9月27日，周恩来任政协全体会议主席之一，会议一致通过了《中国人民政治协商会议组织法》、《中央人民政府组织法》，以及国旗、国都、纪年、国歌的决议，会议决定：中华人民共和国国都定于北平，改名为北京；采用公元纪年；在国歌未正式制定前，以《义勇军进行曲》为国歌；国旗为五星红旗，象征中国革命人民大团结。9月29日，政协会议一致通过了《中国人民政治协商会议共同纲领》。
第一届第一次全国政协会议正式会议只开了十天，但却肩负着成立新中国并组建第一届中央人民政府的艰巨重任。9月30日中国人民政治协商会议第一届第一次全体会议胜利闭幕。会议选举产生了63人组成的中央人民政府委员会，180人组成的中国人民政治协商会议第一届全国委员会。毛泽东为中华人民共和国中央人民政府委员会主席，朱德、刘少奇、宋庆龄、李济深、张澜、高岗六人当选为副主席。陈毅、贺龙、李立三、林伯渠、叶剑英、何香凝、林彪、彭德怀、刘伯承、吴玉章、徐向前、彭真、薄一波、聂荣臻、周恩来、董必武、赛福鼎、饶漱石、陈嘉庚、罗荣桓、邓子恢、乌兰夫、徐特立、蔡畅、刘格平、马寅初、陈云、康生、林枫、马叙伦、郭沫若、张云逸、邓小平、高崇民、沈钧儒、沈雁冰、陈叔通、司徒美堂、李锡九、黄炎培、蔡廷锴、习仲勋、彭泽民、张治中、傅作义、李烛尘、李章达、章伯钧、程潜、张奚若、陈铭枢、谭平山、张难先、柳亚子、张东荪、龙云，共56人当选为第一届中央人民政府委员。
会议闭幕后，周恩来参加了下午6时在天安门广场举行的人民英雄纪念碑奠基仪式，并代表主席团在奠基式上致词：“我们中国人民政治协商会议第一届全体会议为号召人民纪念死者，鼓舞生者，特决定在中华人民共和国首都北京建立一个为国牺牲的人民英雄纪念碑。现在是1949年9月30日，我们全体代表在天安门外举行这个纪念碑的奠基典礼。”在毛泽东宣读碑文后，毛泽东、周恩来等一一为奠基碑铲土。
10月1日下午2时，在中央人民政府委员会举行的第一次会议上，中央人民政府主席、副主席和全体委员宣誓就职。周恩来被任命为中央人民政府政务院总理兼外交部部长，毛泽东被任命为中央人民政府人民革命军事委员会主席，朱德被任命为人民解放军总司令，沈钧儒被任命为中央人民政府最高人民法院院长，罗荣桓被任命为中央人民政府最高人民检察署检察长，林伯渠被选举为中央人民政府委员会秘书长。中央人民政府责成他们从速组织政府机构，执行政府各项工作。
10月1日下午3时，在天安门广场举行了开国大典，中华人民共和国从此诞生。
二、政务院的成立和内部机构设置
《共同纲领》和《中央人民政府组织法》为中央人民政府政务院的成立确立了基本原则和组织框架，但是政务院如何组建，领导干部如何配备，大量工作人员从何而来，组建后如何开展工作，是一系列亟须解决的现实问题。建国之初，周恩来作为政务院总理，主持政务院全院事宜，具体领导了组建政务院的各项工作，亲自设置了政务院下属机构。
关于政务院下属机构的设置，周恩来经过慎重考虑，经与毛泽东研究后决定：
首先将1948年组建的华北人民政府撤销，以这个班底作为中央人民政府的基础。参照华北政府的设置和行政管理经验，扩建政务院各个部门，并从其他大行政区陆续抽调一部分得力的干部来充实和加强政务院各部委。如东北区的李富春、高岗，西南区的邓小平、贺龙，西北区的彭德怀、习仲勋，中南区的邓子恢、李先念，华东区的陈毅、饶漱石、谭震林等，陆续调到政务院担任各部门的领导工作。
