16世纪的德国，席卷全国的宗教改革风云变幻，狂澜迭起，掀起这场狂澜的核心人物便是马丁·路德。
马丁·路德从小就受到家庭、学校和社会上浓厚的宗教神学观念的长期熏陶，大学毕业后，他走进了修道院，成为一名修士。
在文艺复兴浪潮的冲击下，路德开始探讨人文主义、城市异端以及一些宗教改革家的学说。他还亲自访问罗马，目睹了罗马教廷的腐败。
所有这些因素，促使他逐渐改变了对天主教会的传统信仰，并决心从事宗教改革。
这一时期，罗马教皇为了聚敛钱财，采用了兜售赎罪券的方式。他们宣称，当钱币扔在钱柜中叮当作响的时候，灵魂即会应声飞入天堂。
这种敲诈勒索的伎俩，促使德国人民觉醒，激起了路德的愤慨，他奋笔疾书，写下了《关于赎罪券后的功效》一文，无情地揭露了教皇的贪婪。
一石激起千重浪，路德的文章很快得到全社会的响应，人们积极要求建立“廉俭教会”，反对罗马教廷在德国的特权地位；要求建立脱离罗马教廷的民族教会。有很多人倒向了路德的新教一边，开普勒后来也是其中的一分子。
他信仰路德主张的“唯信称义”的信条，即人在认真研读《圣经》的基础上，在灵魂深处虔诚地信仰上帝，就可以得到上帝的承认与恩典成为无罪的、得救的、永生的人。
开普勒信仰新教，不仅仅是出于对新教的拥护，他也十分敬佩路德的英雄气概。
1520年9月，教皇被路德的言论所激怒，发布了开除路德的“破门令”。而路德不作丝毫让步，于同年12月10日，把教皇的“破门令”当众烧毁。
教皇恼羞成怒，要求德国皇帝查理五世惩办路德。查理五世马上召集帝国会议，要路德去承认错误。路德勇敢赴会，并慷慨陈词：
“除了以圣经为根据证明我是错误的外，我现在不会将来也不会后退，因为我决不违犯我的良心。”
然而路德的宗教改革并没有依靠广大的中下层贫苦劳动者，而是倾向于贵族的诸侯，在帝国会议之前，他还曾对皇帝寄予厚望。
在纷繁复杂的政治斗争面前，软弱的查理五世和教皇互相勾结，用暴力手段迫害路德，并要求清除一切新教分子。
当开普勒成为新教徒时，这一切政治和宗教风波似乎已平息。但是这不等于说社会太平了，而是相反，太平的背后孕育着更猛烈的斗争风暴。
1598年4月2日至7日间，费迪南德大公到意大利作了一次旅行，并和罗马教皇进行了亲切的会晤，他从意大利回来后，再度掀起了清除新教徒的浪潮。
费迪南德不允许新教徒有自己的医院和公墓，禁止他们进行一切宗教活动。这一禁令遭到新教徒的强烈抗议。他们结成各种团体，纷纷走上街头，游行示威，他们主张信仰自由，要求政府收回成命。
几天来，开普勒也和愤怒的群众一样，积极参与了游行示威活动，他认为，不管信仰什么，只要热爱祖国，都无可厚非。新教徒的任何宗教活动都没有损害祖国的荣誉，而某种程度上却是为了祖国的统一和富强。如今遭到政府如此迫害，令人难以忍受。
费迪南德大公见新教徒的情绪这样激昂，他也十分气愤，采取了更加强硬的措施：
命令新教教堂和学校的所有的工作人员必须于9月2日之前离开格拉茨市，必须在7天之内离开大公领地去教皇统治的地方——匈牙利和克罗西亚地区，否则将被处以极刑。
开普勒和许多新教徒一样，准备和政府抗争到底，他因不喜欢不明不白地被驱逐出境而留了下来。
费迪南德终于向新教徒举起了罪恶的屠刀。开普勒亲眼看到和自己并肩作战的同胞一个个倒了下去，鲜血染红了争取自由的土地，他的心里有一种莫名其妙的恐惧感。虽然，他早就准备好从容不迫地面对屠刀，但在这之前他却无法平静。
当调查到开普勒的反政府活动时，由于他的博学多才，素有地方数学家的美誉，才挽救了他的一条性命，他被破例允许留了下来，但必须万分小心谨慎，不得有任何越轨行为。
开普勒并没有因为政府的开恩而高兴，这种软禁似的生活让他更加痛苦。
开普勒后来回忆起这段日子时说，这是他一生中最不幸的时期。他的不幸不止在于失去了应有的自由，还有来自家庭的接连不断的打击。
1597年4月27日，开普勒与巴巴拉·来勒喜结良缘，新娘是一个富裕的磨坊主的女儿，虽然是个遗孀，但年轻貌美，开普勒也满心欢喜地创建自己的家庭。
但事实证明，他们的婚后生活并不幸福。首先是妻子对他的事业一无所知，当然也不会支持他。开普勒说她过于天真，对什么事情都是糊里糊涂的。
更令他感到痛苦的是，地在婚后两年内，一个儿子和一个女儿都因出生不久患脑膜炎而夭亡。
这些接踵而来的打击几乎要把开普勒打垮了，就在他处于极度痛苦和失望之时，第谷向他伸出了热情洋溢的友谊之手，邀请他到了布拉格。
开普勒的人生旅程又到达了一个新的驿站。
