就立法目的而言，新《传染病防治法》增加了“保障公共卫生”这一新目的。立法目的由“保障人体健康”发展到同时“保障公共卫生”，进一步扩大了传染病防治应该关注的范围。新《传染病防治法》首次以法律形式将“保障公共卫生”确立为立法目的，不但提高了公共卫生的地位，而且指明了卫生事业的发展方向，其意义十分深远。保障公共卫生意味着必须坚持以人为本、全面协调可持续的科学发展观，统筹发展城乡传染病防治工作，统筹发展预防与医疗、传统医药与现代医药等，促进卫生与经济社会协调发展（汪建荣，2005：12）。
就其特点而言，首先，新《传染病防治法》更加科学地协调了公共利益和个人利益两者关系，强调从公民义务本位向公民权利本位的转变，减少可能或潜在的矛盾与冲突。避免简单地采取公共利益优先的传统做法，而是从权利的相对性出发，把利益的相互促进和权利的相互制约作为基本价值取向。新《传染病防治法》从不同方面对权力进行了引导和约束，使其符合自身、他人和社会利益的整体要求。其目的是既满足行政权力积极、能动、有效运作的需要，又防止行政权力滥用。
其次，新《传染病防治法》强调公共服务与科学管理并重，通过服务来强化危机的预防和事中处置。例如，新《传染病防治法》规定要高度重视传染病防治知识的宣传教育，学校要对学生开展健康教育，新闻媒体对社会无偿开展传染病防治的公益宣传；高度重视公共卫生设施建设和改造，地方各级人民政府要积极改善居民的饮用水卫生条件，对污水、污物、粪便进行无害化处置；高度重视传染病医疗救治服务网络建设，实行传染病预检、分诊制度，对传染病病人和疑似传染病病人提供医疗救护、现场救援和接诊服务等（汪建荣，2004：570）。
再次，新《传染病防治法》加大了传染病防治的物资保障。长期以来，因中央和地方政府对公共卫生事业的资源配置失衡，我国公共卫生事业发展落后于社会经济发展的整体水平。新法增设了“保障措施”一章，该章要求各级政府应把传染病防治工作纳入国民经济和发展规划纲要，并保障各项工作经费的财政投入。同时还规定，对从事传染病预防、医疗、科研、教学、现场处理疫情的人员，以及在生产、工作中接触传染病病原体的其他人员，应采取有效的卫生防护措施和医疗保障措施，并给予适当的津贴。对因参与传染病防治工作致病、致残、死亡的人员，按照有关规定进行补助、抚恤。对被决定临时隔离的人员，政府应提供生活保障；被隔离人员有单位的，所在单位不得停发薪酬。这些条款在原法中都没有规定（宋文质，2004：1408）。
最后，新《传染病防治法》突出了对传染病的预防和预警，完善了传染病的疫情报告、通报和公布制度，出台了进一步完善传染病爆发、流行时的控制措施，设专章规定传染病的救治工作（袁祥，2004）。
2．传染病监测报告系统的完善
“非典”的发生促使政府传染病监测报告系统。传染病监测是系统地收集、分析、解释和公布健康信息的实时进程，其目的是尽早发现传染病疫情并监测和分析其发展趋势，制定公共卫生优先项目以减少发病率和死亡率，提高人类健康水平。良好的设计、有效的监测系统是采取适当、及时行动和提供必要信息的基础（Rolfhamre，et al，2006：103）。
随着“非典”疫情在全国各地的出现与传播，政策制定者和执行者一开始并未能获得关于疫情的严重程度及传播范围的及时准确的信息。为解决此类问题，2003年4月24日，卫生部要求全国各地的疾控中心通过网络每日上报当地的病例数，一个月之后，即5月24日，各地的医院也被要求通过同一网络系统报告“非典”病例的情况。这套报告系统将有效的传染病最新信息提供给政策制定者和执行者，能够减少因信息滞后或错误产生的诸多问题（Wang，et al，2008，1598-1605）。
