宗昌自绥芬河一役以“盲目战争”侥幸获胜后队伍已扩充到万人。奉张的排外思想牢不可破，始终不想重用他，仅予以绥宁镇守使虚衔，不给他的饷械。宗昌是久在关外谋生的山东人，这路人都懂得几句叽里咕噜的俄国话。那时白俄谢米诺夫残部退到绥芬河来，宗昌和他办交涉，劝他缴械，愿负个人安全之责，这一来宗昌平白添了步枪五六千支。他的军饷不外乎滥发军用票，纸头上盖着镇守使官印，填上五元、十元数目，宗昌一辈子做事就是浑蛋，他的江山是从做浑蛋的作风打下来的。关外山东人很多，老乡照顾老乡，所以他发行军用票不知有多少，他的乱糟糟的队伍扩充到不知有多少，这就是老粗“白手成家”的一套本领。
奉张始终看不上这个漫无条理的破落户。他重视新派人才，想把所有杂军次第解散，先调宗昌部移防奉东辉南县一带，令与李景林部隔着一道蛤蜢河演习秋操，自己亲临观阵。奉张的意思是让李部战胜了宗昌部，然后以宗昌部不能作战为由解除其武装。不料演习时宗昌部乱糟糟地渡了河，李部节节后退，奉张不禁为之愕然：“这个破落户打仗倒是很不错的样子。咱们正在用人之际，也许他能够击败步伍谨严的正规军。”他临时变了卦，委景林宗昌为奉军一、二两军军长，布防山海关之线。
奉张把宗昌摆在前线还是抱着“胜则功归己有，败则牺牲别人”的心理，不料宗昌倒因此成了先入关的要角了。并且吴的部下大多数都是山东人，吴败走天津后，老乡不打老乡，吴部纷纷投入宗昌旗帜下，因此奉系下造成了直鲁系的新兴势力。这么说，宗昌并非奉天嫡系，不过借尸还魂，而奉张保宗昌及褚玉璞为直鲁督办亦为调虎离山之计。
这些都是后话。且说奉军发动后，曹连打十万火急、百万火急、限即刻到电报召吴入京。吴亦知直系诸将之离心离德，旧将不可用而新兵未练成，派到关外的“第五纵队”羽毛尚未丰满，军需、军粮无准备，祸是别人闯下来的，没有充分把握的仗却要他打，但他不能不去。九月十七日吴乘车抵京，从车站到公府五步一哨，十步一岗，冯玉祥、王承斌、王怀庆等排队儿欢迎，这是黎走曹继以来吴到京之第一次，为其生平最威武之一次。
曹见之欢笑异常，像吞了一颗定心丸，连说：“子玉，辛苦你了！我老了，一切便宜行事。”直系诸将对之亦表示极端恭顺、极端服从的态度，吴的疑云被事实一扫而空-“大敌当前，内部焉有不团结之理？”
曹早已准备四照堂为吴的总司令部。十八日发表讨奉令。是日吴在四照堂亲笔点将，和总部政务处长白坚武各据长案之一端，国务总理颜惠庆踱过来时白大模大样地端坐着，只把头略点一下，区区幕僚意气之盛，竟比于八面威风的大将军。吴是测量学生出身，微时在吉林从军有年，懂得东北山川形势及每一军略上要点。他的点将录分为三路就是完完全全的作战计划：第一路彭寿莘，第二路王怀庆，第三路冯玉祥，后援军总司令张福来，海军总司令杜锡琏，副司令温树德。并以王承斌为讨逆军副总司令。从下午二时直点到晚十二时，刚刚写到“总司令吴佩孚”几个大字时，总统府全部电灯骤然熄灭，这是每晚十二时例有的现象，但不先不后，刚刚点到自己头上，眼前一片漆黑，一般人颇疑其不祥。
命令发表后，冯部要求发饷后开拔，吴说：“兵临城下，难道不发饷就不能打仗？并且王懋寅（懋寅为王怀庆字，时任察热绥巡阅使）没来要饷。”冯部要求多拨车辆，吴允拨四十辆。此后冯采取步步为营的策略，自北京至前线拉成一条塔形长线，前方只有疏疏落落几个斥堠兵，愈到后方兵力愈厚。那时所谓“新直系”早已摆下天门阵，大家观望不前，让吴亲自出马，倘吴打出山海关，即包围曹任吴为东三省巡阅使，他们把守关口不让吴回来，这就是倒吴不倒曹的办法。倘前方失利，他们却回师直捣北京，冯部把后方改作前方，他的兵力集结于平津附近，这就是曹吴同倒的另一办法。
