意识。社团意识将通常意义上两两之间的合作扩展为群体内部多个主体之间的合作，将两两之间的交流扩展为社团内部的交流，进而可以降低企业孵化主体之间的信息交流成本和学习成本。社团意识有利于提高人与人之间的信任度，扭转“假冒伪劣”和缺乏社会信任所造成的社会成本上升对孵化新创企业的负面影响，实现企业孵化过程中不同主体的孵化功能互补。企业孵化方面的社团意识的培养，不仅表现在不同的企业孵化主体之间、孵化主体与新创企业之间，也表现在不同的专业技术企业孵化器之间。
第三，“万事不求人”，“宁做鸡头，不做凤尾”，“大而全”，“小而全”的思想根深蒂固，严重地影响着人们的思想和行为。人们做什么事情都希望有一套独立、完整、完全属于自己的系统，建立一个封闭的独立王国。要么不愿意合作，害怕“稀释股本”，要么要求在合作中“控股”，甚至“绝对控股”，考虑的主要是自己的“蛋糕”，而对于如何把“蛋糕”做大，进而可以得到更大的“蛋糕”却缺乏正确的认识。这种情况的产生，既有观念、思想和认识问题，也有整个社会法制不够完善、人与人之间普遍缺乏应有的信任、社会网络不健全、新创企业和现有体系的连接缺乏相应的中介机构等问题。
第四，与我国的现行体制有关。专业技术企业孵化器属于部门管理，而管理部门喜欢建立一个封闭式的专业技术企业孵化器运行系统。这样，既便于对专业技术企业孵化器进行管理和控制，也便于把专业技术企业孵化器“做大”，“做强”，使专业技术企业孵化器“直接”具备较强的孵化能力，还可以更好地显示政府或有关管理部门的“政绩”。
封闭式专业技术企业孵化器运行模式不利于企业孵化器事业的发展。
