这段时间，蒋介石同鲍罗廷又亲热起来。5月16日，蒋介石在审查整理党务案之后会见了鲍罗廷，说国民党党员消极抵制共产党，不能积极地奋发自强。甚至担忧国共两党党员“混合革命，小党胜于大党”。
他乘机提出，革命非统制不可，否则不能成功。鲍罗廷竟然被蒋介石的花言巧语所感动。当晚，蒋介石又赶往鲍公馆看电影。
5月20日，会议选出国共两党联席会议代表。其中，国民党5名，包括蒋介石在内，共产党只有3名。5月21日，会议发布《北伐宣言》。
22日，会议闭幕。蒋介石在当天发表讲话，为提出整理党务案辩解。他说，他这次是以国民党员的身份提出整理党务案的，如果像外界所说的那样，以为提出整理党务案的是一位有实力的军人，那就完全错了。他提出整理党务案，是“鉴于现在时局的纠纷和环境的险恶，实在有不能不整理之势，才提出整理党务的办法”。他在讲话中还标榜自己如何拥护革命。他说，如果今天有人说我不革命，那就无异于说我反革命，“我不但不能承认，而且要起来反对他”。
会议撤销了汪精卫的领导职务，选举张静江为国民党中央执行委员会主席。谭延闿接替汪精卫当选为国民党中央政治会议主席兼国民政府主席，蒋介石不仅接替谭平山担任国民党中央组织部长，而且还担任了国民党军人部长。这些人事方面的所谓改革实际上都是蒋介石一手促成的，“形式上经过蒋、张、鲍三巨头的密商”。
不难发现，这4项提案，特别是蒋介石单独提出的《国民党与共产党协定事项案》主要是针对中国共产党的，其目的是限制共产党人在国民党内的活动，削弱了中国共产党人在国民党内的权力，也打击了共产党和国民党左派的势力。对此，蒋介石直言不讳地说：“此时共产党夺取广州基地的阴谋即已失败”。
在中国共产党看来，国民党所采取的整理党务案的办法，决不是由“容共”到“联共”，“其用意无宁是限制中共的发展，打击中共之独立存在”。所以，整理党务案公布后，在广州的中共党员“无不万分激愤”。有些人不满地责问说，为什么不主动提出国共合作方式，由党内合作改为党外合作？为什么不退出国民党？为什么要被动地受处罚？
尽管鲍罗廷也感到不愉快，但他还是作了“种种有利于自己的解释”。
他声称：“我们没有被驱逐出广东，那就显示我们仍有胜利的机会。只此一点，就可以证明我们的处理方针并不算是完全错误的。”他还自我安慰，说右派并没有占到什么便宜，他自己也没有被扣留，而主张扣留他的胡汉民倒是被赶出了广州，企图捣乱的吴铁城被拘禁了，西山会议派的人也不能插足广东。右派“连一个职位也没有捞到，几乎所有部长都是左派”。这一切都证明受到打击的不是我们。
其实，鲍罗廷向蒋介石妥协还有一个原因，就是他想利用蒋介石来反击右派。蒋介石同意了鲍罗廷的要求，在提出整理党务案时对右派的活动也作了一定的限制。仅此一点，鲍罗廷竟然感到很满足了。他对彭述之说：“我也知道，蒋介石有很多严重的缺点，但在现时的国民党中，没有人像他有力量有决心，足以打击右派的反革命阴谋。因此，为了打开当前极度危险的僵局，我们不得不对蒋作最大限度的让步，承认他从3月20日以来所取得的权力，不要反对他的整理党务案，并支持他尽快北伐”。他甚至相信，“将来随着北伐的进展，形势会对我们有利。”
事后，鲍罗廷在给加拉罕的信中说，今天发生的事情只不过是右派软弱无力的具体表现。国民党二中全会通过的关于共产党人的决议“使右派蒙受了比共产党人更大的损失”。他认为，这些决议“从右派手里夺走了反对我们的武器”，“右派被置于极其不利的地位”。现在，右派受到打击，“也无法诿过于共产党人”。在谈到蒋介石提出整理党务案的原因时，鲍罗廷解释说，中派和右派都要求蒋介石继续打击共产党甚至左派。鉴于蒋介石的困难境地，他必须对孙文主义学会或共产党采取措施。他在5月15日国民党中央全会上提出的“调整同共产党人关系”的决议案，实际上是缩小共产党人在国民党内权力的决议案。结果适得其反，“左派更生气了”，而孙文主义学会发现蒋介石从3月20日到5月15日，也就是从公开反党走到反共，则继续要求蒋介石对共产党采取越来越强硬的措施。“可以说，他成了他们的俘虏”。所以，蒋介石不得不向中派和右派作出让步。
