蒙哥知道这是赤刺台在为云珠向自己复仇。他只能多派人马，日夜巡视封地，加强警戒。蒙哥有了想离开母亲，出去闯荡一下的念头。
忽必烈母子几人在纷乱的征战中，艰难地生存着。忽必烈愈来愈感觉到手中没有军队的日子太难熬了，有一天，他把自己的感受跟蒙哥说了。蒙哥也颇有同感，马上备好了食物，与母亲告别，踏上了追随窝阔台汗的征程。
唆鲁禾帖尼明白儿子的举动是正确的，是明智的，但她又难免为儿子担忧。在蒙哥走后的一段日子里，她整日以泪洗面，不思茶饭。忽必烈看在眼里，急在心上。吃罢晚饭，他坐在了母亲面前，温婉地道：“母亲，哥哥会照料好自己的。”
唆鲁禾帖尼红着眼圈道：“你父亲刚刚故去不久，族人都对我们这一系的财物部民虎视眈眈，我更担心的是他们的蓄意欺负呀。”
忽必烈笑道：“量他们不敢明目张胆地打压忠于窝阔台汗的人。再说，哥哥日后手中掌握了军队，咱们的境况会日益好转的。”
唆鲁禾帖尼的泪水又流了下来。
忽必烈示意旭烈兀和阿里不哥出去，自己坐在母亲面前，“母亲，我已成人，我明白你的心。父亲死得很英勇，很值得，他为我们这一系争来了忠臣的荣誉，这在大蒙古国内勾心斗角的环境中很重要，这是我们兄弟同母亲的护身符，母亲尽可放心我们这……系今后的安危。”
唆鲁禾帖尼抬头看了看忽必烈，叹道：“你们兄弟四人，只有你真的明白我的担忧，你父亲的死因……”忽必烈赶紧打断母亲的话：“母亲勿言。”起身走到帐外，巡视一番，又回来坐定，盯着母亲的眼睛坚定地说：“母亲的意思我明白，而且已经有人在怀疑父亲是死于他人陷害之手，我向您保证一定会有水落石出的一天，但恳请您再不要提起，会惹大祸的。”
唆鲁禾帖尼抚了抚忽必烈的肩头，点头道：“孩子，你是我的主心骨儿，以后有事多给我出出主意。蒙哥执意要随窝阔台汗去争战，你怎么看？”
忽必烈道：“我们有忠臣的‘护身符’，不会有事的。是骏马就要奔驰在草原，是勇士就要拼杀在战场，蒙哥和我都应该在战场上去得到历练。”“可是，我担心……”
“不仅是得到经验，而且会逐渐掌握军队，会逐渐赢得人心与声望。”忽必烈向母亲点了点头。唆鲁禾帖尼看着忽必烈闪射着坚毅目光的双眸，终于轻舒了一口郁闷在心头许久的忧虑。
一天晚上，当唆鲁禾帖尼正与几个儿子吃饭的时候，来了一位窝阔台汗的使者。使者向她递上了大汗的诏书，诏书中要求唆鲁禾帖尼嫁给他的大儿子贵由。
蒙古族有一个古老的习惯，当家族中的已婚男子死后，为了使其遗孀不受孤独及无法养家，可以由该家族中的其他男性再迎娶其遗孀，这种男性可以是丈夫的兄弟，也可以是丈夫的侄辈。窝阔台让唆鲁禾帖尼改嫁给自己的儿子贵由，一可以显示他遵从习俗，照料弟妻的一面，二也可以使拖雷一系的财产不至流落到他人手中，可谓周到至极了。
唆鲁禾帖尼接过诏书后，先看看回来探望她的蒙哥，蒙哥低下了头，回避了母亲的问询的眼神，唆鲁禾帖尼又看了看忽必烈，忽必烈没有说话，只是紧攥着拳头，槽牙咬得吱吱直响，两眼直逼着母亲的脸。唆鲁禾帖尼向忽必烈轻轻地点了一下头，转向使者道：“我怎么敢违背诏书呢？但我一定要把拖雷的四个儿子养大成人，我心里早已向拖雷做过了保证。拖雷死得很伟大，很有意义，我怎么可以离开他的孩子而去呢？请向窝阔台汗转达我的意思。”
