人畜饮水井大部分靠近自然村，这是祖先择水而居的结果。水源以下降泉和涌泉为主，有少量人工开挖井。1983年统计，全县共有水井485个，其中宋家川镇102个，寇家原镇28个，郭家沟镇67个，薛下村乡96个，辛家沟镇39个，丁家湾乡60个，张家山乡52个，岔上乡41个。客水从绥德流入县境西部，境外面积121．45平方公里，年径流量607．5万立方米。
吴堡基岩风化带多被黄土覆盖，冲沟密布，谷坡陡峻，切沟至基岩深几十米到100米，有的达200米，地面相对高差577米。各类地下水的贮存与运移均受地形地貌、地层岩性、地质构造、气象水文等因素的综合控制。在区域上分为河间区、河谷区。
随着国民经济的日益发展，吴堡地下水的分布规律和蕴藏量已初步揭示，并开始利用。
1978年，00928部队的1∶20万区域水文调查，水文地质图地理坐标为东经110°00′～111°00′，北纬37°20′～37°00′。从1978年开始，用了一年的时间，普查了黄河以西的米脂、绥德、吴堡、佳县、榆林、子洲等县。吴堡对部分民井进行了流量观测和水质化验。钻孔7个：旧城2个，汽车站1个，黄河饭店1个，横沟2个，李家塌下山1个。对5个钻孔进行了抽水试验，对6个钻孔做了水质化验。
普查资料说明：吴堡地下水从区域上分为河间区、河谷区。河间区水资源贫乏，河谷区有部分中等含水区。从水力特征上分为潜水和承压水。河间区潜水有黄土裂隙孔洞潜水、各类基岩（指第三系）裂隙潜水及冲积、冲洪湖积层孔隙潜水和层状碎类裂隙潜水。
吴堡县张家墕、任家沟一带，位于王家会背斜向西倾斜的转折端，裂隙相当发育。加之该带又发育有多组强性断层，岩性破碎，地下水露头普遍，其中大者2．54升/秒，地下水径流模数大于1．0升/秒，属中等富水区。
水文地质地下水分布于河间区的黄河残原部位，第四系地层厚度大，下部有第三系红土所隔，形成潜水含水层，因沟谷切割，资源不丰富。河谷区主要是河漫滩、一级阶地，二到五级阶地零星可见，冲、洪积物厚度为5～12米，贮存条件好。冲积层和河谷地段基岩风化带潜水的动态变化，与黄河流量、大气降水密切相关。河谷冲积层潜水的年变幅为3．16米，月平均变幅0．5米。年水位出现两个峰期。即8月15日至10月10日，次年3月20日～4月20日，3～4月天气虽然干旱，但水位仍出现峰值。黄土层中的潜水动态变化随季节变化，年变幅大于20米。
吴堡地下水资源总量为2220．62万立方米/年。境内不同深度地下水资源埋藏量5～10米为84．852万立方米/年；10～70米为1225．45万立方米/年；70～120米为910．3万立方米/年。
可开采量主要分布在黄河沿岸。含水层为透水性良好的第四系冲积层、洪积层。可开采量为547．5万立方米/年。宜井区的地下水天然资源为1310万立方米/年，保证率为239％。
吴堡县地表水质较好，矿化度小于1克/升，随着径流区岩性的变化有轻微变化。一般宜于人畜饮用和农田灌溉。沿黄河一带部分地区有高含氟水，含氟量达7毫克/升，向西逐渐减轻，含氟高的地区形成氟病区。
第四系潜水矿化度小于0．5克/升，基岩潜水矿化度小于1克/升，一般为较好的生活用水。
第四系松散层孔隙承压水，大多为高矿化度碱水，对农作物有害，不适宜用于农田灌溉。
第五节地质
