新方法指令的条款中也明确规定了协调标准与基本要求有不符情况的处理方式。新方法指令规定，一旦发生这样的情况，成员国和欧委会可以对有关标准提出正式的异议。
在提出正式异议之前，成员国还有权向欧委会，或者直接向98/34委员会就有关基本要求在某一标准中的应用问题提出看法。这种做法没有任何法律后果，且还可能会避免日后正式异议的提出。成员国还可以同时说明自己日后提出正式异议的打算，使欧委会在接受欧洲标准化组织提出将有关标准在官方公报公布时，可以更加警觉。
成员国如果决定正式提出异议，就必须确保参照已满足这样两个条件：首先，作为协调标准的有关标准已经得到有关欧洲标准化组织的批准。其次，欧洲标准化组织已经请求欧委会将该协调标准的参照公布在欧共体官方公报的C系列中。事实上，总存在这样的可能，即有关欧洲标准化组织在最后审查之后，认为有关标准与委托书的条款或者有关指令的基本要求不符。这种情况下，该欧洲标准化组织就不会要求将参照进行公布。
正式异议文件的内容为有助于欧委会和其他成员国能够对异议提出正确的评判意见，成员国提交的正式异议文件必须包含这样一些必要的信息：列出相关指令以及指令中的保障条款；写明标准的具体情况（标准号、年份和标题）；标准中有异议部分的详细情况以及有关基本要求；必要时，标明相关产品类型；详细证明标准与指令条款不符的情况；其他诸如事故数据和采取措施的建议等。如果异议是由欧委会的服务部门提出的，所需文件的情况同成员国提出的相同。
除了两个基本条件外，异议的程序需要采取正式的形式，因为正式异议可能给经济操作者带来法律后果。因此，为确保最大限度的透明，正式的异议应通过欧盟的永久代表交给欧委会秘书长。同时成员国也可以将拷贝送至欧委会负责有关指令的服务部门（可以在新方法指令指南中的“联系点”查找到具体部门）。成员国提交的正式异议文件可以以任何一种官方语言书写，欧委会服务部门会将其译为至少98/34委员会使用的其中一种工作语言。而如果成员国想撤消正式异议，也必须采取同样的渠道。
收到异议文件之后，欧委会的有关部门将进行预处理。指令的文本中一般要求98/34委员会和欧委会采取紧急行动，因为采用这样有缺陷的标准可能会造成未遵守基本要求而带来的危险，或避免给有关经济操作者、指定机构和市场监管权力机构带来法律上的不确定性。因此，一旦收到正式的异议，欧委会会立即将文件交给具体的部门服务机构和有关指令的专家组。因此，异议文件在交给98/34委员会之前，就会自动地由该部门委员会或者专家组进行预先处理，避免出现98/34委员会在第一次会后就可能将文件送还给有关部门委员会的情况。
经过预处理过程后，负责98/34委员会秘书工作的标准化服务部门会将采取措施的建议意见提交该委员会做参考。这些意见是由欧委会的部门服务机构汇集各方意见而成的，欧委会的部门服务机构不仅会与有关部委联系，还会征求各利益方的意见。欧委会必须对正式异议做出裁决（接受或者否决），除非该异议已经变得不相关，例如有关的标准已经被修改，且目前已经达到满意程度。欧委会必须将决定通知成员国。如果欧委会的决定是接受该异议，这一结果就必须公布在官方公报上，有关方将会由此知道有关的标准是否会从官方公报上去除，或者只是限制性的公布。而如果欧委会的决定是否决该异议，这样的结果就不须在官方公报上公布。有时，欧委会的决定也可能仅涉及一个标准的一部分或者一些条款。如果这时该标准尚未在官方公报上公布，那么欧委会的决定就仅涉及不符合基本要求的部分内容以及有关的解释，称为“部分公布”，这样符合基本要求的那部分标准就可以尽快被使用。而如果标准已经在官方公报上公布，那么欧委会的决定就仅涉及不符合基本要求的部分内容以及有关的解释，称为“部分取消”。
暂停正式异议程序的情况以往曾经出现过成员国要求暂停正式异议程序的情况，因为有关标准化修订工作正在进行。这样往往带来立法方面的不确定性，因为正式异议是要解决安全或健康问题，因此需要采取紧急行动。一般会出现两种可能的状况：一种就是成员国坚持其正式异议，而欧委会为了结束法律不确定的情况，继续依据有关文件中的规定进行有关程序；另一种就是成员国将正式异议撤消，因为正式异议中所提及的问题已经以详细的委托书形式交给欧洲标准化组织处理。
当欧委会同意了有关标准的正式异议之后，它将给相关欧洲标准化组织下达委托书，复审有关的标准。委托书将体现98/34委员会的意见，可能也同时表达正式异议中所提出的看法。依据具体情况和需要的标准化工作的复杂程度，委托书的形式可以是简单的书信的方式，也可以是详细的委托要求形式。欧委会将采取必要措施确保对委托书工作进展情况的密切跟踪。98/34委员会也将定期了解有关标准化工作的进展情况。即使在正式异议被拒绝的情况下，如果欧委会和98/34委员会认为有必要（部分地）复审有关标准，它们也会给欧洲标准化组织下达这样的委托书。
这里以CEN复审欧洲标准的过程加以说明。复审欧洲标准的动议可以来自技术委员会［欧洲标准化委员会管理中心（CMC）每年都会将到期（五年内）的欧洲标准罗列出来，通知技术委员会秘书处］、CEN的国家成员（例如对协调标准内容的不认可，可能是认为标准与基本要求不相符，或者由于技术的进步）、欧盟（通常是由于指令涉及范围被扩大至其他产品，或者基本要求的修改等引起的）、欧自联等不同的途径。收到复审要求后，技术委员会就会通过决议，决定如何采取行动。技术委员会首先会考虑是否需要提议制定ISO标准，如果答案是否定的，技术委员会就考虑可否确认该欧洲标准。同样，如果答案是否定的，技术委员会接下来就考虑将欧洲标准进行修订。如果答案仍然是否定的，那么技术委员会就会将该欧洲标准撤消。不管采取以上何种措施，都必须将结果告知CEN的成员国家，并通告给欧盟和欧自联。
如果CEN接到修订现有欧洲标准的要求，或者CEN认为有必要修订有关欧洲标准，技术委员会秘书处将提出决议，说明修订需要采取的具体的批准程序。根据具体程序，技术委员会秘书处将准备修订草案，然后进入CEN咨询(CEN enquiry)阶段，或者独立接受程序（Unique Acceptance Procedure）。通过这样的一个过程，有关欧洲标准就得到了修订。
总之，欧盟技术标准体系既不同于其技术法规体系，也不同于其他国家的技术标准体系：欧盟的标准存在两种不同的层次——国家标准和欧洲标准；欧洲标准本身又不同于国家标准——欧洲标准的制定、发布、出版、复审与撤消必须遵循欧盟特定的程序和规定。