唆鲁禾帖尼为了更好地教育自己的孩子们，不让孩子们在精神上受到任何伤害，于是便很有礼貌地拒绝了窝阔台的提议。这件事，提高了唆鲁禾帖尼的声誉，被蒙古人看成是高出成吉思汗母亲诃额仑的伟大女性。忽必烈兄弟们也很受感动，对自己的母亲更加尊敬了。
贵由得知唆鲁禾帖尼的回话后，未予坚持，窝阔台也只好作罢。
夜已很深了，唆鲁禾帖尼仍坐在蒙古包外，凝视着高悬在夜空的明月，无法入眠。忽必烈悄然坐在母亲面前，陪母亲沉浸在复杂的心绪中，良久无语。“多美的夜色啊，多少个夜晚，我都是守坐在帐外，一边听着你们四个睡觉的鼾声，一边盼着你的父亲归来。”
“父亲顾及蒙古大局，他将永远被善良的人所怀念。”
“是啊，可是他先走了，真不知我还能扛多久，不知还有什么事会发生。”“我会跟母亲一起承担的。我推想，不久就会有别的事情发生的，母亲，只要我们能忍下一时，待来日我和蒙哥闯下一番天地之后，就会雨过天晴了。”
果如忽必烈所言。不久，窝阔台与宗亲商量，擅自下诏把原来属于拖雷的迷勒都思部落中的2000人军队赐给了自己的儿子阔端。拖雷部属的首领们愤愤不平，纷纷诉于唆鲁禾帖尼说；“这两千迷勒都思人军队，按照成吉思汗的诏敕是属于我们的，而合罕把他们给了阔端，我们怎能允许此事并违背成吉思汗的诏令呢？我们要把此事禀告于合罕陛下！”唆鲁禾帖尼从大局出发，也从保护自己孩子的角度出发，劝慰这些首领们说：“你们的话是公正的。但是，我们继承的和自己取得的财产之中并无不足，什么也不缺；军队和我们，同样全都是合罕的，他知道他在做什么，我们要服从他的命令。”各位首领听了这话，默默地点了点头。唆鲁禾帖尼以其绝顶的聪明和才智，维护了窝阔台的权威和宗亲们的团结，也保全了自己及忽必烈等儿子们。
忽必烈就是在这种动荡年代懂得了隐身和积蓄力量，同时也变得更加成熟了。
窝阔台在位时，“曾选定脱列哥那哈敦（即乃马真皇后）所生的第三个儿子阔出为大位的继承者和皇太子”。可阔出没有继承汗位的福气，1236年死于征宋军中。窝阔台由于特别喜爱阔出，就把阔出的长子失烈门抱养在自己的大帐，并有意将汗位传给他，曾说过“失烈门将成为大位的继承者和他的继任人”。
窝阔台死后，由其遗孀脱列哥那权任监国。脱列哥那想改变窝阔台的遗愿，废黜失烈门，改由自己的长子贵由继位。
贵由曾在蒙古第二次西征期间的一次庆功宴会上同西征统帅拔都发生争执，结下了仇怨。
拔都是术赤次子，钦察汗国的创建人，很有势力。由于他的抵制，选举大汗的忽里台迟迟不能召开。
1246年，脱列哥那在没有拔都与会的形势下，强行召开忽里台。
史书中没有明确记载忽必烈是否参加了这次会议，但据唆鲁禾帖尼“和她的儿子们最先到达”等记载分析，忽必烈和兄长蒙哥等都参加了这次会议。
会上，争夺汗位的斗争十分激烈，有人提出，失烈门曾是窝阔台生前指定的继承人，应该继承大位。也有人提出，成吉思汗曾一度提到窝阔台次子阔端可为汗位继承人，主张选举阔端为汗。由于脱列哥那主持和操纵大会，最后宗王们以失烈门年幼、阔端体弱多病而予以否定，强行通过了选举贵由为汗的决定。
忽必烈与母亲、兄弟参加了这次大会，虽然也表示支持贵由为汗，但终于看到了前任大汗所指定的继承人可以不算数这一事实，又激起了他（她）们争夺汗位的念头。
