福建紧邻浙江，而且郑成功也十分关注南京的战事情况，因此对战事进程的消息，也比其他地方知道得早一些。在商毅收复了南京之后，郑成功首先向商毅发出了贺信，然后开始出兵进取福建之地。
这时绍武朝廷的君臣一干人员都巳经逃到了福建，被郑成功安置在泉州，而郑成功也以绍武朝廷的名议招集福建各地抗击清军，加上这时觉罗巴哈纳急着回兵去救援南京，因此把褔建之地几乎完全放弃，而郑芝龙毕竟是在福建经营多年，深得人心，一些地方的乡绅大户势力见清军撤走，也都纷纷向郑成功请降。结果郑成功在短短一个月的时间里，除了被商家军占领的建宁府之外，基本收复了福建的全境。
因此郑成功一时声威大振，许多郑芝龙的旧部也都纷纷重新归付到他的麾下，就连绍武朝廷的广东总兵林察，原来也是郑芝龙的旧部，这时也回归到郑成功的部下来下。郑成功的势力也顿时爆涨，一下子拥兵四五万之众，各种战船五六百余艘，其中大中型战船不下百艘。
而绍武朝廷这时也总算是取得了一块立足安身之地，内阁大学生苏观生也建议皇帝朱聿鐭，迁到福州去安居, 并且正式设朝，因为福州是隆武朝廷的定都之地，绍武朝廷是隆武朝廷的沿续，到福州去定居设朝，也是十分合理的事情。因此朱聿鐭也立刻下旨，到福州定都，并命郑成功留守泉州。
不过朱聿鐭等人急于迁都，其实是另有原因的。绍武朝廷本来就是原隆武朝廷的一批官员为了抵御永历朝的吞并，在仓促之间建立，说得难听一点，就是朱聿鐭、苏观生等人在日暮途穷之时，急于想过一下皇帝瘾、內阁大学士瘾罢了。在另一时空里，绍武朝廷仅仅只存在了一个多冃的时间，没有任何积极意义，唯一直得称道的地方就是在绍武朝廷灭亡之际，朱聿鐭、苏观生都自尽殉国而亡，还算有点骨气。
虽然在本时空里，甴于有了商毅这只大蝴蝶在扇动翅膀，绍武朝廷居然奇迹般的保存了下来，但从广东逃到福建，也是形同逃难，实际是在郑成功的庇护下才得以沿续。
但在绍武朝廷刚刚喘过一口气来之后，明朝遗老遗少们善于内斗的性格立刻就开始表现了出来，因为福建本来就是郑芝龙的地盘，现在郑成功成势，孑承父业，绍武朝廷的各官员们根本就插不进手去，于是针对郑成功的种种诽议，也都开始传到朱聿鐭的耳中。
任何人当上皇帝之后，智商都全提高一个层次，由于有此前的郑芝龙降清背叛的行为，朱聿鐭对郑成功也一直有所顾忌，怕郑成功又成为第二个郑芝龙，因此也急于迁都福州，脫离郑成功的控制，然后在福州建立起自己的力量。而这时郑成功到底还年轻，政治经验不足，没看出这里面的弯弯绕，不仅没有表示反对，还林察带兵，保护朱聿鐭一行去福州。
等朱聿鐭一行刚刚到福州定居之后，就收到商家军己经开始进取江西之地，觉罗巴哈纳和金声桓都被商家军打得大败的消息。
而苏观生也立刻向朱聿鐭建议，派人以高官厚爵招降金声桓，因为现在南京己失，金声桓不能反回江北，己是走投无路，因此招降金声桓的机会还是很大的。一但招降成功，不仅可以得到数万人马，而且还能坐收江西之地，至少也能得到江西的一部份，扩大自己的地盘和势力；另一方面，也能扶植利用金声桓，牵制住郑成功，使郑成功不能在绍武朝中一手遮天。
朱聿鐭听了之后，也觉得此举甚好，下令苏观生，立刻派人去秘密联络金声桓，商谈招降的事宜。另外按朱聿鐭的打算，如果招降金声桓不成，则什么事都沒有，也不用声张，郑成功也不会知道；而一但招降成功，则有了和郑成功分庭抗礼的资本，也不用怕他知道，并且也可以告诉天下，自己才是皇帝。因此也没和郑成功打招呼。
但无论是朱聿鐭还是苏观生，都把商家军给忘了。
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绍武朝廷的使者来到金声桓的大营之后，也向金声桓表达了招降的意图，并且说明了条件。金声桓立刻又招集王得仁等诸将商议。
