老人严厉地看儿子一眼，使他不敢把话说完，然后叹了口气，很伤心地说：“我教你半生，竟不能使你成为君子之儒！读圣贤书，所学何事？遇到大关节处，竟然患得患失，亏你还是我的儿子！”
刘汋垂手而立，低着头，不敢看父亲，虽然心中实认为父亲过于固执和迂阔，但也只得喃喃地说：
“请大人不要生气。儿子见道不深，一时错了。”
“你不是见道不深，而是根本没有见道。以后好生在践履笃实处下功夫，不要光记得书上的道理。坐下去，听我口授，写！”
等儿子坐下以后，刘宗周没有马上口授疏稿，忽然伤心地摇摇头，用沉痛的浙东口音朗诵出屈原的四句诗：
余固知謇謇之为患兮，
忍而不能舍也。
指九天以为正兮，
夫惟灵修之故也。
停了片刻，他把已经想好的一些意见对儿子慢慢地口授出来，而一经出口，便成了简练有力的文章。虽然他提不出一个裕饷强兵的建议，但是他的每一句话都指出了当时朝廷所推行的有害于民、无救于国的政令和积弊，许多话直率地批评到皇帝身上。过了一阵，他停下来望着儿子问：
“都写了么？”
“都写了。”刘汋实在害怕，随即站起来看看父亲的激动神色，大胆地问，“大人，像这样责备朝廷的话敢写在疏上么？”
“只要有利于国，为什么不敢说？咳，你又怕了！”
全疏口授毕，他叫儿子从头到尾慢慢地读一遍，修改了一些用字和句子，又口述了贴黄内容，然后叫儿子拿出书房请门客连夜誊清。
曹化淳每天黄昏前照例要进宫一趟，把崇祯所需要知道的事情秘密奏闻。有时没有重要事情，他就把侦事番子们所禀报的京师臣民的私事告诉皇帝，而崇祯对臣民的隐私细故也很感兴趣。现在崇祯望着跪在面前的曹化淳，问道：
“你知道黄道周这个老家伙在狱中说些什么话？”
曹化淳回答：“据侦事番子禀报，黄道周抬进镇抚司时，看见狱门上有‘白云库’三个字，叹口气说：‘这是周忠介和周宗建两先生死的地方！’”
“可恶，他把自己比做周顺昌他们了。还说了些什么话？”
“他进狱后又说了一句话，奴婢不敢奏闻。”
“他又说了句什么话？你快说出吧，我不罪你。”
“他说：‘皇上是尧舜之君，老夫得为关龙逢、比干足矣。’”
崇祯大怒，把御案一拍，骂道：“可恶！这个老东西把朕视为桀纣之君，真真该死！该死！”
“请皇爷息怒，不要同他一般见识。”
“刘宗周在做什么？都是什么人前去看他？”
“听说刘宗周回家以后，闭门省愆，谢绝宾客。有些同僚和门生前去探问，他全不接见。”
“哼，他只要畏惧知罪就好。我等着他如何回话！”
晚膳以后，他考虑着对黄道周如何处治。他曾经想过将黄道周移交刑部以诽谤君父的罪名问斩，但随即觉着不妥，那样，不但会有许多人上本申救，而且他自己在史册上将留下杀戮儒臣的恶名。反复想了一阵，他忽然有了主意，就在一张小黄纸条上写道：
黄道周、叶廷秀，即予毕命，只云病故。谕吴孟明知道！
他把这个密谕看了看，外加密封，叫一个亲信的御前太监马上去亲手交给吴孟明，不许让任何人知道。
吴孟明将传密旨的太监送走以后，一个人在签押房中盘算。他想，如果把黄、叶二人在狱中害死，他不但生前受举国唾骂，死后也将遗臭万年。况且，皇上的脾气他非常清楚：做事常常反复，自己又不肯落半句不是。倘若过些时朝局一变，有人替黄道周和叶廷秀鸣冤，皇上是决不会替他吴某受过的。到那时，他怎敢把密旨拿出来替自己剖白？这太可怕了。思前想后，他决定暂不执行。当夜他写好一封密疏，五更时派长班到会极门递进宫中。疏中有这样的话：“即令二臣当死，陛下何不交付法司明议其罪，使天下咸知二臣死于国法？若生杀出之卫臣与北司，天下后世谓陛下为何如主？”天色刚明，他就找曹化淳去了。
