初，诏责总督玉德历年废弛，致贼氛日炽；且福建水陆官兵七万有余，调渡台者不过三、四千，岂能灭此二万有余之贼？特命成都将军德楞泰佩钦差大臣关防，调四川兵三千赴剿；将军赛冲阿副之。会蔡牵为李长庚败走，乃罢德楞泰之行，惟赛冲阿至台湾。先是，贼塞鹿耳门，惟二汕、二港尚通小舟。长庚扼南北二汕外，别以小澎船五十，令总兵许松年、王得禄由大港绕安平港入，攻之，焚获三十余船，俘贼千余。水陆并进，连五战皆破贼。二月朔，复尽焚洲仔尾之栅与南汕来袭之船。贼大败，困守北汕，如兽在阱。会七日风潮骤涨，北汕所沈舟为风浪掀起漂去，贼夺门出。官兵追截其船十余，卒以闽师不助扼各港，长庚所将水师仅三千余，故贼竟遁去。长庚奏言：蔡逆未能歼擒者，实由兵船不得力、接济未断绝所致。臣所乘之船较各镇为最大，及逼近蔡牵坐船，尚低五、六尺，其余诸镇之船更为不及。曾与三镇总兵愿预支养廉捐造大船十五号，海门、金坛二镇亦愿捐造十五号，而督臣以造船需数月之久，借帑四、五万两之多，不肯具奏。且海贼无两载不修之船，亦无一年不坏之杠料；桅柁折则船为虚器，风篷烂则寸步难行。乃逆贼在鹿耳门窜出，仅余三十船，篷朽硝缺，一回闽地装篷燂洗，焕然一新，粮药充足。贼何日可灭？五月，上褫玉德职，逮问治罪；以阿林保代之。闽文武吏以不协剿，不断岸奸惧获罪，交谮长庚于阿林保；阿林保三疏密劾之。浙抚阮元以忧去，上密询浙抚清安泰。清安泰奏言：长庚熟悉海岛形势，忘身殉国，故贼中有不畏千万兵，只畏李长庚之语，实水师诸将冠。奏入。至是八、九两月，上切责阿林保甫莅任旬月，即专以去长庚为事；倘朕轻信其言，岂不自失良将？嗣后剿贼事责成长庚一人，阿林保倘忌功掣肘，则玉德即其前车之鉴。并饬造大同安梭船六十号，其未成以前，先雇大商船备剿（圣武记）。
十月，起阮元署福建巡抚。
阮元以病解任，调张师诚为福建巡抚（以上东华录）。
李长庚追蔡牵于粤海，歼其侄蔡天来之船。
李长庚击蔡牵于闽之浮鹰岛（以上圣武记）。
十二年（一八〇七）二月，移建福建凤山县城。
以程祖洛为闽浙总督。
七月，赈澎湖厅风灾，缓征新旧额赋及杂款银。
九月，福州将军赛冲阿奏：官兵在鸡笼洋截剿朱濆，大获胜杖。得旨嘉奖（以上东华录）。
十二月，浙江提督李长庚剿贼蔡牵于黑水洋，死之。长庚率福建水师提督张见升等追牵，穷其所向，至黑水外洋。牵仅三舟，长庚击破牵舷蓬，又自以火攻船，维其后艄；贼急发艄尾一炮，长庚中喉而殒。张见升望总统船乱，遽麾舟师退，牵乃遁入安南。事闻，朝廷震悼，追封壮烈伯，谥忠毅；命原籍同安县立专祠。以裨将王得禄、邱良功嗣其任，勉以同心敌忾，为长庚雪雠（雷塘庵弟子记、圣武记）。
十三年（一八〇八），闽浙总督阿林保奏：拏获蔡牵义子蔡三来等（东华录）。
七月，浙江副将项统会同闽师由闽回浙，在韭山洋遇朱濆，攻之；获船一只，生擒七名。朱濆即窜回闽，旋被闽总兵许松年轰毙，其弟渥代领其众（雷塘庵弟子记、圣武记）。
