史迪威重回腊戍之时，中国远征军的前哨第200师，已在东吁以南地区与日军发生战斗。日本第15军占领仰光后曾稍作休整，随即便兵分两路开始北犯。西路第33师团，沿伊洛瓦底江右岸向英军进攻；东路第55师团沿锡唐河谷地和仰光至曼德勒的中央铁路向中国远征军逼近。后者是日军的主要攻击方向，日军司令坂田祥二郎中将率指挥部在第55师团之后跟进。3月19日，第55师团先头部队进入远征军第200师在普尤设立的前沿警戒阵地，中国军队以突然的出击给日军以重大杀伤，由此打响了远征军入缅作战的第一仗。20日，日军调集兵力向第200师的防御阵地发动了大规模进攻。
听完腊戍参谋团关于前线战况的汇报，史迪威立即签发了他的第一号作战命令。命令第5军第200师坚守东吁防线，掩护军主力展开；第5军新22师立即由曼德勒开赴彬文那以南地区，准备支援第200师作战；第5军第96师由腊戍开往曼德勒，作为总预备队；第6军第93师、第49师和暂编第55师一部，在萨尔温江东岸之景栋、孟板、莫契一线占领阵地，监视泰国境内的敌人，并掩护第5军东侧安全；第6军暂将55师主力交由第5军指挥，配合东吁防线的作战。待全军完成部署，相机向日军发起反攻。命令发出后，史迪威连夜赶到眉苗的指挥部。
22日一早，他从眉苗出发，前往第5军设在漂贝的指挥部。第5军是远征军最精锐的一支部队，在目前的部署上又处于最重要的位置，军长杜聿明还身兼远征军代理司令长官，这个军的作战情况如何，直接关系到远征军的战役全局。
史迪威上次来缅甸时，曾经对杜聿明产生了很好的印象。他知道杜聿明曾率领第5军血战昆仑关，给日军王牌第5师团以沉重打击。他认为杜聿明精通战术，有旺盛的进攻精神，随时准备作战，是个优秀的指挥官。但他只看到了杜聿明的一面，而没有看到另一面。
杜聿明毕业于黄埔军校第一期，参加了黄埔系的核心组织“复兴社”，是最受蒋介石信任和赏识的军事将领之一。1932年国民党组建第一个装甲兵团，他出任了团长；1938年，在该团基础上编成第一个机械化师——第200师，他晋升师长；同年底，第200师扩编为第5军，他又在不久荣任军长。第5军是国民党的王牌，蒋介石的嫡系，也是杜聿明起家的老本。初入缅时，蒋介石让他统一指挥第5、第6两军，随后又担任远征军代司令长官，他十分得意地把自己看作远征军的统帅。对于史迪威的到来，他的戒虑与不满比蒋介石有过之而无不及。
3月4日，蒋介石在腊戍第一次告诉杜聿明，要他听从史迪威的指挥。杜聿明马上机敏地问道：“如果史迪威的命令不符合校长的决策，那该怎么办呢？”蒋介石回答说：“你直接打电报向我请示后再说。”事后，蒋介石似乎觉察到了杜聿明对史迪威的不满，又给他写了一封亲笔信，要他必须“绝对服从”史迪威的指挥。3月11日和21日，蒋介石又两次致电远征军，规定了史迪威的指挥权，但杜聿明仿佛摸透了蒋介石的心思，始终并没有把史迪威放在眼里。
3月14日，杜聿明以中国远征军“统帅”的名义拜会了眉苗的英国总督。多尔曼·史密斯两天前刚刚接待了史迪威，他对又出现一位“统帅”感到大惑不解。杜聿明露出一丝狡猾的微笑回答说：“噢，阁下，那位美国将军只是自己把自己看成统帅，而实际上并非如此。你知道，我们中国人认为，要让美国人参加到战争中来的唯一办法，就是给他们一些名义上的指挥权。只有我们掌握住实权，他们才不致干出太多的傻事来。”
这一切史迪威当时并不知晓，他在第5军军部仍然踌躇满志地向杜聿明说明了他的部署和作战意图。杜聿明同意把新22师调往彬文那以南地区，支援第200师作战。可是几天过去了，新22师仍未到达指定位置。史迪威开始怀疑杜聿明在“玩弄诡计”，阳奉阴违地抵制他的命令。
第200师在东吁地区的阻击战打得十分艰苦。日军在空中和地面炮火的支援下，向东吁正面防线发动了一次又一次的猛烈进攻，并且派出部队向两翼迂回。其左翼一路攻占了东吁西北约8公里的克永冈机场，切断了200师的后方联络。全师官兵在戴安澜师长的镇定指挥下，抱着与阵地共存亡的决心，继续坚持战斗。
