十九年（一八九三）九月，台湾府陈文騄、彰化县俞秉焜购获施庆、杨中成。鹿港游击赖望云围许得龙于大安港三昼夜，疲极始获。并送台北，提王焕当堂研讯，斩之。施九缎前三年在浸水庄病故（施案纪录）。
二十年（一八九四）五月，邵友濂奏请添设云林县林圯埔分防县丞一员。
邵友濂奏请于台北府属大嵙崁地方，南雅山下设分防同知一员，管束社番，兼捕盗匪，作为冲繁难调要缺，名曰台北府分防南雅理番捕盗同知，以淡水、新竹两县沿山地界归该同知管辖（以上东华录）。
六月二十三日，中国舰队与日本战于丰岛。八月十八日，战大东沟，败绩，海疆戒严。台湾悬海外，为东南洋屏蔽，朝命福建水师提督杨岐珍、广东南澳总兵刘永福率师渡守。巡抚邵友濂调南洋南琛、威靖两兵输至台。七月，永福率广勇两营至，增募六营成八营，仍称黑旗。八月，岐珍统所部十营至。兵稍集，乃令提督张兆连率十三营守基隆，以扼社寮、顶石角、小基隆炮台；道员林朝栋统十营守狮球岭，筦狮球岭炮台；提督李本清统所部七营守沪尾。本清本驻中路新竹、知府朱上泮本驻沪尾，至是移上泮守中路。本清又与藩司唐景松交恶，本清求去；乃以提督綦高会守沪尾。未几，复以提督廖得胜易高会。匝月间，沪尾凡三易将。又改令上泮往澎湖，偕总兵周镇邦以守；而以台绅主事邱逢甲率土勇守彰化、新竹。友濂闻北洋诸将败溃入边，凤凰、九连诸城相继不守，虑兵祸将及，大惧（让台记）。
调邵友濂署湖南巡抚，以唐景松署福建台湾巡抚。景松既署台抚，调刑部主事俞明震（事在甲午十一月）、副将陈季同（事在乙未二月）先后至（东华录、让台记）。
二十一年（一八九五）正月，邵友濂奏饬聂缉规驰沪办理台湾后路转运。
台湾凤山县旗后南岸炮台火药失慎（以上东华录）。
唐景松令副将黄义德、督弁吴国华挈银二十万两内渡，至广东募勇。义德粤人，国华本粤洋盗；知县唐镜沅介诸景松，谓其大侠知兵，景松信之。初，景松以道员与永福同军事于粤西，后积不相能；至是，移永福军于台南，会台南镇总兵万国本守南路；景松自任守台北。自张兆连一军以外，专倚广勇。命知县胡友胜统广勇守狮球岭，而移林朝栋守中路彰化（让台记）。
二月二十八日，日人取澎湖。初，台湾戒严，当事檄知府朱上泮率勇丁戍澎湖。上泮以澎湖绝地，不愿行，强而后可。抵戍数月，即闻朱营缺额甚巨，巳查办得实，撤差看管；不知用何术，而事骤解。澎湖镇总兵周镇邦者，本水师宿将；初以安平副将守炮台，颇得力，擢总兵，调澎湖总兵，统营七。镇邦概不以营官委人，自居之，窜其名与子若婿。天南炮台统带者，初亦镇邦自为。二十四日，日本船至，乃委某为之。某以二十五日受任，人为之危；某慷慨自若，不知其早有定见也。日本船十二艘以二十七日攻妈祖宫，拱北炮台统带官臧某御之甚力，发巨炮，日舰受伤；又一舰搁浅，胁之走。喧传击沉日舰二，受创二。上泮遽以电告，景松以银二万两犒军，保上泮道员。而日兵巳别于文良巷登陆，营官林福喜率四百人御之，日兵受创甚，然终不敌。时兵弁方争赏金互哄，上泮素不恤士，饟银至逾两月不发；以其半存私舍，以其半寄绅士某家。