后“非典”时代，中国政府进一步改进了疾病监测系统。卫生部建立了全球最大的基于互联网的疫情报告系统，即中国疾病预防控制信息系统（CISDCP）。与传统的疫情报告系统相较，新的系统优点主要表现在以下三个方面。第一，实现了疫情实时报告。过去，医院和门诊要把个案信息报告给当地的县或区级疾控中心，然后各级疾控中心逐级汇总后月报到国家疾控中心。在中国疾病预防控制信息系统建立后，医院和门诊能够通过互联网直接即时上报疫情。这一改革使得卫生行政部门领导能够获得疫情的实时信息，从而能够及时了解疫情状况，并制定必要的控制策略。第二，实现了以个案病例上报代替以往的汇总表上报。以个案病例为基础的信息报告，可以保证卫生行政部门的领导能够及时地掌握某种疾病疫情的性质及位置，病例的集中特征（如年龄、性别、职业等），并且可以通过地理信息系统技术精确定位到具体的村庄及住户。第三，随着新系统的引进，许多普通的公共卫生人员获得了全面的疾病监测培训。通过日常的系统报告工作，多数卫生工作者对疾病监测的规范性和重要性有了更加深入的理解（Wang，et al，2007：369）。
表1-2：我国6省医疗机构传染病监测数据报告质量（单位：%）
省份、报告率、一致率、准确率、完整率、及时率、综合指数、甘肃省、93.97、69.53、67.19、78.91、75.09、76.94、青海省、58.39、73.04、59.13、73.91、78.26、68.55、湖南省、77.24、54.87、66.37、73.45、84.21、71.23、山西省、94.42、59.78、41.30、86.9//96.74、75.84、浙江省、99.65、96.36、96.97、98.79、96.97、97.75、福建省、100.00、77.60、87.20、93.60、99.20、91.52、合计、87.04、73.98、72.63、85.23、86.34、81.05、资料来源：姬一兵，郭岩等：《中国6省医疗机构法定传染病监测报告质量分析》，》《现代预防医学》2011年第38期。
传染病网络直报系统的启动使中国传染病疫情报告工作发生了质的飞跃，传染病疫情报告的及时性、完整性、准确性均得到了极大提高，疫情信息的分析、利用与反馈也得到了较大改善。冯丹（音）等人的研究就指出，正是“非典”的经验和教训，迫使中国政府通过了一部新的法律，以响应突发性卫生安全事件；新兴传染病的监测和管理机制得到了加强，并成立了一个专门的组织负责各级新兴传染病的监测和管理；每个县疾病预防控制中心现在可以通过一个特殊的网络将最新的传染病数据反馈到国家疾病预防控制中心。因此，“非典”虽然给中国带来了灾难，但也给其卫生响应机制带来了机遇（Feng，et al，2009：4-13）。同时也有研究者指出，要对各类可能引起城市公共卫生安全危机的信息进行收集和风险分析，还需要进一步完善公共卫生监测系统，这个系统应该包括：危险源监测管理系统；伤害监测系统；国民健康与疾病监测系统；动物疾病监测系统（刘苹，2007）。
3．建立突发公共卫生事件应急机制
危机预警的重要性不言而喻，特别是在对危机进行预控、减少危机损失，防止危机扩大或升级等方面有着不可替代的作用。然而，因危机具有突发性、紧急性和高度的不稳定性，加之危机的先兆可能很轻微，很不容易察觉，很容易被忽视，因此，其预警工作难度很大。有时候，也可能危机征兆出现的频率很高，以至麻痹了人们的神经，未能引起人们的重视。也可能从危机先兆出现，到危机爆发的时间很短，有关部门来不及作出反应，还可能预报不准确造成损失，给从事预警预报工作的工作人员带来巨大的压力。可见，要做好预警工作，应急机制的建立十分重要，难度也非常大（黄顺康，2006：121）。
