到20世纪40年代末，秘密情报局在德国的情报官有100多人，秘书有200人，组成了最大的海外代理机构。1948年2月，约翰·布鲁斯·洛克哈特继加利纳任情报站负责人，同时他还被任命为新成立的情报处分析科科长，负责安排谍报活动。这样他所负责的便是英国在德国的所有秘密人工情报活动，直接向孟西斯汇报。这一举措，对120位情报官情报活动的协调及其质量控制，起到了极大的促进作用。同时，还有机会在一定的时候将该情报科最有能力的人员招进秘密情报局。布鲁斯·洛克哈特后来认为，德国是“秘密情报局的培育室”，他在这里，而不是其他任何地方，开始学会怎样适应从战争期到占领期，到不太平的和平期，再到冷战期的巨大转变。必须面对的新的现实是，政治与军事用户都完全依赖于人工情报，先是关于德国的，然后是苏联的，再然后是盟国的情报；而在战争期间，则是源源不断的无线电情报、空中侦察报告，及战俘审讯报告。还有一个问题就是，伦敦主要用户、外交部及参谋部之间关于苏联的最初分歧：它到底仍然是盟国，还是下一个敌人？然后，等这个问题的答案变得清晰起来，秘密情报局越来越认识到：要刺探到这个高度警觉、十分多疑的共产主义国家的情报，哪怕是最普通的情报，都是万分困难的。最为严重的是，这导致秘密情报局进行了一些灾难性的行动（尤其是涉及外来人员的行动），使其后来十年一直被笼罩在阴影中。
中欧及巴尔干地区
对秘密情报局来说，奥地利构成的挑战与德国非常相似：在这个被盟军分割成占领区的战败国，起初的任务是寻找纳粹复燃的任何迹象，然后很快转变为密切关注苏联共产主义目标，如果可能的话，进一步渗透苏联共产主义目标。和在德国一样，秘密情报局最初是在一个军事控制委员会里进行工作的，但当这个军事组织垮掉的时候，长期掩护的问题便出现了。维也纳情报站负责人乔治·扬是在“二战”期间被雇用的，此人先后毕业于圣安德鲁斯大学现代语言专业及耶鲁大学经济学专业。1946年8月，乔治·扬称自己手下有二十多个情报官和秘书，这么大的组织很难以大使馆作为掩护，他对此表示非常担忧。而且，目前大多数代表都已经暴露，有的暴露给英国军事部门的许多人，有的暴露给美国情报官，还有的（这毕竟是哈里·莱姆的维也纳）暴露给“许多多少有些可疑的人，这些人跟战争时期的情报机构有某种联系，在复员或归国后又来到这里进行和平期行动”。对掩护问题经过认真思考后，扬认为“一个特工在开始搜集情报那一刻起，便已暴露给某人，被安全局抓住只是个时间的问题”。他称，“对我来说问题似乎并不是如何避免被暴露，而是如何让地方当局非常欢迎自己，并保证我们的秘密行动总是比敌方安全局早一步。保持受掩护状态是一场智力斗争，而不是一种防御性行动”。
1947年2月，孟西斯请求外交部例外在维也纳设立一个比平常更大的秘密情报局组织。“考虑到东部一些地区的情报站可能没有什么成果，”孟西斯提出自己的理由，“我们应该尽全力，帮助那些能够在更容易更安全的情况下采取行动的地区。”秘密情报局提议派驻五名情报官、六名女秘书及“两名英国勤杂工或司机”到维也纳。海特对此表示赞同，并告诉英国维也纳使馆，因为奥地利的条件“比东欧其他任何地区”都“更有利于”秘密情报局工作，“因此我们应当尽我们所能，为他们提供基地，以帮助他们在更安全的条件下向东开展工作”，同时，他还希望把目前的奥地利统计处并入外交使馆。这些都得到了支持，但是秘密情报局1947年至1948年在奥地利的行动，因担心苏联渗透而被迫中断。伦敦派出一些官员（包括负责德国、奥地利和瑞士的东部地区总监）来考察安全问题。他们最终认为，主要问题是陆军安全处非常松懈的态度，该处负责英国占领军的安全问题，但同时与秘密情报局市政管理处联系密切，本身也管理着许多特工。
