2006年发生的台湾知名产茶区名称“阿里山”、“日月潭”等以及重要农产品产地名称“古坑咖啡”、“池上米”、“西螺酱油”等相继在大陆被恶意抢注为商标的事件，引起了两岸业界的广泛关注。该协议第7条规定的第2项保护事宜明确要求两岸协处机构“共同防止恶意抢注行为”、保障相关产权人“行使申请撤销被抢注的着名商标、地理标志或着名产地名称的权利”，这不仅有助于减少抢注事件的发生、维护知识产权人的权益，而且能刺激知识产权人的投资积极性，从而促进两岸经济发展。
大陆对台湾水果实施零关税以来，不少台湾原产水果进入了大陆市场。但是真假台湾原产水果的混淆，在令台农台商头疼的同时也使大陆消费者花了钱却得不到相应品质保障。协议第7条第3项保护事宜提出要强化水果及其他农产品虚伪产地标识的市场监管及查处措施，有助于减少“冒充台湾原产地产品”现象的发生，在刺激台农生产积极性的同时，也保护了大陆消费者的权益，并且有利于两岸农业的发展。
协议第7条将“其他知识产权（智慧财产权）保护事宜”列为兜底条款，有助于协处机构妥善处理其他类型的知识产权问题。尤其在该条末尾还要求在处理上述权益保护时，双方除互相提供必要的资讯外，还负有通报处理结果的义务，此项安排应是本协议最成功之处。
而随着《海峡两岸知识产权保护合作协议》的签署，为了更快更好地建立执法协处机制，落实台湾（大陆）地区产业在大陆（台湾）的保护力度，两岸将构建四个官方对接平台，作为两岸的沟通渠道，分别协处两岸间的商标权、专利权、着作权和品种权等问题。在商标权方面，由台湾“经济部”智慧财产局商标组对接国家工商行政管理总局商标局；在专利权方面，由台湾“经济部”智慧财产局专利组对接国家知识产权总局；在着作权方面，由台湾“经济部”智慧财产局着作权组、“内政部警政署”保智大队对接新闻出版总署和国家版权局；在品种权方面，由台湾“农委会”对接农业部和国家林业局。四个对接平台为两岸就知识产权问题进行联系沟通、协调处理提供了渠道，有助于两岸知识产权争议更好更快地解决。
（五）其他成果
《海峡两岸知识产权保护合作协议》除了取得以上四项主要成果以外，还取得了一些其他的成果，主要包括以下几个方面。
第一，关于“审查合作”。协议第4条提出双方要积极推动相互利用专利检索与审查结果、品种权审查和测试等方面的合作及协商。这一规定开通了“审查高速公路”，为相关产权人专利权、品种权等的申请提供了诸多方便，从而在申请程序上予以了保障。
第二，关于“业界合作”。协议第5条要求双方积极促进两岸专利、商标等方面的业界合作，并为两岸的业界合作提供有效而便捷的服务。这一规定有助于推进两岸业界的携手与合作，从而促进两岸经贸的交流与发展。
第三，关于“业务交流”。该协议第8条对两岸业务合作和交流的事项进行了比较详尽的规定，包括业务主管部门人员间的业务交流、相关业务资讯的交换、相关文件的电子交换合作、着作权集体管理组织交流合作、对相关企业等及公众的宣导工作等方面。该项规定对于增进两岸业务交流、促进两岸相关业务合作，从而刺激相关产业发展有积极作用。
第四，关于“工作规划”。协议第9条规定要设立专利、商标、着作权及品种权等工作组来负责商定具体工作规划及方案。这一规定为更快更好地实施合作协议、落实相关规定提供了条件。
第五，关于“协议履行与变更”。协议第14条提出双方应该遵守该协议，协议若要变更，则须在双方协商同意的情况下，以书面方式确认。当之后根据实际情况的变化需要对该协议进行修改、补充时，本条规定为协议的变更提供了前提，即既须双方协商同意，还要双方通过书面的形式加以确认，协议的变更才具有效力。
第六，关于“争议解决”。协议第15条规定：“因适用本协议所生争议，双方应尽速协商解决。”可见，当因适用该协议而产生争议时，“协商”被规定为解决争议的重要途径。
