这一时期，维西、德钦的多所教堂相继被愤怒的各族群众烧毁。任安收逃出贡山后，先到维西厅告状，后又到昆明通过法国领事馆向云贵总督锡良抗议，要求赔偿和派兵镇压，并威胁若不答应立即请法国政府出兵。软弱的清政府封了任安收“三品道台”官衔，赔银15万两（其中5万两用于重修白哈罗教堂），并派大队清兵前往贡山镇压。反抗的各族群众面对强敌毫不畏惧，在达拉村的下面，凭借天险河一口，封锁住悬崖，依靠弩箭、擂木滚石与官军对峙，击退了官军的数次进攻。一次，一群官军冲了上来，反抗队伍中有个叫斯纳曲匹的独龙族青年，一个箭步冲上去，一刀砍下了官军小头目的脑袋，这群官军吓得抱头鼠窜，阵地始终在起义群众手里。这样相持半个多月，双方都有伤亡，官军只得撤退到腊早（贡山南部）。
官军随后收买了一批亡命之徒打头阵，官军也增加到三百多人，并调来几门大炮卷土重来，猛轰反抗群众把守的山头。反抗群众经过三天三夜浴血拼杀，终因力量、火力悬殊失败，被清政府镇压下去。这就是近代震动滇西北的“白哈罗教案”。
三、夏瑚巡视边疆
夏瑚，祖籍湖南，清末任丽江知府彭继志的红笔师爷（秘书长）。1907年，“白哈罗教案”发生后，夏瑚以“阿墩子（德钦）弹压委员兼管怒俅两江事宜”的身份处理了“白哈罗教案”之后，即巡视了怒江流域一带，随后又巡视了独龙江流域。他是历史上第一个以政府官员身份巡视怒江和独龙江流域的人。
1908年，夏瑚提出并经丽江知府批准奉命巡视俅江（独龙江流域）。阴历七月二日，夏瑚从德钦出发，翻越碧罗雪山经白哈罗至菖蒲桶（今贡山县城一带），在那里购买了米粮、糌粑各五十背，并为慰问独龙族百姓买了盐、布、针线等物若干背，带领随员、向导、背夫100多人翻越高黎贡山前往独龙江。沿途先发木刻，以示公文通知。夏瑚先到了独龙江北部的“剌卡塌（今迪正当村）”，西藏察瓦龙土司代理人“连布（土司官名）”逃入山林不敢见面，夏瑚当众宣布独龙江一带从此停止一切对土司和喇嘛的贡赋。随后，夏瑚率领随员南下，一路沿江散发盐、布匹、针线慰问独龙族群众，并逐村委派原来的头人为伙头和甲头，发给委任状一张和清政府红帽一顶，以示所任官职由朝廷委任。
夏瑚巡视完独龙江下游以后，又翻越担当力卡山脉西行，越过许多崎岖山路和激流，行十余日，到达“坎地（今缅北葡萄县城）”。当地木王是傣族，为各民族领袖，接到通知，木王即派人牵大象一头出寨迎接。夏瑚在入寨之前换了朝服，会见仪式极为隆重。夏瑚赠木王朝服一套、马褂一件、朝珠一副、九子枪一支表示委任。木王赠送象牙一对，自称“赵百宰之后，剑川人”，说“盐自东方来，人心向东方”，言语极表对中华的倾心。
随后，夏瑚由木王派向导巡视了坎地上下各地后，东返折回内地，于冬月二十四日回到德钦，历时5个月。夏瑚后来将所有查得的各处要隘以及风土人情写成《怒俅边隘详情》一文逐一陈述，在详情禀报的最后，提出了“宜建设长官以资分治；宜添兵驻防，以资保卫；宜撤退土司，以苏民困；宜筹费设学，以广教育……”等十项建议，并具体提出在“江心坡（即今独龙江下江的恩梅开江和迈立开江流域的广大地区）”设四府一道十三县的计划。可惜的是，当时清政府已是摇摇欲坠，朝廷昏庸腐败，对外屈辱妥协，独龙江“江尾”及整个“江心坡”最终被英帝国主义侵占，不复为中华国土。