从大地构造单元看，本县属华北地区鄂尔多斯台向斜的一部分。至中生代前，本境地质与华北地区一样，经吕梁运动地糟褶皱抬升，形成了地台基底。
据陕西省地质14队1977～1981年在本县地质普查、地质填图及13个深井钻孔探测成果表明，本县自古生代中奥陶纪（距今4．7亿年），勘测马家沟组灰岩沉积后，便开始抬升成陆地，后经长期的外引力作用，使顶部形成凹凸不平的古地表形态。到中石灰纪（距今3．9亿年），地壳再次下沉，被海水淹没，奥陶纪马家沟组石灰岩石上沉积了本溪组地层。但由于本区域地体不稳，地层沉积物多被破坏（本境沿黄河发现不少零散的菱铁及黄铁矿、硫矿）。之后由于气候的变化，沉积了海陆交互的煤系沉积层。二叠纪后期（距今2．5亿年），海西运动后，形成了鄂尔多斯台向斜区独立的内陆盆地沉积单元。海水完全退去，形成了二叠纪地层，属太原组和山西组煤系，是富含煤区，并有可燃性气体。
到了中生代，即三叠纪末（距今1．9亿年），由于印支运动的影响，沉积了侏罗纪末燕山运动使地壳升起，形成了陕北盆地。四川运动后，台向斜抬升，发育了雏形水系。下更新世纪初，地壳较为平稳，在低凹处和河谷地堆积了沙砾层。此后由于气候的变化，又沉积了午城黄土。到中新世早期，地壳略有上升，堆积了古土壤离石黄土和沙砾层等。上更新世末（距今100万年），又堆积了马兰黄土。全新世时又堆积了各种类型的沙砾石、黄土，形成了丘陵、阶地和河漫滩等。
省地质队的13个钻孔，最深为970．51米，最浅为535．5米，一般在700米以上，其地层自下而上为奥陶系马家沟组灰岩、石炭系太原组灰岩，二叠系下石盆子组山西组为砂岩。
本县地表出露岩系地层为：古生代上二叠系沿黄河畔有所显露，中生代三叠系红色泥岩、紫色砂岩，沿黄河畔均有显露，清水河附近有厚110米的红色泥岩。古土壤层（离石黄土）沿黄河畔亦有显露，其他沟壑、黄土峁、梁及三道土原，均为晚更新世的新黄土，厚度一般均在100米以上，大体分布是沿黄河畔较薄，后乡较厚。
第六节自然资源
吴堡自然条件较差。封建社会战事频繁。由于历代统治者的掠夺性利用，破坏了天然植被，自然侵蚀加快，水土流失严重，岩石裸露面积越来越大，十年九旱。本县日照长，昼夜温差大，适宜薯类、桑、枣、苹果等生长。只要因地制宜，扬长避短，坚持山水田林路综合治理，生物措施和工程措施相结合，绿化群山，恢复植被，保持水土，就能促进生态平衡，增加农牧产量。本县地表出产不足，地下宝藏却很丰富，有质高量大的主焦煤，有一取多用的煤成气，有待开发利用。据地质部门勘测报告：以横沟为中心，地下埋藏主焦煤15亿吨，分布在县城至丁家湾之间，东以黄河为界，西至寇家原、慕家原一线，为南北长25公里，东西宽2～4公里的长方形地段。
埋藏深度在400～970米之间，煤段厚100～160米，煤层3～6层，薄者0．4米，厚者10．15米，一般2．12～7米。属石炭二叠系煤。
煤成气储量为37．82万立方米。与煤炭分布一致。埋藏深度在400～970米之间，厚度214～300米。主要成分为甲烷，占93％以上。次含少量乙烷、丙烷和氮等；水的主要成分氨、硫化氢等，腐蚀性强。目前，李家沟村5号钻孔每日涌出量为200立方米，未能充分利用。
浊氟石分布在张家墕至后王家山一带，藏量可观，含量25％～40％。
未开采。
宋家川井沟、旧城西沟石隙中有硫矿石，含量高，质量好，但藏量未探明。