鲍罗廷还说，据他所知，右派人物对这次会议感到很失望。实际上，鲍罗廷对右派的概念是模糊的，他不是把右派当成左派，就是当成中派。在他眼里，戴季陶、叶楚伧不是右派，而是中派。结果，前者担任了广东大学校长，后者也当上了国民党中央书记。鲍罗廷还天真地认为，吸收中派参加工作，“沉重打击了黄埔以外的右派”。国民党二届二中全会公布的宣言既然已经明文规定要团结一切革命势力，同反对派作斗争，我们大可借此发挥一番，鼓动国民党继续往革命方向推进。
在中共方面，陈独秀主张由党内合作改为党外合作，否则，“不能执行自己的独立政策，获得群众的信任”。然而，对于陈独秀的意见，莫斯科一方面在《真理报》发表布哈林的文章，严厉批评中共退出国民党的建议，另一方面又派共产国际远东部部长吴廷康到中国来“矫正中共退出国民党之倾向”。
结果，鲍罗廷拒绝了中共退出国民党的主张，因为这违反了共产国际的旨意。中共既然已经加入了国民党，现在决不能一无所得地退出来。
他承认，“国共是要分家的”，但同时又认为，“分得愈迟愈好”。等北伐打到北京的时候，就“可能便要实行分家”了，但现在“应该继续容忍合作”。
张国焘却不以为然，他认为鲍罗廷的所谓“中共注定要做国民革命的苦力”、“不能空手退出国民党”以及利用“国民党内部矛盾”的种种想法，“不免吃力不讨好”。他也主张中共党员退出国民党，转向注重工农群众的工作，不要介入国民党内部的纠纷。
鲍罗廷讥笑张国焘的想法是“退却步骤”，认为在5月15日以后退出国民党，这是经不起打击的示弱表现。他还劝中共中央不必在意整理党务案，除了其中规定中共党员担任国民党高级党部委员者不得超过全数的三分之一，以及不得担任国民党中央部长等中共所受的实际损失外，其他诸如交出名单和审查中共对党员的训令等，只是国民党的片面决定，中共可以在将来两党联席会议上提出异议。他还建议中共中央采取拖延的办法对付国民党所要求的联席会议，如果不能拖延，就派人到广州来参加会议。
谭平山对5月15日后的局势表示相当不满，说他是老同盟会会员，蒋介石如此专横跋扈，中共又如此忍让，他要以老同盟会会员的资格，联络实力派李济深和广东老资格的国民党员，公开同蒋介石抗衡。他把自己的想法告诉了鲍罗廷。
鲍罗廷对于谭平山的意见，并“没有表示出任何反对”。至此，他“再也不掩饰他对蒋介石、张静江的反感”。他表示，如果有人反对张静江，“也是理所当然”的。这说明鲍罗廷对蒋介石极力忍让，“实际是利用国民党的内部矛盾，从反对张静江下手，来改变既成局面”。而他此后的一切行动，也证明了这一点。
此时，中共中央已经接到共产国际的指示，明确训令不准退出国民党。这表明鲍罗廷的建议已得到斯大林的支持。
从中山舰事件到国民党二届二中全会，广州局势的发展表明，这是蒋介石削弱苏联的控制，打击中国共产党和左派，强化其独裁领导的过程。蒋介石个人的权力也越来越大。继4月16日当选为国民党军事委员会主席之后，5月17日，他当上了国民党中央组织部长。6月5日，蒋介石又通过国民党中央任命自己为国民革命军总司令。7月5日，蒋介石当上国民党军人部长。第二天，他又接替张静江担任了国民党中央执行委员会常务委员会主席。至此，汪精卫原来担任的职务，除了国民政府主席外，均由蒋介石担任。有人评论说，此时的蒋介石，“威福之甚，过于中山为大元帅时”。
