刘宗周对于王阳明的批评集中于“四句教”。在他看来，四句教的根本失误在于对意字的错误理解。他多处说“阳明将意字认坏”，“先生解《大学》，于意字原看不清楚”。他认为，“无善无恶心之体”一句，应是“有善无恶心之体”，因为心之本体即意，意是先天本具的好善恶恶的潜在意向，所以至善无恶。如果说心之体无善无恶，则是否认心体中原有此意字。第二句“有善有恶意之动”，把意字等同于念字，认作已发，已失未发之中之义。第三句“知善知恶是良知”虽可说，但第一句已错，无善无恶之心无判断准则，焉能判断念虑之善恶第四句“为善去恶是格物”，既失去主宰善恶的意根，又焉能保证所格者善恶不误，又焉能“主意结在功夫中”？意根一失，句句皆错。所以黄宗羲据此义诘难说：“若心体果是无善无恶，则有善有恶之意又从何处来？知善知恶之知又从何处来？为善去恶之功又从何处起？无乃语语断流绝港乎！”（《阳明传信录》跋，《明儒学案》第218页）他主张以先天本诚之意根贯《大学》三纲领八条目，所以同意王阳明“心意知物只是一事”之说：心体是意根，诚意是意根本诚，知是由意根主宰的分别善恶的能力，物是诚意贯彻其中的行为。他指出，心意知物是一事，但不是一事皆无。
他主张将“四无”说改为“四有”说：“心是有善无恶之心，则意亦是有善无恶之意，知亦是有善无恶之知，物亦是有善无恶之物。”（《阳明传信录》跋，《明儒学案》第219页）在刘宗周看来，王阳明四句教只是将意字认坏，而王龙溪四无说则背离阳明原意，完全走入禅学。
刘宗周因王龙溪摹拟其师而失真，流入禅学，所以他处处批评禅学。他之批评禅学，亦意在指出禅学中无主宰，以见王门后学之误。他批评禅学实际上也就是批评王龙溪，他说：
释氏之学本心，吾儒之学亦本心，但吾儒自心而推之意与知，其功夫实地却在格物，所以心与天通。释氏言心便言觉，合下遗却意。无意则无知，无知则无物。其所谓觉，亦只是虚空圆寂之觉，与吾儒体物之知不同；其所谓心，亦只是虚空圆寂之心，与吾儒尽物之心不同。（《学言》上，《刘宗周全集》第二册，第370页)
佛氏之学，只主灵明，而抹去善恶二义，故曰：“不思善、不思恶时，见本来面目。”本来面目，仍只是一点灵明而已。后之言《大学》者本之。（《会录》，《刘宗周全集》第二册，第544页）
他的意思是，禅学所谓心，心之内容是空；儒学所谓心，心中有意。因两家所认心之本体有异，功夫也迥然不同，禅学的功夫是觉，觉此心之空而万事皆休。儒学的功夫是格物，在好善恶恶之“意”的指导下为善去恶。王龙溪之“四无”，以觉言性，一觉无余事，是率天下而为禅。这里，刘宗周着重强调的还是“有意”与“无意”之分。刘宗周一生对王阳明学说的态度有过几次大的变化。刘宗周之子刘汋所编《年谱》说：“先生于阳明之学凡三变，始疑之，中信之，终而辩难不遗余力。”（《刘宗周全集》第六册，第147页）
如上所言，刘宗周对王阳明学说的不满，主要在于王阳明的良知无主宰。这里有一个问题，即刘宗周所指斥的阳明学说的弊病，是否真是阳明的本质性疏漏？阳明之良知，是否真无主宰义？
王阳明的学术宗旨是“致良知”，这是学界一致的看法。但对致良知的含义，却有不同的解释。王阳明的“致良知”，最主要的意思是“推致吾心良知之天理于事事物物，则事事物物皆得其理”（《传习录》中）。王阳明要推致的良知，最本质的意义有三个：一是“见父自然知孝，见兄自然知悌，见孺子入井自然知恻隐”的天赋道德意识，致良知即将此道德意识贯彻于一切处。二是“知善知恶”的道德判断能力，致良知即在实践中将此能力扩充拓展。三是宇宙法则的最高表现，即他所谓“良知是造化的精灵”，致良知即与宇宙法则为一。
以上诸义他总结为“天理之昭明灵觉，即所谓良知也”（《传习录》中）。良知就是道德理性在心中的自觉。所以王阳明推致的良知，并非情识，而是道德理性。而要获得道德理性，必须有除去私欲的功夫，王阳明经常用去云翳而现天渊作比喻。致良知又是知行合一，良知是本体，致良知是功夫，致良知则“格致诚正一时俱了”。良知贯一切处，正是其功夫有主处。所以，王阳明虽未特别提揭“意”字，意字的意思在良知中已经包含了。良知即是主宰。良知既知善知恶，又好善恶恶。刘宗周所强调的“主意结在功夫中”，王阳明亦时时强调，“头脑”、“主意”等在阳明语录、文集中不一而足。