却说达瓦齐就俘后，清师奉旨凯旋，只留班第、鄂容安二人，带了随兵五百名，与阿睦撤纳办理伊犁善后事宜。阿睦撤纳移檄邻部，讳言降清，阳称清廷命他统领各番，来平此地；又暗嘱党羽四布流言，欲安准部，必须立阿睦撤纳为大汗。班第、鄂容安遣使密奏，乾隆帝亦付他密旨，令诱诛阿睦撤纳。看官！你想阿睦撤纳率众西行，已似大鱼纵壑，哪里还肯来入网呢？况班第、鄂容安手下只有五百名随兵，也不好冒昧举事，接了朝旨，按住不发，惟促阿睦撤纳入朝。阿睦撤纳竟号召徒众，来攻班第、鄂容安。班第、鄂容安且战且走，驰了三百余里，死的死、逃的逃，只剩了数十骑，番兵却有数千追来，班第料不能脱，拔刀自刎，鄂容安也只得步他后尘了。
是时定西将军永常，已奉朝旨出驻木垒，闻报番兵大至，退兵巴里坤，移粮哈密，因此阿睦撤纳声焰愈盛。清廷逮回永常，命公爵策楞前代，玉保、富德、达尔党阿为参赞，出巴里坤进剿。玉保分军先进，忽有番卒来报，阿睦撤纳已由他部下诺尔布擒献，玉保大喜，即向策楞处报捷。策楞也不辨真伪，飞章奏闻，不想过了数日，毫无影响。将军参赞，先后驰至伊犁，阿睦撤纳已远飏至哈萨克了。原来阿睦撤纳闻大兵前进，恐不能敌，特差了番卒驰到清营，假称被擒，他却望西遁去。策楞、玉保中了他的缓兵计，到了伊犁，你怨我、我怨你，怨个不了，总归无益。
乾隆帝闻知消息，复将策楞、玉保革职。令达尔党阿为将军，飞速追剿；又命巴里坤办事大臣兆惠，为定边右副将军，出兵赴援，满望旗开得胜，马到成功。谁知达尔党阿到哈萨克边界，又被阿睦撤纳骗了一回，佯称哈萨克汗愿擒献阿酋。往返驰使，仍无要领，额鲁特三部新封台吉，反一律谋变，与阿睦撤纳通同一气。阿睦撤纳间道驰还，大会诸部。这达尔党阿还在哈萨克边境，檄索罪人，正是可笑。只定边右副将军兆惠，率兵千五百人，已至伊犁，探得额尔特诸部已皆叛乱，自知孤军陷敌，不能久驻，忙领兵驰回。沿途一带，统是敌垒，兆惠拼命冲突，走一路、杀一路，杀到乌鲁木齐，刀也缺了，弹也完了，粮也尽了，可怜这等兵士，身无全衣，足无全袜，每日又没有全餐，只宰些瘦驼疲马，勉强充饥，正苦得了不得。老天又起风下雪，非常严冷，兆惠想遣人乞援，也不知何处有清兵，驿传声息，到处隔断。忽闻番兵又踊跃前来，把乌鲁木齐围得铁桶相似，兆惠泣向军士道：“事已至此，看来我辈是不得活了。但死亦要死得合算，狠狠的杀它一场，方值得死哩。”军士道：“大帅吩咐，安敢不从！但粮尽马疲，奈何？”正在危急，忽东北角鼓声喧天，有一支兵马到来，兆惠登高一望，遥见清军旗帜，不禁大喜，谢天谢地。番兵见援兵已到，不知有多少大兵，一声吆喝，解围而去。兆惠出寨迎接，乃是侍卫图伦楚，因兆惠久无音信，率兵二千来探信息，无意中救了兆惠。兆惠与他握手进营，住了一日，便同回巴里坤。当下飞书告急。
