不过，当时大学院似乎并没有正式办理各私立大学的立案申请。1928年10月24日，大学院裁撤，相关职权重归教育部。根据规定，各私立大学的立案申请必须先通过所在省市教育部门的审核，再由当地教育部门转呈教育部批准立案。为此，1929年3月23日，中国公学召开第二届校董会，议决于五年内募集本校基金500万元，并另建图书馆，扩充理科，增筑可容纳数百人的宿舍，以保证达到私立大学立案所具备的各项条件。
同年5月，中国公学校董会呈文上海市教育局，请求转呈教育部准予立案，但由于此呈只有董事长王云五的签名，被上海市教育局以不合规范为由予以退回。中国公学当即着手补充校董会董事的签名盖章，鉴于部分董事不在上海，遂采取委托在沪董事代表署名的方式，终于补齐了所需材料。
由于这一番耽误，直到6月10日，上海市教育局才将中国公学校董会重新准备的呈文及材料转呈教育部。不料这时，奇怪的事情发生了：教育部收到呈文后，当即批转高教司办理，却发现立案所需的表册未同时寄到。
整个事情的原委，胡适8月1日在写给教育部长蒋梦麟、教育部次长马叙伦的信函里有详尽陈述：“吴淞中国公学立案事，我们的原呈，因只用董事长签名，被上海市教育局退回，耽误了许多日；最后学校立案原呈及表册，据市教育局说，都是六月十日付邮的；但呈文到了贵部，而表册迄今未到，殊属奇怪。表册本有两份，一留市教育局，一呈贵部。我们几次向教育局索取副本，至前日始取回，今将副本交敝校副校长杨亮功博士亲自带呈。我们现办暑期学校，有学生三百人，其中过半数是本校正式学生，教职员也都是本校平日教职员，故敝校极盼贵部派人来查，以便早日批示。现在部令既十分注重立案之学校，立案与否殊于学校进行有关系，不幸敝校立案事被市教育局延误多时，故我们极盼两兄早日派人来查。”19
这封信是由杨亮功亲自送到南京的。此时，他和胡适都已明白：中国公学立案没有想象中那么容易。个中缘由，可想而知——时任上海市教育局局长的，正是那个被胡适“叫板”的上海市党部特别委员会委员陈德徵。
从1929年4月起，胡适连续在《新月》杂志上发表一系列文章，炮轰陈德徵及其所代表的国民党势力，呼吁“人权与约法”。陈德徵此刻正红得发紫，权倾一时，当然是恼羞成怒，伺机报复，而中国公学的立案问题刚好被他捏在了手中。
陈德徵表面上并不反对中国公学立案，相反，还表现出一副公事公办、积极通融的态度。从现存的档案文书看，以陈德徵名义提交到教育部的文件，措辞几乎无懈可击。比如，1929年6月21日，上海市教育局再呈中国公学立案表册，行文就很中听：“据该校董会董事长王云五等呈送该公学大学部立案表册请予核转前来，查表册填载，尚属详明，核与《私立大学及专门学校立案条例》规定手续亦尚无不合，除将原呈抄录存查外，理合将原呈表册具文呈送，仰祈察核令遵，实为公便。”20此件的落款人，便是陈德徵。结果是，直到胡适8月份写信给蒋梦麟时，教育部还没看到所需的中国公学立案表册。
而在另一方面，陈德徵则在大力推动“倒胡”大计。在8月24日和28日召开的国民党上海市执委会第47、48次常委会议上，陈德徵连续抛出临时动议，目标只有一个：呈请国民党中央转令国府，要求教育部立即将胡适撤职惩办。陈德徵是国民党的红人，虽然不能说是一言九鼎，但说话毕竟是有些分量的，因而他的动议在某种程度上还是给了教育部一些压力。所以，就有了那封以教育部长蒋梦麟的名义训令中国公学的函件。
更重要的是，由于陈德徵的上蹿下跳，教育部对于中国公学的申请立案采取了异常谨慎的态度。杨亮功到南京后，亲自谒见教育部长蒋梦麟，请求派人到校调查，以便批准立案。蒋梦麟倒没说什么，立即召集各相关司长、督学到部长室开会，听杨亮功说明来意。结果，大家的意见很一致，且理由也冠冕堂皇：由于当时申请立案的私立大学比较集中，如上海南洋医科大学、中国大学、南通大学等都提出了申请，而教育部在暑期放假期间不便派员考察，只能等到秋季开学，再行考察以确定是否立案。
