沃尔姆斯会议结束后不久，德国在信仰问题上分裂为三大阵营：路德教派、天主教派和革命派。路德教派在德意志北部、中部得到传播，并为当地许多诸侯所利用，成为他们劫掠和坐收渔人之利的工具。他们纷纷组织起本邦新教教会，诸侯成为本邦教会的首脑，集本邦世俗权力和宗教权力于一身，从而巩固了自身的权力和独立性，教士们在新教邦内成为诸侯的官员和统治支柱。不仅如此，新教诸侯还在教产还俗的大潮中发了大财，增加了财政实力。帝国中另一些诸侯，如奥地利、巴伐利亚和教会诸侯等，出于种种原因，仍坚持旧的信仰，他们被称为天主教诸侯，主要分布于德意志南部。他们是反宗教改革运动的发起者和主要力量。第三个可称为革命的农民和平民派，集结着宗教改革中最激进的力量，他们要求改变、甚至消灭现存的剥削制度。这一派在人民宗教改革家托马斯·闵采尔的领导下掀起了波澜壮阔的1524—1525年德意志农民战争。这场农民战争因为遭到新旧教诸侯的联合镇压而失败。
三、重振皇权与宗教战争
查理五世在德意志宗教改革中只能选择站在天主教会一边。
首先，他的治下地域辽阔，信奉天主教的臣民不在少数，因此天主教会是他最有力的统治工具。其次，从经济上讲，奥地利无法切断与意大利的关系。与英国、荷兰和瑞典不同，奥地利的经济在很大程度上与意大利和地中海紧密联系，断绝与罗马的关系，对于奥地利的贸易和整个经济生活会有灾难性的后果。再次，神圣罗马帝国皇帝向来以基督教世界的维护者和教会的最高保护人自居，与罗马教廷形成了一荣俱荣、一损俱损的关系，而教廷也至少可以向哈布斯堡家族提供最低限度的援助——一些款项，少数兵员，或者向西方世界呼吁保卫遭受土耳其侵略威胁的哈布斯堡家族世系领地奥地利。在奥地利所处的那种环境下，即使这些微不足道的援助也是宝贵的。要依靠天主教来维护自己在德国的统治地位，宗教改革后德意志产生了宗教分裂，极大地削弱了皇帝的权威。最后，更让查理五世无法容忍的是，宗教改革后产生了新教诸侯集团，他们利用新教作斗争武器，增强了实力和独立性，从而加剧了帝国的分裂状态，普世皇权更加有名无实。
为了加强皇权和中央集权统治，拯救摇摇欲坠的帝国大厦，查理五世不得不站在天主教会一边而极力扑灭新教运动。
1.新教诸侯“施马尔卡尔同盟”
尽管查理五世对新教咬牙切齿，但由于陷入了与法国国王弗兰西斯一世争夺意大利的战争中而无法脱身，这就给新教提供了壮大势力的良机。
1522年，在皇帝不在的情况下，帝国会议在纽伦堡召开。在萨克森选帝侯弗里德里希的影响下，新教诸侯不仅公开蔑视教皇及其使臣，而且成功地迫使帝国会议宣布上年的沃尔姆斯敕令不予实行。
1524年夏，黑森侯爵菲利普建立了包括新教城市在内的福音新教同盟，而且争取到萨克森选帝侯弗里德里希继承人的支持。
1525年4月，普鲁士宗教骑士团国家宣布世俗化，并听从路德的建议接受了路德教。
1526年的2月和5月，黑森侯爵菲利普和萨克森选帝侯约翰先后在哥达和托尔高达成共识：如果他们由于信仰之故而受到攻击，相互间要给予全力支持。6月12日，吕内堡、梅克伦堡、安哈尔特、曼斯费尔德和马格德堡同时宣布参加托尔高同盟。6月25日，在施佩耶尔召开帝国会议时，势力占优势的新教诸侯否定了查理五世的弟弟、奥地利大公斐迪南提出的实施沃尔姆斯敕令和禁止宗教改革的提议，通过了一些有利于新教诸侯的法令，如各邦有权自行处理臣民的信仰问题等。
