前以甘省番回有掌教及总掌教之名，恐易惑众滋事，因传谕各督抚留心查革。兹据国泰奏称，东省回民与土著民人比闾而居，实属安静，并无滋事之人，亦无掌教及总掌教之名。但念经祈福即为惑众之渐，嗣后遇有争控邪教聚众念经之案即亲提审办，其田土钱债争控细故，亦令赴地方官控理等语。本日又询据袁守侗奏称，直隶通州、沧州、天津等处回民较多，尚皆安静，惟其传经之人称为师父等语。回民念经祈福是其习俗，相安已久，若概行禁止，恐地方官奉行不善，或致骚扰激成事端……惟其中有借传经为煽惑邪教者，则不可不实力严查，亲提审办……著再传谕各督抚，务须不动声色留心妥为查办……②
这道谕旨语气之间对回族日常宗教亦存否定之意。乾隆皇帝发动的这场查禁回族掌教运动，由西北波及于内地东南各省，海富润事件后大概才逐渐平静下来。查禁掌教的同时，又有一些其他的限制政策。例如陕西官府“传集西安各寺回众再三开导，嗣后过往投止回人倘见形迹可疑，即密禀地方官查究，并饬各属概行出示晓谕”②。此办法被推广于全国各地。中国官僚政治有“上有所好，下必甚也”的风气，形成走极端的传统。这次处理苏四十三事件亦如此，其处理之范围不断扩大，限禁之内容日益增多，由反对新教而祸及整个回族宗教领域，又从宗教而涉及回族的各种世俗生活。而乾隆尚嫌汉族官员追究不力，他在上谕中明确指出：“循化厅、河州、平番管理番回地方文员多系科甲出身汉人，心存畏葸，徒羁縻不能驾驭，殊非防微杜渐之道……著传谕李侍尧……至管理番回地方如循化厅、河州、平番等处州县官，将来陆续须改用精明强干旗员，方足以资弹压，毋致选懦贻误。”①
田五反清更强化了清政府的上述认识。如果说苏四十三由教争而抗官，表现出一定的偶然性的话，那么田五则做了几年的反清准备工作，显得更有计划、有目的、有组织性，并且它又是由哲赫忍耶派的阿訇们发动的。乾隆惊呼：
从前苏四十三殄灭后，即责成李侍尧断除新教，今哈得成等竟公然于礼拜寺齐集新教回人，告知田五纠从谋逆情节，是该犯等倡教蓄谋已非一日，聚集又非一人……是其逆形已露，必非仓猝勾合之事，且较苏四十三为甚。②
可见新教煽惑人心，牢不可破，必当净绝根株，勿留余孽。③
傅玉奏拿获活贼二名，讯据供称石峰堡现有马壮、马良茂、马良贵三人，俱系阿浑；其抢伏羌之贼系张阿浑为首，又有不知姓名之阿浑往静宁等处滋扰等语。贼营内有如许阿浑，又立有旗帜，器械、马匹齐备，况前经傅玉等讯出贼人上年五月预修城堡并纠约各处贼回订期起事各情节，是其蓄谋已有二三年之久，并非朝夕所能办之事。今贼人逆谋早经显露，百姓皆知，而李侍尧及地方文武岂竟毫无闻见？④
清廷在田五事件中不仅看到了阿訇与反清斗争的密切关系，而且对宗教的组织化作用亦有进一步认识。上谕中说：
据五岱等奏……回匪头人有马阿不都、马之先、沙之玉、马世雄四人，都是三掌教头目，更有小头人四名等语。新教匪徒竟有三掌教名目，可见伊等掌教内已有等第层次，是其蓄谋已久，必非朝夕所能猝合。李侍尧身为总督……于新教回匪等公然自立掌教名目等次之事毫无觉察，任其煽惑勾结，以致酿成事端。①
田五起事之初，乾隆曾在上谕中多次询问回族反清的原因，表明他对西北回族连续反清深为不解。经过这次事件，乾隆认为他已经弄明白了回族反清的原因，得出的结论是：
回民等久列编氓，即与齐民无异，况甘肃地方薄瘠，时有灾歉，国家惠爱边氓，蠲赈之事几于无岁不有，其沾被恩泽，独较他省为优。回民等同隶版章百十余年，受恩最重。乃于光天化日之下，竟敢创兴新教惑众，肆厥鸱张，攻城掠堡，扰害良民……究其起事之由，系田五等久蓄逆谋，各处新教回民暗相煽惑，肆行不法，并非因地方灾歉不加赈恤与夫纵容贪官污吏扰累百姓，激变生事。②
