抗日战争爆发后，浙江的教育事业受到了极大的摧残，沦陷区的各类学校不得不进行空前的大迁移，师生员工饱尝了颠沛流离之苦。
1937年11月，日军在杭州湾登陆，国立浙江大学首先考虑将学校进行搬迁，当时的浙江大学校长竺可桢认为浙大不能搬到武汉、长沙或重庆等大城市，以免造成内迁大学的过度集中。如果将大学搬到较为偏远的城镇或农村，则可以使大学的内迁与中国内地的开发得到结合。因此，抗战时期浙江大学的搬迁基本上是选择内地的一些较为偏远的地方。1937年11月中旬开始，浙江大学首先迁到杭州西南的建德县城，办公、教学和住宿场地分别临时安排在建德的小学和庙宇等地点。12月下旬，浙江大学师生又几经辗转，历时近一个月，于1938年1月来到江西省吉安县，利用吉安本地的乡村师范和吉安中学放寒假期间安排教学。2月中旬，寒假期满，浙大师生只得离开吉安再迁到泰和县的上田村，利用这里的大原书院（曾为王阳明讲学之处）等址为校舍。1938年夏，由于江西战事紧张，浙大不得不第三次迁移。这一次迁移之地是广西的宜山，从8月中旬到10月底历时数月，师生员工分期分批，通过不同的路径，历经艰辛，最后全部抵达宜山城，11月1日正式上课，校舍以当地原有的工读学校校舍、文庙、会馆等为主，同时也搭了一些临时的草棚做教室。浙大在此期间数次遭日机空袭。1939年秋，广西的形势告急，浙大只好第四次迁移，选定的迁移地为贵州的遵义和湄潭。1940年初迁校工作全面展开，广大师生在严寒时节，奔走于桂黔之间，最终得以在遵义和湄潭安顿下来。文科各系设于遵义，理科各系设于湄潭，至此浙江大学几经辗转，终于有了一个稳定的教学场所，从1940年到1946年，浙江大学在此办了六年时间。
国立艺术专科学校在1937年11月也因受战局的影响，先迁至浙东的诸暨，安顿下来不到十日，杭州沦陷，诸暨受到威胁，于是学校后退至江西的贵溪。1938年3月，国民政府出于节约经费的目的，下令杭州的国立艺术专科学校与北平艺术专科学校合并，设于湘西的沅陵，改名为国立艺术专科学校。1939年，学校迁至云南昆明和贡县，1940年秋，学校迁至四川璧山青木关，音乐组因教师聘请困难并入国立音乐院。1942年学校又迁至重庆沙坪坝磐溪龙脊山麓的果家园。抗战结束后，学校与北平艺术专科学校分开，复回杭州原址。
浙江省立医药专科学校在战前已稍具规模，1937年11月，浙江省政府决定各医院和学校向浙西撤退，医专最先决定迁往淳安，未及安置下来，因皖南的局势变化，校当局有主张迁缙云的，也有主张迁临海的，最后决定迁临海，导致了部分不同意见者离校。1938年2月，医专迁至临海，学校除原有的附设高级护士科外，接收省立高级助产学校，附设高级助产科。1939年8月，医专在临海的校舍因遭日机轰炸，学校又迁至天台，当时省政府正在筹建英士大学，遂决定将医药专科学校改组为英士大学医学院。1943年4月，英士大学改为国立后，医药专科学校才脱离英士大学，恢复独立，1945年8月，该校又奉令代办国立英士大学医学院。
除上述高等院校的内迁外，属于教会学校的之江文理学院从1937年秋也数度迁移，先迁至建德、安徽屯溪，1938年1月又转至上海，利用租界的中立地位，开始复课，并与沪江、圣约翰、东吴、金陵、金陵女大等校合并，1940年扩大为文、商、工3个学院，1941年太平洋战争爆发后，学校被迫内迁，辗转福建邵武、贵阳、重庆等地。
战争对于浙江中等和初步教育的影响更为巨大。杭嘉湖地区沦陷前夕，各中学即开始停课疏散。12月，有3所省立中学随省政府向浙南迁移。私立中学内迁浙南的有安定、宗文、树范、民生、清华、清波、盐务、蕙兰、之江文理学院附中、弘道女中等校。为了统一解决迁移学校的问题，1938年上半年，浙江省教育厅在丽水碧湖创办了省立临时联合中学，收容省立杭州高级中学等7校学生，学校将原7校所迁出的设备、仪器、标本、图书等集中使用。由于缺乏学习场地，省立临时联合中学不得不利用空庙荒祠做校舍，但容量有限，仍然难以满足失学青年的求学愿望。对于小学，浙江省教育厅先后颁布了《浙江省流动学校实施大纲》和《浙江省沦陷区各县实施流动学校大纲》，在失学儿童较多的地方设立流动小学，对学生进行一年制或二年制的短期小学性质的教育。
战争对教育的破坏还表现在战前各类学校因战争所受到的直接经济损失。
战时担任浙江省政府主席的黄绍0回忆道：
“由沦陷区退出或临时成立的学校，固然没有完好的校舍，即是后方的学校，原来的校舍，也多半成为敌机轰炸的目标。如省立处州中学、衢州中学、台州中学等学校都已化为颓垣瓦砾了。即幸而保存未受损毁的，亦因空袭频繁不易安心研读而搬迁至隐蔽的乡下去上课了。”
战争期间，日军或将原来的学校充做兵营，或任意拆毁焚烧，到抗日战争胜利后，经各地方政府调查，各校均受到了不同程度的破坏。浙江省立杭州高级中学的二门钟楼已被拆除，与附小之间的围墙也被拆平，附小房屋只余空架，理化教室内部全毁，除厨房、科学馆及六七进左侧及日军留下的红洋房稍好些外，其余房屋破烂不堪，后校园更是杂草丛生，一片荒芜。该校仅房屋等校产的直接经济损失即达464000元（法币）。学校迁移出来后，新校舍仍然不停地遭到日机的轰炸，仅在1941年“四一五”空袭中，浙西第一临时中学（校址设在于潜西天目之禅源寺）的公物损失就达418470元（法币）。
小学的情形也一样。在战后杭州市的调查中，发现有19所公立小学的校舍、校具已被日军破坏净尽，只剩一些瓦砾。这些学校是：小亭小学、横河小学、英士街小学、三台山小学、六和塔小学、桂山小学、定海村小学、灵庆里小学、闸口小学、南星桥小学、太平门小学、大关小学、兵马司小学、林司后小学、高士坊小学、象王庙小学、杨家庙小学、长佛寺小学、草营巷小学等。另外，太庙小学、下羊市街小学、拱宸桥小学、王马巷小学、九堡小学、米市巷小学的校舍、校具也多遭破坏。
以上这些统计虽然只是局部的，但从中不难看出浙江教育事业所遭到的劫难。
据战后的初步调查与统计，浙江省教育文化事业的损失为33434024000元（法币）。
