但是，美国与印度双边关系中第一次主要分歧出现在克什米尔问题上。最初，美国并不愿意卷入克什米尔争端，但美国还是与英国一起推动联合国安理会在1948年4月21日通过设立联合国印巴委员会（United Nations Commission on India and Pakistan，UNCIP）的决议。印度对此极不满意，指责美国在克什米尔问题上的立场是从其全球利益而不是从克什米尔本身考虑，因而是彻底错误的，并发挥了极坏的作用。尼赫鲁拒绝杜鲁门1949年8月提出的要求印度接受联合国印巴委员会方案的建议，也不接受美国驻印度的第二任大使汉德森（Loy Henderson）和第三任大使鲍尔斯（Chester Bowles）的方案。对印度来说，克什米尔问题是核心和关键的外交政策问题，它不可避免地与英属印度的分立和巴基斯坦的建立有关。而对美国来说，克什米尔问题是美国都想与之保持友好关系的两个国家之间的严重争端，但它并不涉及美国生死攸关的利益。克什米尔作为一个地区争端问题，应由联合国出面解决。美国主要关注的是在克什米尔发生战争的可能性。
库克斯在他的书中是这样描述美国和印度在朝鲜和克什米尔问题上双方的不同心态的：“当印度士兵在克什米尔与巴基斯坦作战而流血时，美国的态度让印度政府极为不满；而当美国士兵在朝鲜与朝鲜和中国作战而流血时，印度的态度也让美国政府极为不满。双方都想惩罚‘侵略者’（引号为笔者所加）而让国际道义的基本准则得到支持。由于担心冲突在远东地区扩大，印度要求美国在朝鲜问题上温和与妥协；同样，出于担心印巴之间的战争，美国也要求印度在克什米尔问题上温和与妥协。”[22]
印度还认为，美国对巴基斯坦的支持使印度卷入不必要的和代价高昂的军备竞赛，并且增强了巴基斯坦挑战印度的手段和意图，甚至感到这种美巴关系不是直接针对共产主义，而是对付印度的。[23]
可见，在杜鲁门时期，一方面，美国在南亚还没有重大和直接的战略利益；另一方面，美国与印度之间在重大国际问题上存在分歧，双方关系冷淡。与美国不满意印度在美苏之间搞平衡一样，印度也不满意美国在印巴之间搞平衡。印度奉行的不结盟政策、与苏联的友好关系和印巴对抗，美国实行的结盟政策、与苏联的对抗关系和美巴结盟，使美国和印度在冷战时期很难走在一起。美国强调的结盟政策与印度倡导的中立政策使双方在重大国际问题上发生严重的分歧。
尽管如此，美国也并没有因此而与印度对抗。相反，当1949年10—11月间尼赫鲁作为印度领导人第一次访问美国时，美国把他视为亚洲民主和自由的代表和希望。在整个20世纪50年代，美国把印度的经济发展与美国在亚洲的安全利益挂钩，担心印度的经济失败会导致其选择共产主义，因而给予了大量的经济援助。[24]美国对印度的政策完全不同于对另外两个亚洲大国（中国和日本）的政策，既没有把它纳入其战略同盟，也没有把它作为遏制的对象。1951年1月，美国国家安全委员会发表的文件首次正式阐述了美国的南亚政策，其中就包括与印度紧密协商、经济援助、提供军事装备和努力推动印巴关系等内容。[25]
艾森豪威尔政府则采取更为强硬的对外政策。在国务卿杜勒斯等强硬派的努力下，美国把巴基斯坦纳入其抗苏同盟。在美国看来，这是通过在苏联领土周围加强集体安全防御链从而推行遏制共产主义政策的重要一步。美国国家安全委员会的第二份南亚政策正式文件认为，美国武装巴基斯坦将加强这一地区对付共产主义威胁的防御，而并不是想“使巴基斯坦成为南亚地区的主导国家”。[26]
但美国的行动极大地打击了印度的中立和不结盟政策。尼赫鲁对此作出了愤怒的反应，认为美国对巴基斯坦的军事援助等于是对南亚地区的侵略，是将冷战带进了这一地区，并将对克什米尔问题产生直接的影响。他还要求立即停止美国在联合国克什米尔停战观察小组的成员资格。
