刘进忠投降, 也将大西军在凤凰山一带的驻军分布、虚实全部都告诉给吴三桂和尼堪。
得知这时大西军人马虽多，但的几员主将孙可望、刘文秀、艾能奇、冯双礼等人这时都不在张献忠的身边，吴三桂认为应该抓住战机，立刻出击，但尼甚对此却半信疑，又担心大西军人马众多，因此也举棋不定。
吴三桂见状，决定独自出击，在顺治三年（1646年）十一月二十六日，下令以刘进忠为向导，部将高大节率领精锐骑军，轻装疾进，出其不意，对大西军发起突然袭击。
二十七日清晨，清军隔太阳溪与张献忠的大西军相遇。面对这意外的突然来袭，张献忠率军创促应战，指挥大西军马步兵迎战清军。
中午十二时左右，吴三桂率大军赶到战场，遣部将胡国柱向大西军右翼进攻，郭壮图攻击大西军左翼。自己亲率人马，中路进攻，战斗打得非常激烈，一直打到黄昏时分，大西军终于抵挡不住，全线溃败。
就在这时，张献忠带着十几名卫士在太阳溪边督战，刘进忠为吴三桂指点道：“这就是八大王。” 吴三桂立刻下令，向张献忠齐发乱箭，在混乱之中，张献忠中箭身亡，清军大获全胜。而这时马宝、夏国相也攻克了成都。
在张献忠死后，部将孙可望、刘文秀、艾能奇、冯双礼等不敢再向陕西进军，众人合兵之后，决定以孙可望为首，率军向南，在重庆府境内，受到明降将曾英部的阻击，经过了一番激战，孙可望等人军击败了淸军，并临阵斩杀了曾英。这时孙可望本打算继续率军进攻，夺取重庆做为川中的立足之地，但这时吴三桂己命大将高大节、王屏藩率军来增援重庆，因此孙可望等人也不敢在重庆停留，率军南下，向贵州方向转移， 后来退进了云南。
而吴三桂本来就打算在四川占地割据，在占领了成都和重庆这两个四川最重要的城市之后，也忙于稳固占领地区，设将守卫，招降大西军的余部，因此也没有去追赶孙可望等人。
这时张献忠的势力基本全部都退出了四川省，而吴三桂抢占了成都、重庆、潼川、夔州等川中地区，而尼堪率领的清军占领了川北地区，而在川南地区，还有不少明朝的残余势力。而四川的战事也暂时告一段落。吴三桂和尼堪各守各自的占领区，暂时也都相安无事，并向北京的清廷报告了四川的战事经过。
玄皇教过去在四川也进行过布置，虽然沒有南方这么深厚，但也有一定的基础，打听一些基本的消息和动向，还是做得到的，现在经过了明石姬的改造之后，也都成为商毅现在的情报网络，不也四川和浙江两地，一个长江头，一个长江尾，相隔万里，其间又有千山万水，因此从四川把消息传回来，至少也要一个月以上的时间。去年十一月就发生的事情，一直到今年开年之后，商毅才收到。不过这也是没有办法的事情，离着这么远，就是用信鸽也不好使。
从时间上看, 大西军在四川败亡的时间和另一时空差不多, 不过清军占领四川的时间提前了，而且吴三桂居然真的挪到四川去了。可以说现在的局势也变得越来越复杂，当然也越有趣了。
不过四川土地肥沃、资源丰富，素有“天府之国”之称，在中国版图中的地位虽然十分重要，但由于地理位置过于偏避，交通也不便利，始终起不到决定性的作用，也有“天下未乱而川先乱，天下未定而川先定” 之话。因此吴三桂虽然占领了四川，但恐怕也难成大器。当然也不能对他掉以轻心，因为如果四川和清廷携起手来，对自己来说还是相当不利的。
商毅想了一想，对明石姬道：“我们在四川的情报人员有多少？都是以什么身份隐藏？”
明石姬道：“一共有三十八个人，现在都是当地居民，身份基本都是地方的帮会。”
商毅点了点头，道：“人数到是不少，但身份太单一了，安排一批人转换其他身份，现在清军刚进四川，百废待新，而且吴三桂一定会在川中扩军，找几个合适的人，争取打入到军中去，还安排几个人经商，这样也容易和我们联络互通，另外再安排一批新人过去。不过让他们暂时不要轻举妄动，先把根基扎牢再说。”