关于政务院的组织结构和职权，周恩来在《关于政务院的成立和政府机关的组织与干部问题》报告中明确指出：政务院由总理1人，副总理4人，秘书长1人和政务委员15人组成。政务院在中央人民政府领导之下进行国家事务工作。现在是战争时期，军事方面不属于政务院而属于人民革命军事委员会。政务院作为国家管理机构的首脑部，包括很广泛，不仅有它所属的各部、会、院、署、行，还有指导各行政部门的三个指导委员会，另外还有人民监察委员会。按照《中央人民政府组织法》的规定，中央人民政府在政务院下设立了4个委员会和30个部、会、院、署、行的行政组织体系。4个委员会是：政治法律委员会、财政经济委员会、文化教育委员会、人民监察委员会。对政务院下设的30个专管行政部门，周恩来曾专门解释说：“这个数目看起来很不少。清朝只有6个部，后来又分为8、9个部，北洋军阀政府的国务院，也只有8、9个部，但每个部下面却设有许多机关，有些机关连部长也管不了，直接由最高当局来指挥，造成官场上互相冲突、互相牵制的现象。这种情形，我们新中国是不允许的，所以政务院下设有30个单位。事实上苏联今天有60个部，比我们更多，当然我们也不是要模仿苏联，一切还是由本身的需要出发。”我们新中国第一届政府“一共是30个单位，重点在于财政经济，其次是文化教育”。
关于政务院内各部门的隶属关系，周恩来的最初设想是除外交部、华侨事务委员会和情报总署直属政务院外，四个委员会与各部、会、院、署、行的行政统属关系做这样的划分：
（1）由政治法律委员会指导内务部、公安部、司法部、法制委员会和民族事务委员会5个部门的工作，受中央人民政府主席毛泽东和政务院总理周恩来的委托，联系最高人民法院和最高人民检察署的工作。
（2）由财政经济委员会指导财政部、贸易部、重工业部、燃料工业部、纺织工业部、食品工业部、轻工业部、铁道部、邮电部、交通部、农业部、林垦部、水利部、劳动部、人民银行和海关总署等16个部门的工作。
（3）由文化教育委员会指导文化部、教育部、卫生部、科学院、新闻总署和出版总署6个部门的工作。
（4）政务院人民监察委员会是在华北人民政府监察院基础上组建成立的，其工作具有相对独立性质，在政务院内设有下属的联系和指导机构。按照《政务院人民监察委员会试行组织条例》的规定，其主要任务：一是监督全国各级国家机关和各种公务人员是否违反国家政策、法律、法令或损害人民及国家的利益，并纠举其中违法失职的机关和人员；二是指导全国各级监察机关的监察工作，颁布决议和命令，并审查其执行，此后陆续建立的地方监察机构分为四级，分别是大行政区人民政府监察委员会、省（市）人民政府监察委员会、省辖市人民政府监察委员会或专员公署人民监察处（属省监委派出机构）、县（市）人民政府监察委员会；三是接受和处理人民和人民团体对各级国家机关和各种公务人员违纪失职行为的控告。关于中央人民政府与政务院及政务院内各部门的行政隶属关系，请看如下图表：
1949年10月中央人民政府及政务院机构注：政治法律委员会、财政经济委员会、文化教育委员会引向各部门的虚线、曲线、实线表示对各部门为指导关系。
1949年10月20日周恩来与林伯渠、齐燕铭商议了政务院所属七个部门（政治法律、财政经济、文化教育、人民监察、法制、华侨事务、民族事务）的成立工作。
10月21日主持召开了政务院第一次政务扩大会议，宣布政务院成立，并作了《关于政务院的成立和政府机关的组织与干部问题》报告。关于政务院在国家行政机关的地位和职责，周恩来明确指出：“政务院是首脑部，在中华人民共和国中央人民政府领导之下，进行国家事务工作。政务院和它下属的四个大委员会和三十个行政部门是以华北人民政府为基础组建的，是在民主集中制的原则上科学分工的机构。”10月25日周恩来主持召开了第二次政务会议，讨论通过了关于接收前国民党政府机构的工作原则。会议还决定提请中央人民政府主席毛泽东发布发命令，宣布华北人民政府工作结束，原华北人民政府所辖五省二市归中央直属；中央人民政府政务院及其所属各委、部、会、院、署、行，以华北人民政府为基础建立工作机构。
10月31日华北人民政府根据中央人民政府命令结束工作，正式向政务院办理移交。
11月1日政务院正式开始办公。
三、周恩来对政务院的人事安排及特点周恩来出任新中国第一届总理后，亟须解决的首要任务就是筹组政府机构，物色、吸收和使用各方人才，建立起一个精明强干的领导班子，方能有效地领导完成各级政权的创建和国民经济的恢复工作。
