国葬令曰：宿儒章炳麟，性行耿介，学问淹通。早岁以文字提倡民族革命，身遭幽系，义无屈挠。嗣后抗拒帝制，奔走拥法，备尝艰险，弥著坚贞。居恒研精经术，抉奥钩玄，究其诣极，有逾往哲，所至以讲学为重。兹闻溘逝，轸惜实深，应即依照国葬法，特予国葬。生平事迹存备付史馆，用示国家崇礼耆宿之至意。此令。
按照余杭的风俗，要在棺内用绸覆盖，并将绸子打成结，叫作结爻。夫人汤国梨用红、黄、蓝、白、黑五色丝绸，按五色旗的顺序排列在棺内，为章太炎结爻。当时众人皆认为不妥，怕触怒当局，因为国民政府已经下国葬令，应用当时的青天白日旗。汤国梨说：“五色旗孙中山先生也赞成过，为什么不可用。太炎先生为辛亥革命胜利，为五色旗的诞生，出过力，坐过牢，而没有为国民党旗效过什么劳，因而用五色绸为他结爻，最为恰当。你们别怕，责任由我来负。”
在北平，章门弟子为老师举行了追悼会，马裕藻、许寿裳、朱希祖、钱玄同、吴承仕、周作人、刘文典、沈兼士、马宗芗、黄子通等人参加。他们发《通启》道：“先师章太炎发生不幸于本年六月十四日卒于江苏吴县，先生为革命元勋，国学泰斗，一旦辞世，薄海同悲。”
在上海，病重的弟子鲁迅先后写成《关于太炎先生二三事》、《因太炎先生而想起的二三事》纪念先师，后一文成后仅两天，鲁迅逝世。
按照章太炎生前意愿，其墓址选在抗清英雄张苍水墓侧。但因抗战爆发，国葬只好暂且搁置，章的家人南下逃难前，暂葬其于苏州章家后花园。
1937年11月，苏州沦陷，日军闯入章家后花园，看见章太炎的坟墓，没有墓碑，以为墓内埋有财宝，一定要挖开看个究竟。章家留下守门的老家人苦苦劝止，但遭毒打。日本一位军佐得知此为章太炎墓后，制止了日军。这位军佐几日后还特来拜祭，并在墓旁立了一个木柱，上书“章太炎之墓”。从此，才没有日军前来骚扰。
直到1955年，在******的关怀下，浙江省人民政府才正式为章太炎举行了迁葬仪式。自此，章终于如愿以偿，长眠于杭州西湖之畔，南屏山麓，荔枝峰下，紧邻其仰慕的张苍水之墓，墓碑上所书“章太炎之墓”几个字是章生前亲笔写就。
“****”开始后，章太炎之墓未能幸免，1974年，章墓被夷为平地，改为菜圃，墓碑不知去向，棺槨被周围农人拆了用于家用，章的遗体（尚属完好）被拖出，弃之于地，不久尸体就腐臭了。有一农人不忍见章太炎遗体曝于天下，将章草草掩埋于一小沟之中。此时全国正轰轰烈烈展开“学习中国十大法家”运动，章太炎被******亲定为“十大法家”之一。
“****”后期，****中央为章太炎平反，认为章是中国近代史上杰出的爱国主义者，并对章的著作进行解禁，为章太炎重修墓地之事也开始启动。章的遗骨在墓茔落成前三天才找到，经法医鉴定后，被放入甏内，封口后葬入墓地新址。
评赞
黄侃评价乃师章太炎：文辞训故，集清儒之大成；内典玄言，阐晋康（唐）之遗绪；博综兼擅，实命世之大儒。
胡適称章太炎是“清代学术史的压阵大将”。胡適在《五十年来中国之文学》中说：“章炳麟的古文学是五十年来的第一作家，这是无可疑的。但他的成绩只够替古文学做一个很光荣的下场，仍旧不能救古文学的必死之症，仍旧不能做到那’取千年朽蠹之余，反之正则‘的盛业。”
许寿裳在《章太炎传》中这样评价章太炎：“以朴学立根基，以玄学致广大，批判文化，独具慧眼，凡古近政俗之消息，社会文野之情状，华梵圣哲之义谛，东西学人之所说，莫不察其利病，识其流变，观其会通，穷其指归。’千载之秘，睹于一曙。‘这种绝诣，在清代三百年学术史中没有第二个人，所以称之为国学大师。”
许寿裳还说：“先师章先生是革命大家，同时是国学大师，其阶位卓绝，非仅功济生民而已。前世纪之末……自先师以历史民族之义提倡光复，’首正大义，截断众流‘，百折不挠，九死无悔，而后士民感慕，翕然从风，其于民国，艰难缔造，实为元功。”
于右任称赞章太炎说：“章太炎，中国近代之大文豪，而亦革命家之巨子也。”
张中行评价章太炎：“总的印象是：学问方面，深，奇；为人方面，正，强。”
柳亚子曾盛赞章太炎：“悲歌叱咤风云起，此是中国玛志尼（意大利著名的资产阶级革命家）！”
陈独秀的表弟濮清泉回忆：在日本留学期间，陈独秀和章太炎也时常过往，陈独秀很钦佩章太炎的朴学，认为他是一个国宝，而章对陈的小学也十分赏识，认他为“畏友”。陈说章为人非常小气，朋友向他借钱，偿还时付息，他竟受之而无愧色，是一个嗜钱如命的人。在陈独秀眼中，晚年的章太炎是“文人无行”的典型。
陈独秀说，晚年的章太炎，后来给军阀官僚写墓志、寿序一类的东西，一篇文章要五千至一万银圆的润资，变得庸俗了。陈独秀还说，章太炎尽管对我国文史有很深的造诣，但有他可笑的偏见，即章太炎认为甲骨文是宋朝人的伪造。由此看出章太炎对于甲骨文和新兴学术的无知。