勇丁抢赏银后抢粮台，又分抢其存寄银立尽，遂溃；先至鹿港者，皆腰缠累累。镇邦、上泮皆不战，由澎湖后路遁，实以重金预雇民船也。二十八日，日兵入澎湖城。天南炮台管带某者，闻日兵至，挟炮门炸钉为信，叩军门降；水雷管带某亦撤水雷降。西屿者，在澎湖之西，另岛不相属，实为澎湖屏蔽；故设炮台二、置炮七，照海塔灯亦在是，某西人司之。统领提督刘姓率三营驻此，以番银五百五十圆雇民船遁，时二十九日也。越三日，日本人始至。有陈连陛者，闽人，曾入北洋水师，至克虏伯厂购炮，故习拆炮、装炮诸技。愤利器之委于敌也，偕伺塔灯西人拆之；凡炮械之有关紧要者，悉毁埋之，偕西人至厦门（西人言于税务司，税务司又言于水师提督黄少春云）。上泮以伪伤免罪，镇邦得严议（无暇逸斋文钞、让台记）。
三月，李文奎击杀中军方副将于巡抚署。文奎原直隶保定游匪，从淮军渡台，得保外委，充抚辕亲兵。时方副将为武巡捕，文奎犯禁令责革，仍转事中军副将黄义德，充什长；义德募勇往广东，以方副将署中军，文奎又以事责革去，遂思乱，其党布城中及抚署内外。是月二十五日午后，景松之婿余姓者内渡，令勇丁舁其装出，将入船；文奎率党十余人持刃劫于道，勇丁逃，文奎令其党安置掠物关帝庙，而自追勇丁，直入抚署门。方副将出，喝曰：汝欲反耶？文奎径砍其头。方副将抱头返奔入门，已踣。中军护勇时屯署内，将应文奎，争出栅放枪，盖以为号也。帮带某见事急，自闭营门，并闭署门。景崧闻变，不知颠末，先遣差官出询；甫及仪门，已中刃返奔。文奎徒党追及堂皇，将入杀景崧。适景崧盛服出，遇于堂皇；其徒猝见巡抚，矜持，手不能下，谬请安侍立，云无事无事。景崧奖以有胆，命出为周旋。知府管元善闻变，奔告杨岐珍。岐珍率一营至，喝开抚署门，与乱党对施枪炮；中伤百姓甚伙，死者十余人。先是，景崧闻文奎徒党众，将令，充营官以安之，命募缉捕一营；至是，卒用文奎屯基隆，而方副将之死仅以一捕贼示了之（让台记）。
李鸿章电致总理各国事务衙门：日本交到缔和条约第二款第二、清国约将台湾全岛及所属诸岛屿，第三、澎湖列岛散在于东经一百十九度、北纬二十三度起至二十四度之间诸岛屿，并该地方所有堡垒、军器、工厂及一切属公对象，永远让与日本。
四月，派二品顶戴前出使大臣李经方前往台湾，与日本派出大臣商办事件。
谕署台湾巡抚布政使唐景崧：着即开缺，来京陛见；其台省大小文武各员，并着唐景崧饬令陆续内渡（以上东华录）。
时台人议勾各国保护，电告总理衙门、南洋大臣、闽浙总督等处文略曰：台湾属日本，万民不服，迭请唐抚院代奏台民下情，而事难挽回，悲惨曷极！伏查台湾为朝廷弃地，百姓无依；惟有死守，据为岛国，为南洋屏蔽。但须有人统率，众议坚留唐巡抚仍理台事，并刘镇永福镇守台南；请各国查照割地绅民不服公法，从公剖断，台湾应作何处置，再送唐抚入京、刘镇回任。伏乞代为电奏。总理大臣报云：来电均已进陈。和议一事，已于十八日定约。台湾入隶版图，一归他属，忠愤勃发，胥在意中；但时势所迫，勉从其议。