最初，李世民让李靖传授侯君集的兵法，侯君集奏报说：“李靖将会反叛。”李世民不信，侯君集说：
“他只教我一些粗浅的东西，而隐匿精华，由此可知。”
李靖和李世民的关系也非常好，互相钦佩。虽为君臣，私下交往时，常常称兄道弟。二人常常在一起谈论六韬三略，结合实践交流心得体会，十分投机。后人据此整理出了一本颇有影响的兵书——《李卫公问对》。有一天，在对案弈棋对，李世民在有意无意中讲出了侯君集的话。李靖首先吓了一跳，接着申辩说：“这恰恰是侯君集要背叛的证据。如今中原已经平定，我所教的兵法，足以制服四夷。而他却执意请求我倾尽谋略，不是为了反叛，又是为了什么？”
“你们不要互相猜疑，互相攻击，以免伤了和气。朕对你们从来深信不疑。”
“路遥知马力，日久见人心，到时候自然会水落石出的。”
在一次酒宴上，轻歌曼舞，气氛非常融洽。坐在一侧的江夏王李道宗忽然放下酒樽，郑重其事地对李世民说：“侯君集志大才疏，自以为功高盖世，位居玄龄、李靖之下，很不服气。让他当上了吏部尚书，还不满足，野心太大，一定会出乱子。”
“凭侯君集的才干，担任任何一个职务都可以胜任。朕并非不给他高位，只是按资历还轮不到他。怎么可以说他要叛离朕，而横生猜疑呢？”
侯君集伏诛后，李世民带着歉意对李靖和李道宗说：“果然不出你们所料。”
“皇上襟怀恢廓，宽宏大量，而对某些人还得多长个心眼。”李靖和李道宗坦诚地说。
“用人不疑，疑人不用，朕还有些把握不准。你们也得帮朕看着点儿，防患于未然。”圣人也有不足之处，明君也难免犯错误。李世民只单纯从反面总结了教训，对臣下便增加了一分疑忌和戒备的心理。在处死赵节时，又遇到了麻烦。赵节的母亲长广公主是李世民的异母姐姐。老姐姐哭得死去活来，还要上殿求情，李世民不得不上门安抚。长广公主跪到李世民的跟前，以头叩地，为犯下大逆罪的儿子请命。李世民只得弯下腰身双手扶起姐姐，让她坐下来，解释说：
“赏不避仇敌，罚不阿私亲，是天下最公平的道理。我不敢违背，因此有负于姐姐。”
“难道就没有变通的法子了吗？”长广公主哭得悲痛欲绝，“我情愿替节儿一死。”
“姐姐，你哭闹没有好处。告诉你，驸马爷也要受处罚。”
“为什么处罚他？”长广公主眼睛睁得大大的，号哭止住了。
事情还得从头说起。长广公主起初嫁给赵慈景，生赵节。赵慈景死后，改嫁杨师道。杨师道和长孙无忌等人在审理承乾谋反案时，私下为赵节开脱罪责，由此获罪。长广公主转过来又替丈夫说情，李世民答应从轻发落，杨师道由中书令降做吏部尚书。
同侯君集、赵节一起处死的，还有杜荷和李安俨。左庶子张玄素、右庶子赵弘智、令狐德棻等，被指控没有尽到规谏责任，贬做平民。其余应当连坐的人，全部赦免。李安俨的父亲九十多岁高龄，李世民表示怜悯，特赐奴婢侍候，赡养他以尽天年。东宫詹事于志宁因为曾经多次直谏太子承乾，单独蒙受嘉勉。纥干承基由于告发有功，擢升桔川府折冲都尉，封平棘县公。