史迪威在漂贝、曼德勒、眉苗之间来回奔波，一面监督前线作战，一面不断催促后续部队的开进。3月27日，新22师终于全部到达距东吁前线约30公里的耶达谢。史迪威一再要求新22师立即发起攻击，但是杜聿明和师长廖耀湘仍然迟疑不决。情况紧急，时不我待，史迪威只好连夜赶往眉苗，要求参谋长林蔚向杜聿明下达进攻命令。林蔚在史迪威的压力下，终于接受了这一要求。
随后，史迪威又马不停蹄地返回漂贝，督促杜聿明和廖耀湘执行进攻命令。与此同时，他又打电话给眉苗，请求西线英军与远征军相配合，从早谬地区发动一次支援性进攻，英国人答应了他的请求。
3月28日，新22师开始向东吁方向攻击前进，但是，由于杜聿明和廖耀湘缺乏进攻决心，同时也由于日军的顽强抵抗，进展十分迟缓。东吁城内的200师情况十分危险，从新加坡北调的日军第56师团先头部队也在当天投入战斗，大大增强了日军的攻击力量。
3月29日，史迪威亲自赶到耶达谢前线新22师师部督战。廖耀湘支支吾吾仍在拖延，他认为新22师进攻力量不足，要等第96师赶到以后再全力攻击。杜聿明竟准备让第200师突围后撤，放弃东吁防线。史迪威瞪着拒不从命的杜聿明和廖耀湘，怒火中烧。在东吁至卑谬一线阻止日军进攻，是中英两军共同商定的作战计划。蒋介石也曾在3月20日发出手令，要求远征军“必须死守”东吁，特别是在英军未撤出卑谬以前，“我军绝不能先撤东吁阵地”。现在英军应史迪威之请，正以30辆坦克为先导向瑞同、德贡方向发动反攻，而杜聿明却要放弃阵地后撤。
史迪威多日以来心中积聚的愤懑，终于像火山一样爆发出来。他怒视着杜聿明，声色俱厉地吼道：“你必须执行我的命令，如果胆敢抗命，我要用军法制裁你！”他很清楚第200师在东吁的困境，但他认为救援第200师最有效的办法就是让新22师全面出击，打退日军的进攻。
杜聿明的反应十分冷漠，这冷漠之中透着轻蔑和鄙视。他说：“对不起，将军。我不能让第5军同如此强大的敌人冒险硬拼，必须保全第200师，才利于以后的作战。我要对我的部队负责。”史迪威问道：“你不对我的命令负责吗？”“不，我只对委员长负责。”杜聿明的回答非常干脆。其实，他在前一天就已经报告蒋介石，准备让第200师撤退，并且得到了批准。史迪威对这一切竟毫无所知。杜聿明转身走了，带着随行人员撤往彬文那，把史迪威甩在了耶达谢，他知道这位参谋长的“军法制裁”不过是一句唬人的空话。
当天深夜，戴安澜率第200师从东吁突围，向耶达谢以东地区撤退。3月30日，日军占领东吁。
史迪威在日记里，记下了他当时的痛苦心情：“精疲力竭，我在精神上几乎崩溃了……，我发誓，我真的受够了。”第二天，他在无可奈何之中离开前线。途中又见到了杜聿明和廖耀湘。“廖和杜仍在支吾其辞。他们根本就不打算进攻。前线平静无事，日本人没有反应。十足的懦夫。”他在东吁一线集结部队向日军反攻的计划已经破灭，远征军根本不听他的命令和指挥，在杜聿明、廖耀湘的背后，还有一支牢牢地控制着他们的铁腕。“机会就在手边，却眼睁睁让它溜走了。既然无所作为，那就坚决辞职。”史迪威暗暗下定了决心。
3月31日，他在眉苗会见了亚历山大和从印度赶来的韦威尔。尽管他并不能对远征军的撤退负责，但仍然感到脸上无光。他知道，英国人已在公开地嘲弄“史迪威发动的伟大的中国攻势”，他无言以答，只能对形势作了一些解释。其实，英国人的反击也未能奏效，他们的部队也正从卑谬撤退。当天，史迪威离开眉苗，飞往重庆。
在重庆一下飞机，他见到了商震。商震向他透露说，第200师从东吁撤退是蒋介石亲自批准的。那天是4月1日，恰好是“愚人节”，他觉得自己就像是一个被蒋介石愚弄了的“傻瓜”，心里的怒火全都集中到了蒋介石的头上。“我们失去了一个在东吁打退日本人的绝好机会，根本原因就在于蒋介石的插手。”
当天中午，他会见了蒋介石，毫不客气地向他“摊了牌”。“我名义上是总指挥，但军长和师长们都不服从我的命令，而我又没有足够的权力强迫他们服从。我不能撤他们的职，更不能枪毙他们，仅仅同他们讲道理是毫无用处的。其最终结果，我成了个毫无权利的傀儡，受苦受累地工作，还要为别人的失利承担责任。鉴于这种状况，我必须提出辞职。”