乾隆帝命逮达尔党阿回京，授超勇亲王策凌子成衮扎布为定边左副将军，出北路，仍令兆惠出西路往剿。此次兆惠惩鉴前辙，挑选精骑，带足粮草，誓师进发，决平叛寇。巧值绰罗斯部噶尔藏汗，被兄子噶尔布篡弑，噶尔布又被部下达瓦杀死；辉特和硕特两部中，痘疫盛行，多半死亡。兆惠趁这机会，杀将过去，好像摧枯拉朽一般。番众战一阵、败一阵，诸部酋长先后败死，阿睦撤纳又弄得仓皇失措，急急如丧家犬、漏网鱼，仍窜至哈萨克。兆惠率兵穷追，到哈萨克界，哈萨克汗阿布赉遣使至军，愿擒献阿睦撤纳。兆惠对来使道：“你主愿擒献阿逆，须于三日内缴到，过了三日，本将军恰是不依，驱兵进攻，玉石俱焚，那时不要后悔！”来使唯唯而去。越二日，哈萨克又遣使到军，报称：“阿睦撤纳狡黠万状，我国正欲擒献，不料被他走脱，逃入俄罗斯去了。现奉汗命，前来请罪，并贡献方物，仰求大帅赦宥！”兆惠见他惶迫情状，料知语言无欺，只得略加训斥，命他回去；一面即飞奏清廷，由理藩院行文俄国，索交叛酋。后来俄国饬人搜捕，阿睦撤纳已患痘身亡，只把尸首送交清吏。于是命成衮扎布归镇乌里雅苏台，留兆惠搜剿余孽。自乾隆二十二年至二十五年，清兵先后追剿，自山谷僻壤及川河流域，没一处不寻到，没一处不搜灭，统计额鲁特二十余万户，出痘死的约四成，窜走俄罗斯哈萨克等处约二成，被清兵剿灭的约三成，还有一成编入蒙古籍，不过二万户，而且妇女充赏，丁壮为奴，额鲁特遗民，自此寥落了。
准部既平，清廷乃画疆分土，设官筑城，驻防用满兵，屯粮用旗兵，特简任伊犁将军，作了一个统辖的元帅。天山北路，方入清室版图，免不得镌碑勒石，旌德表功，费了几个儒臣笔墨，成了几篇煌煌大文，这也不消细说。但乾隆帝得陇望蜀，平了准部，又想南服回疆。这回疆就在天山南路，与准部只隔一山，起初系元太祖次子察哈台领土，传了数世，回教祖摩诃末子孙由西而东，争至天山南路，生齿渐蕃，喧客夺主，察哈台的后裔反弄到没有主权，因此天山南路变作回疆。康熙时，噶尔丹强盛，举兵南侵，把元裔诸汗迁到伊犁，并将回教头目阿布都实特，亦拘去幽禁。噶尔丹败死，阿布都实特脱身归清，圣祖赏他衣冠银币，遣官送到哈密，令还故地。阿布都实特死，其子玛罕木特想自立一部，不受准噶尔约束。策妄又遣兵入境，将玛罕木特及他两个儿子统拿至伊犁，幽禁起来。及清将军班第等到伊犁后，玛罕木特已死，长子那布敦、次子霍集占尚被拘絷。班第奏闻清廷，得旨释那布敦归叶尔羌，令他统辖旧部；留霍集占居住伊犁，职掌教务。不到数月，阿睦撤纳谋反，准部复乱，霍集占反率众助逆，等到清副将军兆惠攻入伊犁，阿睦撤纳西走，霍集占亦遁入回疆。兆惠剿平准部，奏遣副都统阿敏图，南往招抚。
这个那布敦胆子颇小，愿遵清朝指挥，偏偏胞弟霍集占，自北路遁归，谏那布敦道：“我远祖摩诃末，声灵赫濯，天下闻名，传到我辈子孙，反受人家压制，真是惶愧万分。现在准部已亡，强邻消灭，不谋独立，更待何时？”那布敦道：“清兵来攻，如何抵当？”霍集占道：“清军新得准部，大势未定，料他无暇进兵。就使率军南来，我也可据险拒守，等他兵疲粮绝，逃去都来不及，怕他什么？”那布敦尚在迟疑，霍集占又道：“哥哥若要降清，恐怕从今以后，世世要做奴仆过去，他要我的金钱，我只得将金银奉去，他要我的妻子，我只得将妻子送去，他要我的头颅，我也只得把头颅献去。我们兄弟两人，还有安静的日子么？”那布敦被他说得动心，遂依了阿弟的计划，便召集回众，自立为巴图尔汗，传檄各城，戒严以待。
