国共合作后广东反帝反封建国民革命的高涨，引起了帝国主义、买办阶级及封建军阀的忌恨。他们狼狈为奸地纷起反对国民革命运动的进行。廖仲恺作为孙中山的忠实臂助及主要革命领袖之一，始终站在反帝国主义与反封建买办阶级斗争的第一线；他紧紧团结依靠广大工农兵群众，成为当时广州革命政府铲除反动商团、东征陈炯明叛军、讨平滇桂军叛乱的主要决策者和重要领导人。
首先，廖仲恺是力主严惩广州商团的领导者，自始至终领导并参与了平定广州商团军叛乱的正义斗争。创建于民初的广州商团军，经过10多年的发展，到1924年已拥有10个分团共计团军4000余人，连同后备力量约达6000人，成为一支力量不小的商人武装。这期间，孙中山和廖仲恺等曾一度努力争取商团与政府合作。为此，他们一起出席了6月29日的广州军警团会操；廖还在行授旗礼后代表孙中山讲话，勉励军队要努力革命，警察与商团应合力捍卫地方治安继续奋斗以收民生乐利之实效。然而，此时受汇丰银行买办陈廉伯和南海大地主陈恭受操纵控制的广州商团，却公然与孙中山及其革命政府相对抗。一方面，商团头目肆意攻击孙中山，大造颠覆广州革命政府的反革命舆论，胡说孙中山要实行共产主义，非立即起来团结自卫，商界必亡；他们又擅自在广州召开全省商乡团代表的“联防会议”，拟于8月中旬正式成立广东省商团军联防总部，叫嚣要“以平民武力革除不良政府，此后救粤责任由商团负起”。另一方面，陈廉伯等又向香港德商南利洋行私自订购长短枪9841支，及各式枪弹337.42万发，雇悬挂丹麦国旗的挪威轮船“哈佛”号潜运来粤；他们妄图等这批枪械运抵广州起卸后，即于8月14日推翻政府取而代之，以陈廉伯为广东督军。陈廉伯等当时所以敢明目张胆地反抗孙中山及其革命政府，是因为港英当局曾有人怂恿他说：“如果你能够运动商团反对政府，我们英国便帮你组织商人政府，你陈廉伯就是中国的华盛顿。”由此不难看出，广州革命政府扑灭广州商团叛乱，是一场反对帝国主义和封建买办阶级的革命斗争。
在广州商团阴谋颠覆革命政府的紧急关头，廖仲恺勇敢而坚决地奋起与反动商团相搏斗。他于8月6日以省长名义发出告令，禁止全省商团军联防总部成立。10日，在孙中山令蒋介石率“江固”、“永丰”两舰将私运团械的“哈佛”号轮押至黄埔军校门外，并将团械起卸封存于军校内后，廖仲恺于当日和12日两次为扣械事发出布告，严正指出陈廉伯等这次私运大批军火，罪等谋乱，为维持社会治安和政府威信，不能不将该轮移泊黄埔扣留，以待查究。当商团头目以扣械事为借口，大肆煽动商团军掀起反政府风潮时，廖仲恺又进一步采取了坚决的打击措施：针对陈廉伯抗命派人四出宣扬将如期成立全省商团联防总部之事，他即令黄埔军校教官文素松率第三、第四队学生，前往省城维持治安、震慑谣言；在陈廉伯和陈恭受煽动广大商民对政府税捐过重的不满情绪，并胁迫强制佛山与广州等属商民于8月22—25日实行罢市时，他即以省长名义先后下令通缉两陈以遏乱萌，在8月24日的广州市民大会上发表长篇讲话，当众宣布陈廉伯私运军火的罪状，进而说明陈氏与政府捣蛋之法在罢市，而政府对待之法是制止和打消罢市！