大约在1时50分，受命携大人所拟文件，率领巡警上原出发前往高千穗号军舰，2时20分抵达高千穗号，当面递交文件乃知高千穗号与和泉号均须原地待命。之后又立刻赶往和泉号，2时30分之后便一直在该舰舰长室待命。3时30分，同水兵一分队、军官一名从和泉号出发，在厦门港仔口街码头登陆，以小官为向导，途经木履街、二十四崎顶街、走马路街，于4时抵达山仔顶街的东本愿寺布教所。乃见该布教所已化为一堆灰烬，所剩之处仅门内两侧佣人所住房间而已。但所幸被烧毁的只是布教所，虽然两旁房屋邻近布教所但火势并未蔓延。只见门前有亮着的灯笼两盏，上面分别写有“练永左哨六队”和“练永左哨七队”字样，且有兵丁十余名。上前问其状况，他们亦只知系恶汉纵火，赶到现场时，纵火人早已无影无踪。又观察附近居民的模样，大家都是一副惊恐万状的表情，对我等一行人也是面露惧色，本想向他们询问状况，也都纷纷回避不愿和我等接触，同时紧闭门窗，足不出户。无奈，只能先行打道回府向大人报告情况。
结合一开始前来领事馆紧急通报的片贝所描述的情况、和泉号小汽船上当值水兵的谈话以及现场清兵所言，小官以为此案应是近日在龙岩州漳州一带大肆破坏、烧毁教堂的同一群人所为。以上就是案件发生当晚的情形以及现场调查取证的大体情况。一并报告呈上。
乘此机会，当时游弋在厦门港外应变突发事变的帝国军舰立刻命令陆战队登陆厦门以保护在厦日本侨民。当时被选为陆战队根据地的是总督府捐赠了设施的东亚书院。
人心惶惶的厦门最终全市陷入了如鼎中沸水般的混乱之中。
那时，后藤伯爵和广濑大佐正在秘密前往厦门的途中，已经从台北出发行至淡水，等待渡航厦门。好不凑巧，正好遇上暴风雨，万般无奈只能暂留淡水港，空对惊涛骇浪扼腕叹息。
8月26日午夜，儿玉总督给后藤伯爵发去如下电报：
适才收到以下电报：“听闻为了保护我领事馆管辖的东亚书院，将派遣支那兵入院戒备。为此，下官已派遣我军二小队先行进驻东亚书院。高千穗舰长。”
后藤觉得这确实是千载难逢的好机会，于是催促广濑大佐向高千穗舰长发去急电。因为之前8月24日儿玉总督收到了桂陆相发来的电报。电报内容是铅笔疾书的，草稿如下：
请求总督大人增派兵员一事，根据海军大臣的通报，乃在厦海军故参者也就是眼下的高千穗舰长之意。
可知请求台湾总督出兵一事是经过与高千穗舰长商量后决定的。广濑大佐和后藤民政长官经过协商后于8月26日分别向高千穗舰长发去急电。电文内容如下：
尽管只靠海军的兵力就足够占领厦门，但是海军要担负起长期统治厦门的重任明显是不可能的。已收到了先于支那兵之前派遣二小队进驻东亚书院的电文。唯恐遗失良机，必须制定出暂时统治厦门岛权力的良策。不管海军的兵力多少，请您请求总督府派遣陆军方为上策。根据请求两日内首先派遣一中队到达厦门！请将该电报的内容转达给厦门的领事。
广濑
如今厦门人心惶惶，乃是依靠兵力保护统治的时期。为了以后长久的统治，派遣陆军以及制定长久持续的政策显得尤为重要。如若人心持续不稳的程度不减的话，到时候即使再想派遣陆军也将丧失良机，更是师出无名。现与您商议，请您尽快向总部请求派兵。
后藤
后藤伯爵当时是如何按捺着激动的心情写下这封电报的，可以从26日晚11时40分飞抵儿玉总督的电报纸背面他自己用铅笔写的电文第一草案的笔迹看出。
上述两份电报的结果在8月27日下午1：30分发出，下午6：00到达儿玉总督府的高千穗舰长与上野领事联名签署之电文可以得知。电文的内容如下：
为应对眼下局势，请求台湾总督出兵。
一、目前守护炮台的兵力比较薄弱（一词模糊不清），两艘清朝兵船进入厦门港口，清朝官兵要求保护日本侨民的一部分陆战队撤回（军舰）的行为，显然呈现与我日本帝国不合作而是敌对的态势。
二、对于此危险局势，现在的陆战队已经无力保护日本侨民，请求台湾岛派遣兵力增援，并把保护我侨民一事告知（一词模糊不清，“道台”？）和各国领事馆。
