家境的贫寒和身体的残疾，没有压垮开普勒的求知欲望。他在知识的海洋里奋勇拼搏，始终走在前面，让他的健康的同龄人反而自愧不如。
1576年，开普勒同别的孩子一样，挎上书包，迈进了小学的门槛。同是上学，心情却大不一样。
就在入学的前一天，古德曼还没有拿定主意，是否该让孩子上学。她一方面考虑到孩子身体不好，怕受别的孩子欺负；另一方面入学要花不少钱，她手中拮据，拿不出这笔钱。
开普勒看到妈妈在犹豫，他的心里十分着急，不住地央求妈妈说：
“您就让我上学吧，我决不和别的小朋友吵架了，学费的事您不用太为难，我会想办法挣钱交上的。只要能让我上学，我什么困难都能克服。”
一个6岁的孩子，能有这么大的决心去上学，妈妈还能说什么呢？当开普勒看到妈妈点头答应了他的请求时，高兴得一下子搂住了妈妈的脖子，兴奋地说：
“妈妈，您放心，我一定好好学习，将来当一个了不起的神学家，那个时候，再没有敢欺负我了，谁有什么问题，都得毕恭毕敬地向我求教呢！”
那时，小开普勒最崇拜的就是神学家。
在中世纪，文化完全被教会垄断着，学校也都由教会和寺院来兴办，让僧侣充当教师，以培养教士为主要任务，学习的课程主要有文法、修辞、逻辑、算术、几何、天文和音乐。
到了开普勒时代，虽然世俗学校也不断涌现，当教师不限于僧侣，还有世俗学者，但却发展得非常艰难，时常受到教会的迫害，教会学校仍然占据正统地位，神学理论仍然具有权威性。
不止是开普勒，在绝大多数儿童的心目中，都十分向往神学校，这是教会学校宣传教育的结果，因为神学家被视为具有最高神学水准的人，他的知识包罗万象，无所不通，受到社会的极大尊重和爱戴。
那个时候，开普勒对天文学一无所知，没有任何迹象表明他会成为伟大的天文学家。
但是，开普勒有一点与众不同的是，他非常珍惜得来不易的学习机会。因此，从他走进校园的第一天起，就表现出一种顽强的进取精神。每个科目的学习都不甘落后，学习成绩总是名列前茅。
开普勒的老师很喜欢这个班上最小的学生。开普勒虽然视力不好，但他聪明好学，善于思索和钻研，在调皮捣乱的孩子里，从来找不到开普勒。别的孩子游戏的时间，他都用在了学习上。
可是，好景不长。正当开普勒对学校开设的每门课程都产生了浓厚的兴趣的时候，他不得不中断了学业。因为母亲一病不起，他必须回到家里，照顾那个他所赖以生存的酒店。
开普勒离开学校的时候，心里空荡荡的，大脑一片空白。他不知道自己是怎样走回家中的。开普勒清楚地知道，今天走出校门，再踏进校门却不知要等到何时了。
在经营小酒店期间，开普勒没有放弃心爱的课本。每天清晨，他总是早早地起床，或读上一段拉丁文，或演算几道算术题，然后再去打扫酒店，清点货物，准备一天的开张工作。
有一天，酒店要打烊了，忽然走进一个人来，身上穿着破旧的军服，帽檐压得很低。
开普勒起初很害怕，不敢正视来人的面孔，哆里哆嗦地问道：“先生，您……您要点什么？”
来人并不急于答话，他走到开普勒面前，仔细地打量了他一会儿，才说：你好好看看我是谁。
开普勒愣了半晌，才惊喜地叫着：“爸爸，是您吗？您是从哪儿来，可把我给吓坏了。”
来人正是海因里希。他也显得很高兴。长时间没有见到儿子了，也不知道家里都有什么变化。父子俩这次见面谈得比较投机。开普勒趁热打铁，提出了自己要上学的事。
海因里希是从前线返回家乡的，这是他自从参加比利时军队后，在家逗留时间最长的一次。尽管海因里希身上有许多不能容忍的缺点，他还是希望儿子将来能干一番事业，所以他暂时顶替了开普勒酒店职员的位置，开普勒又能上学了。
开普勒虽然耽误了半年的课程，但是由于他的聪明上进，一点也没落在同学的后面。在进入阿代尔堡的教会学校学习两年后，1587年10月他被蒂宾根大学录取了。
蒂宾根大学基本上也是一所神学院。学生的助学金是由维腾堡公爵提供的。这里的生活极其清苦，每人每年从公爵府里只能领到4居尔盾，这是一笔少得可怜的钱，在生活中只够支付补鞋匠、补衣工和洗衣妇用的。
开普勒除了吃饭和买学习用品之外，其他方面基本自理。所以，他很少花钱。他除了能领到助学金之外，还能领到校方为奖励极少数的优秀学生而颁发的奖学金。所以，他不再为经济问题而奔波了，可以把精力全部投入学习之中。
蒂宾根大学的学习，更加坚定了开普勒实现其神学家理想的信心。
在这里，他的聪明智慧得到了充分的发挥，据曾经教过他的老师回忆说：
“开普勒的天资异常聪颖，又喜欢独立思考，他能不费力气地学好学院给他们开设的每门功课的知识，尤其对哲学表现出极高的兴趣。他的学习成绩总是遥遥领先的。”
当时，只有最优秀的学生才能学习神学，开普勒经过3年的寒窗苦读，终于获得了这一殊荣。
1591年8月11日，年仅20岁的开普勒顺利地通过了蒂宾根大学的硕士学位考试，开始了他向往已久的神学学习阶段。
那天夜里，开普勒高兴得一宿没合眼。一张小小的学位证书，像一张进入理想大门的通行证，令他激动不已，这是他做梦都想得到的证书啊，而今美梦成真，多年的理想就要成为现实了，他怎么能不激动呢！
开普勒躲在床上，脑海里不停地勾画着未来的美好蓝图，想象着他成为神学家时会是什么样子。他告诫自己，千万不能板着脸训人，好像自己真的很了不起，应该继续学习，当个有真才实学的神学家……