第七，关于“未尽事宜”。协议第16条规定：“本协议如有未尽事宜，双方得以适当方式另行商定。”本条为之后对协议欠缺的内容进行补充，提供了相应的方式，即“以适当方式另行商定”，由于规定得比较笼统，所以该条规定具有很大的弹性。
另外，协议还规定了“保密义务”、“限制用途”、“文书格式”、“联系主体”等方面的内容，这些方面的规定也具有一定的积极意义和作用。
综上，从总体来看，协议的签订体现了以下核心原则：一是一个中国原则，该原则是中国大陆与台湾地区进行一切合作的前提与基础；二是实事求是原则，协议的签订尊重了中国大陆和台湾地区分属中国的不同法域并且存在不同的知识产权法律制度的现实，这是正视两岸之间存在的知识产权纠纷并制定有效的解决方案的前提；三是平等互惠原则，即双方在签订该协议时处于平等的法律地位，且双方对于方便两岸知识产权交流合作的制度是对等的，一方得到优惠的同时须给予对方同等的待遇；四是循序渐进原则，即双方构建知识产权保护与协调机制的过程是一个循序渐进、逐步推进的过程。
二、《海峡两岸知识产权保护合作协议》在TRIPS协议下的合法性
中国和台、澎、金、马单独关税区均是WTO成员，这使得两岸间的双边协议要符合WTO的规定。而TRIPS协议将知识产权的保护纳入了WTO框架之下。换句话说，《海峡两岸知识产权保护合作协议》要符合TRIPS协议的规定。大陆和台湾地区专利和商标法律制度的协调是基于双方谈判的结果，而非建立在一个现存的跨区域立法机构之上，考虑到东盟自由贸易区与两岸专利和商标法律制度协调的相似性，笔者仅论述东盟自由贸易区在知识产权方面的保护以和《海峡两岸知识产权保护合作协议》进行比较，就两岸《海峡两岸知识产权保护合作协议》在TRIPS协议下的合法性提出自己的认识。
（一）东盟知识产权保护
《中国——东盟全面经济合作框架协议》第3条第8款（h）项规定，各缔约方之间关于建立涵盖货物贸易的中国——东盟自由贸易区的谈判应包括，基于WTO及WIPO（世界知识产权组织）现行规则和其他规则，便利和促进对与贸易有关的知识产权进行有效和充分的保护。各缔约方同意合作应扩展到知识产权领域。除了框架协议中关于知识产权的规定，东盟就知识产权的保护进行了专门的立法，包括《东盟关于知识产权合作框架协定》以及《关于履行TRIPS协议的河内计划》，这也是东盟自由贸易区在知识产权保护方面的独特之处。
《东盟关于知识产权合作框架协定》首先确定了东盟在知识产权领域的六个目标，其中之一便是“加强各国在知识产权立法领域的磋商，在符合国际标准的基础上建立东盟自己的知识产权保护制度”。紧接着规定的合作原则包括五个方面的内容：（1）坚持互利原则；（2）坚持国际公约、国际协定义务与区域协定义务相一致的原则；（3）坚持有利于保护知识产权各方当事人的利益，有利于促进社会、经济发展的原则；（4）坚持在履行国际义务的前提下，承认和尊重各国知识产权保护制度独特性的原则；（5）坚持承认各国有权采取措施制止滥用知识产权保护权利的原则。
上述规定可以说和WTO一揽子协议等多边法律规则奉行同一宗旨——促进各成员方经济的发展、实现各成员方之间经济和贸易自由化。这从根本上使东盟的知识产权保护符合WTO规则。
（二）《海峡两岸知识产权保护合作协议》合法性分析
《海峡两岸知识产权保护合作协议》在TRIPS协议下的合法性具体指《海峡两岸知识产权保护合作协议》中的双方安排要不违反TRIPS协议关于最惠国待遇原则的规定。虽然台湾地区和大陆属于一个国家，但统一主权并不能成为大陆与台湾地区要求最惠国待遇例外的理由。中国在《中华人民共和国加入WTO议定书》第4条关于“特殊贸易安排”条款中作了承诺：自加入时起，中国应取消与第三国和单独关税区之间的，与《WTO协定》不符的所有特殊贸易安排，包括易货贸易安排，或使其符合《WTO协定》。TRIPS协议在第4条规定了最惠国待遇原则，即“对于知识产权保护，一成员对任何其他国家国民给予的任何利益、优惠、特权或豁免，应立即无条件地给予所有其他成员的国民”。《海峡两岸知识产权保护合作协议》只是一个开始，相信在日后两岸会签署更多的双方协议。对于日后两岸间知识产权的保护也应符合TRIPS协议的规定，这是毋庸置疑的。大陆给予台湾地区的众多优惠安排均是基于台湾地区的特殊身份，这在主权国家间不曾发生过。不论是现今的《海峡两岸知识产权保护合作协议》，还是日后签署的知识产权协议，相信大陆不欲将其给予台湾地区的优惠安排及于WTO所有成员方。