八月，蔡牵窜回闽，提督何定江穷追入闽（雷塘庵弟子记）。
浙洋凤尾帮盗首张阿治母弟皆在福建惠安县，总督阿林保系其母弟。阿治屡被浙江剿蹙，乃率余盗四百七十余名、难民九十八名、炮八十六门赴闽投诚（雷塘庵弟子记）。
十四年（一八〇九）正月谕：阿林保等覆奏查明泉州粮价较贵缘由：据称漳、泉地方向赖台米接济，近年洋匪未靖，台湾商贩较少，泉州米价稍昂，委无通盗济匪情事。见在蔡、朱二逆常到淡水一带劫掠商船，该逆劫得一船，即用之不尽，往往放回勒索，其无须内地米粮已可概见等语。杜绝接济一事，食米最为要务。该督、抚等频年查办海口接济，于台湾贩米从未加意筹及，何以杜绝蘗芽，使之净尽？务即妥办，以清盗源。又另片奏查勘蛤仔栏地势番情另行酌办一节，蛤仔栏北境居民见已聚至六万余人，且于盗匪窥伺之时，协力备御、帮同杀贼，实为深明大义；自应收入版图，岂可置之化外？况其地膏腴，素为贼匪觊觎；若不官为经理，妥协防守，设竟为贼匪占踞，岂不成其巢穴，更为台湾添肘腋之患乎？着该督、抚熟筹定议，应如何设官经理，或用文职、或驻武营，随宜斟酌，期于经久尽善为要。再，梁上国折内叙及蔡逆贼船进至苏澳港之时，先已率众上岸，有该处番人与斗，居民吴氏擒获数贼，始惊溃而去。嗣朱逆复又窜往，亦经居民与官军夹攻败贼等语。该处居民见官兵剿贼，郎知如此出力，着即详查，加之奖赏（东华录）。
八月，浙江提督邱良功、福建提督王得禄、海坛总兵孙大刚、黄岩总兵童镇升探知蔡牵在宁波洋，各兵船连夜接续向北。初五日黎明，童镇升首先追及。守备武定太等攻获一船，生擒王乌等五十一名，斩取首级十颗。牵回衢港，窜往外洋。十一日，牵由象山潭头外洋往南。提督邱良功等在北洋搜寻，无牵踪迹；闽师回闽堵剿朱渥，浙师专剿牵。十五日，由普陀挑带兵船，先后穷追南下。十七日，邱良功等追及牵于台州鱼山外洋，从上风攻系，贼船东南遁。童镇升船被盗炮折桅，王得禄舟师亦至齐攻，毙贼无算。十八日，转战至温州黑水外洋，闽、浙船仍据上风，合围火攻，牵坐船破漏沈海，及其二妻一子同时毙没。王得禄晋封子爵，邱良功晋封男爵（揅经室二集、雷塘庵弟子记、圣武记）。
案圣武记作牵自知无救，乃举炮自裂其船。
十五年（一八一〇），设噶玛兰通判；自远望坑迤北而东至苏澳止，计地一百三十里（沈文肃公奏议）。
十九年（一八一四）三月，以陈预为福建巡抚。
五月，以王绍兰为福建巡抚。
二十二年（一八一七）三月，以董教增为闽浙总督。
五月，以史致光为福建巡抚。
二十四年（一八一九）五月，调李尧栋为福建巡抚。
六月，以吴邦庆为福建巡抚，调李尧栋为湖南巡抚。
九月，调韩克均为福建巡抚。
宣宗道光二年（一八二二）正月，以叶世倬为福建巡抚。
八月，以赵慎畛为闽浙总督。
三年（一八二三）正月，叶世倬以年老休致，调孙尔准为福建巡抚（以上东华录）。