显然，经过这两次事件，清政府认定回族反清与新教的传播有直接关系；而新教之所以能领导回民反清，主要在于其组织作用，即宗教组织的联系和“等第层次”。基于这些看法，清政府在平息事变后，专门制定了一套针对回族的政策。苏四十三事件被镇压后，官府把已经执行的各种政策归纳起来，列为固定的方针。
军机大臣等议覆钦差大学士公阿桂、署理陕甘总督李侍尧奏称办理兰州军务善后各事宜：一、炮位宜添制分贮也。甘省炮位锈炸者多，应派妥员赴各营堡勘验，将堪用者分贮督、抚、提、镇驻扎各城，余悉销毁。添制大神威、劈山等炮，按照兵丁二百名给炮一尊之数酌制。一、回民新教宜严禁除也。新教之礼拜寺，毁后不许复建，并不得妄称阿浑名目及收留外来回人。复选老成回民充当乡约，劝诫稽查，年终将实无新教之处联名具结咨部。一、撒拉尔回人宜严稽察也。该土司回人散处十二工，其贸易城镇者，令循化厅同知给票稽核，并严饬充当兵役之禁。如有滥准承充者，参处本官。仍禁内地游匪潜往煽惑。一、回犯发遣宜定章程也。内地回民向有番地习经之禁，若将新疆缘事者发至内地，恐致诱惑生事，应即于各城互相安插。一、地方繁简宜酌改也。兰州道地居省会，番回杂处，查察非易，应改部选中缺为冲繁难兼三要缺，请旨简放。循化厅同知抚绥控驭最为紧要，应改部选中缺为疲繁难兼三要缺，在外提补。河州太子寺地方向设州判，旋经裁汰，该处习俗黠悍，距州治又远，应复旧制设立州判分防。均应如所请。至私贩硫磺，该省关系最重。其内地偷售者，应比照附近苗疆五百里内偷售例计斤数分别军流；与外地番回交易者，应比照商船夹带出洋论斩例从重科罪。①
这道上谕包括两方面内容。一方面是加强官府在西北的统治力量，主要有增设机构、增加兵力、增添炮位等，其中尤以增兵为主。阿桂、李侍尧、毕沅联衔上奏：
伏思陕、甘二省乃三秦重地，东连豫、晋，西达新疆，北控边城，南通楚、蜀，兼以崇山峻岭重复回绕，四面则番族环居，内地则民回错处，习俗刚劲，为自古用武之地……以陕、甘二省近年以来各营官兵裁拨太多，地广兵单，节次特降谕旨令臣等酌量添设，诚慎重边陲，为永远敉宁之计也。惟是添兵之大要有二：一则督、提、镇标各有兵数千，屹然巨镇，勤加训练，平时既可资弹压，临时又足以供调遣；一则紧要营堡各有兵数百，分防驻守，时加稽察，则声势既可联络，奸宄不至潜藏。①
根据这个原则，陕甘总督标下及肃州、凉州、西宁、河州等均增加兵员编制，陕西提督改驻固原，设提标五营，兵三千。其他重要营堡亦分别增加驻兵。如“循化厅控制番回，尤关紧要，本设兵八百名，旧设游击一员尚不足以资弹压”，改为镇海参将移驻其地，循化游击改驻丹葛尔，保安营增兵三百三十八名，起台堡增兵一百五十三名，临洮营增兵一百六十五名，巴燕戎格营增兵五十一名，张义堡添兵七十三名，花马池添兵一百三十三名，灵州营添兵九十三名等。陕甘两省总共增兵一万两千七百余名，“合之旧存兵额约有七万”②。田五事件后，官府认为甘陕两省虽“兵力不为不厚”，但以往添兵“其重在于督、抚、提、镇各标……次则紧要营堡……至州县之防御，墩戍之稀疏，本未议及”。故又在各州县增兵或添设讯哨，如“马营监添设一营，六盘山添兵一讯，复于平凉、隆德、静宁、庄浪等处添设防兵，并于兰州至泾州大路暨从固原、靖远、盐茶迤至省城各处密安墩讯”。在静宁增设副将营制，设置兵额五百名，左右两军守备，分驻隆德、会宁，“以成犄角之势”。石峰堡、底店等处添兵立营分汛。安定和盐茶设千总、把总各职。其他州县亦有添兵。“此案添官弁五十九员………实添设参将一员、都司二员、守备三员、千总十一员、把总十一员、经制外委二十八名。”“加添兵数共有四千二百三十余名”③，增设墩塘一百四十一处④。这样形成所谓“自省城东路以至泾州，北路静（靖）远、盐茶以迄固原暨南路河、巩、秦、阶一带，营伍充实，墩戍联络，计通省河东、河西地方处处有兵，星罗棋布，借资捍卫边陲，可保金汤永固”①的军事形势。