三、请求台湾总督尽快派遣整备完毕的陆军出发。
四、根据第一项的事实，要求清朝撤去守备炮台的士兵或者让出炮台，并提议在我方决定的时限内作出回答。如果对方不予答复，即默认不遵照我们的提议，帝国将以武力占领炮台。
五、至于占领炮台的方法吾等需要进一步研究。
骰子终于掷出去了！
十一、最后的大顿挫
在收到高千穗舰长与上野领事联名请求增援的电报后，儿玉总督随即遵照先前训令，立刻部署出动陆军。即8月28日上午9时派遣步兵二中队搭乘宫岛九当天出港，其余各队则预订搭乘台南九、明石九于29日上午9时出发。
他们是如何沐浴在岛民的热烈欢呼中勇踏征途的，横泽回顾了当时的盛况，这样讲述道：
与之同时，突然派遣守卫台湾的第一旅团出征。命令下达给了当时的旅团长土屋少将（后来升为大将），旅团长也将随队出征。而那时停泊在基隆港内的所有商船、邮船等都被临时征用为军用船。士气高昂的陆军将士欣然同前来基隆码头欢送他们的官民做了叙别，最后在军舰的护送下驶出基隆港出发了。可谓是沐浴万千“万岁”之声以壮征途，而前来送别的各个官民亦是感到前所有为的舒畅和爽快。
彼时，后藤民政长官已经登陆厦门了，并且在领事馆里与舰长、领事召开了一个军事会议，商讨陆战队登陆厦门后的行动方案。会议决定下步的行动方案如下：
一、先乘船到达的两个中队，分别从厦门和鼓浪屿登陆，至东亚书院汇合。陆战队两个小队继续执行保护侨民、领事馆及商场的任务。
一、乘坐其他船只的陆战队官兵全部由厦门岛登陆。
一、使节携带最后的答复函从领事馆出发（定于30日下午时）时，各个作战部队开始战斗。
一、旅团长、军舰舰长、陆军、海军两大队长及参谋30日上午9点于领事馆集合，商讨有关占领的战事对策（领事及副领事列席会议）。
一、陆军和海军陆战队统一行动，协调一致作战。
一、定下占领炮台的海陆信号（比如占领炮台时立即向军舰发信号等），以防军舰出错误伤自已人。
一、军舰上向炮台攻击顺序的方案另行决定。
一、预先决定好占领炮台后向日本国及其他国家的通报程序。
一、陆军士兵要按照预先制定的计划，于30日上午6点登陆完毕。并按照下面计划的行动。
一、30日下午开始到30日深夜零点这段时间，通过其他函件告知各国领事馆。同时将汽船九号停在内港作为避难用，并告知侨民可以乘此船避难。
一、30日深夜0点开始，下最后通牒，31日上午3点前必须回复，不予答复则立即开战。
一、31日凌晨5点，军舰起锚进入战斗状态，到达合适的位置，由高千穗舰长下达炮击开始命令，各部队以炮声作为开战的信号。
同时，会议还决定，由旅团长、高千穗舰长共同具名，于8月30日0时向厦门水师提督杨岐珍杨军门发送决答信函，其草拟的文案内容如下：
杨军门阁下：
阁下先前严密防备炮台、增加兵员，勤勉构筑炮台工事等行为实属排外之举。此外，还增加两艘兵船进入港口，窥伺我帝国军舰的动静。本官等身负保护本国侨民的重任驻于此地，尔等诸上之行为使我难以袖手旁观。
考虑以上诸多情形，本官为了保全我驻厦门侨胞的安全，特向阁下提出以下建议：
一、厦门港口两岸的炮台全部交由我等守护。
二、第一款的建议遵照与否，请于时之前回复。
三、如若以上规定的时间内没有收到阁下的回复，则默认阁下不同意我等的建议，不得已我等只好用武力占领炮台。
对于以上三项建议请于规定的时限内做出决断。
年 月 日
致杨军门阁下
旅团长
高千穗舰长
所有准备都已就绪，接下来只需等待宫岛九的到达即可。于是后藤伯爵立即于8月28日下午1时就以上决定事项报告给了儿玉总督。电文如下：
已向舰长、领事转达训令。占领计划业已制定，等待陆军到达，预计三十一日拂晓开战，敬请放心。
“放心”一词把那时后藤伯爵胸有成竹的狂傲心态表露无遗。伯爵随即又给儿玉总督发去了另外一封电报，内容如下：