所不同者，刘宗周的“意”字因不与后天相杂，其“主宰”的意思十分强烈而清楚，王阳明的“良知”因与心的其他意义浑融为一，是即主宰即流行、即中即和的，故其“主宰”的意思稍弱。若再加分析，则可以说王阳明的作为道德理性的良知和作为知识理性的良知是浑融的，而刘宗周的“意”则纯是道德理性。王阳明的道德理性是时时呈现于形下心中的，刘宗周的道德理性是形而上的、高峻的。因此，说王阳明“意”与“知”不分则可，说王阳明中无所主、中无所止则不可。即刘宗周反复批评的“无善无恶心之体”，如加以正确理解，也不难融通。王阳明晚年的修养功夫，有“有”和“无”两个方面，不执著于时时为善去恶，一任自然，寓绚烂于平淡，使心时时湛然明彻，这可以说是“无”；而一旦达到“无”，心中本具的良知自然呈露，这是“有”。形下心体无善无恶，性上性体至善无恶，心体之无正所以透显性体之有。
若说阳明学说有罅漏，则完全由于良知的浑融性：它容纳了所有宋明理学的重要范畴。另外由于王阳明随机施教，因病立方，同一意思常有不同的说法。后学执而不化，转生歧解；或借其一隅，张大己说。刘宗周认为，阳明学说最重要的流弊是二点：一是认为心中所发皆良知本体而实际上情识已掺入其中，二是以良知本体为无，其中无有道德理性。他说：
今天下争言良知矣，及其弊也，猖狂者参之以情识，而一是皆良；超洁者荡之以玄虚，而夷良于贼，亦用知者之过也。夫阳明之良知，本以救晚近之支离，姑借《大学》以明之，未必尽《大学》之旨也。而后人专以言《大学》，使《大学》之旨晦；又借以通佛氏之玄觉，使阳明之旨复晦。……皆坐不诚之病，而求之于意根者疏也。（《证学杂解》，《刘宗周全集》第二册，第278页）
这段话，指出了阳明学说中的疏漏，阳明后学因之而有的流弊及他自己提出意字补偏救弊的苦心所在，也清楚地说明，刘宗周不是阳明之学的根本反对者，而是其补苴罅漏者；他着重反对的是王门后学中的“猖狂而肆”、“虚玄而荡”，而非阳明本人。他的批评是有见于王门后学的流弊而溯源至阳明。
王阳明与刘宗周的不同，其根据之一就是所着重的经典不同。王阳明以孟子的“良知”贯《大学》的三纲领八条目、《中庸》的性道教、诚、慎独诸义，他所依据的经典，最重要的是《孟子》。刘宗周的诚意慎独之学，主要来自《中庸》，以《中庸》贯《大学》、《易传》。《孟子》的特点是心性情为一，其风格是浑融的；《中庸》则诚体精微，性与情斩截，其风格是高峻的。而两者的一致在于强调道德理性的纯粹，从心髓入微处着眼，排斥功利的介入。所重经典的不同使刘宗周的学术在内容和形式上都与王阳明有相当大的不同。
内容的不同已如上言，就形式说，刘宗周主诚意慎独，形上形下斩截，性情两分，中间不留丝毫缝隙，与王阳明浑融的风格不同。王阳明讲学和乐坦易，循循善诱，于不知不觉中使人亲附，且士农工商皆宜。刘宗周则分析细致入微，深刻而高峻，其学专为君子诚意修身。王阳明一生经历奇特，事功卓著，其行事圆而神。刘宗周则立朝刚正，骨骾铮铮，其言行耿介而难通融。这些不同，虽是不同时代背景、个性特点使然，而所重经典的不同，也是重要因素。
刘宗周的诚意慎独之学，提出了一个重要的道德哲学问题，这就是道德理性的纯粹性问题。刘宗周所谓“意”是心中所有的决定后天念虑方向的深微意向，它是人的意志、念虑的主宰。它是先天的，不掺杂任何经验成分；它是未发之中，不与已发为体用。这些性质，都表明意是道德理性最深微的保证。在朱熹，心统性情，性是未发，情是已发，发而中节之和正所以显未发之中。王阳明不同意朱熹性情、已发未发之分，提出良知这一浑融的概念兼统之：“良知即是未发之中，即是发而中节之和”，“七情亦是良知本有的”。朱熹的“性”是未发之中，其中没有主宰之“意”，王阳明的良知合性情为一，合形上形下为一，这些在刘宗周看来都不够纯粹，所以他特别强调“意”的先天性、“意”不与后天为体用的品格。王阳明提出“心外无理”，已经把道德自律提到前所未有的高度，但由于心的浑融性，由于阳明思想特点的兼综整合特性，这一问题未能进到更深的层次加以考察。而刘宗周则穷究至心最隐微之地，剥落至先天潜在的决定心念方向的意向本身，自律道德以更加显豁、更加深刻的方式提了出来。刘宗周本人的种种超绝表现：不断地批评朝政、不断地纠弹权贵，多次被黜革而不稍退却，以至绝食殉明，便是他理论的注脚。王阳明是刘宗周极敬仰的人物，但晚年辩难不遗余力，以至临死前还告诫弟子“若良知之说，鲜有不流于禅者”（《刘宗周全集》第六册，第170页），就是说它还未达于心最隐微无可逃遁之地。刘宗周晚年极力表彰江右学派邹守益、聂豹、罗洪先的归寂主静，用意亦在此。在他看来，归寂、主静就是对良知进行过滤作用，使道德理性最大限度地返回洁净精微的本体。
