（一）赛夏人南庄事件
1902年7月，爆发赛夏人南庄抗日事件。新竹厅南庄支厅管辖内的赛夏人南狮里兴社头目之一日阿拐，被日本总督府特许从事樟脑制造业，在竹南一堡狮里兴联兴庄设制脑灶280口，其中大锅83口、小锅197口，取得依灶数支给的和番费即山工银，累积数万金，役使汉人开垦水田，拥有佃户数十，是南庄赛夏人的代表人物之一。以松田时马为代表的日本制脑企业借助国家权力剥夺赛夏人的制脑权，占垦樟树山场，密议要烧毁南庄街，驱逐当地土着居民及制脑者。日阿拐愤而召集附近赛夏人、泰雅人，以及桃仔园、新竹、苗栗三厅一带的客家人一起抗日，众人于7月6日袭击并包围南庄支厅，与日人所派新竹守备一中队及警察激战。次日，日本派遣步兵二中队及炮兵增援，此后一直到8月才平定。日阿拐于战败逃亡途中病死，一些族人被杀戮，其他人缴枪投降后，被日警押送进入隘线之内，从事农耕。南庄事件之后，1903年1月赛夏人大隘社、毕莱社等也先后在日警武力威逼下将枪械纳官。
（二）太鲁阁之役和雾社起义
泰雅人、太鲁阁人、赛德克人较有名的抗日活动有太鲁阁人、泰雅人的北势群和大嵙崁社、赛德克人的雾社以及宜兰南澳、台中南势、新竹石加路等地的起义和斗争。其中，1914年的太鲁阁之役和1930年10月发生的雾社起义最为激烈。
日本军队曾五度讨伐“太鲁阁番”，均败于族人的鸟枪与弓箭之下。不甘失败的日本军队经过8年处心积虑的计划与部署，1914年5月23日再度发动征伐合欢山“太鲁阁番”的战争，史称太鲁阁之役。此役由佐久间左马太总督亲自任总指挥，日军出动武装警察、炮兵、陆军共计6000余人，各式火炮29门，机枪19挺，此外，还有军舰、飞机配合炮击、轰炸。当时，太鲁阁战士2000人左右，使用的武器主要是老式猎枪、弓箭，族人只能利用险要地形，采用伏击、突击等战术与日本现代化武装部队对抗。最终因与日军人力、武器悬殊，后备资源匮乏，抗日族人被迫缴械投降。日军虽取得胜利，但也付出日警部队死23人、伤31人，陆军部队死61人、伤125人的代价。太鲁阁人彪悍顽强、英勇善战的形象此后更为深入人心。
1930年10月7日，赛德克人雾社群马赫坡社头目莫那·鲁道的长子塔达欧·莫那举行婚礼，塔达欧祭祀祖灵时手上沾染了猪血，当他向日警吉村敬酒时，吉村看到他手上的猪血，用手杖打落了他的酒杯。受辱的塔达欧还手痛殴吉村，引起群殴，史称敬酒风波。以此为导火索点燃了赛德克人反抗日本人的怒潮。
1930年10月27日清晨，以莫那·鲁道为首的马赫坡、荷戈、波阿龙、斯库、罗多夫、塔罗湾等六社赛德克人雾社群约300族人举事发难，趁日本人在雾社公学校的操场上举行雾社地区日本小学校、公学校及番童教育所联合运动会之机，先是派勇士冲入公学校及日警驻在所，杀死日本官吏、警察、平民及其眷属139人，后占领雾社，并攻占附近各警察驻在所，夺取各式枪械180挺及弹药23037发，之后六社部落几乎人人都投入了战斗。闻讯大为震惊的日本殖民政府迅速从各地调集军队1303人、警察1305人、军夫1563人，讨伐进攻雾社。
10月29日，日军占领雾社，台中警察部队夺回三角峰警察驻在所。10月31日晨，除马赫坡外，其他部落均被日军占领，赛德克人反抗军主力退入马赫坡社，其余散入附近各山区溪谷。11月2日，马赫坡社失守，莫那·鲁道率领起事族人撤入山中，据守在马赫坡、塔罗湾溪谷。11月5日，双方在马赫坡东南方高地附近展开鏖战，日军死15人、伤11人，抗日族人伤亡严重，退守到马赫坡岩窟。此时，日本人利用族群矛盾，威逼利诱与抗日部落有隙的道赛群与太鲁阁群组成袭击队，协助日军打击抗日义军。到12月初，坚守岩窟近一个月的抗日族人弹尽粮绝。
