1911年在日本出版的《戊戌奏稿》中载有《请尊孔教为国教，立教部教会，以孔子纪年而废淫祀折》（以下简称“国教折”）。由于在《杰士上书汇录》中发现了前面讨论过的保教折，所以论者提出，国教折是康有为后来根据原来所上的保教折“改删而来”（孔祥吉：《康有为变法奏议研究》，386页，沈阳，辽宁教育出版社，1988。）。比较一下保教折和国教折，发现无论从立意到内容，二者的差异都非常之大，因此，说国教折是根据保教折改删而来其实是非常勉强的。不过，从《我史》的有关文字可以证实，国教折与保教折的确具有对应关系，即就康有为的写作动机而言，国教折的确是对保教折的重撰。
《我史》“光绪二十四年”条下记载说：“于初一日……又陈请废八股及开孔教会，以衍圣公为会长，听天下人入会，令天主、耶稣教各立会长与议定教律。凡有教案，归教会中按照议定之教律商办，国家不与闻。并进呈《孔子改制考》，请听沿边口岸准用孔子纪年。”（《康有为全集》第五集，94页。）茅海建指出，《我史》手稿本中“并进呈《孔子改制考》，请听沿边口岸准用孔子纪年”之语为后来添加，补在行间与页脚。（参见茅海建：《从甲午到戊戌——康有为〈我史〉鉴注》，442页。）以孔子纪年是国教折的一个要点，而在保教折中根本没有出现。既然康有为在此增加了以孔子纪年的说法，就表示他将专门论及以孔子纪年的国教折系之于光绪二十四年五月一日进呈的论及孔教的折子，即后来在《杰士上书汇录》中发现的保教折。
还须指出的是，在国教折中，并没有“请听沿边口岸”等字眼。由此我们可以推断，《我史》中“并进呈《孔子改制考》，请听沿边口岸准用孔子纪年”之语的添加要早于国教折的撰写，因为如果国教折的撰写在先，那么，康有为在修改《我史》时增加国教折中没有的“请听沿边口岸”等文字就是难以理解的。还有一个证据可以说明这一点。国教折中提到此次进呈的与孔教有关的书目除了《孔子改制考》的刻本之外，还有《新学伪经考》和《董子春秋学》。孔祥吉指出，《孔子改制考》并非以刻本进呈，而是康有为重新缮写后进呈的，且《新学伪经考》和《董子春秋学》二书康有为并未进呈。（参见孔祥吉：《康有为变法奏议研究》，350、386页。《董子春秋学》即《春秋董氏学》。）康有为之所以掩盖自己以缮写本而非刻本进呈的事实，是有明确的原因和意图的。（有关康有为何以缮写《孔子改制考》的具体分析可参见孔祥吉：《康有为变法奏议研究》，350页以下。）可以想见，康有为在国教折中将进呈的书目从《孔子改制考》扩大到《新学伪经考》和《董子春秋学》，同样并非随意为之。如果国教折的撰写在先，那么，康有为在修改《我史》时所增加的字样就不会仅仅是“进呈《孔子改制考》”了，而应当是“进呈《孔子改制考》、《新学伪经考》、《董子春秋学》”了。
那么，国教折究竟撰于何时呢？虽然目前对这个问题我们无法得到一个确凿的答案，但是，将国教折与康有为其他著作中的有关内容作一对照性的分析，我们大概可以得出一个比较清晰的结论。
