王保保外战内行，内战却外行，马上听从孙、赵二人之计，下令调貊高军入陕。貊高军中，多为孛罗帖木儿的从前老部下，军行至卫辉，这些人夜中秘密聚集在一起议事：“王保保为总兵，我们为他统下的官军，如果派我等与南军战斗，还应该听命。现在，他下令我等昼夜兼程往河中渡河西趋凤翔去打李思齐。李思齐是官军，我们也是官军，官军杀官军，这事怎么说！”众将交换一下眼色，抽刀剁案，其中一人高喝：“不必多言。五鼓之后，我们拥扶貊高作总兵，不从就杀掉他，血洗城池而去！”结果，众将准时起事，冲进貊高大帐，讲明原由。貊高本人对王保保迟迟不出兵江淮也一肚子气，顺势与就众将齐了一条心，上表朝廷，申诉王保保有“不臣之心”。同时，貊高派出两路兵，一路袭彰德，一路袭怀庆。结果，往彰德之兵马少人精，一举而下；而袭怀庆一部军队马多兵冗，被守将发觉，闭城拒战，不能克城。当时，王保保手下的主要将官皆在怀庆，貊高调派不当，最终不能把这些人一网打尽。当时，有识者就预见貊高此人难成大事。
元廷见貊高一军派秘使来大都，大喜，立刻下诏升貊高知枢密院兼平章，总兵河北。同时，又下诏严命王保保，让他率潼关内攻之兵进击淮南，诏李思齐等关中四部军出武关下襄汉，并诏貊高率河北军与在济宁的脱因帖木儿等人一起下淮东。脱因帖木儿乃王保保亲弟，不仅不听命，反而“尽掠山东以西民畜，而西聚卫辉”。王保保率手下河南兵北渡怀庆，也向卫辉方向移动。
貊高怕受王保保兄弟两人夹击，把卫辉城内抢掠一空，北归彰德，固城自保。“朝廷无如之何”。乱世之中，诸将不听调，元廷一点办法也没有。
病急乱投医。有人给皇太子出主意：“古者太子入则监国，出则抚军，太子应上奏皇帝，自立大抚军院以总领天下兵权。如此，军权归一，可以自内制外。”皇太子觉得此计甚妙，在大都开设“大抚军院”，“专制天下兵马，省台部院皆受节”，从而在大都城开始了“军管”。
为了奖励貊高一军，皇太子赐这部元军为“忠义功臣”名号，每人发块金牌。
恰恰就在这时，明军已先后消灭了张士诚和陈友定，进而入据山东。
王保保恨朝廷偏向貊高等人，不仅杀掉了朝廷使节，他攻入太原后，还把当地元朝所任命的官员全部杀掉，以此泄愤。
如此急火攻心的关头，元廷不仅不令诸将息兵共抵“南军”，反而在至正二十八年六月公开下诏让各道军队协力，去平灭王保保。
当时，王保保之军被明军打得节节败退，正屯据太原。于是，关中李思齐等四将各派军兵组成一军，从西面发起进攻，貊高率军从东向王保保进攻。这几部元军服色相同，残杀数日，也攻不下太原城。
一日，貊高因城池久攻不下心焦，率数骑巡阵。赶上他倒霉，正遇上王保保派出一队骑兵出袭。众寡不敌，貊高被擒。于是，王保保派人把捆成麻花一样的貊高抬到阵前。貊高属下军人正在布阵，一看主将已经被人捉住，登时惊慌，四下溃散，除被杀的兵士以外，跑不及的人只得向王保保投降。
李思齐等四将见势不妙，向王保保发使送书，“告以师非出本心”，由于明军已经开始发动猛烈进攻，这几个人率军边大掠边后撤，准备保潼关。不久，四将散溃，被明军打得大败而归。
貊高败讯传至大都，元廷震惧，忙下诏罢去“大抚军院”，并杀掉出主意立抚军院的几个人，以此举向王保保“谢罪”。王保保自写书信，向顺帝自陈忠诚。顺帝见信，马上下诏“涤其前非”，恢复他以前的一切封爵。但，一切都太晚了。
可笑的是，王保保擒貊高后并未当即斩杀，反而派人来大都向顺帝请示如何处理。顺帝当然心领神会，诏书简捷：“貊高间谍构兵，可依军法处置。”王保保拿诏书给被押在刑场上的貊高看。貊高也苦笑，跪下低头，静等自己人的大刀片子落下……
惨兮兮从哪里来回哪里去
自孛罗帖木儿与扩廓帖木儿两军开始“内战”，一直到李思齐、貊高、王保保等人在晋地厮杀，整整八年过去，元朝的正规军与杂牌军一直在北方相互绞缠，杀得你死我活。正是由于这样，江南的朱元璋才能从容放开手脚，先后消灭了陈友谅、张士诚、方国珍、陈友定等人。除江南地区外，湖南和两广也尽入朱元璋手中。
在北方元军诸部人脑子打成猪脑子自相残杀正酣时，至正二十七年底，朱元璋正式开始了北伐。这位要饭花子出身的爷们儿很有远略，他并不主张直捣大都，而是这样向诸将布置：