夏瑚在独龙族和贡山各民族心中留下了深刻、良好的形象。解放后，独龙族中仍有很多老人对夏瑚过境记忆犹新，称他为“夏大人”“夏师爷”。据说夏瑚右耳后有一大瘤子，也有人因此戏称他为“纳坡累累”，独龙语意思是“夏大瘤子”。夏瑚的巡视减轻了贡山各族人民所受的土司、喇嘛寺“贡赋”的负担，此后两年，土司不敢再到独龙江来收缴贡赋；贡山怒江两岸各族百姓则从此停止了对土司的贡赋。夏瑚的巡视也加强了独龙族人们的祖国观念，后来，英帝国主义曾试图染指独龙江，头人们拿出夏瑚所发委任状，声明自己是清朝的人，迫使侵略分子退了回去。以后侵略者历次入侵，独龙族人民都进行了坚决的抵抗。
四、反对英帝国主义的侵略
1840年，英帝国主义发动鸦片战争，用坚船利炮打开了中国封建主义的大门，中国从此开始沦为半殖民地半封建社会。英、法、美等帝国主义国家纷纷把侵略的魔爪从中国内地伸向边境。清光绪十二年（1886年），英国完全吞并了缅甸，中国的领土江心坡也随着缅甸的沦陷落进了英国的虎口。江心坡位于缅甸北部，北接西藏，东临担当力卡山脉和独龙江，独龙江下江的恩梅开江和迈立开江两江南北走向分流其境，北部重镇就是坎地（今缅北葡萄县城），1908年夏瑚巡视怒江和独龙江流域，曾到达坎地。两江流域的居民很大一部分是历史上从中国境内迁移过去的独龙族，此外还有一些景颇、傈僳、傣和汉等族。
英国占领江心坡后，侵略矛头便直指独龙江和怒江，帝国主义分子纷纷披着宗教、生物学家、地理学家等外衣衔尾而至，刺探中国边疆各种情报，为其政府侵略政策出谋划策。例如，1911年，英国着名的殖民主义者华金栋，打着“生物学家”的招牌进入怒江、丽江和西藏昌都等地，进行了长期的间谍活动后，于1914年在伦敦出版了《缅甸的极边》一书，书中毫不掩饰地说：“本人的工作即与英国政府经营片马（1911年被英国占领，1961年中缅划界回归中国）。托角（现为缅甸领土，与我国德宏州毗邻）的目的完全一致，本人的使命便是充先锋、探虚实。”
1911年的一天，英军上尉布里查带着10多个全副武装的侵略军，带着翻译和背夫，窜入独龙江，企图到西藏去进行间谍活动。他们一进入独龙江就四处拍照、测绘地图，抢东西，抓背夫、向导，探访通向西藏的道路。到了独龙江北部时，当地独龙族群众大多都躲进深山老林里了，布里查抓来丹且古鲁和江勒奎等8个独龙族男子，用麻绳将他们拴成一串，逼迫他们当背夫带路。丹且古鲁和江勒奎是当地有名的猎手，在被抓的路上，暗地里组织同伴不把侵略者引去通往西藏的马必力河谷，而将他们引向另外一条西向的科罗洛河谷，然后设法逃跑。
即将到达科罗洛的那天晚上，丹且古鲁和江勒奎等人趁黑夜看守的英军熟睡，搓断捆在身上的麻绳悄悄鱼贯逃走，最后逃离的江勒奎因夜色漆黑不慎碰响做饭的锅盆，又被抓了回去。第二天，布里查发现被引向相反方向时，恼羞成怒，他把江勒奎拉到河边，把江勒奎的头按进水里，严刑拷打，威逼他带路去西藏。倔强的江勒奎怒目而视，既不说话，也不带路，最后被布里查野蛮杀害。
布里查一伙的暴行很快传到了丹且古鲁的耳朵里，他邀约了一起逃出虎口的独龙族青年，准备找机会为江勒奎报仇。一天，丹且古鲁从乡亲们那儿听到布里查一伙已发现了去向西藏的道路，准备从迪斯柔溜索渡口东渡独龙江，便带领几个伙伴在东岸渡口埋伏下来，不一会儿，这支侵略军果然来到了渡口。穷凶极恶的布里查首当其冲，双手抓住溜索爬了过来，这时，江东溜索桩边射出了一支支利箭，独龙族青年布尔木松的一支毒箭正中布里查胸口，布里查一声惨叫掉落，被滚滚独龙江吞没（也有一说是砍断了溜索）。剩下的英军见头目已死，一个个心惊胆战，从原路仓皇地逃了回去。英帝国主义觊觎中国领土的一次间谍活动，在独龙族人的反对下，遭到了破坏而失败。