如前所述，在保教折中，康有为一开始就提出教案问题，然后顺着如何解决教案问题的思路引出自己的孔教建制主张。在国教折中，康有为一开始则是提出淫祀问题，然后顺此引出自己的孔教建制主张。对于淫祠遍布中国的危害，康有为言之凿凿：“夫神道设教，圣人所许，乡曲必庙，祷赛是资。而牛鬼蛇神，日窃香火，山精木魅，谬设庙祠，于人心无所激厉，于俗尚无所风导，徒令妖巫欺惑，神怪惊人，虚糜牲醴之资，日竭香烛之费。而欧美游者，视为野蛮，拍像传观，以为笑柄，等中国于爪哇、印度、非洲之蛮俗而已。于国为大耻，于民无少益。”（《康有为全集》第四集，96页。）接着，康有为分析了淫祠遍布中国的原因。
在康有为看来，从宗教进化的角度上看，孔教无疑是最先进的，孔子乃是文明世之教主：“夫大地教主，未有不托神道以令人尊信者，时地为之，若不假神道而能为教主者，惟有孔子，真文明世之教主，大地所无也。”（同上书，97页。）宗教进化的思想，康有为获之甚早。在出版于1898年春的《日本书目志》中，康有为在“宗教门”下所加的按语就是以宗教进化为主题，其中他以勇、仁、智说宗教进化之迹，并在阐明“教必明之鬼神”的基础上指出人类智慧越发展，就越是重视精神，即他所谓“人智愈凿，贱形而尊魂”：“合无量数圆首方足之民，必有聪明首出者作师以教之。崇山洪波，梯航未通，则九大洲各有开天之圣以为教主。太古之圣，则以勇为教主；中古之圣，则以仁为教主；后古之圣，则以知为教主。同是圆颅方趾则不畏敬，不畏敬而无以耸其身，则不遵信，故教必明之鬼神。故有群鬼之教，有多神之教，有合鬼神之教，有一神之教。有托之木石禽畜以为鬼神，有托之尸像以为鬼神，有托之空虚以为鬼神，此亦鬼神之三统、三世也。有专讲体魄之教，有专讲魂之教，有兼言形魂之教，此又教旨之三统也。老氏倡不神之说，阮瞻为无鬼之论，宋贤误释为二气良能，而孔子六经、六纬之言鬼神者晦，而孔子之道微。岂知精气为物，游魂为变，《诗纬》以魂为物本，魂灵固孔子之道。而大地诸教乃独专之，此亦宋贤不穷理而误割地哉！人智愈凿，贱形而尊魂。必矣，后十年魂教其大明乎！日人所译佛、婆罗门、耶、回之书，及《宗教进化论》、《宗教新论》、《未来世界论》、《天地镕造化育论》，环伟连忭而俶诡可观也。日本神学乃儒、佛未东渡之前为东夷旧俗，无足观焉。”（《康有为全集》第三集，297~298页。）从这一段按语以及按语前面所列的书目可以断言，其时康有为对西方宗教学界关于巫术与宗教的区分、多神教与一神教的区分、自然宗教与启示宗教的区分，乃至启蒙运动以来的理性宗教等概念都有所了解，而且他将宗教进化与他的三世说也关联起来了。
能够看到的是，关联于三世说的宗教进化思想，正是国教折的一个核心思想。回到淫祠何以遍布中国这个问题，既然孔教是最先进的宗教，而孔教从汉代以来就一直是中国的国教，那么，中国就不应该出现淫祠遍布的情况。对此，康有为提出他对中国风俗之理解的另一面来加以解释：“窃惟孔子之圣，光并日月；孔子之经，流亘江河，岂待臣愚有所赞发！惟中国尚为多神之俗，未知专奉教主，以发德心。”（《康有为全集》第四集，96页。）联系康有为的宗教进化思想，这里的意思当然是说，从中国的风俗来看，还需要从尊崇多神之状况进化到专尊一教。言下之意即是，孔教虽然从汉代以来就是中国的国教，但孔教并没有真正泽被庶民。（参阅上篇可知，这个看法正可溯源于《教学通义》。）康有为还以欧美为例，来说明在神道教中一神教的先进性：“旋观欧美之民，祈祷必于天神，庙祀只于教主，七日斋洁，膜拜诵其教经，称于神名，起立恭默，雅琴合歌，一唱三叹，警其天良，起其齐肃。此真得神教之意，而又不失尊敬之心。”（《康有为全集》第四集，97页。）