其实，杨亮功带去的胡适书信中已再三说明，当时中国公学正在办暑期班，学生多是中国公学的学生，老师多是中国公学的老师，若教育部有意网开一面，立即派员倒不是什么难事。出于这一考虑，杨亮功本来还想再争取一番，但时任教育部普通教育司司长同时也是中国公学校董会董事的朱经农暗使眼色，走到他面前小声说：“别再说了，以免引起反感，转而误事。”
杨亮功只得作罢，带着深深的失望回到了吴淞。不久后，他就离开中国公学，到了安徽大学。
直至第二年，又一届学生即将毕业，胡适不想因个人与当局的冲突而让学生受损，决定提出辞职。结果，他5月辞去校长职务，6月中国公学就顺利立案。为此，直到晚年，他还曾颇为感慨地与秘书胡颂平谈起这件事：“我为学校的立案问题辞职之后，由马君武先生继任校长，中公就立案了。”
这不能说没有陈德徵的“功劳”。不过，在成功“赶走”胡适之后没多久，陈德徵的官运也陡转直下、一落千丈，不知缘何被人向蒋介石打了小报告，于1930年10月被拘南京，从此再也没有回过他曾风光一时的上海。据说，陈德徵活到了新中国成立后，但被清算历史旧债，晚景凄凉，死于劳动改造，时年58岁。
缘定胡适之
对杨亮功来说，胡适亦师亦友，既是他学术上的导师，又是他精神上的至交。这是他在中国公学期间无怨无悔、鞠躬尽瘁主持大局的真正原因。而他人生的每一个重要选择，一般都会认真听取胡适的意见。1929年暑假，杨亮功忙完中国公学的招生工作，回到安徽大学帮忙，就与胡适的支持不无关系。
胡适是创设安徽大学的最早支持者之一。据安徽教育界前辈胡健吾回忆，最先发起人为蔡晓舟。蔡晓舟，安徽合肥人，杨亮功的表兄，是安徽大学筹建最积极的倡导者。在蔡晓舟等人的呼吁与努力下，许多皖籍旅外的学界名流纷纷返皖，鼓吹创设安徽大学，并发起成立安徽大学期成会。1921年8月，胡适回到安徽，先后多次发表演讲，提出数项主张，其中就包括提议创设安徽大学。
由于安徽政坛动荡不安，官员更换频繁，大学筹备时断时续，几度“难产”，直到1927年11月才被提上政府的议事日程。安徽合肥人、北京大学教授刘文典应邀担任文学院主任兼预科主任，主持筹备工作。1928年10月，安徽大学首批本科生入校开学，是为安徽现代高等教育的肇始。
此间，安徽省政府层面一直在物色合适的大学校长。据胡适日记记载，他刚接手中国公学不久，杨亮功、郑通和等人就屡次劝他去做安徽大学校长，但胡适“赌咒不干”，并坚定地表示：“绝对没有商量的余地。”
胡适不愿意揽这个差事，主要是对当时安徽的政风、学风缺乏足够的信心。果不其然，安徽大学正式开学不到两个月，部分学生就与隔壁的省立第一女子中学师生发生冲突。刚巧蒋介石到安庆巡视，于是召见代行校长职权的刘文典询问内幕。刘文典生就一副傲骨，根本不理睬蒋介石的大声呵斥，当场出言顶撞。蒋介石一气之下，令人将其拘押。后来，还是在胡适、蒋梦麟等的斡旋之下，刘文典才被释放出来。
这件事令胡适感触颇深。在后来那篇闹得沸沸扬扬的《人权与约法》里，他就专门写到这件事：“安徽大学的一个学长，因为语言上挺撞了蒋主席，遂被拘禁了多少天。他的家人朋友只能到处奔走求情，决不能到任何法院去控告蒋主席。只能求情而不能控诉，这是人治，不是法治。”
刘文典去职后，安徽省教育厅长程天放兼任安徽大学校长，直至1929年6月提出辞职。有一天，杨亮功正在中国公学办公室里看书备课，胡适突然走了进来，大声说：“亮功，安庆是去不得的。”杨亮功一头雾水，不知究竟，连忙追问是怎么回事。原来，当天的《申报》上刊载新闻说：“兼任安徽大学校长程天放辞职，继任以杨亮功的可能性最大。”杨亮功笑了，回答说：“这不过是一种揣测之辞吧，实际上我与安徽省当局并无任何接触。”胡适听了，仍喃喃自语道：“安庆去不得的，安徽学风甚坏，说不定今日欢迎你的人，就是明天反对你的人。”