是年，台湾鹿耳门内数十里海面，忽变成陆地（后湘二集）。
四年（一八二四）十月，命台湾道兼管台营水陆官兵（东华录）。
初，总督赵慎畛以台湾入籍一百四十年，奸民十一起，浮动好乱，生齿日繁，所在多游手，非械斗则为盗，慎选守令；以福州府方传穟署台守，一时台湾道孔昭虔、台县李慎彝、凤山县杜绍祁、嘉义县王衍庆、淡水厅吴性诚、噶玛兰厅吕志恒皆有声。五月间，凤山县打鼓山鸣园竹生花；七月逢闰。民间以为昔林爽文反，有此兆，讹言间起。台防同知缺，杜绍祁代之。署凤山县者，刘功杰也，颇锐意捕盗。未几，而许尚之事起。许尚者，凤山广安庄人，业卖槟榔；素结诸无赖，群盗悦之。为乡保所告，惧捕，遂与所善蔡双弼、张仔来、高乌紫、王曾、杨良斌、沈古老、徐红柑、林溪及番入潘老通谋反。其党甚众，期于十月十一日集议，先攻下淡水县丞署、次攻埤头，遂及郡城；苦无赀，先肆劫掠。传穟闻盗，檄县急捕。尚将起事，其庄人刘黄中微闻其谋，留诸家，劝之，不使尚出。功杰捕尚及良斌不得，焚其居，迹至黄中家。十三日，遂以尚献，械系驰送于郡。传穟亲讯之，得其反状；言于镇道曰：『许尚之党俱在，事破必速乱，埤头无城，不可守也。刘令初仕，其参将又懦，宜增兵防。且台地匪民所在啸聚甚易，曩者南路有事，则北路起应；北路有事，则南路骚动，郡兵常苦为所掣。今宜及未起，速备北路，俾我得专力于南』。镇、道皆然之。乃密饬嘉、彰、淡水为备。时苦积潦，郡城、嘉义城垣皆圮，急缮治之；而使绍祁偕县丞丁嘉植、都司翁朝龙以郡兵二百协守埤头。埤头者，凤山县治也。旧县毁于林爽文，移治埤头，仅树竹围，又毁于蔡牵，故虑之。至则民间已纷言贼起，争避郡城，然莫知贼所在。营、县日出清庄，捕贼十余人；最后得其军师林溪。许尚之被获也，其党将散，杨良斌不可，众乃推良斌为首，聚议黄梨山中。良斌制刀杖旗帜，使潘老通借炮于其舅番通事潘巴能。以林溪为军师，王曾为都督，领红旗；李川、郑荣春为正副先锋，领乌旗；蔡双弼以下皆为头目。分招贼众，期二十四夜攻埤头，戕官据地，即乘胜攻郡城。使徐红柑自台湾、沈古老自嘉义各招其党并起；又使吴赐潜入郡城，结匪民内应。约既定，二十一日，林溪至埤头市五色绸制旗。溪故县中白役侦贼者也，阴为贼主谋，官所往贼先知之，故其谋甚密。溪市得绸，使人持往，已将饭而后行。其母诘知出首，故获之；讯未即服。良斌见获溪，不待众集，二十二夜遂以贼数百人分西北两路攻埤头，杀苦苓门汛兵，自竹围隙处以入。埤头先有备，绍祁、功杰守县署，朝龙、嘉植守仓。贼先至仓，朝龙挥兵击之，伤毙二贼。贼燃大炮不震，遂败走。其县前贼已砍栅门将入，亦为乡勇击退。参将某闻贼，拥兵火药库不出。翼日，语朝龙曰：『贼虽败，必且大至。埤头仓署皆不可守，火药库有土垣，四面阻水；昔蔡牵攻不能破，可速据此』。朝龙惑之，遂移兵入。文官相率随入，民大惶惧奔逃，奸人乘间抢掠。塘报兵又为贼杀，道路遂梗。