吴点将之翌日，日本公使走过来探听口气，希望吴打到奉天后保持日本人的既得权利，吴睁大着眼睛说：“这我可管不了，你得问外交部去。我的任务是讨贼，任务完成后我不要东三省地盘，依旧回到洛阳去。”他显然拒绝了日人的要求。后来他失败与外交问题有莫大关系。
第一路出山海关为直军之主力，彭寿莘、董政国、王维城都是吴手下的有名战将。第二路集中朝阳，以毅军米振标部为辅，是三路中最弱之一环。第三路出古北口由冯部张之江、李鸣钟、鹿钟麟等担任。除三路之外，并以第十五旅长孙岳代理京畿警备总司令，曹锐为军需总监。
那时奉军取攻势，派飞机向山海关投弹，而直军则奉令取守势。吴狃于湘鄂之役以海军奇袭岳州而制胜，暗调渤海舰队集中秦皇岛，欲用海军进攻葫芦岛，另以奇兵绕海道由营口登陆直捣沈阳，所以到京后二十余日，不论前方军情怎样紧急，他只在四照堂从容不迫地饮酒赋诗。曹一再催促他出发督师，意若曰：“你这个端坐在四照堂的总帅我也会做。”而吴岸然不动。但海军方面温树德不愿为吴出力是吴所计算不到的。前方九门口吃紧，朝阳已失，而海军配备未就绪，吴不得不于十月十一日出发榆关藉以振作士气。
奉军开始是“择弱进攻”，王怀庆一支兵马抵不住，继而把守九门口的第十三混成旅长冯玉荣通奉，九门口失守后奉军遂改向直军主力猛攻，吴自己赶过来督战，玉荣畏罪自杀，所部由吴直接调遣，九门口虽未能夺回，却已另筑阵地，前方赖以稳定。
当第一路战事打得落花流水的时候，第三路按兵不动，奉方亦不以一矢相遗。冯玉祥在怀柔坐观成败，所得情报来自总部者则谓“胜利之期不远”，来自日方者则谓直军士气如何不振，前线如何危急。当其时，总部参谋长张方严拍来一电促冯进兵，有“大局转危为安赖斯一举”之语，此电过甚其词，意在促冯部出发，而不料铸成大错，其内容与日方情报相合，促进了冯部“移后方作前方”的决心。
十月二十三日六时冯与孙岳、胡景翼通电主和，班师回京，另组中华国民军（冯任总司令兼第一军长，孙、胡任第二、第三两军长），提出停战、惩办祸首两要求。二十四日曹下令停战，免吴之直鲁豫巡阅使，改任为青海垦务督办，所有讨贼名义一概取消。十一月三日曹通电辞职，幽居延庆楼。
二次直奉之役吴之一败涂地事后很明白，除外交关系外还有两大因素：第一，吴太不懂政治，对外只一味树敌，促成奉、皖、冯与西南之大联合，而不知用釜底抽薪之策分化他们的势力。对内漫无组织，只一味盛气凌人，促成高级干部之离心离德而召鱼烂土崩之祸。第二，战略上错误，闪电战是他的特长，就全盘而论，顾前而不顾后，顾左而不顾右，胜则追奔逐北，败则后方空虚，一蹶而不可复振。当事机危迫时，曹打限即刻到电报命吴回师靖难，吴以前方正在节节得手，不忍功亏一篑，还以为冯的行动只是个人行动，想命孙岳等部抵挡一阵，一面急电鲁督郑士琦派兵应援，哪知郑早与皖系通款，山东方面只有混成旅长潘鸿钧自动赴援（潘是吴的亲同乡），结果被冯部包围缴械。
倒吴不倒曹的计划吴亦微有所闻，他以为曹是忠厚长者，无论谁不会对他下辣手的。当曹一日数电声嘶力竭的时候，吴还打电报请他下令制止冯军异动，后来知道冯与孙岳、胡景翼、王承斌等联为一体，已由廊坊进逼杨村，才匆匆带了一团卫队于十月廿六日赶回天津来，把讨奉前方军事交给有勇无谋的张福来。假使他那时敏于赴机，把前方大军扫数撤回天津，以潘旅为接应，逐走郑士琦而与南方齐燮元、孙传芳等相联络，大事犹有可为。不料他没有“壮士断腕”的决心，把一团卫队连着他自己陷于四面楚歌中，其胸无主宰可知。