12月1日，日军飞机投放瓦斯弹，逼近马赫坡岩窟。莫那·鲁道带领部分族人遁入内山，其妻巴干·瓦历斯在田寮内自缢身亡，莫那·鲁道用枪杀掉两个孙子，连同妻子、孙子的遗体一同放火烧掉田寮。随后，莫那·鲁道在大断崖持枪自杀，时年48岁。12月8日，日军意欲诱降以莫那·鲁道的长子塔达欧·莫那为首的抗日勇士余众，塔达欧·莫那与四名勇士不愿俯首，在马赫坡内山自缢，壮烈成仁。史称“雾社事件”。
起事前，六部落总人口1158人，其中壮丁295人；战斗结束时，战死、自缢、病死者共计644人，其中男332人、女312人，所余514人皆为老弱妇孺，投降后被集中收容在罗多夫社及附近的西宝社。雾社事件战火的硝烟虽已散去，但日本人暗中纵容并协助与起事六部落有仇的其他部落趁机复仇。1931年4月24日晚，道赛群袭击手无寸铁的雾社族人余生者，经过一夜烧杀屠戮，514人仅幸存298人，史称“第二次雾社事件”。
雾社事件导致了日本殖民总督府石塚英藏总督的下台，迫使日人重新检讨理番政策。但更重要的是，雾社事件显示了包括赛德克人在内的高山族反抗日本殖民统治的巨大民族力量。2001年发行的币值20元的新台币上印制了莫那·鲁道的头像，以纪念这位赛德克人英雄。
（三）布农人大分事件与大关山抗日事件
日本政府在对付“北番”的泰雅人及太鲁阁人有了相当成效后，便开始着手对付中部以南山区高山族。1910年台湾总督佐久间左马太制订“五年理蕃计划”，设置复线式电流铁条网警备线，阻隔物资交换，严禁硝石、火药等流入布农各社，并解除了布农人的武装，被没收武器的布农人生活陷入困顿。布农人把猎枪等武器视为神圣的祭器，在宗教仪式中用来驱鬼。日人没收枪支的政策，引起布农人群体反抗。据《理番志稿》统计，自1914年9月至1916年12月期间，日警先后被布农人攻击35次，被杀98人。布农人郡社群和峦社群是日据时代最后“归顺”的高山族，他们在北方玉穗社的拉荷阿雷、阿里曼西肯兄弟和南方的拉玛他星星家族领导下，抗日时间前后约20年，被日本人称为“本岛最后未归顺番”。
拉荷阿雷兄弟是郡社群大分社人，弟弟阿里曼西肯为大分社的头目，拉荷阿雷的地位更高，附近几个社的头目皆听命于他。拉玛他星星是雾鹿社头目，1914年2月，雾鹿社布农人袭杀驻在所日警2人，是为“新武吕事件”。拉玛他星星率族人逃到伊加诺万。伊加诺万位于大仑溪上游高山深处，在小关山山脚下，地势险要，道路崎岖。拉玛他星星盘踞此地达十数年，从未有日警进入，是新武吕溪流域抗日力量的主要领导人。
1914年，日本人以到花莲参观飞机为名，诱骗布农人壮丁离开村社，然后趁机强制搜查没收布农人私藏的枪支。拉荷阿雷非常愤慨，1915年2月23日，率众袭击大分驻在所。阿里曼西肯出面阻止、调停，拉荷阿雷给日方小小的警告，杀死日警一名。同年5月，日警再度展开第二波逼缴武器行动。5月12日，喀西帕南社忍无可忍，联合雾鹿社烧攻喀西帕南驻在所，将10名日警全部砍头，抢走枪支弹药。此举鼓舞了拉荷阿雷兄弟。5天后，他们率领大分社莫库拉家族56名猎人，攻击大分驻在所。首先派人潜入驻在所，然后里外夹攻，杀死日警12名。传说单单拉荷阿雷一人，便在此战中亲手血刃7名日警。拉玛他星星也率领新武吕社附近的100名布农人战士支持作战。是为“大分事件”。这是布农人单次投入战士最多的一次战役，参战人员达200余人。1915年6月28日，阿里曼西肯率众攻击马西桑及阿桑来戛驻在所，日警6人死亡。
自大分事件之后，拉荷阿雷兄弟成为日警围剿目标，他们便率领族人辗转避居于新武吕溪上游。两年之后，拉荷阿雷兄弟为了建立永久基地，深入荖浓溪上游险要之地玉穗社，建立起根据地，各地被日警通缉的布农人纷纷投靠，玉穗社便逐渐成为抗日中心。
