中日甲午之战后，卖国的《马关条约》和慈禧太后奢靡的寿诞使得举国民怨沸腾，慈禧太后虽稍加收敛，但是心中极为不满；而此时的光绪帝已经24岁了，“亲政”八年，但是在慈禧太后的淫威下，整日心惊胆战，唯唯诺诺。光绪二十二年五月初八日（1896年6月18日）慈禧太后亲妹妹、光绪帝的亲生母亲、醇亲王奕的嫡福晋叶赫那拉氏去世，仅存的一个处于慈禧太后与光绪帝之间的缓冲阀消失了，两人的冲突的可能性大大增加。
《马关条约》之后，民族危机加深，资产阶级维新派也开始激烈的表达自己的变革诉求，光绪帝也因为屈辱的条约使自己颜面扫地而感觉到“若不变法图强，社稷难资保守”。光绪帝于光绪二十三年十二月二十五日（1897年1月17日）发布上谕，搜罗变法人才，光绪帝的老师翁同龢向其推荐了著名的康有为。其实早在《马关条约》签订后不久，光绪二十一年四月初八日（1895年5月2日）康有为就已经小有名气，他借赴京考试之机，发动“公车上书”，联名请愿。对于光绪这种行动，慈禧太后不可能不了解，当时慈禧太后并没有太妨碍变法，因此授意光绪帝召见军机大臣与康有为商谈相关问题。正是遵照谕旨，总署五大臣李鸿章、翁同龢、荣禄、廖寿恒、张荫桓才于光绪二十四年正月初三日（1898年1月24日）
在总署西花厅接见了康有为，康有为也按照光绪帝的指示，进呈了《日本变政考》和《俄大彼得变政记》。按照《清廷戊戌朝变记》的说法，此时的慈禧太后对于变法谈不上支持，但是至少是一个不反对的态度。
光绪帝在看完康有为进呈的奏折之后，深感变法之急迫，但是他也了解自己的处境，于是向庆亲王奕劻诉苦：“太后若仍不给我实权，我愿退让此位，不甘作亡国之君。”谁料想奕劻马上将此事转呈慈禧，慈禧大怒：“他不愿坐此位，我早已不愿他坐之。”但是随后，光绪帝面见慈禧太后，慈禧还是在这件事上给光绪定了一个基调，那就是：“凡所施行之新政，但不违背祖宗大法，无损满洲权势，即不阻止。”
慈禧的这种态度一方面是《马关条约》之后的列强给逼出来的，她也感到“外国欺我太甚”，大清需要自强；另一方面就是光绪帝和臣下的奏陈，这也给了慈禧太后很大的舆论压力，甚至在公车上书之时对光绪帝表示：“苟可致富强者，儿自为之，吾不内制也。”
但是随着变法一事逐渐进入实际的操作层面，慈禧太后和光绪帝，守旧派和维新派的冲突就开始全面爆发。关于这一点，最突出的表现就在《光绪大事汇鉴》中所载密诏：“近来朕仰窥皇太后圣意，不愿将法尽变，并不欲将此辈老谬，昏庸之大臣罢黜，而登用英勇通达之人，令其议政。”慈禧太后和光绪帝的冲突在于用哪些人，守旧派和维新派的冲突在于改不改，改到什么程度。
在维新派的策划下，光绪帝最终下定决心，于光绪二十四年四月二十三日（1898年6月11日）以皇帝之名正式颁布《明定国是诏》，宣布推行变法新政。与此同时，慈禧同荣禄密谋胁迫光绪帝在召见康有为的前一天，连发四道谕旨：罢免翁同龢，砍掉光绪帝助手；收回二品以上大臣的任命权，剥夺光绪帝重要的人事权力；本年秋，令光绪帝陪同慈禧巡幸天津阅操，告诫臣民谁才真正拥有“枪杆子”；任命荣禄为直隶总督。就这样，光绪帝处处掣肘，慈禧太后却引弓待发。
从四月二十三日（6月11日）光绪帝发布“定国是诏”开始，到八月六日（9月21日）慈禧发动政变为止，光绪帝实行变法总共103天，史称“百日维新”。“奈掣肘何”的光绪帝在这一百天里下发了多道谕旨，令维新派欢欣鼓舞，当然守旧派自然对于这些政策阳奉阴违，特别是当光绪帝下发谕旨，裁撤詹事府等六衙门及三省巡抚之时，守旧派十分惶恐，变法遇到了更大的阻力。随后光绪又罢免了礼部六堂官，这就触及到了慈禧太后之前颁布的人事权的红线。而且更令慈禧感到不安的是有谣言称外国列强支持光绪帝强迫慈禧下台，而且此时光绪帝却请求伊藤博文在津停留，有谣言又称光绪欲用外国人为顾问官。
在静观光绪帝的一系列“折腾”之后，慈禧太后开始出手收拾这群没有军权的维新派。而此时的维新派也意识到危险，开始意识到军权的重要性，走出了一步策反袁世凯的“臭棋”，七月二十六日（9月11日）光绪帝发出上谕：“电寄荣禄，着传知袁世凯，即行来京陛见。”但是这些小动作尽收慈禧太后眼底，连光绪帝自己也意识到问题的严重性，感觉“今朕位几不保”。最终袁世凯出卖“革命”，把一切翔实告知荣禄，慈禧太后知获光绪帝“乃听小人之言谋我”后震怒，说出了一句：“今日无我，明日安有汝乎？”
最后，以慈禧太后为首的守旧派势力向以光绪帝为首的改良派势力发动的一场血腥政变，戊戌变法宣告失败，戊戌六君子被杀，康有为、梁启超等逃往国外，光绪帝失去了人身自由，被囚禁于瀛台，而以慈禧太后为首的守旧派势力重新掌权。
一般人们都把慈禧太后划归为极端的顽固派一流，认为慈禧太后与光绪帝在戊戌变法中的对抗是维新与守旧的对抗，而慈禧太后发动的戊戌政变也是守旧派与维新派之间的斗争，实际情况完全不是如此。
对于慈禧来说，不管你变什么法，只要不触及自己的核心利益并且对维护清朝的封建统治有利，那么就支持；对于光绪帝来说，无论什么变法，只要能够帮助自己从慈禧太后那里夺回最高权力，他就放手一搏。章太炎就曾经十分精辟地分析了光绪帝变革的心态：如果不进行一定程度的变革，那么光绪就不可能得到帝国主义的支持，就不能夺回权力，假如当时慈禧太后去世，光绪帝名正言顺地独揽大权，那么光绪帝也就不可能再去支持什么“戊戌变法”，甚至可能打击如“戊戌六君子”之类的维新派。