专车开到天津老站。吴不肯下车，因老站是租界，他到祸已燃眉时还是牢守着“不入租界”的主张。他吩咐把专车开到新站，那时他已知张方严发电给冯一件事，有人说事情都坏在张的手里，吴谓：“以行为论，固应军法从事，姑念其心无他，免予处分。”十一月二日杨村不守，冯军由北仓逼近天津，吴在车上假寐片时，参谋处不由分说把车子开回老站，吴醒时大怒说：“谁要我上租界我要谁的脑袋！”
不上租界那只有死路一条。幕僚们不愿等死，又不敢向吴说话，只嘁嘁喳喳地互相耳语，焦急惊慌的颜色摆在每个人的面孔上。“诸葛亮临危时还有一套空城计，咱们大帅安排着什么主意？”
浮海而南
吴好像窥破了他们的心事。他慷慨激昂地说道：“我留在天津不走，看焕章把我怎样！”
这问题是很容易得着答案的：不走，就得做俘虏，不愿做俘虏就得自杀。幕僚们一个个像热锅上的蚂蚁，车厢里充满着死一般静寂空气。正当其时，海军部军需司长刘永谦（字六阶）跑上车向吴说：“我替大帅预备好一条船，我们把车子开到塘沽去。”
这是死里逃生的最后办法。原来渤海舰队司令温树德早与皖奉勾结把舰队带走，刘是海军中人，华甲运输舰长是他的知已朋友，他老早把这条船安顿好，准备到最后关头载吴脱险。他看到冯军距天津只有十余里，所以硬着头皮跑来劝吴“三十六计，走为上计”。
吴自觉做俘虏只有更坏的命运，才临时下了走的决心说：“好，就这样办。”
三日吴离津赴塘沽转由海道南下，其时鲁郑宣布中立，拆毁沧州、马厂间轨道以阻溃兵南下，一面严令山东沿海各口岸拒吴登陆。七日吴乘舰过青岛，温树德一面拒绝登陆，一面却做了雪中送炭的热心朋友，派人送来大批食物。吴下令启碇南下，十二日由吴淞口折入长江，十四日过南京时齐燮元曾登舰与之一晤。同时南通张謇写了一封慰问吴的信：“子玉将军麾下：将军为国家而战，为主义而战，战不足为将军罪，将军之败败于内奸与外谋，败不足为将军辱。下走平日雅重将军，今以将军之败愈增敬爱。时难方殷，愿将军为国珍重，少饮酒，勿任气，将军幸甚，国家幸甚。”信末附以诗云：“壮语招时忌，斯人实可嗟。一舟成敌国，四海欲无家。治易刘中垒，能军李左车。盈谦有消息，尺蠖即龙蛇。”吴与名流结不解之缘，洛阳做寿时康有为赠以对联，这时对张的热情深受感动，他叹了一口气说：“季老真是穷途知己。”
附带几件事有简括一述之必要：第一，奉军先入关者为奉张利用他做“炮灰”的张宗昌。直军归路既断，大部分被宗昌吸收，小部分由冯军及鲁军收编，可谓全军覆没，津派与洛派同归于尽。第二，冯发表宥电请段（祺瑞）出山，苏齐东电响应，浙孙佳电附和，此后各省一片拥段声，其中有若干疆吏过去都是反段的。吴在海途中一路遇着“打死虎的英雄”，无“乘桴浮海”之乐，有“茫茫无岸”之苦，段在津宅佛堂里每天收着“我公不出如苍生何”的电报。十一月上旬奉、冯、卢先后抵津请“芝老收拾残局”。第三，浙孙尚不失为敢作敢言之勇士，其佳电除拥段外附带替吴说了几句话，谓：“玉帅智勇兼备，允宜加以护持。”第四，推倒曹、吴后，王承斌亦退处无权无勇之地位（终出于“真”辞职之一途）。第五，段有用吴制冯之意，而吴不肯为所用。
自“贿选”一幕以来，吴虽未参预，其声誉则有一落千丈之势，这由于：（一）吴为直系首屈一指之大将，直系既为国人所诟病，自无‘独洁其身“之可能。（二）吴之偏见益深，迷途不返，不知不觉中由一个革命健将步了北洋军阀的覆辙，所以直皖之役与第一次直奉之役国人暗中都替他”使劲“，一如比赛足球时之”啦啦队“然，但二次直奉之役则观感不同，只英美记者为之张目，而日记者为奉张张目，实则吴与英美如风马牛不相及。吴兵败南下后，国人不同情眼光中尚含有若干惋惜之意，这足以证明国人并非”打死虎的英雄“，反有”同情失败者“的一种心理，再则国民军富于革命性的非常之举与国人守经蹈常的传统性不相适合。
