金田起事之后，冯云山承认了杨秀清搞的“天父下凡”的把戏——杨在1848年春以“上帝附体”方式发言，从此取得了天父代言人的地位，平时位次洪秀全，但当“天父附体”时则超越洪秀全，所说的话具有至高无上的权威。杨的把戏同样是实用性的，与宗教无关。
实用派、实力派宗教领袖冯云山的过早战死，改变了太平军中教权与军权之间的比重——偶像派宗教领袖洪秀全在失去冯云山的支持之后，面对军事领袖杨秀清和萧朝贵一而再、再而三的“天父下凡”把戏，毫无还手之力，发展至极端，杨秀清甚至敢借“天父下凡”，要当众打洪秀全的屁股。
杨、萧等人实无真的宗教信仰，当年冯云山动员他们入伙，即丝毫不曾提及宗教。因此，太平军内部，在宗教领袖洪秀全和军事领袖杨秀清等人之间出现路线之争，也就成了理所当然的事情。
这一路线之争的明朗化，最早可以追溯到1853年太平军攻克武昌。进入武昌后，杨秀清曾去拜谒当地的孔庙。这显然让高呼“打倒孔妖”的宗教领袖洪秀全相当尴尬。由此，也就开启了杨秀清所主导的儒家路线与洪秀全所主导的上帝教路线之争。
这场意识形态路线之争，其实是世俗权力之争的延伸。缺失了军政事务决策权的洪秀全，自起事之后，便只能将精力专注于宗教领域。作为精神领袖，操纵意识形态是洪秀全对付杨秀清最后的杀手锏。故而，他领导下的删书衙，对当时主流文化儒家学说大加挞伐，对其他宗教甚至民间宗教也严厉打击，“敢将孔孟横称妖，经史文章尽日烧”。
建都南京后，洪秀全领导下的意识形态控制变本加厉。经其批准，天国于1853年出版了一本论文集《诏书盖玺颁行论》，其中一篇由高级官员黄再兴写的论文说：“凡一切孔孟诸子百家妖书邪说者尽行焚除，皆不准买卖藏读也，否则问罪也！”明确宣布禁绝、焚除儒学经籍和诸子百家书籍。这一举措随即被曾国藩充分利用，在1854年正月发表的《讨粤匪檄》里指责太平天国“窃外夷之绪，崇天主之教”，以致“士不能读孔子之经”，“乃开辟以来名教之奇变，我孔子、孟子所痛哭于九原”。
洪的这些过激行为，在天国底层民众中造成了思想混乱，其严厉的排他性，更给总理政务的杨秀清带来了巨大的工作阻力。杨的反弹方式是借“天父附体”斥责洪秀全。1853年5月，洪秀全禁绝儒学、焚烧古书刚刚拉开大幕，杨秀清就借“天父附体”传达指示说：
天命之谓性，率性之谓道，以及事父母能竭其力、事君能致其身，此事尚非妖话，未便一概全废。（《贼情汇纂》卷十二）
“天命之谓性，率性之谓道”出自《中庸》，“事父母能竭其力、事君能致其身”出自《论语》。杨秀清认为这些话不是妖言，不宜全部废除，实际上是敲打洪秀全，对其意识形态工作表示不满。