明石姬也点了点头，道：“还是相公想得周全，妾身实在是自愧不如。”
商毅微微一笑，道：“少给我带高帽子了，情报工作不是能一蹴而就的事情，凡事要一步一步的来，而且沒有你们以前在四川的基础，现在恐怕还是举步维艰。因此这一切也都是你的功劳。”
听到商毅的夸赞，明石姬也不禁心中窍喜，低下头道：“妾身整个人都是相公的，何况是为相公做这些事情。”
商毅又笑了一笑，把她拉到自己怀里，在她脸上亲了一下，道：“刚才我答应凤舞，今晚陪她，明天到你房里休息，好吗？”
明石姬嫣然一笑，双手勾住商毅的脖子，道：“明天妾身一定洗得香喷喷的，迎候大人。” 然后也在商毅的脸上亲了一下，这才起身飘然而去。
等她走了以后, 商毅也不禁苦笑了一声, 看来老婆多了, 也不一定就是好事, 每个人都需要安抚，那些穿越的前辈们的老婆都是两位数以上起步, 是怎么过来的呢。
就在第二天，从北京也传来了消息，清廷作出几项重大的人事变更，首先是摄政王多尔衮病重不能理事，由礼亲王代善出面，代行摄政事务；洪承畴因为江南督师不力，败军辱国，但估念其对大清一片忠心，平时素有功劳，因此令其戴罪立功，出任屯田大使，责任陕北、甘肃等地的军屯事务。而郑亲王济尓哈朗从辽东调回北京，奉命南下总督湖广、河南、山东军务。
付责屯田工任，其实是一个苦差事，由其是陕北、甘肃都是屡遭战乱的地区，不少地方的田园荒芜都在十几年以上，没有十年的功夫，很难见到大成效，因此让洪承畴干这个差事，也可以看作是对他变相的一种惩罚，当然让洪承畴出任屯田大使，实际是一个幌子，其由是付责军屯，其实就是让洪承畴借机训练新军，否则在朝廷里交待不过去。
不过虽然洪承畴为多尔衮承担了败军的责任，但毕竟现在多尔衮才是清廷话事人，而且这一次南征也是多尔衮一力主张策划的，因此南征失利之后，也连带多尔衮的声望大跌，满州贵族中有不少人对他都颇多微词，同时多铎战死，也是多尔衮阵营的一个重大损失，一些过去受多尔衮压制的势力也都看到了机会，开始蠢蠢欲动，企图把多尔衮扳倒，取而代之。
郑亲王济尔哈朗也就是其中之一，虽然这时济尔哈朗人在辽东平乱，但也遥遥指挥着一些党羽，在北京上下活动，不断拉陇其他反对多尔衮的势力，借这次战败之机，打击多尔衮，为济尔哈朗造势。而且济尔哈朗本身，也还有一定的实力，因此其他一些人也都附庸在济尔哈朗周围，摇旗纳喊，为他助威造势。
但多尔衮毕竟是掌权多年，势力根深蒂固，虽然元气大伤，但仍然不可轻动，而且两宫皇太后也十分清楚，现在清廷还需要多尔衮坐镇，因此双方又结成了暂时的同盟。
不过现在济尔哈朗的攻势咄咄逼人，多尔衮暂时还不能与其正面交锋，因此也想出了一个以退为进的办法，以病重不能理事为由，趁着济尔洽朗在辽东平乱，把一向不管事的代善推到前台来当幌子，而多尔衮退到背后来操纵一切。以代善在清廷的资历, 由他接替多尔衮代理摄政事宜, 谁也说不出反对的意件来。而且代善年事己高，本来就不大理事，朝野上下又尽是多尔衮的党羽，又有两宫皇太后的支持，也不怕代善会趁机夺权。
代善推辞不过，只好答应出头来代理摄政事宜，不过他也十分清楚自己的位置，因此但一切行政事务，实际通过何会洛，都是按多尔衮的意图来办。结果多尔衮不仅避开了现在的众夫所指，而且也断绝了济尔哈朗的执政希望，还能够继续把持着朝中的大权，实在是一石三鸟。济尔哈朗的攻势虽然看似凶猛，却是一拳打在棉花上，浑不受力。
而多尔衮在化解了济尔哈朗的进攻之后，也立刻展开反击，因为按洪承畴所说，既然湖北、淮南之地很难保全，那么这个败仗就让济尔哈朗去吃好了。因此多尔衮就把济尔哈朗调到南方去总督湖广、河南、山东军务。
一但等到济尔哈朗丢失了湖北、淮南之地以后，恐怕也没有资格再闹腾下去了，而到了那时，多尔衮也就可以宣布病愈复出，重新走到前台来。
