就在多尔衮招见洪承畴的当天, 远在数千里之外的杭州, 商毅也招集自己集团各部门的主要付责人，招开会议，讨论浙江集团下一步的发展方向。
首先要确定的，是自己集团下一步的路线，是继续以军事扩张为主，还是以恢复发展为主。在这一点上，大多数人都认为，应该暂时停止军事进攻，先恢复一段时间再说。
这一点商毅从原则上来说，也是同意，商家军的战斗力虽然强，但毕竟自己现在只有浙江一个省、山东、江苏的部份地区，基础毕竟不厚，也难以再扩大战争。因为打仗不仅仅是动用军队，同时还需要征调大量的民役，这次收复南京的战斗，投入的军队在十五万左右，而前后征调的民役却超过了四十万，而这些民役都是主要的社会生产力，被征调参战必然会影响到社会生产。虽然现在商毅还有大量的库存白银，但白银毕竟只是一种货币媒介，不能当饭吃，如果社会生产跟不上去，一样没有用。
因此先停止战争，把新占领的地区稳固下去，恢复农业生产，发展经济，积累再丰富一些，然后再进一步扩张，也符合现在的情况。而商毅也把恢复发展的时间，定在三年左右，按照现在的自己积累的行政经验、资源和经济条件，三年左右的时间，完全能够稳固住占领的地方，并且积攒下足够的物资，然后再向清廷发动进攻。
从现在的外部情况来说，南方的三个南明朝廷基本都是不思进取的货，而且只要是稍一稳定下来，首先开始的是内斗而不是对外，也不足以对自己构成什么危胁；而北方的清廷经过了这一次惨败之后，至少在五年以内，难以再对南方发动大规模的军事进攻，这也给自己提供了一段难得的停战发展时间。
当然商毅也知道，对清廷来说，也同样需要时间来恢复，双方实际上就是在比谁恢复得便快一些，更早的作好发动下一次战争的准备。不过在这方面，商毅到是有充份的信心，虽然自己最终占领的地区，可能还不到清廷的一半左右，但都是经济发达，物产丰富的地区，而且各方面的基础也比清廷要好得多，因此发展速度绝对会比清廷快，完全可以比清廷抢先一步做好战争的准备。
但恢复发展并不等于完全停止战争，首先是江北的湖北、淮南还没有取过来，无论是个战略还是经济发展的需求，这两个地区都是商毅志在必得，因此要不惜一切代价将这两个地区夺取过来。而且即使是把目前所有的自标都实现以后，在局部地区，如果出现了比较好的时机，仍然也不要放过机会，坚决出击。一方面是可以逐步扩大自己的占领地区，另一方面也是给清廷制造一些麻烦，不让他们这么轻轻松松的恢复发展。不过战争的规模尽可能的控制在一定的范围以内，在这方面由统战部来根据俱体情况来决定。
另外就是如果清廷或都是南明的势力，主动向商毅发动进攻，这种情况也不是不可能发生的，那么也就讲说不起，当然是尽全力奋起迎战了。
众官们也都同时商毅的意见，毕竟现在还是乱世期，并不是从容恢复发展，休养生息的时候，应打的时候，还是要打。
这一点通过之后，接着就是确定占领地区的行政组织结构。现在商毅的占领区大体是分两块，就是以浙江为核心，包括江苏部份和台湾、另一块就山东地区。而在行政组织结构，除了山东地区以外，其余的地方都没有省级行政，最高只到了府一级，然后由杭州行政部来统一管理。
但现在商毅实际己经占领了三个完整的省，如果实现了收复南京的后续目标，将基本占领六个省，加上山东和台湾，实际有上八个省，因此府一级的行政单位显然是不能适应现在的情况，必须建立省一级行政单位。
在中国古代，自宋代开始，由于吸取唐代藩镇割据的教训，害怕地方势力扩大，因此不在设立正式的地方省级行政单位，但为了便于地方的管理，在必要的时候，由中央临时派出官员，统管一省或数省之地，宋元时期的这种省级官员称为安抚使或宣抚使，而在明清时，则是巡府或是总督，实际就是变相的省长。