突发公共卫生事件的预测和预警是卫生应急工作的高级阶段，目的在于避免事件的发生或使事件造成的损失最小化，有效的预警可以指导应急准备，最大限度地减少突发公共卫生事件带来的损失。对于都市而言，因其人口密集、社会生活关联性强，其意义更加重大（张文生等，2006：638）。随着公共安全的社会化，公共卫生突发事件成为一个涉及面广、系统庞大的复杂工程，必须通过统一的应急指挥部，组织各相关部门协同作战，迅速、有效地组织和实施应急救援（刘茂等，2003：14）。同时，需要关注危机管理往往要求政府以强制性手段采取应对措施，因此必须有一个健全且系统的安全法律体系，使政府处理危机事件的权力合法化，同时又对其进行约束和规范，防止因权力的滥用而侵害公民和国家的利益（姚勤华等，2004：8）。
正是基于这些考虑，“非典”爆发之后，我国政府迅速制订出台了一系列法律法规以及建设规划，加强了对于卫生公共突发事件的应急管理。2003年5月7日，国务院第7次常务会议通过《突发公共卫生事件应急条例》，进一步完善了部门信息沟通与措施联动机制，加快了建立突发公共卫生事件应急预案体系，推进了突发公共卫生事件监测预警、指挥决策系统建设，强化了指导各地规范有序开展卫生应急处置，充分做好各项卫生应急准备工作，不断提高卫生应急能力，实时开展卫生应急培训、演练，有效组织协调处置各种突发公共卫生事件，更加注重组织卫生应急策略、技术研究，加强卫生应急知识宣传，积极参与国际交流合作。到2005年12月底，全国有27个省（区、市）编办正式批复各地卫生厅局成立应急办，其中24个省（区、市）的应急办为独立设置（卫生部，2006：193）。
2006年2月26日，《国家突发公共卫生事件应急预案》出台，目的是有效预防、及时控制和消除公共卫生类突发公共事件及其危害，指导和规范相关应急处理工作，最大程度地减少对公众健康造成的危害，保障公众身心健康与生命安全。国家突发公共卫生事件应急预案适用于突然发生，造成或者可能造成社会公众身心健康严重损害的重大传染病、群体性不明原因疾病、重大食物和职业中毒以及因自然灾害、事故灾难或社会安全等事件引起的严重影响公众身心健康的公共卫生事件的应急处理工作。
为做好我国突发急性传染病预防控制工作，保障公众身体健康和生命安全，促进经济发展，维护社会稳定，全面构建社会主义和谐社会，依据《中华人民共和国传染病防治法》、《突发公共卫生事件应急条例》、《国家突发公共卫生事件应急预案》，参考世界卫生组织《国际卫生条例》（2005）和《亚太区域突发急性传染病防控战略》，2007年6月20日，卫生部制订出台了我国《突发急性传染病预防控制战略》，对建立完善突发急性传染病应对机制做出了具体的规划，提出建立指挥协调机制、信息沟通机制、部门协作机制的要求。8月30日，第十届全国人大常委会第29次会议通过了《中华人民共和国突发事件应对法》，自当年11月1日起施行。《突发事件应对法》的公布施行，标志着突发事件包括公共卫生事件应对工作全面纳入法制化轨道（汪永清，2007：8）。
2008年，卫生部突发公共卫生事件应急指挥与决策系统项目初步完成应用软件开发和数据库的建设，并为监测、评估、预警、有效应对各类突发事件奠定了基础。4月，卫生部开始进行省部级应急指挥系统互联互通试点测试工作，并前往有关省份开展互联互通调研。为了进一步规划突发公共卫生事件的监测预警、信息报告、指挥平台、培训演练、装备储备、应急处置和医学救援能力评估、救援基地建设以及策略研究等主要工作内容，2009年卫生部起草的《突发公共事件卫生应急体系建设与发展规划》（卫生部，2009：170）提出，预期到2015年，在充分利用和整合现有卫生资源的基础上，建立并完善“一支队伍、一套机制和五个系统”，即建立一支专业化的卫生应急队伍，形成一套各地、各部门以及军地联防联控的工作机制，完善卫生应急组织管理系统、突发公共卫生事件应急指挥系统、突发公共卫生事件监测预警系统、卫生应急物资储备和调运系统以及卫生应急科技支撑系统。
可以发现，我国正努力构建“分类管理、分级负责、条块结合、属地为主”的公共卫生应急管理体制和“统一指挥、反应灵敏、协调有序、运转高效”的公共卫生应急管理机制（王宏伟，2007：30）。
四、新兴传染病与传染病防控体系的新挑战