1529年3月，帝国会议再度在施佩耶尔召开。由于查理五世在意大利多次战胜法国国王弗兰西斯一世，加强了奥地利大公斐迪南和天主教集团在帝国会议的地位，因此，此次会议明显对新教诸侯不利。查理五世的代表宣布，废止1526年施佩耶尔帝国会议的决议，重申沃尔姆斯敕令有效。以黑森侯爵菲利普为代表的新教诸侯马上提出抗议。但是，天主教诸侯占优势的帝国会议无视新教诸侯的抗议，竟然强行通过决议：严格执行沃尔姆斯敕令，不得实行宗教改革，不得宽容新教徒和再洗礼派，不得剥夺天主教会的权力和财产。于是，新教诸侯提出了自己的抗议书，宣布不受帝国会议决议的约束。在抗议书上签字的有萨克森选帝侯约翰、勃兰登堡选帝侯格奥尔格、吕内堡公爵恩斯特、黑森侯爵菲利普和安哈尔特侯爵沃尔夫冈，此外还有纽伦堡等14个城市的代表。从此以后，路德教的追随者被称为抗议宗教新教徒。
1530年2月，查理五世作为最后一个在意大利加冕的神圣罗马帝国皇帝在博洛尼亚从教皇手中接受皇冠。6月15日，查理五世踌躇满志地骑马来到奥格斯堡参加帝国等级会议。在奥格斯堡帝国会议之上，萨克森选帝侯约翰代表新教诸侯向皇帝提交了《奥格斯堡信纲》。该信纲系由路德的密友、人文主义者梅兰希顿起草并由路德审定，主要强调教会、合法国家和社会制度都应该符合上帝的意志，基督教各派应宽容、温和与平心静气地协商。但是，新教诸侯徒劳无功，因为在帝国会议期间，查理五世与教皇克雷芒七世达成协议，皇帝允诺，一切宗教争端由宗教会议进行审议。9月23日，查理五世驳回了《奥格斯堡信纲》，声明废止一切改革。在奥格斯堡新建立的帝国法院开始着手审判新教徒，恢复被剥夺的天主教会财产。至此，德意志宗教和解的希望完全破灭了，路德教派有遭到审判和镇压的巨大危险。
面对着这一挑战，新教诸侯和城市克服了分歧而行动起来。1531年2月27日，新教诸侯在萨克森西南山城施马尔卡尔登缔结了正式同盟，由萨克森和黑森轮流担任主席，斯特拉斯堡和一批南德城市不久加入。为了应付皇帝查理五世的攻击，施马尔卡尔登同盟预先筹集了1.2万人的军饷。施马尔卡尔登同盟的缔结，意味着新教力量的集中，这一股势力受到哈布斯堡王朝的敌人——法国、英国、丹麦等国的青睐。
查理五世虽然想扑灭施马尔卡尔登同盟，但是，西班牙的内政问题、对法国和土耳其的战争使得他难以采取行动，而且查理五世有10年左右的时间不在国内，这给新教的壮大和向国外发展提供了机会。这样一来，美茵河以北广阔的北德和东德地区大部分落入了新教之手；瑞典、丹麦已经成为了新教国家；比路德激进的宗教改革家慈温利和卡尔文的改革已经在瑞士确立，卡尔文还在日内瓦建立了神权政治国家；卡尔文教派不仅在苏格兰扎下了根，在尼德兰也成了占优势的宗教集团，它还传播到法国、匈牙利和捷克等地。
2.皇帝、教皇与新教的战争