“元建都百年，城守必固。若悬师深入，不能即破，顿于坚城之下，馈饷不继，援兵四集，进不得战，退无所据，非我利也。吾欲先取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户枢。天下形势，入我掌握，然后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。既克其都，走行云中、九原，以及关陇，可席卷而下矣。”
于是，明军（两个多月后的至正二十八年即“洪武元年”即1368年正月朱元璋才建立“大明”，此时应称为“南军”）二十五万人，由徐达和常遇春率领，浩浩荡荡杀向北方。
果然，一切皆按朱皇帝先前布置施行，明军所至皆克，迅速逼向大都。
眼见国家危亡在即，元顺帝下诏重新强调皇太子“总天下兵马的威权”，诏谕诸将，作了一番垂死挣扎而又详尽的“战略部署”：“复命扩廓帖木儿（王保保）仍前河南王、太傅、中书左丞相，统领见部军马，由中道直抵彰德、卫辉；太保、中书右丞相也速统率大军，经由东道，水陆并进；少保、陕西行省左丞相秃鲁统率关陕诸军，东出潼关，攻取河洛；太尉、平章政事李思齐统率军马，南出七盘、金、商，克复汴洛。四道进兵，掎角剿捕，毋分彼此。秦国公、平章、知院俺普，平章琐住等军，东西布列，乘机扫殄。太尉、辽阳左丞相也先不花，郡王、知院厚孙等军，捍御海口，藩屏畿辅。皇太子爱猷识理达腊悉总天下兵马，裁决庶务，具如前诏。”
王保保接诏，并未遵诏而行，而是向云中（今山西大同）方向进发。其帐下将有不少狐疑，问：“丞相您率帅勤王，应该出井陉口向真定（今河北正定），与在河间的也速一军合并，如此可以截阻南军（明军）。如果出云中，再转大都，迂途千里，这怎么能行？”王保保还敷衍：“我悄悄提军从紫荆关入袭，出其不意，有什么不好？”倒是他身边谋士孙恒一语挑明：“朝廷开抚军院，步步要杀丞相。现在事急，又诏令我们勤王。我们驻军云中，正是想坐观成败！”进言者听此话，只得默然。
可见，大都元廷急上房，王保保仍持坐观态度，元军其余诸部可以推想。
很快，明军打到通州。元朝知枢密院事卜颜帖木儿像条汉子，出兵力战，兵败被杀。
眼看大都不守，元顺帝在清宁殿招集三宫后妃、皇太子等人，商议出京北逃。左丞相失烈门等人谏劝，一名名叫赵伯颜不花的太监更是叩头哀嚎：“天下者，世祖之天下，陛下当在死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸卫士出城拒战，愿陛下固守京城！”
顺帝已经吓破胆，当然不听。1368年阴历七月二十八日夜间，元顺帝最后看了一眼元宫的正殿“大明殿”，嘴里嘀咕了一句什么，即率皇后、皇太子等人开健德门，出居庸关，逃往上都方向。八月三日，明军攻入大都城，元朝灭亡。
元朝的宫殿正殿，名字就叫“大明殿”，元顺帝临行前看着那三个字，肯定和我们后人想的一样：莫非这是“大明”取代“大元”的象征？其实，如同“大元”取自《易经》“大哉乾元”之语一样，元朝的“大明殿”也是出自《易经》乾卦的彖辞：“大明始终”；元顺帝逃走时所经的“健德门”，出自乾卦彖辞：“天行健”；厚载门出自坤卦“坤厚载物”；咸宁殿出自乾卦“万国咸宁”，等等，大多是根据《易经》为宫殿和宫门起的名字，至于日后与“大明”暗合，也是小概率的巧合吧。
元顺帝在一年多后因患痢疾病死，终年五十一，蒙古人自己上其庙号为“惠宗”，他之所以被称为元顺帝，是朱元璋“以帝知顺天命，退避而去，特加其号曰顺帝”。
元顺帝遁走，徐达上《平胡表》给朱皇帝：
惟彼元氏，起自穷荒，乘宋祚之告终，率群胡而崛起。以犬羊以干天纪，以夷狄以乱华风，崇编发而章服是遗，紊族姓而彝伦攸理。逮乎后嗣，尤为不君，耽逸乐而招荒亡，昧于竞业；作技巧而肆淫虐，溺于骄奢。天变警而靡常，河流荡而横决，兵布寰宇，毒布中原。镇戍溃而土崩，禁旅颓而瓦解，君臣相顾而穷迫，父子乃谋乎遁逃。朝集内殿之嫔妃，夜走北门之车马。臣（指徐达自己）与（常）遇春等，已于八月二日，勒兵入其都城。