在此前后数天内，廖仲恺一方面宣布广州实施军事戒严，通令有关部门筹办米食和维持市面金融以安人心；另方面他又多次发布告令，劝谕广大商民切勿受惑停业，自取纷扰，并申令对27日8时后仍罢市之大小商店，将“一律置于军事处分之下”。他当时还坚决反对滇军军长范石生及师长廖行超就发还团械事所进行的“调停”活动，并与蒋介石一起提出：按照私运枪械法例，全部没收被扣团械，将之用于武装黄埔学生军和广东工农团军。香港《华字日报》曾载文说：“以内幕言，廖……为主张扣械最力之人；以公事言，则省长衙门为奉命办理扣械之主要机关！”这正好道出了廖仲恺在制裁和严惩广州商团过程中的重要作用。
然而，当时国民党政府高层内部对如何处理商团的意见并不一致。胡汉民等力持息事宁人，以免风潮扩大；滇军将领则日以斡旋调停、偏袒商团为事。廖仲恺严惩商团的主张一时受阻，被迫于9月12日辞去广东省长职，以观事态之发展。次日孙中山赴韶关督师北伐后，令胡汉民留守广州代行帅职并兼任广东省长。于是胡提出以下妥协办法：体恤商艰，准商团备价购枪；联防总部按政府所颁规章进行改组，其成立后须受政府监督；请求派向与商团有交谊的李福林任市长，以便于调解。
当时，在韶关督师北伐的孙中山，虽不同意范石生等拟订的“调停”六条件，但却采纳了胡省长的意见，同意取消对两陈的通缉令，并因需款孔亟而最后答应了广州市长、民团督办李福林的部分还械三项办法——由广州殷实商人筹借北伐费20万元，扣械发还枪支5000杆以上，团械发还之日由商团通电解释误会和表明心迹。这些妥协退让的做法，为广州商团由坚持第二次罢市发展到铤而走险壮了胆威。10月10日上午，广州商团军在从李福林手中领回长短枪4000杆、子弹12.4万余发后，下午就在西濠口枪杀参加“双十节”示威游行的工农群众数人，公然发动了旨在推倒孙中山革命政府的武装叛乱——它的这一倒行逆施突破了孙中山所能容忍的底线，结果只能是自取灭亡。
“双十惨案”和商团叛乱发生后，孙中山的革命政府面临着生死存亡的抉择：要么自己垮台，要么扑灭反动商团。廖仲恺立即偕工团军部长施卜赴韶关，请求孙先生火速回师广州进行戡乱。当时，中国共产党人、黄埔军校的学生军及广州的工、农团军，都坚决表示：“拥护中山政府到底，誓与反革命商团军拼个你死我活！”孙中山从中吸取了力量，最后坚定了武装讨平商团叛乱的决心。他于10月10日电令胡省长及各军总司令谓：商团“叛迹显露，万难再事姑息。生死关头，惟有当机立断”进行平叛。次日，他指派由国共两党要员廖仲恺、蒋介石、谭平山等5人“成立革命委员会”，自兼会长，聘鲍罗廷为顾问；同时又令留在韶关的湘军一部、吴铁城之警卫军及粤军张民达师等，星夜班师赶回广州肃清内乱——“务于二十四点内办理完竣，以免后患。”14日，廖仲恺以革命委员会秘书兼政府平叛军监察的身份，协助平叛总指挥蒋介石，命令参加平叛的政府军分五路围歼广州商团军。各军奋战约5个小时，即一举荡平了陈廉伯一手制造的商团军叛乱。
在平定广州商团的过程中，何香凝的立场态度与廖仲恺完全一致，也为这场平叛斗争作出过贡献：她在8月24日的广州市万人大会上代表女界发言，严厉申讨陈廉伯等人的反动罪行，坚决支持政府严办商团；10月15日政府军平叛的战斗打响后，她亲率中央妇女部的救护队赶到西关，冒着枪林弹雨开展了救死、裹伤、施医的战地救护工作，计救出伤员30余名，分别送各医院治疗，后又收敛尸体23具，并做好善后处理。