当然，和其他国家间缔结的条约一样，TRIPS协议亦为了平衡不同国家间的利益而订有众多例外条款，最惠国待遇原则亦不例外。TRIPS协议在第4条规定了最惠国待遇原则后，紧接着规定：“一成员给予的下述好处、优惠、特权或豁免除此义务：（a）源于关于司法协助或一般性质的法律实施的国际协定而不特别限于知识产权保护方面的；（b）依《伯尔尼公约》（1971）或《罗马公约》规定给予的，它们授权所给予的待遇不是国民待遇性质而是另一国给予的待遇；（c）本协定下未作规定的有关表演者、唱片制作者以及广播组织的权利；（d）源于在关于《建立世界贸易组织的协议》生效前已生效的有关知识产权保护的国际协定，只要该等国际协定已被通知给TRIPS理事会并对其他成员的国民不造成武断或不公正的歧视。”对照该条款，《海峡两岸知识产权保护合作协议》不符合该四个例外。故理论上两岸间的知识产权保护应适用最惠国待遇原则。但纵观《海峡两岸知识产权保护合作协议》，其字里行间从未涉及对WTO规则遵守，笔者以为日后《海峡两岸知识产权保护合作协议》对WTO规则遵守的完善可借鉴东盟的规定。
目前由于《海峡两岸知识产权保护合作协议》只是框架性协定，其实际上并不会在WTO中遭到过多非难。大陆2005年以来对台湾地区实行的15种水果的零关税措施，严格来讲是不符合WTO最惠国待遇原则的，但也并未遭遇其他WTO成员的公开质疑，就是最好的例子。
三、《海峡两岸知识产权保护合作协议》存在的问题及解决建议
《海峡两岸知识产权保护合作协议》作为ECFA框架下的一项单行协议，虽然只有一千多字，但是它的诞生标志着两岸携手保护知识产权的开始，具有划时代的意义。它的效力独立于ECFA，不会因为ECFA的失效而失效，由此可见，两岸致力于合作保护知识产权的决心何其之大。可以想见，ECFA和《海峡两岸知识产权保护合作协议》的签署，将推动两岸知识产权立法的完善，大大提高办案效率，提高知识产权保护力度，促进知识产权的运用，加强知识产权的信息化交流，最终促进两岸的技术创新。在为两岸合作保护专利权和商标权所取得的成绩感到欣慰的同时，我们也要理智地分析ECFA和《海峡两岸知识产权保护合作协议》。毕竟协议的规定过于简单模糊，其中主要包括签署主体、优先权、审查合作，争端解决机制等问题。笔者将比照CEPA的规定，指出《海峡两岸知识产权保护合作协议》的未尽之处。
（一）签署主体
ECFA和《海峡两岸知识产权保护合作协议》的签署双方分别是海峡两岸关系协会会长和财团法人海峡交流基金会会长，二者都是民间组织，不存在任何官方人员的介入。虽然说海峡两岸关系协会和海峡交流基金会是两岸双方就两岸交往中相关问题进行商谈的受权民间团体。海协会为促进海峡两岸交往、发展两岸关系、实现祖国和平统一，可接受有关方面委托，与台湾有关部门和受权团体、人士商谈海峡两岸交往中的有关问题，并可签订协议性文件。而海基会则接受台湾主管部门的委托，办理台湾当局“不便与不能出面的两岸事务”。比照同样是中国内地与同宗同源的香港签订的CEPA来看。其签署主体分别是中华人民共和国商务部副部长和香港特别行政区财政司司长，二者分别代表中国内地与香港进行签署。CEPA的达成采用了职务代表以个人名义签署的方式进行。但两岸对立的政治地位导致两岸间缺乏正常的官方沟通渠道。在此前提下，ECFA及《海峡两岸知识产权保护合作协议》只能由海协会和海基会进行签署，复由两岸官方承认并制定相应的配套规定予以具体实施。
