商毅一行人马是在三月二十五日下午接近黄昏的时分到达南京，从北面的金川门进城。马士英、吴甡、钱谦益、阮大铖、刘宗周、黄宗羲、黄镇周、陈子龙等官员，都在金川门外迎接他们到来，还有王徳化、卢九徳等太监也准备下了凤撵车仗，迎请朱媺娖进宫休息。
商毅先和众人一一见礼，寒宣几句之后，然后请众人去参见了公主，王徳化和卢九徳也请朱媺娖上辇进宫。
朱媺娖道：“皇伯父的好意，本宫心领，论理本宫进京，也应该进宫去参拜皇伯父，但各位大人也都清楚，本宫此次进京，仍为辩认太子而来，非同于寻常，这个时候恐怕不宜居住在皇宫之中，为秉公起见，因此本宫决定，暂时居住行馆，由商巡抚统军护卫，等辩认太子之后，再进宫参拜皇伯父。不知各位大人以为如何。”
马士英首先道：“这样不大好吧？公主进京，不住皇宫，却居行馆，只怕是与礼不合吧。”
钱谦益赶忙跳出来，道：“现在仍非常时期，不可以常例而循，微臣认为公主所虑极是，此时当以避嫌，还是先居馆驿为是。”
东林党都担心，一但朱媺娖住进皇宫里，恐怕被会马士英一党控制，造成对自己不利的结果。现在听朱媺娖主动要求，不住皇宫而住馆驿，也正中下怀，因此刘宗周、黄宗羲、黄镇周等人也都纷纷付合钱谦益，赞同让朱媺娖住进馆驿里。而马士英和阮大铖见了, 也怕他们说自己图谋不轨，不敢强求，只好也同意。
之所选择金川门，是因为金川门靠近长江边，商家军的水军就停泊在外金川门处，商毅把人马分成三部份，带一个步兵营、一个骑兵连和侦察营进城，留下一个营的兵力把守金川门，其佘的兵力都驻守在城外，和海军一起，控制着内外金川门。
来到馆驿之后，商毅将朱媺娖安顿休息，分排士兵，严密守卫馆驿，并且对外宣布，公主路途劳累，因此一概不见外客。然后才叫厨门做饭，陪朱媺娖一起吃晚饭。朱媺娖也忍不住道：“有必要那么紧张吗？”
商毅苦笑道：“还是小心一点为好，现在左良玉都反了，谁知道其他人会做什么打算。”
朱媺娖点了点头，道：“ 你说这个太子真的是假的吗？”
商毅道：“没见到真人之前，并不能说绝对，但是真太子的可能性并不大。想想也明白，兵荒马乱，太子一直养在宫里，养尊处优，怎么可能一个人千里迢迢从北京逃到南京来的。”
两人正说着，忽人有人来报：刘宗周、黄宗羲两人要求见商毅。
商毅苦笑了一声，道：“看吧，麻烦来了。” 对从人道：“请他们进来。”
商毅当然知道，刘宗周字起东，号念台，是黄宗羲的老师，也是这个时代知名的学者，但他的政治立场比黄宗羲更死板、更顽固，也更不知变通。不过在南京朝廷灭亡之后，刘宗周选择了自杀殉国，品行到也比一些投降派强得多。不过两人是来干什么的，商毅心里很清楚。
其实刘宗周、黄宗羲本来是不想来，但东林党都清楚，这就是一个假太子，根本经不起一辩，而进城之后，朱媺娖不住皇宫而往馆驿，也让一些东林党人觉得似乎是有希望，因此也建议去找一找商毅，说不定能说服他，要求公主指认太子为真，现在谁都知道，公主是一定会听商毅的话。那样东林党就可以名正言顺的扳倒马士英了。
别看左良玉起兵东进，但紧张的只是朱由崧和马士英、阮大铖等人，东林党到还真不怎么害怕，因为劝左良玉起兵的黄澍就是东林一员，而且左良玉在檄文中也把矛头指向马士英，而不是东林党，另外左良玉的大恩人，另一位东林的元老候恂这时也在南京，因此就算左良玉真的打进南京，也不会把东林党怎么样。相反还可以借左良玉的力量，来铲除掉马士英。甚致还有人主张，干脆说动商毅，直接动手把马士英干掉就行了。刘宗周、黄宗羲也扭不过众人，只好来见商毅。
三人见面之后，先客气了一番，黄宗羲道：“此番商军门又在淮安大败清虏，我们也十分欣慰，如今大明只剩这半壁江山，此后抵御清虏，也多倚仗商军门了。”
商毅道：“南雷先生太客气了，这些都是在下份内之事，如今清虏大军压境，但以在下一己之力，要保住这半壁江山，又谈何容易，只有大明君臣精诚团结，齐心协力，筹边制寇方才可成，如果各怀异志，不顾大局，则天下危矣。”