刘宗周提出“意”字，直剥落至心的最精微、无可逃遁处，使理学最注重的道德修养立基于最深微、最稳固之地，并从天人一理角度，作了广泛论证。就这一点说，刘宗周可以说某种程度上为明代理学做了总结。也正是在这个意义上，他的弟子黄宗羲把他作为明儒的殿后，并以他的思想龟鉴整个明代儒学。
四心性与慎独
性与心的关系也是刘宗周论述的重点，在刘宗周哲学中，心是个表示实然存在的范畴，性是心的条理。性与心的关系，同理与气的关系同一序列，刘宗周说：
性者心之理也，心以气言，而性其条理也。离心无性，离气无理。虽谓气即性，性即气，犹二之也。恻隐、羞恶、辞让、是非，皆指一气流行之机，呈于有知有觉之顷，其理有如此，而非于所知觉之外，另有四端名色也。（《复沈石臣》，《刘宗周全集》第三册，第363页）
在刘宗周这里，实然的存在物若从其最后根源说，都是气。心是一种实然的存在，它也是气。心之理，是性。性是心这种特殊形态的气的条理。程颢所说的“气即性，性即气”，仍是将性气分而为二。孟子所谓四端，是心这种气的流行而显于知觉者，非于知觉之外，另有四端。
从刘宗周这个观点看，朱熹把仁解释成“心之德而爱之理”：心中有此性此理然后有四端之表现，这种说法是说倒了。不是先有仁之理而后表现为恻隐之端，而是恻隐之端本身就是仁。这一点刘宗周表示得很清楚：
一性也，自理而言，则曰仁义礼智；自气而言，则曰喜怒哀乐。一理也，自性而言，则曰仁义礼智；自心而言，则曰喜怒哀乐。（《学言》上，《刘宗周全集》第二册，第391页）
性即理，心即气，心与气的喜怒哀乐即性与理的仁义礼智，非在喜怒哀乐之外另有仁义礼智。一物而异名，非有前后际。这个喜怒哀乐，并非七情，而是四德，四德是气机循环不穷中的起伏韵律，而非“天命之性”蕴于心中者。黄宗羲非常重视这一点，把它作为刘宗周“发先儒之未发”的理论贡献之一，黄宗羲总结刘宗周这方面的论证说：
夫喜怒哀乐非以七情言也。一心耳，而气几流行之际，自其盎然而起也，谓之喜，仁之德也。自其油然而畅也，谓之乐，礼之德也。自其肃然而敛也，谓之怒，义之德也。自其愀然岑寂而止也，谓之哀，智之德也。乃四时之气，所以循环而不穷者，独赖有中气存乎其间，而发之即为太和元气，是以谓之中，谓之和，性之德也。故人有无七情之时，而无无四德之时。儒者苦于未发前求气象，不已惑乎！须知一喜怒哀乐，自其存诸中言，谓之中，即天道之元亨利贞运于於穆者是也，阳之动也；自其发于外言，谓之和，即天道之元亨利贞呈于化育者是也，阴之静也。存发总是一机，中和浑是一性。（《子刘子行状》，《黄宗羲全集》第一册，第251页）
这段话，是刘宗周同类话语的精确概括。在刘宗周这里，喜怒哀乐是心这一特殊形态的气流行的条理和节律。气有盎然而起，油然而畅，这是喜与乐。由喜与乐而有仁与礼之名，非仁与礼为根据而表现为喜与乐。心之气流行不已，故喜怒哀乐无时或息，仁义礼智循环不穷。这是心的本体，从它蕴于中而无过不及，谓之中气；从它是人心现实的情感所以和谐的根据说，它又是和气。气之迭为循环是心，气之中和是性。这个性不是抽象的存有，而是心气的表现形态。气无时或息，性无时不有，故“心与性不可以分合言也”。即使在心未起任何念头时，中和仍存在于心中。中和是四德，好恶恐惧忧患忿懥是七情。七情是因外感而起，中和是心的自然条理，所以说“人有无七情之时，而无无四德之时”，二者从性质上说是完全不同的。程颐、朱熹的主敬功夫，静时涵养，动时省察，静时体认喜怒哀乐未发气象，动时省察念头的善恶，不把喜怒哀乐当作心之条理，而是当作已发之情。王阳明也教人体喜怒哀乐未发，以此为良知生起的前提，也没有区分四德与七情。刘宗周这一关于心性中和的思想，是他的天道观的浓缩：天道於穆不已，四时循环，这是元亨利贞，这是天道的中和。而此元亨利贞表现为具体的现实的化育万物，这是形而下的中和。以元亨利贞本身为动，以化育为静，是表示前者是本体的、永恒的、主动的，后者是发用的、暂时的、被动的。中和本身是性，存发是气机的流行。