其次，廖仲恺不仅是革命政府第一次出师讨伐陈炯明叛军的决策者，而且还从政治领导和后勤保障两个方面，为首次东征取得最后胜利作出了重大贡献。这次东征是由陈逆的进犯引起的。叛将陈炯明是广东境内实力最大的地方军阀。他率部退至粤东地区负隅顽抗，防线直布置到东莞石龙附近，时刻梦想打回广州。孙中山于1924年11月中旬北上后，陈逆在汕头自称救粤军总司令，并致电广州总商会，宣称其将发动攻势解放广州，呼吁商会予以支持和协助。
在陈炯明的进犯面前，广州革命政府决定进行第一次东征，廖仲恺当时成为这次东征的主要决策人。为统一东征的军事领导权，他于12月24日同胡汉民、加伦将军举行三人会议，决定吸收许崇智、蒋介石、杨希闵参加组成中央军事委员会，并责成东征联军总指挥杨希闵要绝对服从它的领导，尽快草拟出广州防务计划及东征各路军的作战方案。26日和30日，廖仲恺先后两次出席军事委员会的会议，促使该会作出决定：西、南两路严密戒备，先期全力肃清东江之敌——兵分三路东征：杨希闵之滇军任左路，向河源、老隆进军；许崇智之粤军和黄埔校军为右路，由淡水、平山直趋海陆丰；刘震寰之桂军任中路，围攻惠州。滇、桂军在以后的东征中根本没有执行这一战略计划。
在东征军出师前夕，何香凝受廖仲恺的嘱托，于1925年1月26日离粤北上赴京。她此行为的是协助宋庆龄照料时已病重的孙中山。2月初东征军出兵展开攻势后不久，负担中、左两路的桂、滇军各部即徘徊于增城、博罗一带，讨伐陈炯明的东征作战任务几乎全由右路军来承担，而黄埔校军则成了首次东征主力军的核心。
这期间，廖仲恺竭力从政治上和军需方面确保东征右路军能克敌制胜，以完成讨陈的作战计划。他在政治方面，一边耐心地做好团结友军的工作，并让军校政治部主任周恩来率政工人员随军出征，沿途对兵士、群众进行政治宣传等工作，一边又与蒋介石一道颁布了《革命军实行连坐法令》、《禁止军士扰民令》及《劝逆归顺布告》等，以进一步加强东征军的军纪，并瓦解敌人的军心与士气。廖仲恺还力任后勤工作和饷需之筹措，从物质方面大力支持东征的顺利进军。他在校军出发时，要加伦将军支付苏方早已答应给军校的2.8万元欠款，又自筹了6万元，从而使教导团有了出征的费用；他在右路军师抵东莞时，曾前往石龙前线视察及看望军校教导团，并与右路军指挥官蒋介石、许崇智等一起商定进军路线和后方补给等事；他在2月中旬右路军首战淡水城，一举击败敌洪兆麟与叶举部主力后，即尽力地安置好前方归来的伤病员，并设法以饷糈接济右路军向海陆丰方向挺进。
3月上旬，右路军势如破竹地克复了潮汕各属。当何香凝将这一捷报转告病危的孙先生时，孙闻捷后十分高兴，即叮嘱何说：“仲恺不可离开广东，请勿来京。”由此可见孙中山在东征过程中对廖仲恺的信托和倚重。数天后，何香凝遂成为孙中山临终前签署遗嘱的见证人之一。廖仲恺不负所托。他在孙病逝于北京的那天——3月12日，抵达汕头劳军；又于13日身临前线督战棉湖之役，终使军校教导团等取得了打垮敌林虎部主力的巨大胜利。随后，廖仲恺再抵河婆等地劳军，在祝捷大会上高度赞扬黄埔校军顽强的战斗精神，并要右路军化悲痛为力量，更加努力地扫除敌人。在廖党代表的勉励下，教导二团等继19日克五华后，又于20日将敌黄业兴、王德庆等部1.5万人打垮，进占兴宁县城。紧接着，教导团在粤军陈铭枢旅等协同下，又于24日后攻克梅州各地，将陈炯明残部逐出广东，取得了第一次东征的完全胜利。