但这种官职设立的随意性仍然很大，虽然到了明中后期，各省巡府，己经成了常设职务。但从理论上说，仍然属于临时性的官职，而且官员的任职时间，地点也不固定，因此不利于地方行政的延续。同时就是巡府的设置，也不稳定，有的大省会分割出二到三名巡抚来。
因此商毅也决定，釆用后世行政区域的划分方式，依次分为：省、直辖市——市（分省会市和地级市两种）——县——乡、镇四级。而在乡、镇以下，还设村一级单位。
现在自己占领的地区，分为山东、湖南、江西、浙江四个省，南京一个直辖市，台湾暂时划规浙江省管理，而各级行政长官、行政机构的名称也沿用后世的习惯，省称省长，行政机构称为省政府，市称市长，行政机构称为市政府等。但村级单位叫村委会，建立了人民公社的村，则和为公社委员会。各级行政长官都由杭州行政部指派，不过村级由本村自行选举村委会或公社委员会。
对于商毅制定的这些行政机构，众人也沒有多大的异议，其实也就是名称区别，所谓省长、市长，也无非就是巡抚、知府换个马甲罢了。因为毕竟商毅现在还没有正式扯旗自立，还不方便使用原来的官职名称；而且如果以后商毅真的开国立朝，使用新的名称，也表示新朝的新气像，与旧朝的区别。这也是顺理成章的事情。
当然商毅制定的这些行政机构和明朝最大的不同在于，县级以下还设立了乡镇一级，乡镇下面还设有村一级。而在此前历代，最小的行政单位都是只到县一级。县以下的乡、村虽然沒有里正、乡老、亭长一类的官职，但都只能算民间组织，不属于国家干部。这也造成了中国古代国家对社会最基层，几乎是一片空白，没有任何实质性的管理。也使古代社会基层实际被胥吏、地方豪强勾结把持的局面，不仅使国家的法令难以得到很好的实施，而且还加重的基层人民的负担。
不过商毅在浙江的时候，就己经建立了乡镇——村一级的行政机构，事实也证明，这样的行政机构，对于控制地方基层，确实十分有效，不仅商毅的法令、行政都能够得以比较顺利的实施，征收税赋，征调民役等方面，都比过去有效率得多，而且也有力打击了地方豪强势力，没有了胥吏矇上欺下之后，也减轻了许多百姓不必要的负担。在这战乱的时代，商毅占领地区的百姓们依然能够保持生活充足，可以说乡镇——村一级的行政机构也发挥了相当大的作用。
因此杭州的官员们对此也并不觉得意外，相反还都十分支持这一机构的设置。同时也证明商毅不仅仅是一位兵法大家，在行政治民方面，同样也表现得非常出色。
是众人都通过了自己提出的行政组织结构，商毅也十分高兴，下面就是要确定目前四省的省长人选，然后再层层建立行政机构。而这次商毅打算采用一个新的办法来确定人选，就是投票。
各省的省长人选中，只有山东省是最没有悬念，由原山东布政使孟宏恭出任。说起来孟宏恭是商家军第三军军长杨武丞的岳父，也是最早投向商毅的明朝官员，这几年来一直都在山东地区付责民政工作，和山东地区的军事官员周少桓等人也配合得也很好，因此山东正式建省，他当然是出任省长的不二人选。
而其他三个省的省长，众人经过了一番筛选，确定了六各备选人，然后由行政部的官员进行无记名投票，最后正式确定下来，浙江省的省长由周少卿担任，江西省的省长由原来杭州府的推官兰秉浩出任，湖南省由原来山东沂水县的县丞孙成出任。
这三个人中，周少卿自然不必说，周氏一门已经成为商毅集团中占有举足轻重的地位，深受商毅的信任和重用，而且周少卿一直担任扬州知府，也干得有声有色，政绩斐然。而孙成和兰秉浩原来都是小官，在商毅入主浙江之后，都出任一地的知府，也都是行政官员中的表现得十分出色的人。因为商毅建立了完善的人事制度，也都拿得出有说服力的证据，因此这三个人，基本也是众望所归，而且行政部的各官员投票选举出来，任何人也都无话可话。
这也是商毅第一次在杭州的行政中釆用无记名投票的方式来进行决策。同时各省以下的官员，由省长提名，行政部官员投票确认。