1947年底，维也纳情报站注意到，一个特情局前奥地利情报官以黑市商人的身份，频繁出入于苏联占领区。在几个月的时间，他帮助包括一名陆军中尉和两名军士的三名苏联士兵叛国。在对他进行讯问后，秘密情报局认定，他所做的一切完全是出于右翼政治目的。他“仍然是一个顽固的纳粹分子”，相信“德国将重新领导世界”，并且反共产主义行动将“让他有资格在更加强大的德国获得显赫的地位”。但是秘密情报局同时认为，他“不可能与任何有组织的地下新纳粹运动有任何联系”，而且也“没有任何理由让他们相信”，他“与任何其他情报组织有联系”。既然情况是这样，他们决定雇用这个奥地利人，并给他取名撒伯顿，此人“同意为我们工作，但拒绝接受任何直接的报酬”。他的任务是寻找可能的叛变人员，同时汇报苏联占领区的军事形势。秘密情报局特别欢迎可以潜伏一段时间的“高层次的叛国者”，这样“能够弄到一些文件资料及具体的信息”。然而，撒伯顿的联络人主要是“与苏俄人保持着联系的很有道德的女士”，他只找到一些低层次的有叛国倾向的人。由此他们很快意识到，寻找高层次人员将是“漫长而艰难的过程，它有赖于具体的形势与条件，而形势与条件常常对我们很不利（比如频繁的人事变动，不太平的局势等）”。因此，他应该集中心思搜集关于苏联军队及其军事事务方面的情报，“直到我们认为有高层叛国人员需要他将全部注意力转移过来”。1948年早期，撒伯顿为维也纳情报站搜集到一些军事情报。5月他们向伦敦汇报称，“但我们仍然希望他的女联络人有一天会找到我们想要的叛国人员”。
1949年的一份奥地利工作回顾报告指出，撒伯顿这些年的行动没有取得什么重要成果。实际上，接任情报站负责人工作的官员1949年4月便已承认，他们在奥地利共产主义情报方面“没有取得满意的进步”。虽然他“并不希望找什么借口”，但他称他们的工作“一直受到阻碍，因为奥地利人就是不喜欢情报活动”。其部分原因是“奥地利人的秉性，他们不愿意冒险”，在一定程度上也是因为他们希望与瑞士一样，“对大国之间的竞争采取一种中立态度”。他对“正进入右翼圈子”的非正式助手打入共产主义组织的可能性进行了认真思考，然后报告说有两名已经“俨然成了共产主义同情者”，但要真正接触到共产主义情报源“几乎没有可能性”。另一个解决办法就是找到一个愿意与我们合作的奥地利社会党成员。虽然社会党“是共产主义的敌人”，但它“不可避免地”“与共产主义组织间有人员流动情况发生”。那样我们就可以在其中“安插我们自己的人”。有一个主意是找到“一个需要资助自己读完大学的年轻人，作为回报，他愿意加入共产党并为我们做事”。但这将是“一个长期的计划”。“要想让自己迅速进入共产党内部的惟一办法”是“以其他某个党派背叛者的身份”加入他们。但他明白，要找到这样一个人，比如一个社会党党员，他“愿意毁掉自己的政治事业，同时还要成为朋友们耻笑辱骂的对象，而这仅仅是为了帮我们弄到情报”，这“实际上是不可能的”。他认为，关于奥地利共产主义的工作，无论采取什么样的手段，都存在与美国竞争特工的问题，他称他们“给的预付报酬相当可观”。
秘密情报局在东欧付出的艰辛努力往往是毫无成效的，它在战后保加利亚的境况能够充分说明这一点。托尼·布鲁克斯战时曾在法国为特别行动处做事，这个特别勇敢、十分能干的情报官在1947年5月被派往索非亚，负责该地情报站工作。他的就职是以不愉快的旅途开始的。他在两个女秘书的陪同下前去赴任，结果在从巴黎到索非亚的途中被滞，在火车上呆了整整五天，还在巴尔干铁路线滞留了一段时间。他们的行李也在意大利北部的多莫多索拉被盗。布鲁克斯在索非亚是以外交官身份为掩护的，英国大使约翰·斯腾代尔·贝内特坚持要他把大部分时间花在大法官法庭的工作上，让他没有足够的时间与机会开展秘密情报局的工作，而情报局工作才是他被派来的目的。事实上，斯腾代尔·贝内特非常担心自己的任务会受到秘密情报局行动的损害，因此他严格限制布鲁克斯的活动，甚至包括他的秘密活动。考虑到他的实际困难，总部于7月要求他弄清，是否能在保加利亚找到任何可以雇为非正式助理的英国人。“在这样的情况下，”伦敦电文称，“我们认为，即使是很不热心的英国人也比保加利亚人好得多，无论他有多能干，有多适合这个工作。”如果没有合适的英国人，他可以看看有没有可能的法国人或瑞士人，他们也许“不适宜做长期计划的工作”，但“也许对帮助你摆脱目前的困难很有价值”。