在崇祯朝，锦衣卫和东厂都直接对皇帝负责。但吴孟明认为曹化淳毕竟是皇上的家奴，所以对曹处处表示尊敬。遇到有油水的大案子，他受贿多了，也不惜分给东厂太监。另外，东厂的把柄很多，瞒不住吴孟明，所以曹化淳也怕得罪了他。现在听吴孟明谈了情况以后，曹化淳答应亲自进宫去探一探，如果皇上对吴不满，他就设法相救。
吴孟明的密奏打中了崇祯的忌讳。崇祯一心要让后世称他为圣君，为英明之主，像这样命锦衣卫暗中害死两个儒臣，载之史册，确实不算光彩。可是昨天黄道周廷争的倔强劲儿，实在使他痛恨，而叶廷秀竟敢替他说话，也不可饶。他正在沉吟，曹化淳进宫来了。崇祯问他：
“曹伴伴，你同吴孟明常来往么？”
“只有公事来往，并无私人来往。”
“朕想问你，吴孟明这个人办事如何？”
“俗话说，知子莫若父，知臣莫若君。陛下天纵英明，烛照幽隐，自然对吴孟明十分清楚。据奴婢看来，吴孟明倒是个小心谨慎、肯替陛下做事的人。”
“你知道吴孟明受贿么？”
曹化淳心中吃惊，说道：“历朝锦衣卫使，不受贿的极少。自陛下登极以来，历任锦衣卫使尚不敢干犯法纪。奴婢也曾密饬侦事人暗中访查，尚未听到吴孟明贪贿情节。既然皇爷问起，奴婢再多方密查就是。”
崇祯没有做声。曹化淳也不敢多说一个字。他一走，崇祯就派亲信太监去把密旨要回，由他亲自烧毁。
他决定把黄道周和叶廷秀的案子暂且撂下，让他们在镇抚司狱中吃苦，不杀也不放。想着近来自己肝火很旺，上朝时容易暴怒，有时对臣工拍案喝责，还有些事处置时不暇三思，事过不免后悔，所有这些传到后世都会是“圣德之玷”，他就把王德化叫到面前，说道：
“你派人到翰林院去，把近两年的《起居注》取进宫来，替朕好生看看。倘有记得不实之处，务必仔细改正，以存信史。”
王德化完全懂得他的意思，奏道：“皇爷是尧舜之君，敬天法祖，勤政爱民，可为万世人君楷模。倘史臣有记载不实之处，奴婢自当谨遵钦命，细心改正。”
崇祯又想了想，说：“你替我传谕史官们，国家大政，有内阁红本及诏谕在，日后修实录可为依据。从今日起，这《起居注》不用记了。”
王德化走后不久，刘宗周的奏疏就送到了崇祯面前。他拿起奏本，在心中说：
“哼，这个本到如今才送进宫来！我倒要看看你怎样回话！”
崇祯没有料到，刘宗周在疏中不但不引罪自责，反而批评了朝廷的许多弊政，甚至直接批评了君父。他批评皇上经常用诏狱对待臣民，失去了“好生之德”。在政事上不顾大体，苛求琐屑末节，使政体挫伤。对地方官吏不问别的，只看完不成钱粮的就予以治罪，于是做官的越发贪污，为吏的越发横暴，逃避田赋的情况越发严重。对百姓“敲扑”繁多，使民生越发凋敝。用严刑峻法和沉重聚敛苦害百姓，所以盗贼一天比一天多。在军事上，他批评皇上派太监监视军务，使封疆之臣没法负起职责。总督和巡抚无权，而武将一天比一天怯懦。朝廷勒限平贼，而军中每日杀良冒功，老百姓越发遭受屠戮。他最后恳求说：
速旌死事督臣卢象升而戮误国奸臣杨嗣昌以振纪纲。释直臣黄道周以开言路。逮一贯杀良冒功之跋扈悍将左良玉以慰中原之民心。停练饷之征，下罪己之诏，以示皇上维新之诚。断和议之念以示有敌无我。防关以备反攻。防通、津、临、德以备虏骑南下。
