第谷去世后，他的临终嘱托始终在开普勒的耳畔回响。然而，开普勒却无法立即动手编制星表，他遇到的阻力是多方面的。
皇帝聘用开普勒的主要目的是要他为皇帝及其左右的人占卜命运，推测未来。当时欧洲的政局十分不稳定，战争的阴影笼罩着每一个国家，将来的事情，皇帝的心中也没有底数，不得不求助占卜，以安其心。
为了能使天文学的研究工作继续下去，开普勒不得已研究了星占术，编制了大量的算命天宫图。
这种充满迷信色彩的工作是与他的思想体系有矛盾的。因此，他把星占术说成是天文学的“非法女儿”，一语道破了他对星占术的真实态度，他以嘲笑的口吻说：
“上帝对每个动物都提供最低的生活手段，对天文学家上帝提供的是星占术。”
开普勒一边应付皇帝的差事，一边着手研究编制星表，可在争取第谷遗留的资料方面又受到腾纳格尔的无理纠缠。
腾纳格尔是第谷的女婿和助手。在第谷弥留之际，这个野心勃勃的家伙把第谷毕业积累的研究成果和资料强行霸占。当开普勒遵照第谷的遗嘱向他索取时，他竟然厚颜无耻地说：
“现在这些资料都掌握在我的手中，我也知道这对你很有用，只要你答应我两个要求，我便拱手相送。”
开普勒第一次到达布拉格时，就结识了这位腾纳格尔先生。当时他是第谷的得力助手，对开普勒的到来非常不满，就怕开普勒取代他的位置。他还不时地给第谷“吹风”，说我们家的荣誉是我们自己奋斗的结果，外人哪儿有资格来分享。
然而开普勒的聪明才智不是几句谗言就能诋毁的，第谷不仅特别欣赏开普勒，而且还与他建立了深厚的友谊。这件事令腾纳格尔很恼火。
皇帝聘任御用数学家时，腾纳格尔本以为他是第谷的当然继承人，非他莫属，可是聘书偏偏发到了开普勒的手里，和他一点儿不沾边。
所以腾纳格尔认为是开普勒和他过不去，早就想寻找机会报复开普勒，发泄一下心中的私愤。现在机会终于等来了，开普勒就站在他的面前，并且有求于他，他怎能放过呢？
事实上，开普勒真的没瞧得起这个妄自尊大，才疏学浅的草包，以往一起工作时，从不和他一般见识，对他的冷嘲热讽只是付之一笑。
面对腾纳格尔狡黠的目光，开普勒心中有数，他知道这个家伙一定要刁难他，就严肃地说：
“只要我能办到的，当然可以。”
腾纳格尔不紧不慢地说道：
“第一，你至少要拿出我岳父10年的薪俸；第二，编写星表的工作一定要由我们共同承担。”
开普勒一听，心中怒火升腾，腾纳格尔分明是在对他敲诈，他们一家人的生活都没有着落，到哪儿弄那么多的钱给他呢？另外，开普勒根本就不能与他合作编写星表，他认为，腾纳格尔连一个真正的学者都够不上，哪儿有资格把名字写进星表里呢？开普勒坚定地说道：
“我很遗憾第谷老师有你这样一个贪婪无耻的女婿，你让他的在天之灵都无法安息，你永远不配与我为伍。”
说完，开普勒愤然地离开了腾纳格尔。
《鲁道夫星表》工作进行不下去了，开普勒只好把精力放在光学研究工作上，并发表了一本光学著作，这也是为成了他编制星表所做的准备工作。著名的《新天文学》也是在这一期间写成的。
《新天文学》一书再次涉及利用第谷观测资料的问题。
上次受到开普勒的严厉指责，腾纳格尔不再十分嚣张了。因此，开普勒再次向他提出观看第谷资料的要求时，他虽然也提出了许多苛刻的条件，但是，开普勒认为还是可以接受的，便与他作出某种妥协，得到了第谷的观测资料。
当开普勒拿到这批珍贵的资料时，手都颤抖了。这是他第一次看到第谷的全部资料。他手捧老师毕生的心血，暗自下定决心，一定要把老师的遗愿化作现实，不管今后还会遇到多少困难。
开普勒的预感很快就被证实了。
当开普勒费尽周折刚把资料搞到手后，又被卷入了深重的灾难之中。
1611年2月19日，他最宠爱的6岁的儿子由于染上天花而夭折；同年7月3日，他妻子由于经受不了失去爱子的打击，加之染上伤寒，一病不起，不久，也随子而去。
1611年3月24日，一贯支持他的鲁道夫皇帝被迫退位，并于次年1月去世，继任的新国王对天文学不感兴趣，辞退了开普勒。
这些意想不到的打击，一个接一个，几乎要把开普勒的心撕成了碎片。他怀着难以形容的心情来到了林茨。
也许开普勒经受的打击太多了，这种打击磨炼了他良好的心理素质，使他能够永不屈服，永远能够昂起头来继续他崇高的事业。
10年过后，又一次柳暗花明，费迪南德二世皇帝再次任命开普勒为皇家数学家。开普勒半喜半忧地再次着手《鲁道夫星表》的编制工作。
他费尽周折从国库弄到些微薄的资金，又东挪西借，凑齐了经费。在开普勒的勤奋钻研下，1627年，历尽磨难的《鲁道夫星表》终于出版了。
《星表》的正文说明有120页，表格部分占119页。此外，还包括由第谷确定的1000多颗恒星的星表，以及一个年代表、一个地理位置表和一个折叠的世界地图。
开普勒还设计了一个别具一格的卷首插图，图中的建筑物象征着尤雷尼亚神庙。庙里是托勒密、哥白尼和第谷等天文学家在工作。庙的顶部刻有第谷系统。下面一个象征服刑处的地方有开普勒自己的像，庙的最上方的女神象征着开普勒的科学贡献。
为了表示对已故老师的尊敬，开普勒同意让腾纳格尔为《星表》写一个前言。可是腾纳格尔却极不实事求是和傲慢，他把自己说成是《星表》的真正创始人，并对开普勒进行攻击。
在《星表》前还有开普勒致皇帝的题词，题词中写道：
“最崇高的皇帝，在我经过26年的艰辛完成了奉献给陛下的这部著作的题词中，我能说些什么呢？我就像一个坐在外国轮船上的人一样，船到哪里靠岸，我也只能在哪儿上岸。仅此而已，别无他求。”
可见开普勒完成《星表》后的心情非但不乐观，反而充满了酸苦和压抑。
《鲁道夫星表》不同于以前的任何星表，表中并没有按顺序刊登特定的某天的行星位置，而是给出了一种推算行星位置的方法。
这种《星表》比当时任何一种星表都精确。直到18世纪中叶，它仍被视为天文学上的标准星表，也被航海家们视为至宝。
御用数学家的使命完成了，开普勒意识到他也该离开布拉格了。当时皇帝的意见是只要他信仰天主教，就可以继续留任。
可是，开普勒不愿做违心的事，他把真理看得高于一切，无论如何也不能拿宗教信仰做交易。他决定放弃宫廷的待遇，另谋出路。