其大要约有两端：一则战不可恃，若进迫京师，利害攸关，视台尤重；一则台无接济，一拂其情，势必全力并攻，徒损生灵，终归沦陷云云。景崧令台中官弁以五月四日为断，欲去者听；留者录用，薪银倍给；踰时求去者，以军法论。于是道、府、县官相继纳印去。景崧分沪尾七营为两部，以廖得胜、綦高会分统，高会专筦炮台。时藩库尚储银四十余万两，火药库储炮药土药四万余磅，各炮台储药资每炮击三十出；枪弹存者尤多，毛瑟枪弹储二百八十余万颗。其订购机药未至者，德国大田厂炮药二十万磅，枪药五万磅、哈乞开司一百磅、快炮四尊，皆已给价三分之一（东方兵事纪略）。
五月一日，绅民将上总统印章于景崧；以日舰来犯，未果。日舰二、驶近沪尾炮台下椗，统领綦高会去台以嬉。日弁侦知自立事，二兵轮乃起椗行。景崧闻有日舰，令开炮，高会亦回营令往告台官，则日舰巳去矣。是夜，日舰游弋口外。二日，景崧受总统印章，文曰「台湾民主之章」（中东战纪本末作改元永清）；绅民鼓乐赍送者百余人，行两跪六叩首礼。国旗，蓝地黄虎文。改藩司衙门曰内部，设内部大臣；筹防局曰外部，设外部大臣；别立军部，设军部大臣。府、县等官改署有差。炮台升虎旗，开炮二十有一。藩司顾肇熙以下，皆内渡。三日，提督岐珍撤兵内渡（岐珍所部十二营，至七日始毕渡）。基隆防兵，仅绍良所部及土勇四营；其东路三貂岭、澳底诸处，无兵驻守。五日，日本兵轮、运轮二十九艘驶抵台北海面，分泊基隆口外，澳底、金包里沿八里坌、大姑坎至沪尾，凡可登岸之处皆有之。六日，并力击金包里（值基隆澳西岸），张声势作欲登状（时驻金包里者六营）；而潜结教匪挖金砂，匪从澳底登岸。澳底本驻有岐珍防营，至是撤去，易以曹喜照（张兆连部分统）新募土勇两营；成军甫三日，遇敌不战溃。于时登岸日兵才二千人，稍留兵守澳底，其全队循山路进。七日，前锋过三貂岭，驻岭背梁绅庄宅。景崧闻日人登岸，令吴国华率广勇七百人往守三貂岭。国华新自广东至，仓卒部署，七日巳刻始率四百人先行。八日未刻，至小楚坑。适日兵从三貂岭来探瑞芳大道，并绘图，骤遇国华军，遽搏战，团勇夹击，枪毙三画日弁一，遂反奔；国华追之，乡民拍手欢呼。时景崧复令营官胡连胜等援基隆，且调顶石角营官陈国柱、金包里营官陈柱波、狮球岭营官知县包干臣等各率广勇数百人赴前敌助战，皆称统领，无所系属。国华遇日本兵于小楚坑，包干臣率三百人往助战；至则日兵已去，不继。国华进蹑而与团勇争首级，大哗。干臣缚团勇，指为汉奸，将杀之。国华已至三貂岭，因雨待棚帐，尚未驻营；闻报，知干臣将持首级夺其功，大怒，撤队驰下岭。干臣见国华还军，藏首级竹簏中，遽拔队回；国华尾其后，俱还。基隆遂弃，三貂岭不守；干臣竟以大捷闻，省会官绅毕贺。是夜，仅土勇一营、绍良部淮军两哨分驻瑞芳；四更时，日本全队冒雨登三貂岭。九日，景崧令前敌分三路进，图复三貂岭：一由大路从相思岭、龙漳浦、瑞芳过九芬桥、小楚坑直抵三貂岭为正兵，专责国华；一由暖暖街至吴朱埕绕出三貂岭之左为奇兵，专责游击杨连珍；一由海边社寮炮台循八斗口、庚子寮度九芬山截其归路，责金包里分统李文忠：期以申初会基隆齐进。