本来，拖雷是有权继承汗位的。如果拖雷继承汗位，忽必烈和蒙哥也就有了继承汗位的权力。结果，汗位转到窝阔台一系手中。忽必烈母子眼睁睁地看着贵由登上大汗之位，心里很不好受。在大会争夺汗位的斗争中，他们浮想联翩，对拖雷之死也渐渐产生了怀疑。
会后，唆鲁禾帖尼决心帮助自己的儿子蒙哥夺取大汗之位，忽必烈也表示热烈支持。
为了达到这一目的，唆鲁禾帖尼决定利用拔都和贵由的矛盾，进一步拉拢拔都，以壮大自己的势力。
贵由即位之后，对敢于公开无视大汗权威的拔都恨之入骨，决心予以铲除。1248年春，贵由以蒙古本土和林（今蒙古鄂尔浑河上游东岸哈尔和林）的气候不宜疗养自己的疾病为由，要去原来的封地叶密立（今新疆额敏）养病，实际上是想偷袭拔都。
唆鲁禾帖尼“知道他的仓促出行，并非别无用意。她便暗中派遣一个急使去对拔都说：‘请作好准备，贵由汗已率领大军向你们那边推进”’。
拔都接到密报，对贵由恨之入骨，立即整顿军队东来迎敌。
三月，贵由来到横相乙儿之地（今新疆青河东南），“这时他的大限已到，没有给他从那里再往前走的时间，他就死去了”。人们一直以为贵由病死，但《鲁不鲁乞东游记》（又译作《卢布鲁克行记》）却记载了这样两种传说：“关于贵由之死，我未能获悉任何明确的说法。安德鲁修士说，他是由于服用了给他的某些药而死去的，一般怀疑这是拔都干的。但是，我听到的却是另一个故事。贵由曾经召拔都前来朝见，以对他表示臣服，拔都当即举行了盛大的仪式，启程出发。然而，拔都和他的部下非常害怕，因此派他的一个名叫思梯坎（即昔班）的兄弟先行。当思梯坎到达贵由那里，并且正要向他献盏时，发生了争吵，他们两人互相把对方杀死了。”看来，贵由是死于拔都之手。
由于唆鲁禾帖尼给拔都送去了密信，拔都特别感激唆鲁禾帖尼及其儿子蒙哥、忽必烈等人，认为她（他）们是对自己最好的人。为了报答她（他）们的“恩情”，贵由死后，拔都就主张立蒙哥为汗。他以长兄身份召集诸王到钦察汗国东境的阿脱忽刺兀召开忽里台，选举新汗。窝阔台系和察合台系诸王反对选举蒙哥为汗，以会议不在蒙古本土举行为理由，拒绝参加会议。他们只派八刺和帖木儿作为代表，观察会议动向并记录会议结果。
拔都在术赤和拖雷两系诸王到会的形势下，提议选举蒙哥为大汗。八剌当场反对说：“窝阔台合罕曾经决定以其孙失烈门为汗位继承人，这是大家都知道的事。如今失烈门仍然健在，却又另选他人，将置窝阔台汗的遗命于何地？”声色俱厉地指责众人违背了窝阔台汗的意旨。
忽必烈与庶弟木哥听了这话，立即反驳说：“窝阔台合罕的意旨，谁敢违犯？然而，前此立贵由为汗，就是脱列哥那与你们违背合罕的意旨干出来的。要说违背合罕的遗命，首先是你们，你们还能归罪于谁呢？”
拔都又进一步揭露贵由的罪状，说他违背札撒，不听取诸兄弟意见，而擅自杀害了成吉思汗的幼女按塔仑，因此，汗位不应再属于他们。兀良合台也说蒙哥“聪明睿智，尽人皆知”，主张推选蒙哥为汗。于是，大会通过了选举蒙哥为汗的决定。按照蒙古传统惯例，诸亲王不到会，选汗不能算数。为了让窝阔台系和察合台系诸王心服口服，拔都又决定来年在蒙古本土重新召开忽里台。窝阔台系和察合台系诸王再次抵制，拒不参加会议。这样，选汗大会又拖延了两年。