1911年辛亥革命后，滇藏侦查队云南交通队队长谭志伊率队员30余人，于年底由“怒俅总管”和定安为向导，开进独龙江江尾的拉达阁（现属缅甸），一边守边，一边开采金矿。这一片地方本来就是“怒俅总管”和定安的管辖区，是中国的领土。但英国人突然出动100多人的军队无理阻挠，于是双方交火，“怒俅总管”和安定殉职，另有一位班长牺牲，由于寡不敌众，我方最后失败。这场战斗虽然失败，但独龙族人民给予了我方军人热情的支援，我方大部分人员撤回到了独龙江，逐个由独龙族人护送回内地。解放后，很多独龙族老人回忆起此事，依然情绪激动。
清末和民国初年，英帝国主义对我西南边疆步步进逼和蚕食，边疆各族人民纷纷拿起简陋的原始武器奋起抵抗侵略、保卫家园。在保卫祖国边疆的战斗中，独龙族居住地地处边境前线，始终英勇地站在战斗第一线。
五、反抗国民党设治局的斗争
1912年国民党云南地方政府派出“怒俅殖边队”武装开发边疆，进入怒江，在贡山建立了“菖蒲桶殖边公署”。怒江各地“殖边公署”推行“开笼放雀”政策，解放了大批奴隶，并在贡山开道路、办学校、兴商旅。随着“殖边公署”的建立，内地的一些汉、白、纳西等族商人、手工工匠和农民也相继来到贡山，对贡山社会的发展，起到了一定的积极作用。
1916年，“菖蒲桶殖边公署”改为“菖蒲桶行政委员会公署”，这是贡山历史上第一个相当于县级的行政单位。1933年改为“贡山设治局”，隶属丽江行政专员公署。国民党贡山设治局建立后，推行保甲制度，还专门设立了民团，常备队40余人。随着国民党统治机构的日趋完善，其军阀政权的反动本性也逐渐显露出来，历任国民党设治局官员为中饱私囊，巧立税收名目盘剥各族群众，设有田赋、政费、门户钱、学捐、烟捐、兵费等30余种税款，甚至官员“下乡”也要向群众索取“辛苦费”和“草鞋费”。仅“门户钱”一项，每户每年就要交纳黄连五斤、黄蜡十斤，再加上其他赋税，每户就折合420多斤包谷（玉米）。当时，贡山生产方式落后，各族群众大多衣不蔽体，食不果腹，生活极端困苦，这样的苛捐杂税，对贡山各族百姓造成的灾难可想而知。
在独龙江地区，设治局为增加“门户钱”的收入，还强迫大家族分户，而对独龙族遭受的察瓦龙土司的盘剥、压榨却不闻不问。对于国民党设治局的无理摊派，独龙族人民都进行了坚决的抵制。有一年，一架盟军（美国）飞机飞过独龙江，设治局竟然向独龙族群众征收“看飞机款”，引起了群众的强烈不满和抵制，“看飞机款”最后不了了之。
1942年，贡山设治局强迫独龙族人每年每人交纳贝母2斤折兵款，这是无法完成的摊派，独龙族群起反对，派茂赛做代表到县参议会请愿，最后停止了摊派兵款。
1944年，一架盟军飞机在高黎贡山上坠毁，几个独龙族群众发现飞机残骸，捡了两支枪和一些子弹，上缴了，但国民党乡长诬赖他们隐藏了飞机上的东西，对他们吊打、拘禁。群众于是群起向设治局请愿，委托刚从内地读书回来的独龙族学子孔志清写告状书，国民党乡长最后被撤职。
整个民国时代，云南军阀政权，国民党怒江地方政权官僚及其亲信，很多是地痞、流氓出生，近似于土匪，这些人当政后倚仗权势，种大烟、开赌局、强霸民女、抢杀耕牛、抢劫群众财物，为所欲为，什么坏事都做得出来。怒江沿江各县都发生过攻打设治局的流血斗争，各族人民或群起请愿，或手持弩箭、砍刀，那些罪大恶极的元凶，都被人民怒而处死。