31日乘坐台南九归台。请您速派遣能讲土语的翻译四五名、谷关口两名翻译官中的其中一名至我处。
就这样，以后藤民政长官为中心的舰长领事一行人万分激动地一步步筹划好了迫在眉睫的战事策略。此时承载着二中队步兵的宫岛九还在台湾海峡乘风破浪，全速前行。而只差儿玉总督一声令下，搭乘台南九、明石九踏上征途的将士也无一不同仇敌忾，拭剑以待。可就在东亚危局千钧一发之际，28日傍晚一封从东京发来的突如其来的电报彻底粉碎了这一切。桂陆相在电报中向上野领事下达了如下命令：
请把该电文的内容告知宫岛九号上的渡边中佐，勒令军队返台待命。此事亦向台湾总督下达了相关命令。收到电文请立刻回电。
万事休矣。他们所有的计划和努力瞬间化为了泡影。
儿玉总督在28日晚上10时15分，接到桂陆相的电报：
第九号密令：今日陆军大臣、海军大臣联名发给高千穗舰长训令如下：对我国政府来说，现在实施占领炮台计划还不是绝佳时机。因此，陆军如果到达港口，先令其在高千穗锚地附近就地停靠，同时训令港外的运输船暂时折回，停靠在澎湖岛，等待时机成熟。
接到电报的儿玉总督当时是作何感想的呢。虽然他本人在《颠末》中只是寥寥数笔提到“事已至此，本官深感无比惆怅与失望”，但他的亲信——秘书官横泽次郎是这样描述的：
早上刚刚愉快的送行回来，下午朝议就马上变脸，推迟向南部中国出兵，这是何等轻率的事情。刚刚在基隆码头给军队送行，当天就接到电报，这是谁都没想到的事情吧！
推迟向厦门出兵的电报，是在万众欢呼给军队送行的气氛中发来的，映衬之下更感意志消沉。我们尚且如此，更何况是身在局中，拥有统治台湾职责，志在南清的儿玉总督！总督心中肯定是悲愤万千，难以言状吧。果然，将军手拿电报，半晌没有出声，一副无限感慨的样子。身体一动不动，陷入沉思，不一会儿热泪终于夺眶而出。但最终还是咬牙下令：电告部队推迟上岸，返回澎湖岛待命。不过由于当时运送陆军的运输船上并没有无线电报设施，下达此命令须费一定周折，最后决定发送给停泊在厦门的军舰并由其代为转告运输船。不久之后，土屋旅团长抵达厦门，不过万分意外地在港口收到军舰发送的“停止前进”的信号。又过了一会儿，一位士官乘着快艇过来转交了儿玉总督的命令电报。虽然到达了目的地，却一步也不能踏上厦门，只能无可奈何地撤回澎湖岛。所谓遗恨千秋大概指的就是这类事情吧。
无法想象对岸经营的主导者——儿玉总督在因帝国政府始料未及的变化而失去绝佳机会后是多么的悲愤和伤感。更何况身已在动乱的漩涡之中，弹指一挥便可掌控大势的后藤伯爵了。当伯爵接到这个不期而至的停止命令时，无需赘言，肯定是咬牙切齿，扼腕叹息。
不过，后藤伯爵还是在8月28日下午7点时，给儿玉总督发去了一封电报：
业已听闻陆军大臣命令各舰长推迟占领炮台和陆军登陆并等待时机成熟的消息。如今各国的军舰皆齐集在厦门港。恐怕现在已经失去了占领炮台的绝佳时机。乞求您的指挥，并推迟其他人员的派遣。
然而，不论后藤伯爵在厦门变乱的漩涡之中如何地咬牙切齿，也不能以一己之力改变帝国政府的态度。如果说事情不可能成功，不得不放弃尚可容忍。可是明明有希望却在最紧要的关头给扼杀，伯爵实在不想放弃。恐怕当晚也是一夜未眠吧。第二天（29日），后藤伯爵再次拿起铅笔在台湾总督府十三行格子纸上奋笔疾书，拟了以下的电报文案立刻发给了儿玉总督：
此地情况与中央政府的看法迥异，相信时机已成熟，口实亦不少。道台与提督亦已疏散家眷意识到要单身应对。舰长与领事亦下定决心，何必等待时机之更为成熟，惟美国领事及税关之外国人企图激起各国之抗议。风闻一两天中，英美法国将派来军舰各一只，正拟在各舰派到之前，完成炮台占领之际，接获中止之命令。事关面子极大，希望阁下……催促中央政府下定最大决心。
宇里行间可察后藤伯爵的悲愤之情。随即，他又手执毛笔在卷纸上奋笔疾书，写下一封电报文案欲发给外交大臣。文案内容如下：
