但是，奕讠斤同时还强调：“分派通解外国语文之人，携带各国书籍来京，选八旗中资质聪慧，年在十三四以下者，俾资学习。”这一“满洲优先”的指示，给同文馆在培养人才方面造成了严重的不良影响。
同治元年（1862年），奕讠斤在北京创立京师同文馆；次年，李鸿章在上海创立上海广方言馆；再次年，广州成立广州同文馆。除了上海广方言馆，北京、广州的同文馆都明显是旗人的学堂。
广州的《同文馆章程》里规定，馆内学习的名额共设二十名，其中旗人十六名，汉人四名，年龄在二十岁以下、十四岁以上；教职员等则全为旗人。京师同文馆章程仿照了清廷早年设立的俄罗斯文馆，录取人员同样只限于八旗子弟。当年，俄罗斯文馆曾发生过一件极荒诞的事情：教授俄文的满洲教师，一年之后被人发现根本不通俄语，天知道每天教授的都是哪国的鸟语。
比较之下，曾国藩、李鸿章等汉人大臣在自强运动中倒没有什么满汉之分。同治十年（1871年），曾、李合奏，请求公费派遣幼童赴各国留学，内附章程，建议“每年以三十名为率，四年计一百二十名”，未曾半字提及满汉比例问题。恭亲王奕讠斤审阅奏折之后表态支持，但却在幼童的挑选上特别含蓄地强调了八旗子弟优先的原则。
这种满洲本位观念，在清廷满洲官员中根深蒂固。同治十年（1871年），已升任大学士、两广总督的瑞麟上奏汇报广州同文馆的情况，说到同文馆内的学习状况：“旗籍诸生，咸皆踊跃。唯民籍正学附学各生，来去无常，难期一律奋勉……奴才等公同酌议，似应量为变通，拟请嗣后同文馆学生，专用旗人，毋庸再招汉民。”这一奏请顺利得到了总理衙门奕讠斤的同意，交由同治皇帝御批下发。
满洲本位标志三：阻碍汉军绿营近代化转轨
太平天国运动给晚清政局带来的最大冲击，莫过于兵权渐从中央落入将帅私人之手，并由此引发地方督抚权力的全面上升。作为晚清耗时最长、辐射面最广的改革，自强运动中，学习外国军事不只是学习外国先进军事科技和练军理念，同时还有另一层意义：通过在学习外国军事中的满汉区别对待，逐步打压和消弭太平天国运动以来汉人地方军事势力的崛起。
军事上的满汉之分，从清廷早年创设满洲八旗和汉人绿营就已经开始。八旗驻屯务求集中，绿营驻屯则务求分散；八旗使用最优良兵器，绿营只允许使用普通兵器；京师禁卫独由八旗负责，绿营不得参与；八旗无差役，绿营则有如劳工等，都是满汉之分的具体表现。
总理衙门成立前后，僧格林沁就曾上奏谈及八旗兵的薪饷高于绿营兵太多，这是旧例，自强运动中无意革新而已。真正体现出自强运动中军事上的满洲本位观念的，是选派军事人员赴外国接受训练的出身人数比例。按照罗尔纲《湘军新志》统计，清廷在19世纪中后期约有二十五万八旗兵，六十四万绿营兵。但在自强运动中选派去外国接受军事训练的八旗与绿营人数比例却是四十五比一——同治元年（1862年）十二月壬寅上谕，选派八旗兵四百五十名，绿营兵十名，去接受外国军事新式训练，这是恭亲王奕讠斤等人商议的结果。