在此值得注意的是，除了国教折，康有为明确论述神道为教与人道为教之间的区别以及孔子为文明世之教主，是在写作于1904年的《意大利游记》中。其论神道设教之法云：“夫教之为道多矣，有以神道为教者，有以人道为教者，有合人、神为教者。要教之为义，皆在使人去恶为善而已，但其用法不同。圣者皆是医王，并明权实而双用之。古者民愚，阴冥之中事事物物皆以为鬼神，圣者因其所明而怵之，则有所畏而不为恶，有所慕而易向善。故太古之教，必多明鬼；而佛、耶、回乃因旧说，为天堂、地狱以诱民。今读佛典言地狱者，尚为之震栗。而常人循行城隍、庙廊之地狱，亦多有所动而改过者。欧亚之人，俗皆略同，此耶、回所以成教宗而能大行。在中世愚俗，其有益于人心风俗，岂浅鲜也！管子曰：‘不明鬼神，则陋民不悟。’孔子亦言：‘圣人以神道设教，百众以畏，万民以服。’今六经言鬼神者甚多，肃祭祀者尤严，或托天以明赏罚，甚者于古来日、月、食、社、稷五祀亦不废之，此神道设教之法也。”（《康有为全集》第七集，374~375页。）其论孔子以合人、神为教而以人道为重云：“孔子恶神权之太昌而大扫除之，故于当时一切神鬼皆罢弃，惟留天、地、山川、社稷五祀数者，以临鉴斯民。虽不专发一神教，而扫荡旧俗如此，功力亦极大矣！其仍留山川、社稷五祀者，俾诸侯、大夫、小民切近而有所畏，亦不得已之事也。若至人智大明，则泛扫之亦易事耳。孔子以扫荡旧时神俗，故罕语神，又曰‘敬鬼神而远之’。若其尊天之丁宁直捷，以《诗》、《书》考之，几于语必称天。如《诗》之‘明明在上，赫赫在下，天难忱斯，不易为王，天位殷适’，五语四称天。又曰：‘上帝临汝，无贰尔心。’此虽耶、回之一神教，亦岂能过？况孔子实为改制之教主，立三统三世之法，包含神人，一切莫不覆帱，至今莫能外之。其三世之法，与时变通，再过千年，未能出其范围。朱子不深明本末，乃仅发明《论语》，以为孔子之道在是，则割地偏安多矣。此乃朱子之孔子，非真孔子也。或乃不知孔子实为儒教之祖，误以为哲学之一家，乃以梭格拉底比之，则亦朱子之孔子而已。但孔子敷教在宽，不尚迷信，故听人自由，压制最少。此乃孔子至公处，而教之弱亦因之。然治古民用神道，渐进则用人道，乃文明之进者。故孔子之为教主，已加进一层矣。治较智之民，教主自不能太尊矣。”（《康有为全集》第七集，375页。）
两相对照之下可以发现，国教折中关于神道设教与孔子为文明世之教主的思想与《意大利游记》中对以神道为教与以人道为教的论述是非常接近的。而且，国教折中还提到“近人遂妄称孔子为哲学、政治、教育家……遂令中国诞育大教主而失之”，此与《意大利游记》中批评以孔子为苏格拉底式的哲学家略同。此外，在同样写作于1904年的《英国监布烈住大学华文总教习斋路士会见记》中，康有为同样阐述了以神道为教与以人道为教的区别及二者各自的意义，也同样批评了“谓孔子乃哲学家、政治家、教育家而非教主者”的观点，可以说与《意大利游记》和国教折中的有关论述基本一致。（参见《康有为全集》第八集，32~36页。同样的内容亦见作于1904年的《欧美学校图记·英恶士弗大学校图记》，见《康有为全集》第八集，125~129页。）而我们知道，以孔子为哲学家、政治家、教育家的观点背后是认为孔教不是宗教，而孔教是否是宗教在戊戌时尚未成为士夫争论的议题。（参见陈熙远：《“宗教”——一个中国近代文化史上的关键词》，载《新史学》，2002（12）。另外，或许有必要指出，梁启超1902年写作的《保教之所以非尊孔论》一文，其中也是以“孔子为哲学家、政治家和教育家而非教主”立论。溯其渊源，这一观点在日本学界比较流行，更早则来自基督教传教士。）