黄宗羲和刘宗周互相看了一眼，黄宗羲道：“商军门可知，如今我大明之祸，并不在外，而在于內。因此筹边制寇，乃在亲君子远小人而已。”
商毅摇了摇头，道：“南雷先生，如令偏安尚未稳。孜孜讨究，应该只有兵饷战守四字，岂能为异同恩怨四字，岂不闻兄弟厥于墙，而外御其侮吗？可况在下素闻大君子以其能化小人为君子，今日国事为重，以君民为心，则和一之至，不必合党同群，而自无不同。以职掌为务，则猷念各分，不必破党涣群，而自无不异。”
商毅的古文功底其实很一般，这一大通之乎者也的话，其实都是王夫之教他的，总算没有记漏，但刘宗周却拂然不悦，道：“难到商军门不知，襄外必先安内吗？”
商毅也不客气，道：“请问念台先生，如果清军打过长江，攻破南京，又到那里去谈安内呢？”
三个人没说几句，立刻就说僵了，互相间都不说话。
商毅本来还想尽最大的努力，尽量让刘宗周和黄宗羲以大局为念，现在看来，根本就无法做到，因此也不想和他们多费口舌，道：“二位先生，我商毅只是一介武人，大道理不懂，这次护送公主进京指认太孑真假，一定会秉公而认，真就是真，假就是假，使真像大白于天下，以安民心。然后立刻离开南京，赴江北抵御清虏，尽人臣之职，其余之事，一概不论。”
刘宗周和黄宗羲听了，也知道自己是不可能说服商毅了，因此起身告辞，连头也不回就走了。
商毅也只好苦笑了几声，看来自己和东林党确实没法谈到一起来，正要回去告诉朱媺娖，这时又有人来报，吴甡来访。商毅摇了摇头，只好又让随从人员去请。
两人见礼之后，吴甡叹了一口气，道：“以恒，现在南京已经够乱了，你又跑来凑什么热闹。”
商毅也苦笑道：“阁老应该知道，这些乱子其实有一大半都是你们东林党闹出来的，我本也不想来凑这个热闹，只是事情逼到这一步了，不来也不行了，阁老既然是东林的元老，为什么不管管他们，也做些对国家、对朝廷有用的事情。那怕是不过什么事情，就是消停一些，也好过这样乱闹下去。” 因为商毅和吴甡的关系不同，因此说话也就不用客套，直接得多了。
其实在吴甡心里，对一些东林党这样闹法非常不满，他才是真正有见识，有能力的人，而且也知道变通，当然清楚当前的局式，应该以团结一心，一致对外，才能保住半壁江山。只是吴甡的官职虽高，但在东林党里并没有多少发言权，也管不住其他人，也不好强制，只能听之任之，现在被商毅一说，吴甡也听得脸上红一阵白一阵，但他也清楚，商毅说的确实都是事实，一句话也反驳不了，只好苦笑了一声，道：“事情弄到今天这一步，我也沒有办法。”
商毅这才放缓了语气，道：“我也知道阁老的为难之处，只是如果任甴他们这样胡乱闹下去，我只怕阁老总有一天会被他们连累。”
吴甡心中一禀，道：“你这是什么意思。”
商毅并没有正面回答，道：“我这次进京，想了一个万全之策。” 说着把自己的计划说了一遍。
吴甡听了之后，也点了点头，道：“以恒，这到是一个好办法，恐怕任何人都说不出什么来，或许真的能够平息这场争执。”
商毅摇了摇头，道：“阁老心里应该清楚，太子的真伪其实早就分辩出来，只是有些人硬是要胡搅蛮缠而己。就算这一次公主真的用这种方法分辩出太子，只怕他们还是不会承认。他们只怕还指望着左良玉会提军杀入南京来铲除掉马士英。也不想想他的部队本是鱼目混杂、稂莠不齐，进军沿路，皆烧掠一空，真的让他进了南京，恐怕悔之不极。”
吴甡只好又苦笑了一声，商毅确实把东林党给看透，因此道：“那么你认为当如何才能平息这场纷争呢？”
商毅看着吴甡，道：“到时侯只请阁老能够主动出面，主持公道才行。如果阁老只顾一味明哲保身，只怕最终还是一事无成。”
吴甡这个人有能力、有见识、知变通，但也十分滑头，当初崇祯任他为督师，在没有分派到人马之前，吴甡死活都不肯出京，只到把商毅调来才成行。而这一次他早就看出太子是假，但也一直不说话，任甴东林党闹下去，就是两边都不想得罪。而商毅的意思，就是让吴甡出面，来压制东林党，承认这个事实。
听了商毅的话之后，吴甡沉默了片刻，终于咬了咬牙，道：“好，以恒放心，这一次我会尽力来平息这场纷争。”
