虽然慈禧太后的很多卖国言行都表明了她对待洋人的奴颜婢膝，但是从内心里，慈禧太后对洋人的仇视由来已久。英法联军火烧圆明园，把同治帝和她逼到了热河行宫，这给年轻的慈禧太后留下了最初的阴影；中日甲午战争，《马关条约》让自己的六十大寿的喜庆气氛荡然无存；对于自己想要捉拿的戊戌变法中的“首犯”康有为，英国人也保护得十分森严；而戊戌政变后，慈禧太后想废除光绪帝，也遭到列强的公然干涉；包括自己想找个“皇命危夷”的借口另立储君，外国“友人”也毫不留情的戳穿其中的把戏，并且对于新立储君毫不认同……
仇恨的种子埋在了慈禧的心中，这是一个可怕的信号，总有一天会要爆发出来，慈禧太后此时仅仅需要一颗可以暂且一用的棋子，而恰恰此时，让她“无比头疼”的“义和团”运动进入了她的视线。
十九世纪下半叶，由于清政府被迫签订的大量不平等条约，使得西方列强纷纷取得了在中国内地建立教堂，传播宗教的特权，大批带着各种目的的传教士蜂拥而入。一方面，基督教教会因为文化传统、风俗差异等原因与当地普通民众之间的冲突越来越大；另一方面，大部分外国传教士通过各种手段侵占土地，聚敛钱财，更有甚者干涉地方政府政务，部分不良教民也横行乡里，鱼肉百姓。因此，以义和拳、大刀会为首的诸多民间组织开始自发的进行了“反洋教”的斗争，以至于各种“教案”层出不穷。总的来说，这种针对西方在华人士包括在华传教士及中国基督徒所进行大规模群众暴力运动，基本上是由于治外法权凌驾中国法律、当时中国人的盲目仇外心态、守旧势力的煽动以及当时的自然灾害等各种因素综合而形成的。
义和团运动最先兴起于山东，慈禧太后此时的态度是“剿杀”。这主要是当时义和团尚处于初步发展阶段，实力不强大，不足以入慈禧太后“法眼”。当时慈禧太后连续撤换了三位山东巡抚：李秉衡、张汝梅和毓贤，都没有把义和团运动扼杀在摇篮里，光绪二十五年十月二十六日（1899年11月28日），慈禧太后还发布上谕，申斥了毓贤的“剿匪不力”。直到慈禧太后把袁世凯调任山东巡抚，袁世凯才用他的新式陆军把义和团的主要势力赶出了山东境内。
此后，义和团运动在直隶地区愈加发展壮大，而且已开始形成统一的名字，以及“扶清灭洋”的政治口号。这种新的动态引起了列强的关注，而此时的慈禧太后对于义和团运动她也是一种矛盾的心态。光绪二十五年（1899）年初，京津地区不断频繁的义和团运动让居住的外国人感到十分紧张，各国公使纷纷要求慈禧太后表明自己对义和团的态度，由于慈禧太后的不理睬，随后天津大沽口就出现了各国的示威军舰。
这种情形下，慈禧太后立即服软，下令总理衙门致函各国公使，允许其派兵保护大使馆和教堂，并且承诺剿杀义和团。与此同时，光绪二十五年五月初九（1899年6月5日），慈禧太后命令刑部尚书赵舒翘赴京畿地区暗查拳民，五月初十（6月6日），又派遣大学士刚毅奔赴保定调查，最终得到了两个所谓的确切“消息”：一个就是义和团“拳民”有刀枪不入的神功，保卫大清的忠心；另一个就是各国列强欲借此次机会逼迫慈禧太后归政，让光绪帝掌握政权。这两条不怎么准确的消息让慈禧太后对义和团和洋人的态度分别都发生了决定性的转变，在此刻慈禧的心里，列强对其统治的威胁已经远远超过了义和团。慈禧太后此时作为一个女人以惊人的胆量，一改昔日软弱无能、投降卖国的形象，不顾国家实力，匆忙准备向列强发布战争动员令。
“国之大事，在祀与戎”，这种决定对外开战的大事，慈禧太后还是在形式上让诸王大臣参与了讨论，总共开了四次御前会议，实际上基本就是她一个人说的算，最终在五月二十五日（6月21日）决定向各国宣战，宣战诏书写得“伟才斐然，气势磅礴”，主要策略就是借助“义和团”，鼓励其“同仇敌忾，陷阵冲锋”，这份诏书实际上是一份对国内发布的战争动员令。
其实早在慈禧太后向列强正式宣战之前，各地战斗早已打响。宣战前，义和团就对由英国海军提督西摩尔率领的二千多名八国联军，在廊坊完成了一次成功阻击，取得了“廊坊大捷”，八国联军撤退途中，又遭到清军董福祥部的袭击，西摩尔损失惨重。在宣战的当日，德国公使克林德离开东交民巷，前往清政府总理衙门交涉公使撤离之事，在途中恰好遇上端郡王载漪的虎神营官兵巡逻，载漪二话不说就将克林德击毙，克林德也“光荣”地成为了本次战争中被打死的级别最高的外国人，这就是著名的“克林德事件”。随后，围攻东交民巷使馆的战斗也打响，负责进攻的是荣禄和董福祥两支清军，但是慈禧太后为了给自己留后路以及扣押人质，下令负责进攻大使馆的清军不能伤害公使以及家属性命。
而端郡王载漪和庄亲王载勋完全不理会慈禧太后“深有用意”的保护大使的命令，率领义和团“拳民”冲入紫禁城，借口要杀掉与洋人同声同气，保护洋人的光绪皇帝，慈禧太后果断地镇压了两人趁机犯上作乱的行为，与此同时也开始对越来越不受控制的义和团运动心生警惕，并开始非正式地向列强表达了求和意愿。
但此时八国联军根本就没有理会慈禧太后的意愿，不断增兵，最终攻占天津，慈禧太后此时“联拳抗洋”、“以战促和”的决心崩塌，急忙下令暂停对东交民巷的进攻。慈禧的“善意示好”并没有得到列强的和善回应，八国联军开始向北京进发，而慈禧太后授命李鸿章为全权大臣，让他“即日电商各国外部，先行停战”，这种情况下，清军逢战必败，兵败如山倒，天津至北京的防线全线崩溃，联军不费一枪一炮占领了北京的门户通州，北京城危在旦夕！