当时，太子承乾丧失德行，李世民曾经对中书侍郎兼左庶子杜正伦说：“我儿子的脚病倒没有关系，严重的是他疏远贤良，亲昵小人。你要密切关注，假使当真不可教诲，再来告诉朕。”杜正伦多次劝告承乾，承乾不听，杜正伦于是把李世民的话搬了出来吓唬他。承乾气得太阳穴“突突”直跳，随即上书询问父皇。李世民责怪杜正伦泄露机密。杜正伦分辩说：“臣想用陛下的话来开导他，引起重视，弃恶从善。”李世民直眉瞪眼，脸色一变，贬谪杜正伦出任谷州刺史。等到承乾被废掉太子后，又改命杜正伦当交州都督。
魏征生前曾经推荐杜正伦和侯君集有宰相的才器，请求任命侯君集做仆射，并且强调说：“朝廷安不忘危，不可以没有大将，京师宿卫兵马宜交侯君集统管。”李世民讨厌侯君集喜欢自我夸耀，没有重用。现在，杜正伦被贬，侯君集谋反被杀，李世民开始怀疑魏征私结党羽。正巧，又有人揭发魏征自己抄录前后谏言，给起居郎褚遂良看。李世民火上加火，解除了衡山公主下嫁魏叔玉的婚约，还捣毁了亲自给魏征撰写的墓碑。常言道，雪白的东西容易污染，有棱角的东西难得保全。以魏征的忠贞，李世民的明智，也没有遏止住猜疑与陷害。魏征身死仅六个月，尸骨未寒，便遭受不测，不能不说是一大憾事。
外面闹腾得风风火火，沸沸扬扬，李治却置若罔闻，全不把它当回事，仿佛与己无关似的，一个人关在书房里看书写字，吟诗作赋，自我消遣，自寻其乐。他性格孤僻、怯弱，喜欢清静，不爱抛头露面，更不愿意干预朝廷事务，插手权力之争。他是一个十六七岁的小青年，从外表上看，文弱、清秀，相貌很像母亲长孙皇后，或者说像舅父长孙无忌，而气质却远不及母后和舅舅那样矍铄、刚毅，绵里藏针，坚忍不拔。他的身材高而瘦，长条形脸，窄额头灰暗无光，两颊没有血色，脸面和白猿差不多，嘴唇红殷殷的，目光逢人便低垂下来，很少正面看人。胸脯浑若发育不良，显得单薄，微耸着两肩，肩胛骨从衣衫底下拱了出来。走路时，胳膊软软地耷拉着，一副淡漠和无精打采的样子。当年长孙皇后生怕养不活这个儿子，对他特别关切，母性的爱往往偏向于他，从不严加管教，十分放松。在众多的兄弟姊妹中，他最不招人显眼，也很少引起父皇的注意。李世民连他快长大成人了似乎还不觉得。他性格内向，沉默对于他来说就是美，就是休养生息，好比韬光养晦，在沉默和沉思中积蓄力量，不断地充实自己，厚积薄发。长孙无忌可谓独具慧眼，从来就非常看重他，有空便来陪他消遣，给他讲解经史典故，评点古今得失，间或还要议论一下朝廷大事。
长孙皇后去世后，立政殿一直保持着她生前的原样，李治依旧住在里面，只不过母后的书房如今成了他的书房。墙上挂着名家字画，四壁书架上分门别类装满图书。没有奇珍异宝，也没有多少奢华的摆设，只有一盆清幽淡雅的馨兰。香炉内燃着檀香，吐出缕缕青烟，飘散出淡淡的香气。立政殿现在成了长孙无忌与李治最好也是最安逸的休闲场所，甥舅常常在殿堂见面，品茗聊天，弹琴赋诗，倦了便在花棚旁或树阴下散散步。二人趣味相投，相处融洽，感情愈来愈深。煞如长孙皇后生前的刻意安排，架起了甥舅心灵沟通的桥梁，用看不见的纽带把他们连结到了一起。长孙无忌走进书房，浏览了一下书房的陈设，脸上挂着慈祥的笑容，若有其事地问道：
“雉奴，除了父皇和母后，你还喜欢谁？”“还用问吗？”李治纯真地回答说，“当然是舅舅了。不知怎么的，我从小就像依恋母后一样依恋着你。见了你，自然而生一种热乎乎的感觉，心花怒放。母后离开后，我真想搬到舅舅家里去住。哪怕小妹兕子和我相依为命生活在一起，也不及舅舅亲密，不及舅舅给我带来的安慰与惬意。”