1947年6月至10月索非亚工作总结表明，布鲁克斯在保加利亚只有九个主要情报源，其中三个是英国人。另外有两个律师，一个工程师，一个“最近没有消息的”保加利亚犹太人。还有两个已经“销声匿迹”了。在五个多月的时间布鲁克斯提供了大约五十份报告，其中有39份伦敦认为很有价值，可以传阅。但只有四份报告可以给出质量分“A”，其中两份来自驻该国的英国陆军代表团。这样的成果确实太少了，布鲁克斯非常沮丧。10月，斯腾代尔·贝内特命令他停止秘密情报局的一切行动，称这是他最近去伦敦时孟西斯表示同意的。虽然布鲁克斯认为这是“误会”，但他不得不遵照执行。1948年1月，他汇报说在友好国家寻找非正式助理的事，他已经认真研究过了，但结果有些令人失望，只有三个似乎有很少一点可能性：一个保加利亚人（但他可能是个密探），以及两个美国人，他们“是那种最喜欢传播流言飞语的人，我认为他们更加危险”。
1948年，情况仍然没有得到改观。5月，布鲁克斯回到伦敦，汇报索非亚的情况。贝文提出，希望“尽一切努力打入铁幕”，并且将对斯腾代尔·贝内特“施加压力”，要求他解除对秘密情报局行动的禁止。外交部奥布里·哈尔福德对此表示充分肯定。虽然这起到了作用，但7月布鲁克斯汇报道，实际上“搜集情报的所有正常程序，都被禁止了”。保加利亚人向美国和英国代表团施加了巨大的压力。美国公使团一个下层成员在用钱向一个保加利亚人交换情报时被当场抓住。英国公使团一个保加利亚籍文书，在索非亚大街上遭到汽车追击，虽然当时没有被抓住，后来却被指控为间谍，因而被保加利亚人驱逐出境。布鲁克斯报告，没有合适的英国人可以作为非正式助理的人选，“寻找友好的外国人”也一无所获。对保加利亚当局强加的越来越严密的监视，他描述了一幅“很惨淡的景象”。他认为，目前情报站“根本没有希望克服以下这些问题：报告都已经知道的信息，报告谣言与街谈巷议，报告个人观察得出的结论”。凭着自己战争期间在特别行动处的经验，他还能够进行特别行动计划，“挑选着陆地与空投区域”，寻找无线电设备及其他物品的隐藏处。最后，他还认为他或许能够“通过向铁幕内寄信，或使用死信箱[570]为特工传送设备的方式”，为其他情报站提供帮助。
可这也过于乐观。1949年2月，保罗·梅森继斯腾代尔·贝内特任英国大使，可他更加不合作。布鲁克斯觉得此人简直恨不得将整个情报站关掉。保加利亚和英国当局都试图缩减在对方国家的使节团规模，秘密情报局也卷入了其争斗的漩涡中。布鲁克斯猜想，如果被迫缩减规模，梅森势必会认为，“那倒不如减少我们的代表，而他的一个也不会减少”。事实上，布鲁克斯一直在索非亚原位坚持到了1949年底，为他的继任者把很多事都安排妥当了。但保加利亚人仍然继续向使团施加压力，威胁着要在8月关闭他们的无线电台，时常骚扰他们的人员，而且还指控英国、美国及南斯拉夫使馆是“间谍窝”。情况变得如此糟糕，1949年11月，布鲁克斯向伦敦请求得到指示，如果不得不关闭整个情报站时他该怎么办。伦敦指示，他将销毁文件，即刻“用密码箱”将秘密情报局密码本送回。黄金储备“交给看守官，并索要收据”；地方现金留给使馆（同样要索要收据）；其他现金交回给总部。相机与摄影设备也交回伦敦，而隐显墨水资料应当“就地销毁”。