清政府政策的另一方面内容是对西北回族的控制。前面所说的增加驻防兵员是从外部以武力控制西北回族。此外，清政府还特别致力于从回族社会内部去强化对回族的统治。苏四十三事件后，阿桂、李侍尧的奏章中对回族的控制措施主要是禁绝新教、限制回族交往和贸易。田五事件后，陕甘总督勒尔谨又以告示形式宣布了对回族的政策。
回民改存（从）旧教，各归本村寺内诵经，毋得藏匿《明沙》、《卯路》等经，摇头脱鞋念经致干严谴。倘仍有新教，治罪不宥。下开五条：一禁搀夺；一禁勾引窝留；一禁抱养及改归回教；一禁添建礼拜寺；一禁诬告。②
陕甘总督的告示更集中地表达了清政府对回族的政策。一看便知它的内容主要是针对回族宗教的，即严格地控制回族宗教的发展。这里向我们展示了一种变化，清政府从漠视、听任回族宗教自然发展的政策，转为密切注意、积极干预回族宗教，运用各种手段来打击回族宗教势力，限制其发展的政策。为什么对同一宗教出现两种截然不同态度？直接的原因是西北回族在哲赫忍耶领导下进行了反清斗争。以往的宗教仅仅是宗教，清政府认为既无必要重视它，也无必要反对它；现在清政府极力地压制回族宗教，因为它认定这一宗教具有强大的政治作用。虽然清政府总是以歧视、谩骂的语言来说明这一作用，表现了专制政府的蛮横与糊涂，但我们还是大概可以看出它对回族宗教的政治作用主要集中在两点上。清政府认为回族新教有极大的思想号召力，“新教煽惑人心牢不可破”即指这一作用。由于清政府与新教对立，这种号召作用便成为回族反清的巨大动力。因此，清政府在这两次事件后，十分害怕新教传播，指新教为“邪教”，反复强调要禁绝它。乾隆曾指示：“即苏四十三擒获就戮之后，其新教余孽若不查办净尽，尚未可称为竣事。盖此等新教即系邪教，所到之处最易煽惑，不但内地不可容留，即新疆各处亦不可发遣安插致贻后害，此等即从严多办亦不为过。所谓‘辟以止辟’，不得不如此也。”①其次，清政府对新教的组织作用也深感不安，反复指出田五事件中新教清真寺的巨大组织力量。各地分散的新教回民正是在清真寺和阿訇的组织下结合起来的。所以，清政府在善后政策中采取毁禁新教清真寺、禁止掌教等措施，目的就是破坏新教的组织。
因此，对回族宗教的政策成为苏四十三事件后清政府对回族政策的核心内容。以这一事件为标志，清政府对回族，特别是对西北回族的政策发生了根本变化。因为在回族反清斗争中，宗教问题转化为政治问题，回族的民族性和政治性都集中体现在宗教组织和宗教势力上面。回族与清政府的政治关系首先表现为回族宗教与清政府的关系，所以清政府便首先着眼于限制回族宗教势力。搜捕新教阿訇和搜查新教教民便是这个政策最典型的表现。不仅反清的哲赫忍耶受到大规模搜查和镇压，许多新教教徒被迫改称老教，那些未必是哲赫忍耶教的“新教”，官府也一概镇压。田五事件之前，河州回民马民基等控告“马来迟之孙马五一并同党马国甫、马万德等坚守改教”，官府即将马五一等三人发配琼南、百色“烟瘴地方分别安插”②。其实马五一等既然“行其祖父之教”，应该是花寺教派，并非哲赫忍耶。而官府因其被控“改教”，就认定其为新教而镇压，足见它对新教的畏忌。
然而，禁绝新教并不是一件能够轻易办到的事。阿桂奏：“查办新旧教回民，必须分晰明确，但回民有一家祖孙父子兄弟各从新旧两教者，一时骤难区别，若概于骈诛，恐人人自危，不免闻风疑惧。惟有于现在逆回剿除净尽后，即将贼匪所经过及煽惑之处实力搜缉，有形迹可疑者多加殄戮，此外各州县惟责成该督饬属善为化导，缓图消除之法……”①大部分新教回民以隐蔽的方式进行宗教活动。地方官员也清楚这一点。福康安向朝廷报告：“若言各属必无马明心徒弟，臣亦难尽信。现在通省回民感激畏惧，安静守法，自不便复事搜求，致滋纷扰。臣惟有时刻留心，密饬各属稽查防范，遇有传经惑众、煽诱滋事之人，即密速查拿，从严究办，以期防微杜渐，永底敉宁。”②最后官府的注意力主要集中在禁止新教传播，特别是不允许新教公开聚会。
