改革开放，自党的十一届三中全会以来，就是中国一个永恒的话题。香饮所也一直在探索改革的道路，科研体制改革、分配制度改革、人事制度改革、后勤管理体制改革等等，随着改革的深化和不断完善，获得良性发展。1997年，科技部组织实施国家重点基础研究发展计划（著名的“九七三计划”），将我国科技体制改革进一步推向深入，并鼓励自主创新，提出建设“创新型国家”。同年，香饮所建设的“兴隆热带植物园”正式对外开放，这是科研院所一种全新的、大胆的改革尝试。这一改革，最终使香饮所创建了全国科研院所独一无二的“科学研究、产品开发、科普示范三位一体”的改革模式，进入全国十强农科院所。
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