在内部关于迁都之争也达到了白炽化。国民党政府迁都武汉，并分两批人员先后迁移。第一批先头于1926年12月中旬到达武汉，并于1927年1月1日宣布办公。第二批人员也开始迁移，路过南昌时被******扣留，声明不把迁都改在南昌，誓不罢休。******便带着自己的心腹陈果夫，于1927年1月9日来到武汉，来做说服工作。
这时的武汉政府的政治领军人物是鲍罗廷，主要组成人员像宋庆龄、邓演达、陈友仁、徐谦等都属于国民党****，掌握军权的是唐生智和张发奎，他们支持着汪精卫。
这是******第一次来武汉。武汉政府各界举行了有30万人参加的盛大的欢迎会。
会议在辛亥革命的旧址广场举行。******带陈果夫出席了大会，并在会上发表了即兴演说：“我第一次踏上这块辛亥革命的红土地的时候，我就被这里的人们革命的情绪感染了，这块神奇的土地也吸引了我”，说到这里，他笑了笑，对身边的陈果夫道：“你是不是也有同感？”
陈果夫道：“不光有同感，还有共鸣呢！”
******正要往下说，台下就有人站起来责问：“蒋总司令既然对武汉这么看重，为什么还违抗中央迁都武汉的决定？”
陈果夫看主子******难于回答，便主动站出来说：“今天会议不是这个议题，我愿意下去和同志们一块儿讨论。届时欢迎大家提更多的问题来。”
“陈部长，你来回答你们为什么要扣留第二批来武汉的中央委员？”有人又把矛头指向了陈果夫。
陈果夫还是重复那句老话：“会议没有这个议题，咱们下去讨论。”
会议主持者马上说：“下面请苏联顾问鲍罗廷讲话，大家欢迎！”
鲍罗廷说：革命要依靠人民，没有人民便没有革命，发扬民主，反对独裁，提高党权，简直是不给******一点儿面子。尤其是那“独裁”的字眼儿，虽然话音不高，却字字刺在他的心里。
会下，尽管******做了不少工作，仍遭到了国民党****的坚决抵制，******和陈果夫弄了个无功而返。他没做通人家的工作，人家倒做通了他的工作。他表面上承认武汉为迁都之地，拥护迁都武汉，但他与鲍罗廷的矛盾却恶化了。他又拿出当年对付季山嘉的手段，在回到南昌以后，于1月19日给武汉联席会议主席徐谦打电话，声称鲍罗廷在武汉当众侮辱了他，要求撤销鲍罗廷的总顾问职务。为了进一步为最后和苏联摊牌做准备，******开始攻击苏联，他在南昌总部第十三次总理纪念会上说：“无论哪一国，如其放弃帝国主义政策，能以平等待我中国的时候，那么我们对待他们，如同对苏俄一个样子。……若苏俄一旦不以平等待我，像别的帝国主义一样压迫我们的时候，我们也像反对帝国主义一样反对他们。”
接着武汉政府针对******的独裁分裂行为，在国民党内开展了反对独裁、提高党权的运动。陈果夫与******互相呼应反对这场斗争，2月就辞去了中央组织部部长的职务，并声称拒绝参加国民党在武汉的二届三中全会。
1927年3月10日，国民党二届三中全会按时在武汉开幕。武汉街头举行了声势浩大的游行。那场面一点儿也不比1月份欢迎蒋总司令的场面小。这次他们不再是欢迎了，而是声讨******了。人们喊出了心中的口号是：
“打倒******！”
“打倒昏庸老朽的张静江！”
“驱逐陈果夫、陈立夫！”
“欢迎汪精卫复职！”
……
局面一下子使******为代表的国民党****处于十分不利的地位。
四一二大屠杀前后
武汉政府从欢迎到打倒，这令******恼羞成怒。这一夜，******彻夜难眠，他心想，你不仁我也不义，于是就在国民党二届三中全会在武汉召开的过程中，******指挥他的下属频频向革命阵营发难：
——3月9日北伐军进占江西的时候，******唆使爪牙，残杀了江西省总工会副委员长陈赞贤，并把人头悬挂在赣州城头。
——3月16日，******命令段锡朋等强行解散了拥护三大政策的南昌市党部。
——3月17日，******率部东进九江的第二天，把“九江市党部、总工会、农协、国民新闻社一一捣毁”，杀害四名共产党人。工人自卫队奋勇自卫，被******的卫队镇压。
——3月23日，安庆市召开欢迎******总司令的大会，******以每名大洋四元的价钱，收买流氓组成敢死队，捣毁了安徽省党部、安庆市党部和革命团体。