大部份人都认为，绍武朝廷开出的条件显然比商家军要高得多，不仅给了金声桓泰宁公，江西巡府之职，连王得仁也封了候爵，挂福建总兵，同时还承诺对其他诸将也都各有封赏，最差也是参将。商家军的一个小小团长之职，当然是没得比了。
虽然有两个人也提出异议，认为是不是要考虑一下商家军的情绪，如果自己出尔反尓，商家军会不会答应呢？
但这个异议立刻就被众人给否决掉了，理由是商毅现在仍是明朝的大臣，一但自己归附绍武朝廷，也就成了明朝的臣子，商家军决不会再来攻击自己。因此商家军的情绪可以不在考虑范围之内。
其实金声桓未必看不出这里面的利害关系，只是这时利令智昏，想着绍武朝廷给他开出了高官重爵，加上又不想放弃军队，因此也决定改变主意，向绍武朝廷投降。于是立刻命人到福州去朝见朱聿鐭，正式请降，将江西现有的建昌、吉安、赣州、南安四府，也献给绍武朝廷。同时又派人去通知商家军，说明自已巳向绍武朝廷投降，现有地区也属于绍武朝廷了。
罗远斌接到金声桓的通告之后，也不禁勃然大怒，金声桓这不是眀明在耍商家军吗？而且江西本来就商家军志在必得的地方，商毅也有严令，不管是谁都不让，绍武朝廷算什么，只要是敢和商家军争江西，也照打不误。因此军远斌也立刻下令，出动一个师、二个旅，向建昌府发动进攻。
商家军的全体将士对金声桓的出尔反厼行为也都十分愤慨，因此人人都十分奋勇，向建昌府猛攻，而这时金声桓部早己被商家军打怕了，那里还敢和商家军交战，一见商家军杀到，立刻溃逃，金声桓和王得仁等人也收不住人马，只好放弃建昌府，退守到赣州府。
送时金声桓也没想到商家军会二话不说，立刻就动手，因为也真有些害怕了，赶忙又派人去和商家军交涉，说明自己已经投降了绍武朝廷，如果商家军继续进攻自己，那可就是和绍武朝廷为敌了。同时又派人去向绍武朝廷求救。
而接到了金声桓的交涉之后，罗远斌给他的回复是：滚出江西,就不打你，在江西一天，就打你一天，就是投降了天王老子都没用。然后立刻下令，又向赣州进攻。
金声桓这才明白过来,自己把商家军想得太简单了，也不禁大为后悔，但现在什么都晚了，自己也不可能再向商家军投降，而江西肯定是呆不下去了，因此也不等绍武朝廷那边的回应，决定先就近退到福建汀州府去再说。
原来绍武朝廷收到金声桓的求救告急之后，也十分震惊，商家军打的虽然是金声桓，但无疑也是给了绍武朝廷一记耳光，这完全就是不把绍武朝廷放在眼里，因此朱聿鐭和苏观生等人都决定马上出兵，去救援金声桓。
但现在绍武朝廷根本就没有兵马，想要出兵征讨商家军，只能去请郑成功，因此朱聿鐭立刻下令到泉州，让郑成功立刻出兵，向商家军问罪。
那知郑成功接到圣旨之后，不但没有出兵，相反还上疏绍武朝廷，称而商家军与金声桓之战，孰是孰非尚不得而知，但商家军收复南京，为大明立下盖世奇功，朝廷岂能轻易出兵问罪，何况金声桓仍是反复小人，不可信赖，更不可只听金声桓一面之辞，就冒然出兵，还请朝廷调查清楚，然后再做决议。
原来郑成功对绍武朝廷问都没问自己一声，就做出招降金声桓的决定十分不满，而且自己在福建和清军苦战十余仗，收复泉州、彰州、福宁州等地，又迎接朱聿鐭一行到闽，立下了迎架的大功, 现在也才不过连封个公爵，而金声桓只不过是在走投无路的情况下才投降，居然也被封为公爵。郑成功的政治经验虽然不足，但也清楚，这分明就是有意在针对自己，想想自己为绍武朝廷所做的事情，心里就更觉得不平衡，连手下的将士们也颇多的怨言。加上郑成功更不愿和商家军为敌，因此也就上了这一份奏疏，故意推托。
朱聿鐭接到郑成功的上疏之后，也不禁又气又悔，知道这是郑成功在表达自己的不满情绪，但一来这事情在一开始也确实是自己做得不地道，二来现在绍武朝廷也离不开郑成功的支持，因此也没有别法，只好招集苏观生等大臣，商议如何才能说动郑成功出兵。