讵我诸营未集，日本已分两队踔至：一扑九芬、一直抵瑞芳；别队扼吴朱埕北，防台军包抄。九芬近海岸，且兵单，日人已移快炮登岸猛击；战移时，宋营官死焉，哨官丧三人，孙营官受殊伤，九芬遂陷。瑞芳闻之，大震。先是，广东守备刘燕率炮勇三十人，督格林炮五架扼瑞芳四面土山；营务处俞明震以景崧令来观战，亦在焉。瑞芳四面背山，形如釜底，前夕甚雨，适国华率营至，未筑垒，入驻金砂局；敌至乃出队，逼于地势，拥遏不成列。而日人列队东西两山顶，每队八人，甚严整。东面拒三貂四里，日人先驱教民降虏下岭，进扼九芬桥。台军遽开炮，敌伏不动；一时许，俟台军枪弹耗，始大呼过九芬桥，而山顶日人乃发枪弹。及金砂局时，已昏暮，日人燃电灯明如昼，台军皆惊。国华率队进争九芬桥；日人先于涧旁设伏，俟国华至，突起来犯，死伤二十余人，军哗溃，不能止。日人乘势薄瑞芳，刘燕督队自西面发炮下击，弹雨下，死十余人，日兵退去。是夜大雨，国华竟拔队回基隆。四更，张兆连率护卫营冒雨至瑞芳。十日辰刻，国华、连胜亦来会，兆连立九芬桥吹角列队。日本督三、四百人来攻，每十二人一队，两日兵持刀督其后；台军枪炮并轰，日兵颇伤亡，稍退。兆连率队冲入，国华兵不接应。日兵自山顶驰下包抄，断九芬桥归路；兆连被围，受重伤，亲兵死亡略尽。陈得胜率八十人、曾喜照率三十余人，涉溪涧冒死入救；一卒负兆连潜涉溪涧得脱，得胜竟战死，喜照受伤。十一日黎明，日人分两路专攻瑞芳西面土山，刘燕被围；炮勇死八人、伤四人，瑞芳遂陷。中法之役，林朝栋驻狮球岭扼法兵不得前，所部士勇皆劲卒；景崧用广勇，与士勇积不相能，因移朝栋守中路，以胡友胜统广勇四营守狮球岭。于是台北绅民及英人提理皆言速移朝栋扼狮球岭，以守为战，事犹可为；因请基隆同知方祖荫赴台北告景崧，且请景崧驻八堵为死守计。景崧言向午闻败，已令黄义德率护卫营往扎八堵矣。义德至八堵，即驰回，诡言狮球岭已失，大雨不能驻营；且倭悬六十万金购总统头，故乘火车驰归防内乱。景崧不敢诘。是夜，义德部勇索饷大哗，彻夜甚雨。十二日辰刻，日兵登狮球岭，大雨如注；台兵相拒三时之久，始行溃散。日本大将桦山亦于是日攻基隆，张兆连营弃遁归台北。沪尾守备吴觐庭斫断电线，电报局员尽散。俄而雨稍止，街市寂然。幕客熊瑞图等为景崧策：速退新竹，就朝栋、永福图再举。景崧左右均怒目视，觐庭手枪拟瑞图曰：总统不寝者五夜矣，诸军亦宜休息；所画已定，多言者以是击之。景崧默然。酉刻，前敌溃兵入城，城中大乱，积尸遍地，有重伤舁回死者；而广勇、土勇复相残杀，哭声鼎沸。未几，抚署火起，景崧微服遁赴沪尾忌利士德商栈。十三日，乘德兵轮内渡。城中散勇游匪沿途劫掠；藩库犹存银二十四万两，劫夺互斗，库中积尸四百余。德商毕底兰以状驰告日本营，请速派兵来定乱；十五日，始来收城，兵不过八十名。明日，来千余人。十五日，桦山资纪统大军入城，步兵二队驻沪尾、八队驻台北；收残兵四千，檄兵器，送之厦门。