1251年夏，拔都不顾窝阔台系和察合台系诸王的反对，在蒙古本土的怯绿连河（即克鲁伦河）和斡难河（即鄂嫩河）河源的阔帖兀阿阑地方强行召开大会。拔都因为有病，不能亲自与会，特委托其弟别儿哥主持大会。
大会在术赤系和拖雷系诸王及一部分窝阔台系和察合台系诸王参加的情况下，按期举行。别儿哥让忽必烈坐在大会会场，“并让全体都听从忽必烈的话”。又让忽必烈的异母弟末哥站在门旁守卫，让忽必烈的同母弟旭烈兀“站在司膳和卫士们前面，不让任何人说出或听到不适当的话”。在别儿哥的精心安排和忽必烈等人的帮助下，蒙哥顺利地登上了大汗的宝座。按照惯例，新汗被推选出来以后，全体参加者要欢宴庆祝，于是，宗王们兴高采烈地饮宴起来。
这次大会，窝阔台的孙子失烈门（阔出之子）、脑忽（贵由之子）、忽秃黑（合刺察儿之子）没有参加。选举大汗以后，他们三人率领军队赶来，企图以祝贺为名，在诸王欢宴时，突然袭击杀死蒙哥。
就在失烈门他们向蒙哥汗逼近的时候，蒙哥汗的鹰夫克薛杰因为丢失了一头骆驼，到处寻找，遇上了失烈门他们的军队和马群，在帮助一个儿童修车的时候，发现了车中的武器和军事装备，了解到了失烈门他们的阴谋。然后飞驰赶回，向蒙哥汇报了这一消息。
蒙哥得知这一消息，急忙派遣大将忙哥撒儿领兵3000出迎，出其不意，逮捕失烈门、脑忽、忽秃黑三王及其所率领的叛军叛将。在如何处理这些政敌的问题上，蒙哥一时拿不定主意，耐心征询大臣们的意见，当他征求到马合木·牙剌洼赤的时候，马合木·牙刺洼赤为他讲了一个故事。马合木·牙刺洼赤说：“当马其顿王亚历山大征服了世界上大部分国家时，他的大臣和贵族们纷纷要求独立自主，不愿听从他的指挥和调动。亚历山大没有办法，就派使者去问亚里斯多德。亚里斯多德领着使者来到花园，吩咐人们把根大而深的树挖掉，然后种上一些弱小的树。别的什么也没有说。使者回来以后说，亚里斯多德什么也没有回答。亚历山大问使者看到什么没有？使者就把上述之事重复一遍。亚历山大听后，高兴地说，‘亚里斯多德已经给了回答，而你却不懂得。’于是，亚历山大处死了那些专横跋扈的豪强，而将自己的儿子安排到他们的位置上。”
蒙哥听了这个故事，恍然大悟，立即处死叛乱首领77人。接着又处死了贵由汗皇后斡兀立海迷失及贵由亲信大臣镇海等人，将失烈门等三王发配军前效力，巩固了自己的汗位。在忽必烈等人的帮助下，蒙哥终于夺得和巩固了汗位。从此，汗位转到拖雷一系手中。
1251年6月，蒙哥登上蒙古国汗位。接着，幸运之神叉随之降临，忽必烈奉汗兄之命担起了总领漠南的重任。
总领漠南期间，忽必烈在延请四方文学之士的基础上，形成了一个号称“金莲川幕府”的谋臣侍从集团。这个谋臣侍从集团，对忽必烈总领漠南乃至以后打造元帝国的人生历程，都产生了重大的推动作用。
“金莲川幕府”，其名源自于忽必烈奉命总领漠南军国庶务后的驻牧开府地点。该驻牧地在原金桓州附近的金莲川。
此地因夏季盛开美丽的金莲花，金世宗时由曷里浒东川易名为金莲川。这批藩邸谋臣侍从随而被称为“金莲川幕府”。
幕府侍臣有：刘秉忠、赵璧、王鹗、张德辉、张文谦、窦默、姚枢、许国桢、郝经、许衡、廉希宪、商挺、刘肃、宋子贞、王恂、李昶、徐世隆、李德辉、张易、马亨、赵良弼、赵炳、张惠、李冶、杨奂等。