针对美巴结盟，印度选择与苏联建立紧密的关系。1955年6月，尼赫鲁访问苏联，并且作为第一位非共产主义国家的领导人在电视上向苏联人民发表演说。同年年底，苏联领导人赫鲁晓夫在回访时，宣布支持印度在克什米尔的地位，即克什米尔是印度的一部分，并同意提供1.12亿美元的低息贷款以帮助建造一个钢铁厂。双方还决定扩大教育和文化交流以及加强双边贸易。但印度并没有接受苏联提出的签订一个互不侵犯条约的建议，也没有对苏联的军事援助表示出很大的兴趣。尼赫鲁通过积极参与印度支那问题的解决、在第一次亚非会议上发挥主导作用、推动与中国的关系等进一步推动印度的不结盟政策，改善印度因为美巴结盟而受到影响的国际环境。印度的不结盟政策获得了大多数新独立的亚非国家的支持。
如果说杜鲁门时期，美国因为与印度存在大量观念上的分歧而对印度冷漠，那么，在艾森豪威尔的第一个任期，美国通过与巴基斯坦结盟而进一步疏远了印度。印度学者也承认，巴基斯坦的********地位使它在美国的遏制战略中更具有战略上的重要性，相应地印度的重要性就下降了。[27]
1956年12月，也就是艾森豪威尔赢得总统选举而获得连任的第二个月，尼赫鲁对美国进行了第二次访问。艾森豪威尔邀请尼赫鲁到他在葛底斯堡的农场进行了14个小时的私人会谈，增加了对尼赫鲁和印度及其外交政策的理解，美印关系得到一定的改善。艾森豪威尔连任后，开始把美国对外战略的重点放在与苏联争夺新兴的民族独立国家，主要手段是通过经济援助。出于人道的（帮助贫穷的印度人民改善生活）、政治的（使印度初出茅庐的民主得以生存）和战略的（避免共产主义在世界上最大的非共产主义国家成长）考虑，在一次由美国各界名流参加的“美印会议”[28]上，美国提出要大幅度增加对印度的援助。在艾森豪威尔的第二任期，美国的对印援助从1957年的4亿美元增加到1960年的8.22亿美元。
不仅如此，艾森豪威尔还认为，印度的不结盟政策并不违背美国的利益。国家安全委员会于1957年1月通过的第三份南亚政策文件（NSC5701）指出，一个脆弱和易受攻击的印度对美国安全的危险比一个稳定和有影响力的印度要大得多，一个强大的印度是在亚洲不去选择共产主义的成功范例。[29]该文件提出要与印度建立更好的关系，并强调在南亚地区更多地用经济而不是军事手段对付苏联的挑战。
正当艾森豪威尔在向盟国巴基斯坦提供武器但因此会损害美国与印度的友谊之间处于困境之时，两件事的发展影响了美国以后6年的对南亚政策：一是巴基斯坦同意向美国提供白沙瓦（Peshawar）作为美国开展针对苏联的情报活动的基地，这进一步增加了巴基斯坦在美国国家安全中的重要性；二是渐趋紧张的中印关系，这使美国与印度在一个重要的安全问题上找到了共同点：双方都与中国关系僵持。
1959年12月10日，艾森豪威尔作为访问独立后的印度的第一位美国总统抵达新德里。他向印度领导人表达了他在美巴关系与美印关系之间的“困惑”，但他强调美国不会允许巴基斯坦利用美国提供的军事装备攻击印度。此后，印度首次提出向美国购买武器的要求，美国同意向印度提供C‐119运输机，但拒绝出售“侧风”（sidewinder）导弹。美国既不想印度获得更多的苏联武器，担心这会增加苏联在南亚的影响，又不愿意向印度提供先进的武器，担心这会影响美巴同盟。因此，美国建议印度向英国去购买武器。
当艾森豪威尔1961年1月离开白宫时，他应该对美国的南亚政策感到满意。尽管美国未能缓和印度与巴基斯坦之间的紧张关系，但美国一方面维持了与巴基斯坦的同盟关系，另一方面又使美印关系有了一个坚固和友好的基础。
库克斯这样评价当时美国的南亚政策，“就像印度同时与美国和苏联建立良好关系一样，艾森豪威尔当局成功地同时维持与印度和巴基斯坦的友好关系”。[30]
第二节20世纪60年代：拉巴近印抗苏反华
1961年1月肯尼迪（John Kennedy）上台，美国民主党的新政府更倾向于实行亲印政策。“肯尼迪的当选标志着美国对第三世界特别是印度政策目标的转移。”[31]肯尼迪总统本人1958年在当参议员时就积极推动国会加强对印援助。[32]