再次回到淫祠何以遍布中国这个问题。既然孔子为文明世之教主，而中国之俗仍尚多神，那么，康有为就提出，淫祠遍布中国的根本原因，在于朝廷未能令天下人民专祀孔子：“中国数千年来，敬教正学，凡历代儒先所论，我朝圣训所垂，罔不迪于正典，力辟怪邪。而坐听妖巫神怪不经之事，大供奉于民间，积久尊崇，或光列于祀典，岂不异哉？历朝间有刚正之大臣，时请为淫祀之严禁，明主在上，亦或采行，乃不旋踵而淫祀复兴，遍于民间。推原其故，盖朝廷虽言敬教正学，只等具文，而未令天下人民专祀先圣故也。”（《康有为全集》第四集，96页。）同时，康有为还提到，在明代其实已经有了民间祭祀孔子的先例，只不过在清代又被禁止了：“闻昔在明世，民间尚有祠祀孔子者。至康熙时，御史吴培乃始奏禁妇女入孔庙烧香。自是禁民间庙祀孔子，以为尊崇先圣，岂知圣教从此不及于民矣。圣教日微，而淫祀日盛。”（同上书，97页。）
顺着如何解决淫祠问题这个思路，康有为首先提出“何不直祀孔子，同奉教主”的主张，然后进一步阐发了人人皆可祀天之义。他广引经典，以“凡人皆天之子”立论，提出为顺应升平之世，朝廷应当“正定其礼”以令人民祀天：“臣窃谓中国祀法，有过尊之弊，而大害生焉。《穀梁传》述孔子之大义，曰‘人非天不生，非父不生，非母不生，故谓天之子也可，谓之母之子也可。’尊者取尊称焉，卑者取卑称焉，故王者称为天子，不过取尊称云尔，实则凡人皆天之子也。《易》曰：‘天地氤氲，万物化醇。’董仲舒述孔子大义亦曰：‘天者，人之祖父也。’人既不忘所生，祀其祖、父，又岂可忘所自出而不祀天哉？王者至尊，为天之子，宜祀天；人民虽卑，亦天之子也，亦宜祀天也。不过古者尊卑过分，故殊祀典，以为礼秩，岂所论于今升平之世哉？《论语》：‘子路请祷于天。’孟子曰：‘虽有恶人，斋戒沐浴，可以祀上帝。’然则孔、孟大义，许人人祷祀天帝矣。且今功令即不定人民祀天，而民间岁时向空，无不祀天者。既久听之而不禁，何不因而正定其礼乎？即今欲禁之，则基督之教人，皆日膜拜上帝矣。信教自由，为宪法大义，万无禁理。若实与而文不与，于民教既大损，于国秩又何益哉？”（《康有为全集》第四集，97页。）
在阐述了人民祀孔、祀天之义后，康有为提出了祀天以孔子配的制度建议。这项建议不见于康有为辛亥以前的其他著作，辛亥以后则有一篇文章专门讨论这个问题，即1913年发表于《不忍》杂志的《以孔教为国教配天议》。就是说，假如我们能够证明国教折写于辛亥以前的话，那么，这意味着康有为第一次提出祀天以孔子配的制度建议正是在国教折中。（《大同书》手稿本“大同合国三世表”中谈到升平世之宗教制度时康有为说：“公商教义，兼采诸圣之长，以为新教。”其中“兼采诸圣之长”在1913年的《不忍》本和1935年的中华本中则作“尊天而兼采诸圣之长以配天”（《康有为全集》第七集，153页）。可见经过康有为后来修改的《大同书》才有了升平世之教当以诸圣配天的思想。）