大分事件爆发后，散居的布农人自动联合起来，破坏交通，阻止日警进山搜索，拉库拉库溪流域各日警驻在所之间联络困难，被迫废止了半数以上驻在所。日人紧急封锁了拉库拉库溪北岸的部落道路。1919年，日本人动工兴筑“八通关越岭道路”，以便包围布农人抗军。道路开辟的同时，在沿线重要据点设置驻在所，日后更以劝诱的方式，使部落迁移至驻在所附近，以便就近监控。在“八通关越岭道路”开凿、修复过程中，日警及其开路工人被杀104人。
1921年6月，八通关越岭道路完成后，日本警方展开对大分事件抗日分子惩罚行动，计诱抗日分子集中到托斯约社，集体屠杀，拉玛他星星之弟在此事件中被杀。为替弟复仇，10月，拉玛他星星率族人在逢阪袭击萨苦筑路工程搜索队，枪杀日警原新次郎、备后一马等人。
为南北夹击布农人的反抗势力，日本人于1926年开凿“关山越岭道”，力图围剿藏在玉穗社等深山的布农人勇士。1928年，拉荷阿雷派其弟阿里曼西肯赴南投，说服族人五户48人移居玉穗社，兵力达300余人，日警为之震惊，加速关山越岭道的开通。1931年2月，关山越岭警备道（今南横公路前身）全程完工，在大炮瞄准玉穗社的状况下，拉荷阿雷及其所领导的族人只好接受招抚。1933年，年迈的拉荷阿雷终于接受和解，玉穗社被迫集体迁村。同年8月，拉玛他星星继室生病，其长子布萨乌萨携带准备充作报酬的硝石去聘请巫医，结果被二见驻在所巡查没收。拉玛他星星愤怒异常，决定报复。
1933年9月19日下午，拉玛他星星的长子布萨乌萨、四子利巴累与另一抗日领袖塔罗姆等人合作，在桧谷驻在所附近，袭杀大关山驻在所巡查松崎重俊等3人，称“大关山事件”。事件发生后，日本官方极为震惊，在下马谷驻在所成立包含警察88人、筑路工人140人的搜索队。日本人态度日趋强硬，集结大量武器和军力在警备道沿线，强迫布农人“集体移住”，许多部落被迫迁至警戒线内。10月，日人以最快的速度建好关山越岭道大仑支线，并修筑下马谷到坑头社间的警备道，企图一举解决伊加诺万的问题。12月16日，拉玛他星星及其长子、四子到麻加里碗社探亲，因大仑社头目萨利达告密而被捕，19日搜索队首度进入伊加诺万，逮捕其次子霍利、三子拉霍。1933年年底，拉玛他星星父子及数名抗日勇士被日本人处死。1934年1月，日警再度进入伊加诺万，烧毁破坏所有房舍与田园，并宣布此地永远不得居住，社内布农人被迫迁居，邻近村社也先后相继被迫迁出。
（四）阿美人的“七脚川事件”
七脚川社是南势阿美人最大的聚落，祖居今花莲县吉安乡福兴村以西山麓，长期活跃在花莲奇莱平原上，1878年加礼宛事件后，一跃成为奇莱平原最强大的族群。清光绪二十二年（1896年），日本殖民军队在台东登陆，1901年，日军征服南势阿美人各社，并在七脚川设立驻在所。日本统治初期，七脚川社与日本总督府维持着和平的关系。
1906年8月，花莲港警部支厅长大山十郎等人在威里社遇到太鲁阁人“出草”，25人被猎首。为了压制太鲁阁人，日本人在砂婆礑溪河岸至新城遮埔头海岸之间修筑隘勇线，征调七脚川社阿美人壮丁为隘勇看守，欲以“以番制番”政策攻袭太鲁阁人。据日本官方报告，1908年，日本总督府大量征调七脚川社阿美人充当军夫，因所付薪资极为微薄，阿美人多次要求提高薪资而不被受理，引起族人不满，激化了族人对日本人的抗拒情绪，故联合太鲁阁人的巴都兰社起而反抗日本人，攻击、杀死日本警察以泄愤。日本总督府迅速派军警部队从花莲登陆，大举进攻七脚川、巴都兰、木瓜等社，激起各社族人全面抵抗。日军炮击七脚川社，烧毁房舍、抢夺物资、屠杀族人，造成共200多人罹难。战斗进行了3个月之久，最后日军以27死、21伤的代价结束战事，史称“七脚川事件”。七脚川社遭灭社后，日本人强占社土，建立吉野移民村，阿美人被迫南迁，多数人散居光复乡、寿丰乡及台东县鹿野乡等地。时隔20多年后，部分族人才被允许返回吉安乡。