“一张好漂亮的嘴，话说得多甜。”“舅舅，当真，我把你当成了保护神。没有你，我会生活不下去。”
“在你们兄弟中，舅舅确实最爱你，也最看重你。我把你看作未来的希望，舅舅的依托。”
“舅舅言重了。”李治亮着略带稚气的眼睛，“可惜外甥没有多大的能耐，很难报答舅舅所给予我的百分之一。”
“你跟青雀刚好相反，他的眼睛长在额头上，总是过高地估计自己。而你呢，目光低垂着，自己看轻了自己。实际上，你的品性最高尚，忠孝仁爱，样样俱备，只是还没有开发出来，让它大放光芒。”
“舅舅把我太捧高了，我是石头，不是天上的星星，不可能闪烁耀人眼目的光亮。”
“当黄金还是矿石的时候，很难被人发现，也往往不受重视。然而经过良工的冶炼，良匠的加工，成了器具或饰物，它就会展现出炫烨的华光，异彩纷呈。”
李治好像听懂了无忌的比喻，但是又表现出木讷而迷茫的神情，仿佛似懂非懂，似乎还没有明白更深层次的含义。他一向忠厚老实，谦逊礼让，没有非分之想。即使太子虚位，他推测怎么轮也轮不到自己头上：嫡子中他排行第三，除了大哥承乾，还有四哥青雀。在十四位兄弟中，他排行第九，前头也有特受父皇宠爱的三哥恪。既然不抱奢望，也就安之若素，保持常态，两耳不闻窗外事，一心只读圣贤书。舅舅反复启发，诱导他进取太子之位，他却始终不相信父皇会考虑到他的头上来。
他从来安分守己，墨守成规，自知长相平平，体质虚弱，没有显露出任何的文采和才气。文治武功他更加谈不上，简直一窍不通，根本不是一块当太子的料。无忌所看中的，却正好是他的懦弱。要是让泰儿当上太子，李世民驾崩以后，他顺理成章地继承皇位。常言道，一朝天子一朝臣，他自然会用自己的亲信和功臣。以青雀的骄矜自许和刚愎自用，别说服从他管束，连权力也不会给他多少。他们甥劈之间的关系不够密切，青雀自幼就只亲父皇，而不亲母后，对于无忌很多地方往往还看不惯，甚至于鄙视他，表面上礼敬有加，内心却诚意不足，装模作样地敷衍着。“他若做了皇帝，绝对不会用我。就算不免除我的官职，也会把我晾在一边。稍有忤逆之处，还会给以颜色，说不定一脚踢开。”对于权力欲甚强的长孙无忌来说，那情形简直不敢想象。“与其受制于人，倒不如先把他制服。”以谋略著称的他，使出了十九般武艺，纵横捭阖，决计利用朝臣对青雀的畏葸和不满情绪，遏止住他的得意势头，然后推出雉奴，将他压下去。
“青雀恃宠而骄，妄自尊大，不得人心。而你跟他相反，安详自在，谦虚谨慎，人见人爱，深孚众望。你的长处和优势，他无法相比。”
无忌摇唇鼓舌，细谈慢说，终于说动了李治的心。李治略一迟疑，直抒胸臆道：
“我不想跟四哥去争，兄弟阋墙，没有什么意思，甚至留下骂名于后世。”“错啦。”无忌高高地举起一只手，“兄弟阋墙，那是青雀和承乾。他们鹬蚌相争，等着你的却是坐收渔翁之利。”
“等我？”“正是。要不了多久，便会见分晓的。”
李治呼吸急促，全身起了一种潮热，额头上沁出了汗珠。他的心里交错着许多复杂的情结，不知是甜是苦，是酸是辣。既向往那一刻的到来，又感到有些害怕；既觉得幸运，又于心不忍。