回户数十万众，向来迷信宗教，因那布敦兄弟，都是摩诃末后裔，称他为大小和卓木。“和卓木”三字，乃是回语，译作汉文，便是“圣裔”的意义，至此得了圣裔的檄文，自然望风响应。只库车城主鄂对，恐怕强弱不敌，率了党羽，拟奔伊犁，途次与阿敏图相遇，仍令回转库车，同去招抚。不料霍集占闻鄂对出走，已遣部下阿布都驰到库车，把鄂对亲族一一杀死，登陴固守。鄂对闻报，大哭一场，嗣与阿敏图商议，请亟归伊犁，添兵复仇。阿敏图道：“我是奉命招抚，今不见叛众，便想回去，叫我如何对将军？”鄂对再三谏阻，阿敏图只是不从，且令鄂对先回伊犁。他只带了百余骑，驰到库车，阿布都诱他入城，一阵乱剁，凭你阿敏图如何忠诚，也入阎罗宝殿去了。清廷因兆惠剿抚准部，尚未竣事，别命都统雅尔哈善为靖逆将军，率兵征回。雅尔哈善自吐鲁番进攻库车，大小和卓木引军数千，越大戈壁来援，与清兵战了两次，都被打得落花流水。大小和卓木退入城中，清兵乘势围攻，城坚难拔。提督马得胜募敢死兵六百名，暗掘地道，昼夜不息，将及城中，守兵闻地下隐有响声，料是穿穴，便循途按索，到了城脚边，掘下一洞，适通地道守兵，把草塞住，用火燃着，烟焰冲入穴中，可怜六百个清兵，不能进、不能退，都被烧得乌焦巴弓。雅尔哈善经此大创，不敢力攻，大小和卓木乘机遁还，阿布都也率众逃去。
清兵只得了一个空城，乾隆帝闻知大怒，饬将雅尔哈善、马得胜等，尽行正法，仍命兆惠移师南征。兆惠檄调各路兵，尚未到齐，因朝旨催促，即率步骑四千余先进，过了天山，收复沙雅尔、阿克苏、乌什等城，住阿克苏城数日。后兵未至，兆惠性急如火，留副将军富德驻阿克苏，等待后军，他竟带了二三千人，冒险前行。途中侦知大和卓木那布敦在叶尔羌，小和卓木霍集占在喀什噶尔，乃再分兵八百名，使副都统爱隆阿，遏住喀什噶尔援路，自率千余骑，径趋叶尔羌。叶尔羌城东有河，叫作叶尔羌河，亦称黑水，兆惠兵少，不能进攻，便倚水立营。遥见叶尔羌城南驼马往来，是个阔大的牧场，兆惠欲夺作军用，径命兵士渡河，河上本有木桥，清兵跨桥而过，方过了四百骑，谁知桥下暗有伏兵，铙钩齐起，将木桥钩断，城中出回兵五千骑，前来邀击。隔河清兵，不能相救，河西四百骑，哪里当得住回兵？急忙弃了马匹，凫水逃回。回兵复搭好了桥，逾桥东来，后面又添了步兵万人，张着两翼，来围清兵。兆惠左右冲突，马中枪，再毙再易，总兵高天喜战殁，参赞明瑞亦受伤，虽杀了番兵千名，究竟众寡悬殊，支持不住，只得退入营中，赶紧筑垒，准备固守。番兵亦筑起长围，四面攻打，枪炮如雨，幸亏清营靠着丛林，枪弹多飞入林中，清兵伐树，得了铅弹数万枚，还击回兵，又复掘井得水，掘窖得粟，赖以不困。