崇祯看完奏疏，不觉骂了一句：“该死！”这一段奏疏中最刺痛他的话是要求他“下罪己之诏”。他想，国势如此，都是文武诸臣误国，他有什么不是？难道十三年来他不是辛辛苦苦地经营天下，总想励精图治，而大小臣工辜负了他的期望？另一刺伤他的话是关于同满洲议和的问题。刘宗周像黄道周一样竟然使用“和议”二字，这是有意刺他，而且不但替已死的卢象升说话，还想阻挠今后再同满洲进行“议抚”，反对他的谋国大计。盛怒之下，他提起朱笔，在刘的奏疏后边批道：
刘宗周回话不惟无丝毫悔罪之意，且对朝廷狂肆抨击，对黄道周称为直臣，为之申救。如此偏党，岂堪宪职？着将刘宗周先行革职，交刑部从重议罪！
阁臣们和刑部尚书、侍郎等进宫去替刘宗周恳求从宽处分，情辞恳切。随后辅臣们也一起进宫求情，反复劝谏。崇祯的气慢慢消了，只将他“从轻”处分。
经大臣们尽力营救，次日早饭过后，刘宗周接到了削籍的“圣旨”。大臣削籍，本来可以一走了事，用不着去午门前叩辞皇帝，称做“辞阙”。但是刘宗周尽管对朝政十分失望，对皇帝却怀着无限忠心。他想着以后很难再回朝廷，担心生前会遭逢“黍离之悲”，于是就换上青衣小帽，到午门前边谢恩。他毕恭毕敬地跪在湿地上，向北五拜三叩头，两行热泪夺眶而出。
朝中的同僚、属吏、门生和故旧，纷纷赶到公馆看他，还要为他饯行。他一概不见，避免任何招摇。在他去午门谢恩时，已经吩咐家人雇了一辆轿车在公馆后门等候。这时他同夫人暗暗地走出后门，上了车，出朝阳门赶往通州上船。
运河上黄水暴涨，浊浪滔滔。幸喜新雨之后，炎热顿消，清风徐来。他穿一件半旧的湖绉圆领蓝色长袍，戴一顶玄色纱巾，像一般寒士打扮，坐在一只小船上，悠然看着两岸景色，对夫人说：“我常想回蕺山书院，今日蒙恩削籍，方得如愿！”绍兴北乡蕺山一带秀丽的山光水色，那些古老的寺院和王羲之的遗迹，从前师徒们读书论道的生活，历历浮现眼前。过了一刻，他想起来黄道周和叶廷秀尚在狱中，又想着自己一片忠心报主，竟然削籍而归，忧国忧民的心愿付之东流，不禁心中刺疼。在离开午门时，他曾经于感怀万端中想了几句诗，现在他就磨墨展纸，提笔足成七律一首：
望阙辞君泪满祛，
孤臣九死罪何如！
常思报主忧怀切，
深愧匡时计虑疏。
白发萧萧清禁外，
丹心耿耿梦魂余。
蕺山去国三千里，
秋雨寒窗理旧书。
他把这首诗琅琅地读了两遍，加上一个《谢恩口占》的题目，交给夫人去看。他心中明白：各地民变绝无办法扑灭，杨嗣昌必将失败，以后局面更难收拾，他回家乡后未必能过著书讲学的安静生活，说不定会做亡国之臣。他也明白：倘若不幸国破君亡，他素为“纲常名教”表率，到时候只能为国尽节。于是他手扶竹杖，独立船头，向着昌平十二陵一带的山色凝望。
崇祯常常疑心臣下结党。当刘宗周走的这天，东厂和锦衣卫的侦事番子布满在刘宅附近以及运河码头上。刘宗周从通州开船之后，曹化淳和吴孟明分别将他出京的情况面奏崇祯。崇祯这才放了心。他向吴孟明问：
“薛国观离京了么？”
吴孟明回奏：“薛国观今天早晨离京，回他的韩城原籍，携带行李很多。他系因贪贿罪削职回籍，所以朝中同僚无人敢去送行，只有内阁中书王陛彦前去他的住宅，在后门口被守候的锦衣旗校抓到，下到镇抚司狱中。”
崇祯说：“要将这个王陛彦严刑拷问，叫他供出薛国观的纳贿实情。凡平日与薛国观来往较多的朝臣，都须暗中侦明他们是不是也通贿了。”
吴孟明退出后，他重新考虑着军饷问题，绕着乾清宫的柱子不停走动，自言自语地说：
“军饷，还得用借助办法。李国瑞的家产已经抄没了，下一次叫哪一家皇亲开头呢？”