1544年9月19日，就在欧洲的新教运动与德意志的路德教运动连成一气的时候，查理五世迫使法国国王弗兰西斯一世签订《克雷皮条约》，规定法国归还一切被占领德意志土地和提供1万名士兵援助皇帝对抗土耳其人，条约附有的秘密条约甚至规定法国人支持查理五世的反宗教改革、支持召开审判新教徒的宗教会议和迫使新教徒皈依天主教会。
皇帝查理五世终于可以腾出手来集中精力处理德意志问题了，为此，他做了大量的外交准备工作。1546年6月6日，查理五世与教皇缔结了条约，教皇承担的义务是：为了进行反对异教徒的战争，除了已经提交的20万杜卡登的金币外，还要招募1.25万名士兵，而且在下一年和战争期间捐助西班牙教会收入的一半和来自西班牙各修道院领地收入的50万杜卡登。在德意志，6月7日，查理五世促成奥地利大公斐迪南长女安娜与巴伐利亚公爵的继承人阿尔布雷希特的婚约，这样维特尔斯巴赫家族将来有可能获得奥地利、匈牙利和捷克王位继承权。查理五世还许诺：巴伐利亚公爵可以获得普法尔茨选帝侯职位。6月19日，查理五世与新教徒、萨克森公爵阿伯丁家族的莫里斯缔结协议，皇帝允诺莫里斯将来可以获得对马格德堡和哈尔伯尔施塔特的保护权和萨克森选帝侯职位，而莫里斯则保证在宗教争端中保持中立并服从皇帝。
此时的查理五世已经做好了战争的准备，他手中握有一张王牌——闻名于世而训练有素的西班牙军队，正是依靠西班牙军队查理五世才在意大利取得了对法国的军事胜利。
1546年夏，查理五世在雷根斯堡向施马尔卡尔登同盟宣战。施马尔卡尔登同盟虽然在最短时间内征集了5.7万人的军队，但是，军队耗费巨大、辎重和炮车众多而行动极其不灵便，加之统帅巴斯蒂安没有太多的军事行动权，故而在战斗中屡战屡败。1547年4月27日，对垒双方在易北河畔的米尔堡进行决战。此战结果是，萨克森选帝侯约翰大败溃逃，并很快被俘获。随后不久，萨克森和维登堡被占领。5月19日，被俘的萨克森选帝侯约翰被迫签署维登堡投降书，将萨克森选帝侯职位交给阿伯丁家族的莫里斯公爵。黑森侯爵菲利普向皇帝乞降后被捕，与约翰一起被关押在尼德兰。但是，查理五世并未依据事先与巴伐利亚的约定将占领的普法尔茨—诺伊堡交给巴伐利亚，而是由自己暂时管理，也未将普法尔茨选帝侯职位交给巴伐利亚公爵威廉四世，而是准许由原来的普法尔茨选帝侯保有。科隆大主教因为倾向新教而被皇帝指派的代表废黜。
此外，皇帝的西班牙军队和意大利雇佣军还在南德征服了大片的新教城市和地区，特别需要指出的是，1548年初，西班牙军队攻陷了此前一直在顽强抵抗的新教城市康斯坦茨，标志着南德广大地区重新回归天主教。至此，施马尔卡尔登同盟瓦解。
3.诸侯革命和《奥格斯堡宗教和约》
皇帝查理五世的举动大大震动了德意志所有的诸侯，他们意识到，查理五世反宗教战争的努力，其实质是重新确立皇帝对德意志乃至整个欧洲的最高权力。1547年召开的奥格斯堡帝国会议，查理五世的真实意图完全暴露出来。在会议上，查理五世试图按照士瓦本同盟的样式改造神圣罗马帝国，使之成为哈布斯堡王朝领导的帝国同盟，同盟将通过联合法庭、联合军事统帅和联合金库而成为一支统一的力量。但是，中央集权的德国是同诸侯的分离主义极不相容的，故而查理五世的建议遭到巴伐利亚为首的新旧教诸侯的一致反对。