兆惠遣了五卒，分路赴阿克苏告急，又檄爱隆阿还军阿克苏，催援军同至。爱隆阿未到阿克苏，富德已接警报，忙率军三千，冒雪赴援。到了呼拉玛，距叶尔羌尚三百余里，忽遇喀什噶尔回兵，截住去路，转战四昼夜，回兵越来越多，将富德军围住，接连数日，杳无援兵，富德急得了不得。一日，天气昏黑，入夜尤甚，回兵各燃着火把，轮流进扑，富德连忙抵御，拼命鏖斗，突闻一片喊声自东而至，回兵纷纷倒退。富德乘势杀出，火光中来了一员清将，乃是爱隆阿，富德大喜，即与爱隆阿合兵。爱隆阿道：“巴里坤参赞阿公，亦到。”富德忙拍马去会阿大臣。这位阿大臣，名叫阿里衮，他奉了廷旨，领兵六百名，解马二千匹、驼一千头，至阿克苏，适值爱隆阿去催援军，遂合军前来，解了富德的围。回兵在夜间不辨多少，四散溃遁。富德、爱隆阿，与阿里衮两下相见，欣喜过望，也不及休息，同趋叶尔羌。兆惠日望援军，遥闻炮声大作，料知援军已至，即勒兵突围，内外夹攻，杀敌千余，毁了敌垒，同还阿克苏。
过了冬，已是乾隆二十四年。阿克苏已集清兵新旧军凡三万人，分道进行，兆惠由乌什攻喀什噶尔，富德由和阗攻叶尔羌，每路兵各万五千。大小和卓木闻清兵大至，不敢迎敌，带了妻孥仆从，并携辎重，逾葱岭西遁。清兵奋勇追赶，到阿尔楚山，前面见有回众，大半是老弱残兵，富德料是诱敌，令明瑞、阿桂为左翼，阿里衮、巴禄为右翼，先据了左右二峰，然后富德领着中军，从山口进去。进了山口，果然伏兵四起，那时清兵左右两翼，从上杀下，把伏兵一齐杀退，追攻二十余里，戮回兵无数，并斩他骁将阿布都。大小和卓木逃至巴达克山，大和卓木那布敦挈了家眷先走；小和卓木霍集占手下还有万人，倚山为阵，率众死战。富德又分军两路，左右夹攻，用了大炮，向敌轰击，霍集占不能支，逾山而遁，谁知前面山路逼促，又有辎重塞住，一时急走不脱，后面又被清军追上，进退两难。富德令降人鄂对等，竖起回纛，大呼招降，回众情愿投顺，蔽山而下，声如奔雷，霍集占忙夺路逃脱，偕那布敦急入巴达克山。
巴达克山部酋，闻大小和卓木拥众而至，遣使探问。霍集占见了来使，命回报酋长，立刻亲迎。来使出语不逊，霍集占拔出佩刀，把他斩首。于是巴达克山部酋，兴兵拒战，和卓木兄弟，连妻孥旧仆，只有三四百人，被巴达克兵围住，上天无路，入地无门，都束手就缚，个个被他擒去。巴达克部酋为使臣报仇，将大小和卓木一齐枭首，还想将他家属，统行处死。适清使持到檄文，索献罪犯，他乐得卖个人情，把大小和卓木的头颅，及他家眷等，尽行缴出。富德命军士押着回酋家属，驰归大营，与兆惠联衔奏捷。乾隆帝命陕甘总督杨应琚，筹办回疆善后事宜，兆惠等俱召还京师，遂封兆惠为一等公，加赏宗室公品级鞍辔；富德封一等侯，并赏戴双眼翎；参赞大臣阿里衮明瑞等，俱赏戴双眼翎，又记起从前舒赫德的忠直，还他原职，其余在事各官员，俱交部议叙。又做了几篇平定回部的碑文，内外勒石，称颂功德。