这些人都是中州精英和贤能智士。他们大部分是较长时间留在漠北或漠南金莲川藩邸，一小部分汉地名士或因年迈即召即归，并不久留。他们地域种族各异，技能职业有别，学术派别林立，志趣主张也大多不同。他们大体可分为邢州术数家群、理学家群、金源文学群、经邦理财群、宗教僧侣群及王府宿卫群等若干群体。他们分别从自己的学术志趣出发，阐扬各自的政治思想，希望为忽必烈所采用，竭力在总领漠南的施政中留下一些属于己方主张的印痕。
邢州术数家群，这一群体的领袖是刘秉忠，成员主要有王恂、张文谦、张易、马亨等。
刘秉忠是邢州邢台人，于1242年随禅宗海云法师北上拜见忽必烈，留守于漠北。
刘秉忠学贯于儒、佛、道三教，尤其是“通晓音律，精算数，善推步，仰观占候，六壬遁甲，《易经》象数，《皇极邵氏》之书，无所不知”。
刘秉忠不仅“学术通神明，机算若龟策”，而且娴熟治国之道。到漠北之初，刘秉忠曾经屡次上书献策，“皆尊王庇民之事”。但忽必烈最欣赏的是其“阴阳术数之精，占事知来，若合符契”，而且有所谓“唯朕知之，他人不得与闻”的神秘约定。
据说，刘秉忠与忽必烈“隋好日密，话必夜阑，如鱼得水，如虎在山”，这也是其他藩府旧臣无法企及的。
王恂是中山安喜（今河北定县）人，曾经拜学刘秉忠于邢州紫金山。以算术而闻名在藩府担任太子伴读。
张文谦是邢州沙河（今河北沙河县）人，与刘秉忠自幼是同窗好友，“年相若，志相得”，早年受刘秉忠的影响，“洞究术数”。
此后，又与许衡等交结，潜心义理之学。他被忽必烈“擢置侍从之列”，司教令笺奏，日见信任。
邢州术数家群的成员，多数是刘秉忠的同乡、同窗或门人，并且是由刘秉忠荐举进入藩邸幕府圈的。学术上也以阴阳术数为主。因为刘秉忠的缘故，邢州术数家群在藩邸幕府中称得上是最早投靠忽必烈、最受忽必烈信任的。
理学家群，这一群体主要由窦默、姚枢、许衡三位北方著名理学家组成。
窦默是广平肥乡（今河北肥乡县）人，最初以行医为职业，后来又专心学习伊洛性理之书，一度隐化大名，与姚枢、许衡朝暮讲习，1249年应召于漠北，首以三纲五常为言。忽必烈对此说有所感悟，亦称：“人道之端，无大于此。失此，则不名为人，且无以立于世矣。”窦默又说：“帝王之道，在诚意正心，心既正，则朝廷远近莫敢不一于正。”
忽必烈对此颇感兴趣，一日三次召见与之交谈，奏对皆称旨，自此，对窦默敬待礼加，不令暂离左右。窦默是理学家群中最早进入忽必烈藩邸的。曾奉命教授太子的真金、姚枢、许衡皆由他举荐。
姚枢是营州柳城（今辽宁朝阳）人，曾从赵复处得程、朱二子性理之书，潜心研读，后成北方理学领袖之一，于1250年投靠忽必烈，上治国平天下及救时弊之八日三十条，“本末兼该，细大不遗”。姚枢所言讲究现实，也比较注重这位蒙古宗王的认同接受程度。忽必烈惊奇于他的知识渊博，有什么事情都要去咨询他，视姚为藩邸的主要谋臣。
忽必烈虽然对空言性理的理学不太感兴趣，但窦默、姚枢二人“诚结主知”，一直受到格外的眷顾和信赖。
至于许衡，因其被举荐的时间较晚，起初仅奉王府令旨教授京兆，又兼性情古怪，所言迂腐空洞，藩邸时期的忽必烈并不喜欢他。尽管许衡在理学家群中学术造诣是最高的。