百年汉族郁结之气，竟能在这一篇表章中一泄而出。
明朝历史学家权衡对元顺帝有过特别恰当的评价，以往治元史者皆未注意他的看法，现摘录于下：
（顺）帝在位三十六年，当元统至元间（顺帝前期两个年号），帝受制（于）权臣，（权臣）相继或死或诛。帝恐惧之心驰，而宽平之心生。故至正改元后，复兴科举，行太庙，时享赐高年之帛（敬老），益蜀免天下民租，选儒臣欧阳元等讲《五经》、《四书》，译《贞观政要》，出厚载门耕籍田（不忘天下农耕之辛苦），礼服祀南郊（敬天顺人），立常平仓，因水旱盗贼下诏罪己（能自我批评），尽蠲被灾者田租。又命使（臣）宣抚十道，凡此皆宽平之心所为者也。惜乎元朝之法，取士用人推论“根脚”。
其余图大政为相者，皆“根脚人”也（其实汉人贺惟一不在内）；居纠弹之首者（指御史大夫），又“根脚人”；莅百司之长者，亦“根脚人”也。而凡负大器、抱大才、蕴道艺者（指非蒙古、色目出身的汉人），俱不得与其政事。所谓“根脚人”者，徒能生长富贵，脔膻拥毳，素无学问。（这些人）内无侍从台阁之贤，外无论思献纳之彦。是以四海之广，天下之大，万民之众，皆相率而听（从）夫（那些）脔膻拥毳、饱食暖衣腥膻之徒。使之（这些人）坐廊庙、据枢轴，以进天下无籍之徒。呜呼，是安得不败哉！……向使庚申帝（元顺帝，他生于庚申年，即延祐七年）持其心常如至正（年号）之初，则终保天下，何至于远遁而为亡虏哉！
后人言及元顺帝，皆津津乐道其“大喜乐”的房中丑事及爱木工技术的“不务正业”，似乎他的主要性格特征只是“荒唐”和“昏愚”。为此，权衡也不大以为然：
庚申帝（顺帝）岂昏愚者哉！观其欲杀是人也，未尝不假（借）手于人。外为不得已之状，内实行其欲杀之志。其问甲，则曰乙与汝甚不许也；问乙，则曰甲与汝甚不许也。及甲之力足以去乙，则谓甲曰，乙尝欲图汝，汝何不去之也；乙之力足以去甲，则亦如是焉。故其大臣死，（倒霉蛋）则曰此权臣杀我也；小民死，则曰此割据弄兵杀我也。人虽至于死，未尝有归怨之（元顺帝）者，（这种情况）岂昏愚者所能为之哉！或又曰：庚申帝（顺帝）以优柔不断失天下，（此说）亦非也。庚申帝岂优柔不断者哉！自至正改元以来，凡权臣赫赫跋扈有重名者，皆死于其手。（顺帝）前后至杀一品大官者凡五百余人，皆出（其）指顾之间，而未尝有悔杀之意，此岂优柔不断者所能哉！
分析了元顺帝并非因荒唐或优柔寡断失天下以后，权衡一针见血指出了这位末代帝王最大的性格特点：“然则（顺帝）竟何以失天下者，曰由其阴毒故也！且自古有天下之君，莅九五之位，惟秉阳刚之德，总揽阳刚之权者为能居之。若操阴毒之性者，适足以亡天下耳！”
当然，元朝灭亡有着十分复杂的主客观因素，但元顺帝作为最高统治者，其本性中的“阴毒”特质，当时及后世研究者罕有提及。
蒙古人作于十七世纪的《黄金史纲》中，有一首非常抒情的诗歌，表达了他们失去大都的无比哀伤和叹惋：
以诸色珍宝建造的纯朴优美的大都，
先可汗们的夏营之所，我的上都沙拉塔拉，
凉爽宜人的开平上都，
温暖美丽的我的大都，
丁卯年失陷的我可爱的大都，
清晨登高眺望，烟霞飘渺。
乌哈噶图可汗我（元顺帝）御前曾有拉哈、伊巴呼二人
［虽曾］识破，但却放弃了可爱的大都，
生性愚昧的那颜们都各自回跑到自己的领地。
我哭也枉然，我好比遗落在营盘的红牛犊。
以各种技巧建立的八面白塔，
宣扬大国威仪以九宝装饰的我的大都城，
宣扬四十万蒙古声威的四方四隅的大都城，
恰在弘扬佛法之际，因昏愦而失去可爱的大都，在我的名声之下。
为四面八方的蒙古之众显耀、矜夸我的可爱的大都，
冬季御寒的我的巴尔哈孙，
夏季避暑的我的开平上都，
我的美丽的沙拉塔拉，
未纳拉哈、伊巴呼二人之言，乃我应受的报应。
把神明所建的行宫，
把忽必烈薛禅可汗避暑的开平上都，
统通失降于汉家之众；
贪婪的恶名，加诸于乌哈噶图可汗了。
把众民所建的玉宝大都，
把临幸过冬的可爱的大都，
一齐失陷于汉家之众；
凶暴的恶名，加诸于乌哈噶国可汗了。
把巧营妙建的宝玉大都，
把巡幸过夏的开平上都，