到次年二月，兆惠等奏凯还朝，乾隆帝亲至良乡，举行郊劳典礼。兆惠富德等领队到坛，格外严肃。乾隆帝下坛迎接，兆惠以下，都下马见驾，叩首谢恩。乾隆帝亲自扶起，说了许多慰劳话儿，遂一同登坛。乾隆帝升了御幄，当由军士将大小和卓木家眷，推到坛前。这时乾隆帝龙目俯瞧，见有一位绝色妇女，也是两手反绑，列入罪犯队里，乾隆帝不禁怜惜起来，便问道：“这是叛回的家眷么？”兆惠应了声“是”。乾隆帝道：“妇女无知，也遭此缧绁，瞧她情状，很是可怜，朕拟一律赦宥。”兆惠忙道：“罪人不孥，乃是圣主仁政，皇上恩赦了她，她定然感激不浅。”乾隆帝传旨释缚，众回家眷，叩首谢恩，独这绝色女子，虽是随班俯伏，她口中恰绝不道谢。
郊劳礼毕，御驾还宫，立召和珅入见。和珅进内请安毕，乾隆帝问道：“朕见叛回眷属中，有个绝色妇人，未知是谁？”和珅道：“待奴才探问的确，再来奏闻！”说毕趋出，不一时又入大内，奏称绝色妇人，乃是小和卓木霍集占的妃子，回人叫她“香妃”，因她身上有一种奇香，天然生成，所以有此佳号。乾隆帝叹道：“朕做了天朝皇帝，不及那回部逆酋。”和珅道：“逆酋已死，这个佳人，被我军拿来，圣上要如何处置，便作如何处置。据奴才想来，回酋的幸福，究竟不及我天朝皇帝哩。”乾隆帝道：“朕想把她叫入宫中，但恐外人谈论，奈何？”和珅道：“罪妇为奴，本是我朝成例，今将香妃没入掖廷，有何不可？”乾隆帝大喜，便命宫监四名，随和珅去取香妃。好一歇，和珅已到，宫监导入香妃，玉容未近，芳气先来，既不是花香，又不是粉香，别有一种奇芬异馥，沁人心脾。走近御座前，乾隆帝见她柳眉微蹙，杏脸含颦，益发动人怜爱。宫监叫她行礼，她却全然不睬，只是泪眼莹莹。乾隆帝道：“她生长外域，未识中朝礼制，不必多事苛求。”便命宫监引入西苑，收拾一所寝宫，令她居住，并命宫监小心伺候。宫监已去，和珅亦退。
次日，乾隆帝视朝毕，又召和珅入内。和珅见乾隆帝面带愁容，暗暗惊异，只听乾隆帝谕道：“香妃不从，如何是好？”和珅道：“她蒙恩特赦，又承圣上格外抬举，如何不从？”乾隆帝道：“她口中说的回语，朕却不能尽懂，幸宫中有个番女，颇谙回文，朕命她翻译出来，据言：‘国破君亡，情愿一死。’朕亦不好强逼，你可有什么计策？”和珅想了一会，便道：“从前豫亲王多铎，得了刘三季，起初也很是倔强，后来好好儿做了豫王福晋，和睦得了不得。妇人家大都如此，总教待得她好，她自然回心转意。”乾隆帝道：“恐不容易。”和珅道：“她是做过回妃，一切饮食起居，统是回部格式，现若令她吃回式的菜蔬，穿回式的衣服，居回式的房屋，另择回部老妇，伺候了她，不怕她不渐渐服从。”
乾隆帝依了和珅的计策，凡香妃服食，概募回教徒供奉，又在西苑造起回式房屋，并筑回教礼拜堂，选了数名老回妇，导香妃出入游览。怎奈香妃情钟故主，泪洒深宫，一片贞心，始终不改。乾隆帝百计劝诱，她却寂然漠然。有一日，被宫女苦劝不过，她竟取出一柄匕首来，刀光闪闪，冷气逼人，宫女都吓得倒躲。这事传到慈宁宫，太后恐乾隆帝被害，趁着乾隆帝郊天，住宿斋所，竟传旨宣召香妃，问她志趣。她只说了一个“死”字，太后遂勒令殉节。后人有诗咏香妃事道：
雏鬟生长大苑西，钿合无情宝剑携，
帝子不来花已落，红颜黄土玉钩迷。
香妃已死，乾隆帝尚未闻知，后来得了音耗，究竟伤感与否，容小子下回表明。