金源文学群，这一群体大多数是前金朝辞赋进士出身，率以诗赋文章相标榜。王鹗是这一群体的领袖，成员主要有徐世隆、李冶、刘肃、宋子贞、李昶等。王鹗是开州东明伶山东东明县）人，金正大状元。1244年召赴漠北藩邸，忽必烈对他格外优待，每一次晋见，都赐予他座椅，从不直呼他姓名，而是恭敬地叫他状元。他曾给忽必烈讲修身齐家治国平天下之道，常常到深夜。忽必烈颇为所论而感动，说：“我现在虽然没有立即施行，但怎能知道以后就不能施行呢？”王鹗向忽必烈所举荐的多是金朝的辞赋文士。忽必烈还命令近侍阔阔、廉希宪、柴祯等五人以王鹗为师，学习汉文化。徐世隆是陈州西华（今河南西华县）人，金正大进士。他“古文纯正明白”，“诗歌则坦夷浏亮”，“四六则骈俪亲切”。1252年徐世隆北上，见忽必烈于日月山帐殿，以孟子“不嗜杀人者能一之”说，劝忽必烈不要去征伐云南。
李冶是真定栾城（今河北栾城县）人，金末进士。他收藏图书极多，人日：聚书环堵。以做文章为乐，“经为通儒，文为名家”。1257年，随使者北谒，也是忽必烈问以治道的汉文士之一。
其他属于此群体的刘肃、宋子贞、李昶等，也都是喜好文学诗赋的进士出身者。
以上王鹗、徐世隆、李冶三人进讲治道时，言必称孔孟纲常就很能说明问题。
不过，他们在崇尚标榜诗赋文章的同时，兼学兼通的多是传统的孔孟儒术，而非程朱的性理之学。
经邦理财群，这个群体的人员，通常以治国经邦为直接任务，或喜好谋划经略，或善于理财会计。郝经、赵璧是其代表人物。
郝经是泽州陵川（今山西陵川县）人，金朝亡后，侨居保定，充世侯张柔家塾教授。郝经虽然“上溯洙泗，下迨伊洛诸书，经史子集，靡不洞究”，但又强调“不学无用学，不读非圣书”，“不为利益拘”，“不作章句儒”，立志“务为有用之学”，“以复兴斯文，道济天下为己任”。所以他平时不去理会朝政，常在家中治学。
应召赴藩邸后，郝经充任重要谋臣，上下千年，旁征博引，援据古义，为忽必烈进献许多救治时弊的良策。忽必烈极喜其所言，凝听忘倦，在日后的施政中多有采用。
赵璧为云中怀仁（今山西怀仁县）人。1242年被忽必烈召至漠北驻地，是忽必烈最为亲近的汉人侍从之一。
忽必烈让自己的王妃亲自为他缝制衣裘，派他驰驿出使八方，前去招聘名士王鹗、姚枢等人。还命其学习蒙古语，在马背上替忽必烈译讲《大学衍义》。
忽必烈称赵璧为秀才，那是因其颇善于草拟表章文檄，且教授蒙古生徒儒书。
然而，他“刻意吏学，以经济为己任”，后又“经画馈运”，“手校簿书”，忽必烈任命其为中书右丞，平章政事，制书中亦有“素闲朝政，久辅圣躬，柱石庙堂，经纶邦国”之语，所以更像是一位经邦理政的机敏儒吏。
除此以外，“能理财赋”“调军食”的李德辉；“博学有经济器”的张德辉；文武才兼备、“有经济略”的商挺；被忽必烈命为抚州长、“城邑规制，为之一新”的赵炳；担任邢州安抚司和陕西宣抚司幕官的赵良弼；“尽通诸国语”、后任治国用司副使的张惠；出身察必皇后斡耳朵媵人，又与李德辉“偕侍潜邸”的阿合马等，也基本属于这一群体。
宗教僧侣群，这一群体的代表人物主要是吐蕃萨加派僧师八思巴、禅宗僧人海云、太一道教大师萧公弼等。
此群体人数不甚多，但对忽必烈的个人宗教信仰，以及日后元王朝的宗教政策和治理吐蕃，影响却颇大。