徐复观说，看过他的《国故论衡》之类，总是在懂与不懂之间表示一种莫名其妙的敬佩。一九四四年，有一次和熊十力先生谈天，熊先生说章氏除了文章写得好，及懂一点小学外，并无学问。又听说熊先生在杭州时看到章氏谈佛学的文章，批上“尔放狗屁”四个大字，引起了我对熊先生的若干反感，觉得这是熊先生的自处过高。后来买到一部《章氏丛书》，从头到尾看了一遍，又觉得熊先生的话实在说得不错。有一次，我和牟宗三先生谈：“想不到章太炎先生对中国传统思想的了解，是如此的幼稚。”牟先生当时也很不以我的话为然。去年暑假中，牟先生从孙克宽处借了章氏的著作去看，之后对我说：“果然太幼稚了。”……因此，以章太炎先生为一标志，讲中国文化的人，早已经讲到绝路上去了。所以几十年来，对中国文化的赞成或反对，都是在一条黑巷子中混战。……指出章氏对中国文化之实无所知，因而他是一个极为有害的国学大师的偶像，这是完全正确而且值得提出来的。
袁世凯推章太炎为文圣人。
蔡元培评价章太炎：“这时代的国学大家里面，认真研究哲学，得到一个标准，来批评各家哲学的，是余杭章炳麟。”
梁启超评价章太炎：“其精义多乾嘉诸老所未发明，应用正统派之研究法，而廓大其内容，延辟其新径，实炳麟（章太炎号）一大成功也。炳麟用佛学解老庄，极有理致，所著《齐物论释》，虽间有牵合处，然确能为研究’庄子哲学‘者开一新国土。盖炳麟中岁后所得，固非清学所能限矣，其影响于近年来学术界亦至巨。”
梁启超在《清代学术概论》中称章太炎为清学正统派的“殿军”。
鲁迅回忆老师章太炎的时候说：“我爱看这《民报》，但并非为了先生的文笔古奥，索解为难，或说佛法，谈’俱分进化‘，是为了他和主张保皇的梁启超斗争，和’×ב的×××斗争，和’以《红楼梦》为成佛之要道‘的×××斗争，真是所向披靡，令人神往。前去听讲也在这时候，但又并非因为他是学者，却为了他是有学问的革命家，所以直到现在，先生的音容笑貌，还在目前，而所讲的《说文解字》，却一句也不记得了。”
时人多称赞章太炎的学问，但章太炎却自认为政治胜于学术，他的弟子周作人在《谢本师》里说，先生“自己以为政治是其专长，学问文艺只是失意时的消遣”。但黄侃则不同意章的自我定位，认为老师论政是“用其所短”。
乃蒙说章太炎是悲剧的人物：“他是狂傲的人，一切是自私的，以自己为中心的。在演讲台上，他将听众幻成一种意象，以为这意象是他的获得，他的生命之某种关联，而这意象是陌生的，于是以眼光，以笑脸，去粘住它，把它位置在某种精神生活上。这里，我仿佛看见章先生心灵的凄独！”
侯外庐说：“章太炎对于中国学术文化遗产的论述十分丰富。他是古经文学派最后一位大师，同时又是儒家传统的拆散者。他的思想的发展变化及其矛盾的性格，反映了中国近代历史发展的辩证法。”
章开沅则说：“章太炎在历史上的地位与作用主要并不在于政治方面。综视章氏一生，他的主要事业是在学术方面，他对民族的贡献主要也是在学术方面。他说不上是一个政治家，特别说不上是一个优秀的政治家。他具有参加民主革命的光荣，也有游离于革命主流之外的落伍，但终其一生他却称得上是一个真诚爱国的大学问家、大思想家。”
刘梦溪说：“回观整个二十世纪，如果有国学大师的话，章太炎先生独当之无愧。”
吴佩孚曾比较康有为、章太炎道：“皆我好友也。性格相似，而成就不同。南海年高，保皇之魁率；太炎年幼，才气纵横，非南海以下之空闲所能容，遂激越而入革命。使其易地而处，南海可为太炎，太炎亦可为南海。而良人逝后，中国不复有文学之士。两人弟子虽众，乃无足承其业者。”
芥川龙之介曾谈及章太炎之雄心：“他是要做王者之师的。”
冯自由挽章太炎：“大军已溃八公山，怜当局责重忧深，雪耻不忘王丞相；与子昔倡亡国会，叹此日人凋邦萃，伤心重作汉遗民。”
陈宧挽章太炎：“囊括大典，整齐百家，否岁值龙蛇，千载修明君比郑；人号三君，国推一老，抗颜承议论，世间北海亦知刘。”
钱玄同挽乃师章太炎曰：
缵苍水、宁人、太冲、薑斋之遗绪而革命，蛮夷戎狄，矢志攘除，遭名捕七回，拘幽三载，卒能驱逐客帝，光复中华，国人云亡，是诚宜勒石纪勋，铸铜立像；
萃庄生、荀卿、子长、叔重之道术于一身，文史儒玄，殚心研究，凡著书廿种，讲学卅年，期欲拥护民彝，发扬族性，昊天不吊，痛从此微言遽绝，大义莫闻。
孙中山称赞章太炎在革命上的贡献：“革命先觉，民国伟人”，“四万万人仰为泰山北斗”。
鲁迅评价乃师章太炎之语尤为精彩：“考其生平，以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯的包藏祸心者，并世无第二人；七被追捕，三入牢狱，而革命之志，终不屈挠者，并世亦无第二人；这才是先哲的精神，后生的楷范。”