二十三夜，郡中闻警，乃议昭虔、慎彝以城守左营及安平水师兵守郡，传穟与署台镇赵裕福、中营游击杨俊督师援凤山。许尚犹在府监，斩之而后行。时郡中讹言四起，人心震骇，绅士韩高扬、黄化鲤等入见传穟，请方略。传穟曰：『凤山虽一隅，距郡城百里，贼朝发可夕至也。恐有奸宄应之，宜固根本。今郡城垣坏，漏夜筑之，两日可竣。城内外街市多立木栅，君等率丁壮随李令日夜亲巡，城上分布兵勇。安平副将率水师六百人驻西城外蝼蛄石，以卫商行为犄角；城内设劲兵三百人擐甲露宿，足为策应。各衙门及绅士家皆募乡勇以收游民，无使助贼。惟大兵南下，贼必溃走，当遏之勿使越入郡境。已饬台湾、嘉义营、县分屯兵勇，扼其要隘。且令各庄耆简壮丁相为守援，土贼不得往应，则吾事济矣』。或请闭郡八门，曰『不可。南路难民避贼者日数千，至不能无纳。且毋使北路谣传郡城被困，启奸人心也。道试甫毕，各学官俱在，率兵役守门，稽出入而已』。众悦，守备遂严。二十四日，镇将兵起；传穟部署毕，二十五日亦以兵二百、乡勇二百继之。经阿公店，南北适中地也，民居颇稠；留兵勇二百人，使训导谢代埙驻之，以扼其冲，道乃通。二十六日至埤头，撤功杰，使绍祁回任；署镇亦撤其参将，以朝龙代。传穟乃督民夫，增补竹围，绕围浚深沟，中插竹签。招抚逃民，谕各乡守庄捕贼；其先受贼约，能自首者免罪。绍祁更募乡勇八百名，以四百人守埤头、四百人偕官兵捕贼。县役中有通贼者不敢动，而颇自危；绍祁大度，示之不复穷究，反侧遂安。贼自埤头走黄梨山竖旗招众；镇将初至，不测贼众寡，又以负险，颇患之，未遽击。既而各路兵屯乡庄受府县约束，阻守要隘甚密，所在匪民观望待起者不下数千，贼不能通。至是，竟无敢应者。嘉义贼将自内山潜至，扼于王、李二令，皆散走。吴赐至郡城，为慎彝获诛。新授台湾镇蔡万龄亦至。良斌见众不集，大惧，其党乃离；兵勇进攻之，遂溃。传穟、绍祁亟悬重赏捕贼，王曾、李川、蔡双弼以下全获伏诛。良斌驾小舟入海，逃至彰化，县令李振青获之送郡，南路遂平。是役也，自许尚起及竣事仅一月，不烦内兵，不使贼蹂躏闾阎，南路办贼，北路宴如；凡用饷银数万，皆筹款补给，不费帑金者，郡县得人之效也。奏入，上大嘉之曰：『方传穟总司筹办，悉协机宜』；特赏花翎。镇、道以下，各从优议叙。明年，乃建凤山县城于旧治（东槎纪略）。
五年（一八二五）九月，闽浙总督员缺，着孙尔准补授。韩克均着调补福建巡抚；未到任以前，着孙尔准兼署。
六年（一八二六）五月，改福建彰化县海丰港口归嘉义县笨港县丞辖，乌石港口归头围县丞辖。
六月谕：孙尔准奏台湾嘉义、彰化地方有匪徒纠众焚抢，系贼匪李通与粤民黄文润挟嫌纠斗起衅。数日之间，即蔓延两邑，纠伙甚众，竟敢抗拒官兵。尔准即驰往查办，饬镇、道出示晓谕，散其党与。并檄调副将邵永福等带兵在艋舺堵御，防其北窜；并调总兵陈化成带兵会同许松年、蔡万龄三面兜擒。