王府宿卫群，顾名思义，这一群体是由忽必烈王府怯薛宿卫士组成。如廉希宪、董文用、董文忠、贺仁杰、阿里海牙、许国桢、谢仲温、姚天福、高天锡、谒只里、昔班、阔阔等。
这些人都来自不同的种族，他们有着不同的肤色和语言，但都负责王府平时的生活服侍和护卫工作。
除廉希宪以外，王府之中的宿卫大多不会发表自己的政见主张，也很少参与藩邸的治道问答。但这并不影响他们在忽必烈心目中的地位，他们始终是忽必烈最信赖的藩邸人员。
以上的六个群体，只是根据他们的基本特征而进行了粗略划分。但事实上，这六群体当中的部分人员在志趣流派等方面都会有一定程度的交叉或复合。然而，这六种类型或群体的划分，使我们对“金莲川幕府”的构成以及内部人员与忽必烈的关系一目了然。但不可否认的是幕府内制度还不够完善，这种粗略的划分有一定的局限性。
忽必烈对“金莲川幕府”的形成及其内部人员的态度也相对比较理智，他知道幕府之中的这些人所持的主张和怀目各不相同：有的希望能够通过这个机会获取更多的赏赐；有的希望能借助这个机会免除本派门人的劳役赋税；有的则希望能够抓住这个机会大展宏图，施展自己的才华，借此改善民众的生活，实现中国统一；还有的主张以华化夷，促使蒙古文化与汉文化逐渐融合。
此时的忽必烈，对这些人大致是礼贤下士，兼容并蓄，没有明显地抑此褒彼，以多听多问为主，择其有用有益之处而从之。即使是对个别不友好、不合作的人，也不发怒、不失礼。
“金莲川幕府”的形成，是忽必烈主动吸收汉法制度，与中原士大夫实行政治联合的一个良好的开端。它加强了忽必烈为代表的蒙古贵族与汉族士大夫之间的彼此沟通和认同，对忽必烈履行其总领漠南的使命，也发挥了极其深刻而积极的影响。
由于这些士大夫中有相当一部分来自汉世侯幕僚属吏，“金莲川幕府”的形成，又在一定程度上密切了忽必烈和汉地世侯之间的联系。
从长远来看，它又为元帝国的建立提供了必要的政策方略、社会支持以及官员储备。
中统至元间，这些幕府侍从“布列台阁，分任岳牧”，成为忽必烈政权的最主要班底。他们有关汉地统治方式的一系列理论，也为忽必烈君临整个华夏描绘了一幅行之有效的政治蓝图。
简而言之，此蓝图主要包括以下两方面内容：一是以汉法治汉地；二是原有蒙古制度参考汉地等先进方式予以变通，以适应一君统治南北两方的形势需要。之后，忽必烈总领漠南以及其建立元朝的整个政治生涯，基本上都是基于这幅蓝图得以实践和发展的。
蒙哥初即汗位时，忽必烈便以皇太弟身份日侍圣驾，开始涉猎汗廷决策圈。他论奏时务之急，为汗兄出谋划策。
对皇弟忽必烈的上奏，蒙哥汗基本是言听计从，予以施行。而这些奏言多为藩邸谋臣刘秉忠和张文谦一手策划和拟定。
不久，蒙哥汗降诏：“凡军民在赤佬温山南者”，皆听皇弟忽必烈统辖领治。这是忽必烈总领漠南之初的管辖范围和权限内容。
蒙哥汗这样安排，是为了让其亲弟弟忽必烈替他执掌漠南军政大权，从而对付窝阔台系、察合台系诸王等敌对势力。
忽必烈及其王府官属更是为之欢欣鼓舞，大排宴席而庆之。唯有王府文臣姚枢沉默寡言，显得心事重重。