——3月26日，******随北伐军占领上海，就密令将“打倒帝国主义”的口号，改成“和平奋斗救国”。向帝国主义表示：“国民革命军是列强各国的好朋友，绝不用武力来改变租界的现状。”对于******的态度，帝国主义列强表示满意，并答应以驻扎在上海的2万兵力帮助蒋发动反革命政变。同时还奉送3000万作为经费。
——4月5日，******又将上海的“****”部队调离上海，改派反正的北洋军阀周凤岐二十六军接防。为欺骗共产党人，******还下令封闭了反共的西山会议派设在上海的国民党中央党部。
——4月12日凌晨，上海还在沉睡的时候，枪声划破了夜空。
荷枪实弹、全副武装的帮会流氓，身着蓝色短裤，臂缠“工”字符号，冒充工人，自法租界地出发，向闸北、南市、沪西、虹口等区开进，向那里的工人武装纠察队开枪袭击。工人纠察队猝不及防，仓促应战。事先已在周围埋伏好了的******反动军队，乘机冲出，以调解“工人内讧”为名，缴获了双方的枪支。上海2700名工人武装纠察队就这样被缴了武装。
当天下午，******的反动军占领了上海总工会，并把上海帮会流氓组成的“上海工界联合会”改名为“上海工人组织统一委员会”，盘踞总工会会所，并配合反动军队破坏总工会下属的各分会，逮捕共产党员和工人领袖。
与此同时，帝国主义列强也在租界和华界内，疯狂搜捕共产党人和革命群众千余人，送交******。
面对敌人的疯狂逮杀，上海总工会发出全市总罢工的命令，中午，数万名工人在闸北青云召开大会，控诉******反革命军队的罪行。会后，工人群众冲向总工会，并夺回了上海总工会会址。南市区的广大群众也举行市民大会，并列队前往龙华北伐军总司令部请愿。当这数十万人的请愿队伍行至宝山路三德里附近时，已接到******屠杀命令的反动军队立即向手无寸铁的工人群众开枪扫射，当场死伤无数。时值天降大雨，宝山路顿时血流成河……
自4月12日至15日，在这次反革命政变中，上海工人300多人被杀，500多人被捕，5000多人失踪。一批优秀的工人领袖、共产党员惨遭杀害，如赵世炎、陈延年、汪寿华等。
在******发动四一二反革命政变的同时，广州的反革命军队也在4月15日向共产党人和革命群众举起了屠刀。除此之外，******还在南京、无锡、杭州、宁波、福州、厦门、汕头等地屠杀共产党人和革命群众。
4月15日，******把几名中央执、监委召集在一起开会，并非法作出了只有中央全会才能作出的决议：一、以南京为国都；二、取消武汉不合法之中央党部；三、取消武汉国民政府等八项决议。4月17日，******在南京成立国民党中央。次日上午，******又在旧江苏省议会举行典礼，成立南京国民政府，胡汉民任主席。
******发动的四一二反革命政变，激起了革命人民的无比愤慨，武汉政府和共产党人对******的大屠杀表示强烈的抗议。4月18日，武汉国民党中央和国民政府发表声明，表示继续拥护孙中山的三大政策，推进国民革命，怒斥******等人的反革命罪行，并发布了“免******本兼各职令”，委任冯玉祥接替******总司令职务，并任命唐生智为副总司令。命令指出：“蒋中正屠杀民众，摧残党部，甘心反动，罪恶昭彰。已经中央执行委员会议决，开除党籍，免去本兼各职。着全体将士及革命民众拿解中央，按反革命罪条例惩治。”命令宣布，******所统辖的第一集团军之第一、第二、第三、第四各方面军及总预备队，统归军事委员会指挥。武汉国民党中央同时宣布开除陈果夫、张静江等人的党籍。
南京政府成立，为使他的政府能披上合法的外衣，******也需要有人为他摇旗呐喊，这时他想起了陈果夫。在南昌的时候，陈果夫就向******建议召开中央监察委员会全体会议，建议以国民党党纪制裁共产党。在陈果夫看来，“中央执行委员中多数同情共党，而监察委员则多数为本党忠实同志”。于是，在北伐军进入上海的第二天，陈果夫就被******派去上海，在上海之外的国民党中央监察委员会委员也接到了******发来的赴沪开会的电报。
如今事变结束，他更需要陈果夫的出谋划策。
不久，陈果夫、吴稚晖炮制出来的一篇呈文使******如获至宝，遂名正言顺地对外宣布：中国国民党**********，举发共产党连同党内跨党之共产党员等有谋叛之证据……本总司令职司讨伐，以维护地方秩序为要，如有借端扰动，有碍治安者，定当法治。
******对陈果夫说：“我们都被武汉政府开除了，如今我们是一条绳上的蚂蚱了。”陈果夫笑笑说：“三叔往哪儿指，我就往哪儿打！”