经过周密考虑、多方物色之后，1949年10月19日周恩来出席了中央人民政府第三次会议，会上周恩来就新中国外交情况做了简要报告。会议任命了军委副主席、委员、正副总参谋长和最高法院副院长、委员、最高检察署副检察长、委员，正式宣布了周恩来以中央人民政府委员会名义亲自确定的政务院各机构负责人名单。
周恩来精心筹组的第一届中央人民政府政务院的主要人事安排如下：
在中央人民政府政务院总理周恩来以下设副总理4人，任命董必武、陈云、郭沫若、黄炎培为政务院副总理。
另设政务委员15人，任命谭平山、谢觉哉、罗瑞卿、薄一波、曾山、滕代远、章伯钧、李立三、马叙伦、陈劭先、王昆仑、罗隆基、章乃器、邵力子、黄绍为政务委员。
政务院设秘书长1人，副秘书长5人。任命李维汉为秘书长，齐燕铭、许广平、郭春涛、孙起孟、辛志超为副秘书长。
政务院下设高于部级的四个委员会，共有主任、副主任、委员共170人。各委员会的主要领导人为：
政治法律委员会，由政务院副总理、原华北人民政府主席董必武担任主任，彭真、张奚若、陈绍禹、彭泽民为副主任，陶希晋担任秘书长。
财政经济委员会，由政务院副总理、原东北财政经济委员会主任陈云担任主任，薄一波、马寅初为副主任，薛暮桥任秘书长。
文化教育委员会，由政务院副总理、着名民主人士郭沫若任主任，马叙伦、陈伯达、陆定一、沈雁冰为副主任，胡乔木任秘书长。
人民监察委员会，由着名民主人士谭平山任主任，刘景范、潘震亚为副主任，李世璋任秘书长。
除上述四个委员会之外，政务院下设30个部级机构，各部级机构的主要领导人为：
内务部，部长谢觉哉，副部长武新宇、陈其瑷。
外交部，部长周恩来，副部长王稼祥、李克农、章汉夫。
公安部，部长罗瑞卿，副部长杨奇清。
财政部，部长薄一波，副部长戎子和、王绍鏊。
贸易部，部长叶季壮，副部长姚依林、沙千里。
重工业部，部长陈云，副部长何长工、钟林、刘鼎。
燃料工业部，部长陈郁，副部长李范一、吴德。
纺织工业部，部长曾山，副部长钱之光、陈维稷、张琴秋。
食品工业部，部长杨立三，副部长宋裕和。
轻工业部，部长黄炎培，副部长杨卫玉、龚饮冰、王新元。
铁道部，部长滕代远，副部长吕正操、武竞天、石志仁。
邮电部，部长朱学范，副部长王诤。
交通部，部长章伯钧，副部长李运昌、季方。
农业部，部长李书城，副部长罗玉川、吴觉农、杨显东。
林垦部，部长梁希，副部长李范五、李相符。
水利部，部长傅作义，副部长李葆华。
劳动部，部长李立三，副部长施复亮、毛齐华。
文化部，部长沈雁冰，副部长周扬、丁燮林。
教育部，部长马叙伦，副部长钱俊瑞、韦悫。
卫生部，部长李德全，副部长贺诚、苏井观。
司法部，部长史良，副部长李木奄。
法制委员会（同部级），主任委员陈绍禹，副主任委员张曙时、许德珩、陈瑾昆。
民族事务委员会（同部级），主任委员李维汉，主任委员乌兰夫、刘格平、赛福鼎。
华侨事务委员会（同部级），主任委员何香凝，李任仁、副主任委员廖承志、李铁民、庄希泉。
中国科学院，院长郭沫若，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢为副院长。
情报总署，署长邹大鹏。
海关总署，署长孔原、副署长丁贵堂。
新闻总署，署长胡乔木，副署长范长江、萨空了。
出版总署，署长胡愈之，副署长叶圣陶、周建人。
人民银行，行长南汉宸，副行长胡景法。
另外，中央人民政府委员会下设办公厅，任命齐燕铭为办公厅主任，余心清、周新民、乔冠华、罗叔章为办公厅副主任。
1949年10月底，中华人民共和国第一届中央人民政府全部组建完成。其中包括政务院各部、委、院、署、行的部长、副部长，主任委员、副主任委员、委员，院长、副院长，署长、副署长，行长、副行长等共175人。人民革命军事委员会主席、副主席、委员、总参谋长、副总参谋长共30人。最高人民法院院长、副院长、委员17人。最高人民检察署检察长、副检察长、委员14人。此外还有中央人民政府办公厅主任、副主任共5人。