忽必烈觉得事出有因，宴会结束时，急忙询问：“顷者诸人皆贺，汝独默然，岂有意耶？”姚枢回答道：“今天下土地之广，人民之殷，财赋之阜，有加汉地者乎？军民吾尽有之，天子何为？异时庭臣间之，必悔见夺。不若唯手兵权，供亿之须，取之有司，则势顺理安”。
忽必烈一听，顿时大悟，深知虑所未及，未曾远谋，马上派人以姚枢的意见上奏，并获得蒙哥汗的批准。于是，忽必烈的权限和使命，就由军民兼领缩小为唯掌军事了。
自请唯掌军事，使蒙哥汗与忽必烈的权力冲突没能过早发生，从而也给忽必烈在总领漠南期间干一番事业带来了异常宝贵的机会。
另外它还说明：总领漠南的忽必烈已经十分成熟干练，他身旁的谋臣侍从也都是能臣智士，绝非等闲之辈。
在选择驻屯地点上，忽必烈也善于听取部下的正确建议，不拘泥于草原游牧的传统，从而作出理智的决策。
刚开始受命总领漠南时，忽必烈对木华黎孙霸突鲁说道：“今天下稍定，我欲劝主上驻跸回鹘，以休兵息民。何如？”
霸突鲁答道：“幽燕之地，龙蟠虎踞，形势雄伟，南控江淮，北连朔漠。且天子必居中以受四方朝觐。大王果欲经营天下，驻跸之所，非燕不可。”
忽必烈听此言，非常感慨地说：“非卿言，我几失之。”
忽必烈将回鹘（畏兀儿）当做首选驻屯地，因为该地是突厥后裔栖居之处，在风俗和生活方式上与蒙古人都极为相似。
而“幽燕之地”，在辽、金两朝一直是国都和政治中心，木华黎国王受命经营汉地和燕京行断事官设立后，该地在极短时间内便成为蒙古帝国在汉地的大本营。
当忽必烈听到霸突鲁陈述驻屯幽燕更有利于经营中原和江淮等广大区域之时，便不再留恋或拘泥于回鹘（畏兀儿）地和蒙古草原游牧民的亲和性，毅然改变原来的主意，最终选定幽燕一带为自己的驻屯地。
1256年，忽必烈命刘秉忠占卜选择金桓州东、滦河北之龙岗，修筑开平城，以作为大军在漠南的固定驻所。开平，北连朔漠，南制中原，地理上十分适合于忽必烈总领漠南的政治军事需要。
忽必烈执掌漠南军事以后，对漠南的民事刑法，也予以极大关注。
其实，蒙哥汗新任用的燕京等处断事官牙鲁瓦赤和不只儿负责管辖漠南汉地的财赋司法。两人上任当天便诛杀二十八人。其中一名偷盗马匹的犯人，本已施杖型而被释放。恰巧有人献上环刀，不只儿下令追回已释放者，亲执环刀而斩之。
忽必烈得知此消息后，严词指责道：“凡死罪必详谳而后行刑。今一日杀二十八人，必多非辜。既杖复斩，此何刑也？”不只儿听完，惊愕得说不出一句话来。
还有一次，王府侍臣赵璧竟然敢在蒙哥汗驾前申斥燕京断事官牙鲁瓦赤以旧印妄请复用。还提议说：“请先诛近侍之尤不善者。”事后，连忽必烈都说：“秀才，汝浑身是胆耶！吾亦为汝握两手汗也。”
这些事情都充分说明，那段时期总领漠南的忽必烈与燕京断事官之间的关系，已经多多少少有些紧张了。
不久，依照蒙古帝国惯例，藩邸近侍孟速思也在忽必烈位下担任燕京行台断事官。
忽必烈远征大理途经六盘山时，许多地方官闻讯陆续赶来晋见，多为就自己“官资之崇卑，符节之轻重”，请求忽必烈开恩庇护。
只有延安路兵马使袁湘面陈本路军户困乏之弊并就之提出了相应的革除办法。忽必烈采纳了袁湘的意见，并给予极大赞扬。而对其他官吏言私不言公的做法，一概责备训诫。巩昌总帅汪德臣也来禀告新城益昌赋税徭役免除等事宜，忽必烈亦给予了批准。
如此一来，总领漠南的忽必烈在陕甘一带也留下了体恤百姓疾苦和秉公不徇私的好声誉。