蒋介石摆出一副十分惊讶和关心的样子，问道：“他们为什么不服从？娘希匹，我要调查，哪个师长不服从命令，我就枪毙他。杜聿明是我的学生，我会教训他的。我一定告诉他们，必须服从你的命令。这个不是什么问题，我会解决好的。”
史迪威也并非真想辞职，他主要是想通过对蒋介石施加压力，以便真正掌握远征军的指挥权。他向蒋介石表示，如果要继续让他指挥远征军，那就必须授予他指挥这支军队的全权，并要求蒋介石增派云南境内的第66军开赴缅甸。同时，他甩出了一只具有一定威慑力的“杀手锏”：“如果指挥官不服从我的命令，我就不能让美国空军支援这支部队。”
第二天，蒋介石想出了一个办法。他告诉史迪威，已决定让罗卓英上将出任远征军司令长官，并担任史迪威的执行官。史迪威的命令可以由罗卓英下达给各部队，并监督执行。罗卓英毕业于保定军校第8期炮科，与陈诚是同班同学，原任第9战区副司令长官兼第19集团军总司令，其资历和职务均远在杜聿明之上。史迪威同意了蒋介石的安排，他认为“罗是个强硬的家伙，能够对付杜聿明”。
4月5日，蒋介石和宋美龄与史迪威一道从重庆飞往缅甸。为了稳住这位美国将军，他要作出一种姿态，亲自向远征军进一步明确史迪威的指挥权。同时，也是为了视察前线战况，以便具体商定和部署下一步的作战计划。
蒋介石在眉苗召见了史迪威、罗卓英和杜聿明等人，亲自宣布了5条命令：第一，史迪威是我的参谋长，由他担任指挥远征军在缅作战的职责；第二，罗卓英接受史迪威的指挥，远征军各部都要听罗长官的指挥；第三，一切问题由史迪威将军全权作最后决定；第四，史迪威有提升、撤职和惩罚所有军官的全权；第五，对英方一切问题的交涉由史迪威将军接洽。
召见之后，蒋介石和宋美龄拉着史迪威让战地记者照了一张又一张合影。他们手挽着手，脸上堆满笑容，以显示中美之间的团结与合作。
杜聿明站在一边，产生了一种受冷落的感觉。从最初统一指挥第5军和第6军，到“代司令长官”，现在他上面不仅有了史迪威，又加上一个罗卓英，心中的愤愤不平油然而起。他私下里找了蒋介石，满腹怨气地说：“校长，远征军大多是您的精锐，我不能不负责任。如果照史迪威的命令，第200师早就断送了。他既不了解中国军队的情况，也可以说不懂战术。您……”蒋介石一挥手打断了他的话：“这些我知道的。以后有罗长官在，他会了解的。你要服从史迪威和罗长官的命令。你应该明白，我们吃的是美国饭。”
随后，蒋介石与史迪威等人共同商定了组织“彬文那会战”的计划。其部署是：以第96师在彬文那一线构筑预设阵地；以新22师在斯瓦至彬文那之间逐次抵抗，将日军吸引到第96师主阵地之前；尔后，以新22师、第200师和第66军新38师从彬文那两侧出击，将日军包围在彬文那南部予以歼灭。
4月8日，蒋介石和宋美龄离开缅甸回国。史迪威又一次振作起精神，开始行使他的“指挥全权”。要实现“彬文那会战”计划，关键的一环是要保证远征军主力的翼侧安全。他在眉苗约见了亚历山大，要求西线英军必须固守亚兰谬一带的协防地区。4月9日，他在曼德勒和彬文那检查了新38师、第96师和200师的部署情况。第二天，他又赶到东线，视察了第6军的防务。这个军的三个师至今还没有与日军接手，他们的装备和战斗力比第5军还要差些。史迪威要求军长甘而初，必须守好东部防线，伺机攻击前进。
正面新22师的逐次抵抗打得十分艰苦。廖耀湘指挥着他的3个团交替掩护，边打边退，一面消耗敌人的有生力量，一面将日军引向彬文那地区的预设阵地。精心设计和组织的“彬文那会战”计划，正在一步步地实现。
恰在此时，史迪威最担心的情况出现了。西线英军放弃了亚兰谬，并一路后撤，在逃至仁安羌一带时，被日军第33师团一支1000多人的穿插部队切断退路，英缅军第1师7000多人陷入日军包围。同时，东线也出现了严重情况，日军第56师团从东吁转向右侧迂回，在莫契击溃了第6军55师，正急速向乐可、东枝方向穿插。