最后，廖仲恺是讨平滇、桂军叛乱的重要决策者和领导人之一。杨希闵、刘震寰自1922年趁讨伐陈炯明之机率部进入广东以后，虽充当过一段时间的革命同路人，但他们对“孙先生教令，悉阳奉阴违，日惟为暴于民，以敛财自肥”。孙中山曾怒斥他俩“戴了国民党的帽子而不服从党的命令”。廖仲恺为统一广东财政和舒解民困，早就同杨、刘霸占财政的行径进行过斗争。孙中山病逝后，滇系军阀头子唐继尧于3月18日就任元帅职，暴露出他想做“西南王”的野心。4月初，杨希闵和刘震寰与唐订立了一项在广州发动政变的秘密协议。5月中下旬，他俩又借故潜往香港，参加了军阀、买办颠覆广州革命政府的阴谋会议，并于返省后大肆调防军队占据要津，公然发出要“把广东从共产党手中解放出来”的狂叫。广州革命政府又面临着被滇、桂军阀颠覆的严重危机。
当时，作为政府首脑的胡汉民仍一味姑息养奸，根本没有讨伐杨、刘的决心。鉴于此，廖仲恺曾向军事总顾问加伦将军提出：“我们必须搞出一套计划，强迫胡汉民执行。”当杨希闵和刘震寰的叛迹日益显露时，廖仲恺担负起了平叛的决策重任：他在4、5月间先后3次和加伦同赴汕头，与许崇智、蒋介石等人商定回师平叛的计划，并在5月13日的汕头会议上正式通过了平叛作战方案——政府军从东、西、南、北4个方向围歼株守在广州的滇、桂军，等蒋介石指挥的东征军回师抵达广州时，各部齐向叛军发起总攻击并歼灭之。
5月21日，蒋介石按照汕头会议的决定，电令党军第一旅何应钦部、粤军第一旅陈铭枢部、粤军第四师（第七旅扩充）许济部及警卫军吴铁城部，同时从潮梅地区拔营回师广州。为阻止敌人调兵遣将，廖仲恺以工人部长名义于6月2日任命刘尔崧、杨殷等共产党人为特派员，发动粤汉、广九、广三铁路工人及广州轮渡、邮务工人等同时罢工，使杨、刘叛兵的运输瘫痪、通讯中断，只能困守广州坐以待毙。6月4日，大元帅府下令免去杨希闵和刘震寰本兼各职，旋又通电宣布：“政府对于此等叛军，预料旬日以内必可荡平。”军校政治部当时遵廖党代表指令，即时撰印出宣传品16种广为散发，以鼓舞我军士气和涣散敌人军心。12日，东征军在其他友军配合下总攻广州，一举歼灭了阴谋作乱的滇、桂军，杨希闵和刘震寰等逃往沙面租界藏匿；是役计缴收步枪16600支，机枪120挺，炮20门，俘敌17000多人。
何香凝这期间与丈夫一同参加了讨平滇、桂军叛乱的工作。她在5月21日主持的广州市党员大会上发表了演说，声讨唐继尧及杨希闵、刘震寰的祸粤罪行；她在政府军各部围歼滇、桂军的6月12日，组织妇女救护队奔赴火线救护受伤之官兵，并鼓励他们英勇杀敌；平叛胜利后的14日，她又召集部分女党员骨干购买物品多种，到各病院慰问因参与平叛而受伤的将士。在广州革命政府平定滇、桂军叛乱后，廖仲恺在国民党中央的会议上，积极推动政府改大元帅制为委员会制。在广州国民政府于1925年7月1日正式成立后，他又坚定地开展了新的革命斗争。