不甘心失败的查理五世另辟蹊径，决心首先维持哈布斯堡家族的一统天下，然后再回过头来收拾德意志不驯服的诸侯们。1551年3月8日，查理五世同他的家族成员达成协议：皇位由御弟斐迪南继承，斐迪南再把皇位传给查理五世之子菲利普，菲利普再传给斐迪南之子马克西米利安。这就把两个哈布斯堡世系人为地扭在了一起；同时将斐迪南控制下的意大利和尼德兰归入西班牙。
查理五世这一做法遭到了德意志新旧教诸侯们的一致反抗。巴伐利亚公爵威廉四世怨恨皇帝，因为他在施马尔卡尔登战争后未获得普法尔茨及其选帝侯资格。皇帝任命的萨克森选帝侯莫里斯也为了自己的独立性转而反对查理五世。奥地利大公斐迪南虽然出生于西班牙，但早就是一名德意志王侯了，他也为哈布斯堡家族协议而深为恼怒，因为这个协议将王朝的权力连同一切财产都转给了西班牙世系。因此，新教诸侯与天主教诸侯在托尔高结成诸侯同盟，共同反对皇帝查理五世，为此不惜出卖德意志的民族利益——1551年10月3日，为了求得法国的财政援助，萨克森选帝侯莫里斯同法国国王亨利二世缔结了同盟。次年的1月15日双方缔结《尚博尔条约》，亨利二世向德意志诸侯提供财政援助，作为交换，亨利二世取得了对帝国洛林公国各城市和梅斯、康布雷、图尔、凡尔登等主教区的代理权。该条约虽然在形式上亨利二世只是帝国的代理人，而事实上则是第一次给法国人打开了通向帝国的大门。1552年3月，萨克森选帝侯莫里斯率领的诸侯联军向奥格斯堡和蒂罗尔挺进。众叛亲离之下，皇帝查理五世只得从因斯布鲁克逃亡到菲拉赫。
1555年，在皇帝和教皇都没有代表出席的情况下，奥格斯堡帝国会议召开。在奥地利大公斐迪南的主持下，新教诸侯和天主教诸侯缔结了《奥格斯堡宗教和约》。该和约规定，出席帝国会议的各阶层有权在信仰天主教和路德教之间任择其一；新教享有与天主教平等的权利；各邦诸侯和各自由市被授予举行礼拜的自由和邦内实行宗教改革的权利；1552年以前为各邦诸侯夺去的天主教会的财产，均应维持现状由其继续占有。这一和约为各邦国提出了“教随国定”原则，各邦当局可以规定邦内居民信仰何种宗教，凡邦内信仰其他宗教者有权迁往其他宗教区域，当地官员也有强迫邦内其他宗教者改信本邦宗教之权。这样一来，不仅各邦路德教会被肯定下来，而且各邦的世俗权力和宗教权力都归诸侯的事实也被肯定下来。
查理五世重振皇权的努力以失败告终，他的健康也因患痛风病而每况愈下，不得不于1556年宣布退位。退位前，查理五世决定将哈布斯堡帝国一分为二：其弟斐迪南继承德意志皇位，保有奥地利世袭领地和匈牙利与捷克王位；儿子菲利普二世据有尼德兰、那不勒斯、西班牙及其广大的海外属地。查理帝国从此分解，哈布斯堡家族分成了西班牙支系和奥地利支系。
1558年9月21日，查理五世怀着不能重振皇权和消灭新教的遗憾离开了人世，随后被安葬在埃斯克里亚尔山的西班牙国王墓室，而不是作为德意志皇帝被安葬在德国的一所教堂里。据说，在弥留之际他说出了令人毛骨悚然的话语：“对异端只有两种判决：对坚持错误者有火刑用的柴堆，对愿意悔过自新者有刽子手的屠刀。”
德意志帝国大大小小的诸侯们赢得了宗教改革的胜利，然而对16世纪的德意志来说，德国宗教改革胜利导致的结果却是加剧了帝国政治的分崩离析。