与其前任和后任相比，肯尼迪政府国家安全委员会的南亚事务决策班子[33]对南亚特别是对印度有更深的了解。比如，国务卿腊斯克（Dean Rusk）二战时在南亚次大陆服役，在杜鲁门政府时处理过克什米尔事务。副国务卿鲍尔斯（Chester Bowles）是原驻印大使。负责近东和南亚事务的助理国务卿塔尔博特（PhillipsTalbot）1939—1947年曾作为学生、官员和记者在南亚待了8年，其博士论文也是有关克什米尔冲突的。新任驻印大使加尔布雷斯（John Kenneth Galbraith）则于20世纪50年代中期曾在印度长期逗留。
一、接近印度
肯尼迪上任后继续执行艾森豪威尔第二任期开始的转向重视印度的政策。[34]但与其前任不同，肯尼迪较少把经济援助与军事结盟直接联系起来，而认为通过经济援助促进经济成长和长期发展能避免新兴独立国家倒向苏联。因此，肯尼迪极力推动美国对印度国营保卡罗（Bokaro）钢铁厂项目的援助，但后来因为国会的反对而放弃。尽管如此，肯尼迪还是积极努力克服经济援助的政治限制，加强对印度的援助。到1965年，印度得到的各种援助的51.7％来自美国。[35]美国还与印度在刚果问题上进行过合作。
1962年爆发的中印边界冲突更为美国提供了一个机会，以实现其在南亚的基本目标———与印度发展更为紧密的关系，同时不损害与巴基斯坦的关系。当时，美国派遣企业号航空母舰到孟加拉湾。由******和国防部联合组成的使团前往印度，评估印度提出的军事援助要求，并提出下一阶段的美国南亚政策建议。1962年中印边界战争后，美国开始向印度提供军事援助。1962年12月20日，肯尼迪与英国首相麦克米兰（Harold Macmillan）在百慕大会晤时讨论了南亚局势，双方同意向印度提供1.2亿美元的“紧急”军事援助以装备6个山地师以对付中国的短期威胁。[36]但美印并没有因此建立起长期的安全关系。据美国学者的分析，这主要是受到了三个因素的影响：第一，在印度建立防务设施以对付中国的挑战的代价太大；第二，美巴传统的军事关系限制了与印度建立这种关系；第三，美国向印度施加压力要求它与巴基斯坦解决克什米尔争端引起印度决策者的抵制。[37]因此，中印边界战争后，美国在南亚的两个政策目标———缓和克什米尔局势和发展更为紧密的美印关系———都没有取得重大进展。
1965年，印度和巴基斯坦因为克什米尔问题发生第二次战争。美国停止了对印度和巴基斯坦的援助。美国没有直接向印度或巴基斯坦施加影响和压力以结束冲突，而是通过联合国进行调停。1966年1月，印度和巴基斯坦在苏联的塔什干（Tashkent）签署协定，同意各自军队撤回到战前状态，交换战俘，承诺和平解决争端。美国在这次战争中的“中立”和“公正”政策同时遭到印度和巴基斯坦的不满。印度对美国未能履行承诺，即阻止巴基斯坦使用美国的武器对付印度而感到愤怒，对美国停止军事和经济援助也感到不满。而巴基斯坦则认为美国作为盟国未能帮助其反对印度以及停止军事援助是一种背叛行为。
实际上，美国的行动表明美国南亚政策的一种调整，即逐渐退出这一地区。
美国感到10多年来对南亚事务的深深卷入，为解决克什米尔争端和印巴和解而进行的无数努力，换来的只是1965年的印巴战争。美国的反共军事盟友巴基斯坦与共产党中国发展紧密关系，印度一方面寻求美国的军事援助以对抗中国，另一方面却不愿与美国一起对付在越南的共产主义威胁，而且与苏联保持着友好关系。印度糟糕的经济表现也使美国认为印度很难成为民主发展的模范。因此，美国决策者认为在短期内美国没有必要继续在政治和安全上深度卷入南亚事务。随着美国越来越卷入越南事务，南亚在美国战略议程中的重要性开始下降。
二、拉住巴基斯坦
1961年5月，美国副总统约翰逊（Lyndon Johnson）顺访卡拉奇。他再次表达了美国对巴基斯坦军售政策的目的是“用于提高巴基斯坦军队的效率和实现现代化”，希望“通过解决克什米尔争端缓和印巴紧张关系，威慑中国而不是（印巴）相互之间（形成威慑）”。[38]
